Biomarkører hos pasienter med rabdomyosarkom

MÅL:

• Bestem genomomfattende endringer i DNA-metylering i ARMS og ERMS.
• Bestem endringer i DNA-kopinummeret i hele genomet i ARMS og ERMS.
• Bestem patogene gener og veier ved integrativ genomisk analyse.

OVERSIGT: Genomomfattende DNA-metyleringsanalyse på ARMS, ERMS og normale humane skjelettmyoblaster vil bli utført ved å bruke HELP-analysen (HpaII tiny fragment Enrichment by Ligation-mediated PCR). Metyleringsstatusen til 1,3 millioner CpG-er ved promotorer, genlegemer og intergene områder vil bli analysert. Parallell genekspresjonsanalyse vil bli utført og korrelert med endringer i metylering for å avdekke gener regulert av epigenetiske endringer og endret av genomiske tap eller gevinster.

Gener som er endret av både genetiske og epigenetiske endringer i ulike sett av pasienter vil bli valgt av MIGHT (Multi-dimensional Integration of Genomic data from Human Tissues) algoritmen for å avdekke nye gener som potensielt er involvert i patogenesen til ARMS og ERMS. Algoritmer for genontologi, pathway- og DNA-motivanalyse og andre beregningsmetoder vil bli brukt for å bestemme de biologiske konsekvensene av endringene. Prioriterte sett med epigenetiske og genetiske endringer vil bli validert av bisulfitt MassArray, FISH og qRT-PCR i større antall ARMS- og ERMS-prøver.