Biomarkers bij patiënten met rabdomyosarcoom

DOELSTELLINGEN:

• Bepaal genoombrede veranderingen in DNA-methylatie in ARMS en ERMS.
• Bepaal genoombrede wijzigingen in het aantal DNA-kopieën in ARMS en ERMS.
• Bepaal pathogene genen en routes door integratieve genomische analyse.

OVERZICHT: Genoombrede DNA-methylatie-analyse op ARMS, ERMS en normale menselijke skeletmyoblasten zal worden uitgevoerd met behulp van de HELP-test (HpaII tiny fragment Enrichment by Ligation-mediated PCR). De methylatiestatus van 1,3 miljoen CpG's bij promoters, genlichamen en intergene gebieden zal worden geanalyseerd. Parallelle analyse van genexpressie zal worden uitgevoerd en gecorreleerd met veranderingen in methylatie om genen bloot te leggen die gereguleerd worden door epigenetische veranderingen en veranderd worden door genomische verliezen of winsten.

Genen die zijn veranderd door zowel genetische als epigenetische veranderingen in verschillende groepen patiënten zullen worden geselecteerd door het MIGHT-algoritme (Multi-dimensional Integration of Genomic data from Human Tissues) om nieuwe genen bloot te leggen die mogelijk betrokken zijn bij de pathogenese van ARMS en ERMS. Genontologie, pad- en DNA-motiefanalyse-algoritmen en andere computationele benaderingen zullen worden gebruikt om de biologische gevolgen van de veranderingen te bepalen. Geprioriteerde set van epigenetische en genetische veranderingen zal worden gevalideerd door bisulfiet MassArray, FISH en qRT-PCR in grotere aantallen ARMS- en ERMS-monsters.