Biomarqueurs chez les patients atteints de rhabdomyosarcome

OBJECTIFS:

• Déterminer les altérations à l'échelle du génome dans la méthylation de l'ADN dans l'ARMS et l'ERMS.
• Déterminer les altérations du nombre de copies d'ADN à l'échelle du génome dans ARMS et ERMS.
• Déterminer les gènes et les voies pathogènes par analyse génomique intégrative.

APERÇU : L'analyse de la méthylation de l'ADN à l'échelle du génome sur ARMS, ERMS et les myoblastes squelettiques humains normaux sera effectuée à l'aide du test HELP (HpaII tiny fragment Enrichment by Ligation-mediated PCR). Le statut de méthylation de 1,3 million de CpG au niveau des promoteurs, des corps de gènes et des zones intergéniques sera analysé. Une analyse parallèle de l'expression génique sera effectuée et corrélée avec les changements de méthylation pour découvrir les gènes régulés par des altérations épigénétiques et altérés par des pertes ou des gains génomiques.

Les gènes qui sont altérés par des altérations génétiques et épigénétiques chez différents groupes de patients seront sélectionnés par l'algorithme MIGHT (Multi-dimensional Integration of Genomic data from Human Tissues) pour découvrir de nouveaux gènes potentiellement impliqués dans la pathogenèse de l'ARMS et de l'ERMS. Des algorithmes d'ontologie des gènes, des voies et des motifs d'ADN et d'autres approches informatiques seront utilisés pour déterminer les conséquences biologiques des changements. Un ensemble prioritaire d'altérations épigénétiques et génétiques sera validé par bisulfite MassArray, FISH et qRT-PCR dans un plus grand nombre d'échantillons ARMS et ERMS.