Biomarkerek Rhabdomyosarcomában szenvedő betegeknél

CÉLKITŰZÉSEK:

• Határozza meg a DNS-metiláció genomszintű változásait az ARMS-ben és az ERMS-ben.
• Határozza meg az egész genomra kiterjedő DNS-kópiaszám-változásokat az ARMS-ben és az ERMS-ben.
• Határozza meg a patogén géneket és útvonalakat integratív genomikai elemzéssel.

VÁZLAT: Az egész genomra kiterjedő DNS-metilációs analízist ARMS-en, ERMS-en és normál humán csontváz myoblasztokon a HELP (HpaII tiny fragment Enrichment by Ligation-mediated PCR) vizsgálati eljárással végezzük. 1,3 millió CpG metilációs állapotát elemzik a promótereknél, géntesteknél és intergenikus területeken. Párhuzamos génexpressziós analízist végeznek, és korrelálják a metiláció változásaival, hogy feltárják azokat a géneket, amelyeket epigenetikai változások szabályoznak, és amelyeket genomiális veszteségek vagy növekedések változtatnak meg.

A különböző betegcsoportokban genetikai és epigenetikai változások által megváltoztatott géneket a MIGHT (Multi-dimensional Integration of Genomic data from Human Tissues) algoritmus választja ki, hogy feltárja azokat az új géneket, amelyek potenciálisan részt vehetnek az ARMS és az ERMS patogenezisében. A változások biológiai következményeinek meghatározására génontológiát, útvonal- és DNS-motívum-elemző algoritmusokat, valamint egyéb számítási megközelítéseket alkalmaznak. Az epigenetikai és genetikai változtatások prioritásos halmazát biszulfit MassArray, FISH és qRT-PCR validálja nagyobb számú ARMS és ERMS mintában.