Biomarcadores en pacientes con rabdomiosarcoma

OBJETIVOS:

• Determine las alteraciones de todo el genoma en la metilación del ADN en ARMS y ERMS.
• Determine las alteraciones del número de copias de ADN en todo el genoma en ARMS y ERMS.
• Determinar genes y vías patógenos mediante análisis genómico integrador.

ESQUEMA: El análisis de metilación del ADN de todo el genoma en ARMS, ERMS y mioblastos esqueléticos humanos normales se realizará mediante el ensayo HELP (HpaII tiny fragment Enrichment by Ligation-mediated PCR). Se analizará el estado de metilación de 1,3 millones de CpG en promotores, cuerpos genéticos y áreas intergénicas. Se realizarán análisis paralelos de expresión génica y se correlacionarán con cambios en la metilación para descubrir genes regulados por alteraciones epigenéticas y alterados por pérdidas o ganancias genómicas.

Los genes que están alterados tanto por alteraciones genéticas como epigenéticas en diferentes grupos de pacientes serán seleccionados por el algoritmo MIGHT (Integración multidimensional de datos genómicos de tejidos humanos) para descubrir nuevos genes que están potencialmente involucrados en la patogénesis de ARMS y ERMS. Se utilizarán algoritmos de análisis de ontología genética, vía y motivo de ADN, y otros enfoques computacionales para determinar las consecuencias biológicas de los cambios. El conjunto priorizado de alteraciones epigenéticas y genéticas se validará mediante bisulfito MassArray, FISH y qRT-PCR en un mayor número de muestras ARMS y ERMS.