Biomarkkerit potilailla, joilla on rabdomyosarkooma

TAVOITTEET:

• Määritä genominlaajuiset muutokset DNA-metylaatiossa ARMS:ssä ja ERMS:ssä.
• Määritä genominlaajuiset DNA-kopioluvun muutokset ARMS:ssä ja ERMS:ssä.
• Määritä patogeeniset geenit ja reitit integratiivisella genomianalyysillä.

YHTEENVETO: Genominlaajuinen DNA-metylaatioanalyysi ARMS-, ERMS- ja normaaleissa ihmisen luuston myoblasteissa suoritetaan HELP-määrityksen (HpaII tiny fragment Enrichment by Ligation-mediated PCR) avulla. 1,3 miljoonan CpG:n metylaatiostatus promoottoreissa, geenikappaleissa ja geenien välisillä alueilla analysoidaan. Rinnakkainen geeniekspressioanalyysi tehdään ja korreloidaan metylaation muutoksiin, jotta löydettäisiin geenejä, joita säätelevät epigeneettiset muutokset ja joita genomihäviöt tai -voitot muuttavat.

Geenit, joita ovat muuttaneet sekä geneettiset että epigeneettiset muutokset eri potilasryhmissä, valitaan MIGHT-algoritmilla (Multi-dimensional Integration of Genomic data from Human Tissues) paljastamaan uusia geenejä, jotka voivat olla mukana ARMS:n ja ERMS:n patogeneesissä. Geeniontologiaa, polku- ja DNA-motiivianalyysialgoritmeja sekä muita laskennallisia lähestymistapoja käytetään muutosten biologisten seurausten määrittämiseen. Priorisoidut epigeneettiset ja geneettiset muutokset validoidaan bisulfiitti MassArray-, FISH- ja qRT-PCR:llä suuremmissa määrissä ARMS- ja ERMS-näytteitä.