骨肉腫のエピジェネティックバイオマーカー
2017年11月8日 更新者：Peking University People's Hospital
HMe-Seal 技術に基づく骨肉腫患者の末梢血からのエピジェネティックなバイオマーカーの同定
hMe-Seal は、選択的な化学標識に基づく低入力全ゲノム無細胞 5hmC シーケンシング法です。
β-グルコシルトランスフェラーゼ (βGT) を使用して、アジド修飾グルコースを介して 5hmC をビオチンで選択的に標識し、配列決定のために 5hmC を含む DNA フラグメントをプルダウンします。
5hmC ライブラリを選択的に構築した後、イルミナ Nextseq-500 装置でハイスループット シーケンスを実行します。
Rawdata 処理により、骨肉腫群と対照群の間の異なる遺伝子座が検出され、骨肉腫の特定のエピジェネティックなバイオマーカーが特定されます。
調査の概要
状態
わからない
詳細な説明
研究者は、北京大学人民病院 (PKUPH) の筋骨格腫瘍センターで最初に治療を受けた 100 人の骨肉腫参加者を登録したいと考えています。 これらの参加者はすべて、PKUPHの骨肉腫の化学プロトコルに従います。化学療法の各サイクルの前に、さらなる分析のために8mlの末梢血が採取されます。 根治手術後、参加者は 2 か月ごとに 8ml の末梢血を 6 か月間採取する必要があります。 計6回の採血が必要です。
hMe-Seal アプローチでは、末梢血を EDTA コーティングされたバキュテナーに採取します。 血漿は、4 °C で 10 分間、1600 × g で、4 °C で 10 分間、16000 × g で遠心分離した後、血液サンプルから収集されます。 Circulating Nucleic Acid Kit(QIAGEN)を用いてCfDNAを抽出する。 その後、cfDNA (1-10 ng) を末端修復し、3'-アデニル化し、KAPA Hyper Prep Kit (Kapa Biosystems) を使用して DNA バーコードに連結します。 ライゲーションされた DNA は、HEPES バッファー、UDP-6-N3-Glc および βGT を含む溶液でインキュベートされます。 その後、DBCO-PEG4-ビオチンを反応混合物に直接添加します。 次に、Micro Bio-Spin 30 Column (Bio-Rad) で DNA を精製します。 精製されたＤＮＡは、特定の緩衝液中のＭ２７０ストレプトアビジンビーズ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）と共にインキュベートされる。 続いて、ビーズを 4 種類の異なるバッファーで 5 分間ずつ 3 回洗浄します。 すべてのバインディングと洗浄は、穏やかに回転させながら室温で行われます。 次に、ビーズを水に再懸濁し、16 サイクルの PCR 増幅で増幅します。 AMPure XP ビーズを使用して PCR 産物を精製します。 ペアエンド 38bp シーケンスは、NextSeq-500 装置で実行されます。
研究の種類
観察的
入学 (予想される)
100
連絡先と場所
このセクションには、調査を実施する担当者の連絡先の詳細と、この調査が実施されている場所に関する情報が記載されています。
研究場所
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Beijing、中国、100044
- 募集
- Peking University People's Hospital
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参加基準
研究者は、適格基準と呼ばれる特定の説明に適合する人を探します。これらの基準のいくつかの例は、人の一般的な健康状態または以前の治療です。
適格基準
就学可能な年齢
10年歳以上 (アダルト、OLDER_ADULT、子供)
健康ボランティアの受け入れ
いいえ
受講資格のある性別
全て
サンプリング方法
非確率サンプル
調査対象母集団
生検により、10歳以上で、骨肉腫の定期的な化学プロトコルを完了することができる高悪性度骨肉腫が登録できることが証明されました。
説明
包含基準:
- 1) 組織学的に確認された高悪性度骨肉腫;
- 2) 10歳以上;
- 3) 北京大学人民病院の筋骨格腫瘍センターで最初に治療を受けた。
- 4) 血清サンプルが利用可能です。
- 5) ネオアジュバント化学療法および少なくとも8サイクルのアジュバント化学療法を完了;
- 6）Eastern Cooperative Oncology Groupのパフォーマンスステータスが0または1で、3か月以上生きると予想される;
- 7) 許容できる血液学的、肝臓的、および腎臓的機能。
除外基準:
- 1) 血清サンプルは適格ではありません。
- 2) ネオアジュバント化学療法または少なくとも4ヶ月のアジュバント化学療法を完了できなかった患者;
- 3) 追跡不能。
研究計画
このセクションでは、研究がどのように設計され、研究が何を測定しているかなど、研究計画の詳細を提供します。
研究はどのように設計されていますか？
デザインの詳細
コホートと介入
グループ/コホート |
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観察グループ
参加者の 1 つのグループは監視下にあります。
このトライアルには 2 つのフェーズがあります。
フェーズ I: 40 人の参加者が登録されます。
エピジェネティックな cfDNA ライブラリが構築された場合にのみ、研究者はフェーズ II に進みます。
さらなる分析のために、さらに 60 人の参加者が登録されます。
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この研究は何を測定していますか？
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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組織学的反応
時間枠：2ヶ月
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骨肉腫の場合、腫瘍壊死率はすべての参加者に対して行われます。
病理学的検査では、手術標本を注意深く研究し、切片にした。
この評価には、腫瘍の全体的な範囲の確立[26、27]、およびその軟部組織成分と外科的切除のラインの記録[27]が含まれていました。
平均 10 ～ 20 の組織学的標本を一括切除のそれぞれで検査し、骨肉腫の骨髄腔の上下への広がりを描写し、腫瘍に対する化学療法の効果を研究しました (生存、部分的、大部分、または完全に壊死)。 、その後、論文に記載されているように腫瘍壊死率として計算されました。
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2ヶ月
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二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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客観的回答率
時間枠：2ヶ月
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RECIST 1.1によると、完全奏効および部分奏効の基準を満たす参加者。
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2ヶ月
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無増悪生存
時間枠：2年
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無増悪生存期間（PFS）は、化学療法の開始から最初の進行まで計算されます。
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2年
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全生存
時間枠：5年
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全生存期間（OS）は、化学療法の開始から死亡まで計算されます。
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5年
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協力者と研究者
ここでは、この調査に関係する人々や組織を見つけることができます。
出版物と役立つリンク
研究に関する情報を入力する責任者は、自発的にこれらの出版物を提供します。これらは、研究に関連するあらゆるものに関するものである可能性があります。
一般刊行物
- Bernthal NM, Federman N, Eilber FR, Nelson SD, Eckardt JJ, Eilber FC, Tap WD. Long-term results (>25 years) of a randomized, prospective clinical trial evaluating chemotherapy in patients with high-grade, operable osteosarcoma. Cancer. 2012 Dec 1;118(23):5888-93. doi: 10.1002/cncr.27651. Epub 2012 May 30.
- Bielack S, Jurgens H, Jundt G, Kevric M, Kuhne T, Reichardt P, Zoubek A, Werner M, Winkelmann W, Kotz R. Osteosarcoma: the COSS experience. Cancer Treat Res. 2009;152:289-308. doi: 10.1007/978-1-4419-0284-9_15.
- Marina NM, Smeland S, Bielack SS, Bernstein M, Jovic G, Krailo MD, Hook JM, Arndt C, van den Berg H, Brennan B, Brichard B, Brown KLB, Butterfass-Bahloul T, Calaminus G, Daldrup-Link HE, Eriksson M, Gebhardt MC, Gelderblom H, Gerss J, Goldsby R, Goorin A, Gorlick R, Grier HE, Hale JP, Hall KS, Hardes J, Hawkins DS, Helmke K, Hogendoorn PCW, Isakoff MS, Janeway KA, Jurgens H, Kager L, Kuhne T, Lau CC, Leavey PJ, Lessnick SL, Mascarenhas L, Meyers PA, Mottl H, Nathrath M, Papai Z, Randall RL, Reichardt P, Renard M, Safwat AA, Schwartz CL, Stevens MCG, Strauss SJ, Teot L, Werner M, Sydes MR, Whelan JS. Comparison of MAPIE versus MAP in patients with a poor response to preoperative chemotherapy for newly diagnosed high-grade osteosarcoma (EURAMOS-1): an open-label, international, randomised controlled trial. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1396-1408. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30214-5. Epub 2016 Aug 25.
- Duchman KR, Gao Y, Miller BJ. Prognostic factors for survival in patients with high-grade osteosarcoma using the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program database. Cancer Epidemiol. 2015 Aug;39(4):593-9. doi: 10.1016/j.canep.2015.05.001. Epub 2015 May 20.
- Tang XD, Guo W, Yang RL, Yang Y, Ji T. [Limb salvage surgery for osteosarcoma around the knee in children and adolescent patients]. Zhonghua Wai Ke Za Zhi. 2007 May 15;45(10):669-72. Chinese.
- Xie L, Guo W, Tang X, Yang Y, Xu J. Effects of Arsenic Trioxide on Minor Progressive High-Grade Osteosarcoma of the Extremities Metastatic to the Lung: Results of 39 Patients Treated in a Single Institution. Case Rep Oncol. 2016 Oct 17;9(3):610-628. doi: 10.1159/000448705. eCollection 2016 Sep-Dec.
- Guo W, Sun X, Ji T, Tang X. Outcome of surgical treatment of pelvic osteosarcoma. J Surg Oncol. 2012 Sep 15;106(4):406-10. doi: 10.1002/jso.23076. Epub 2012 Feb 27.
- Fei D, Li Y, Zhao D, Zhao K, Dai L, Gao Z. Serum miR-9 as a prognostic biomarker in patients with osteosarcoma. J Int Med Res. 2014 Aug;42(4):932-7. doi: 10.1177/0300060514534643. Epub 2014 Jun 24.
- Fu HL, Shao L, Wang Q, Jia T, Li M, Yang DP. A systematic review of p53 as a biomarker of survival in patients with osteosarcoma. Tumour Biol. 2013 Dec;34(6):3817-21. doi: 10.1007/s13277-013-0966-x. Epub 2013 Sep 7.
- Bachman M, Uribe-Lewis S, Yang X, Williams M, Murrell A, Balasubramanian S. 5-Hydroxymethylcytosine is a predominantly stable DNA modification. Nat Chem. 2014 Dec;6(12):1049-55. doi: 10.1038/nchem.2064. Epub 2014 Sep 21.
- Valinluck V, Tsai HH, Rogstad DK, Burdzy A, Bird A, Sowers LC. Oxidative damage to methyl-CpG sequences inhibits the binding of the methyl-CpG binding domain (MBD) of methyl-CpG binding protein 2 (MeCP2). Nucleic Acids Res. 2004 Aug 9;32(14):4100-8. doi: 10.1093/nar/gkh739. Print 2004.
- Chapman CG, Mariani CJ, Wu F, Meckel K, Butun F, Chuang A, Madzo J, Bissonnette MB, Kwon JH, Godley LA. TET-catalyzed 5-hydroxymethylcytosine regulates gene expression in differentiating colonocytes and colon cancer. Sci Rep. 2015 Dec 3;5:17568. doi: 10.1038/srep17568. Erratum In: Sci Rep. 2016 Apr 28;6:24963.
研究記録日
これらの日付は、ClinicalTrials.gov への研究記録と要約結果の提出の進捗状況を追跡します。研究記録と報告された結果は、国立医学図書館 (NLM) によって審査され、公開 Web サイトに掲載される前に、特定の品質管理基準を満たしていることが確認されます。
主要日程の研究
研究開始 (実際)
2017年9月1日
一次修了 (予期された)
2018年10月30日
研究の完了 (予期された)
2018年12月31日
試験登録日
最初に提出
2017年11月6日
QC基準を満たした最初の提出物
2017年11月6日
最初の投稿 (実際)
2017年11月8日
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
2017年11月13日
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
2017年11月8日
最終確認日
2017年11月1日
詳しくは
本研究に関する用語
キーワード
その他の研究ID番号
- CBTRA-02
個々の参加者データ (IPD) の計画
個々の参加者データ (IPD) を共有する予定はありますか?
未定
IPD プランの説明
この研究の研究者は、IPD を共有したいと考えています。
ただし、IPDの共有には他協力機関の同意が必要です。
医薬品およびデバイス情報、研究文書
米国FDA規制医薬品の研究
いいえ
米国FDA規制機器製品の研究
いいえ
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