Az osteosarcoma epigenetikai biomarkere
2017. november 8. frissítette: Peking University People's Hospital
Epigenetikai biomarkerek azonosítása osteosarcomás betegek perifériás véréből a hMe-Seal technika alapján
A hMe-Seal egy alacsony bemeneti igényű teljes genom sejtmentes 5hmC szekvenálási módszer, amely szelektív kémiai jelölésen alapul.
β-glükoziltranszferázt (βGT) használ az 5hmC szelektív jelölésére biotinnal egy aziddal módosított glükózon keresztül az 5hmC-t tartalmazó DNS-fragmensek szekvenáláshoz való lehúzásához.
Az 5hmC könyvtár szelektív felépítése után a nagy áteresztőképességű szekvenálást Illumina Nextseq-500 műszeren hajtják végre.
A nyersadatok feldolgozása révén az osteosarcoma csoport és a kontrollcsoport közötti különbségek kimutathatók az osteosarcoma specifikus epigenetikai biomarkereinek azonosítása érdekében.
A tanulmány áttekintése
Állapot
Ismeretlen
Részletes leírás
A kutató 100 oszteoszarkómás résztvevőt szeretne bevonni, akiket eredetileg a Pekingi Egyetemi Népi Kórház (PKUPH) Musculoskeletal Tumor Centerében kezeltek. Valamennyi résztvevő követni fogja a PKUPH-ban lévő osteosarcoma kemoprotokollját. A kemoterápia minden ciklusa előtt 8 ml perifériás vért vesznek további elemzés céljából. A végleges műtét után a résztvevőknek kéthavonta 8 ml perifériás vért kell venniük 6 hónapon keresztül. Összesen 6 alkalommal kell vérvételt végezni.
A hMe-Seal megközelítésben a perifériás vért EDTA-val bevont vakutainerekbe gyűjtik. A vérmintákból plazmát gyűjtünk 1600×g-vel 10 percig 4 °C-on és 16 000×g-vel 10 percig 4 °C-on. A CfDNS-t a Circulating Nucleic Acid Kit (QIAGEN) segítségével extraháljuk. Ezt követően a cfDNS-t (1-10 ng) megjavítjuk, 3'-adenilezzük és DNS vonalkódokhoz ligáljuk KAPA Hyper Prep Kit (Kapa Biosystems) segítségével. A ligált DNS-t HEPES-puffert, UDP-6-N3-Glc-t és βGT-t tartalmazó oldatban inkubáljuk. Ezt követően a DBCO-PEG4-biotint közvetlenül adjuk a reakcióelegyhez. Ezután a DNS-t Micro Bio-Spin 30 oszlopon (Bio-Rad) tisztítjuk. A tisztított DNS-t M270 Streptavidin gyöngyökkel (Life Technologies) inkubáljuk specifikus pufferben. A gyöngyöket ezt követően három 5 perces mosásnak vetik alá négyféle különböző pufferrel. Minden kötés és mosás szobahőmérsékleten, enyhe forgatással történik. A gyöngyöket ezután vízben újraszuszpendáljuk, és 16 PCR-amplifikációs ciklussal amplifikáljuk. A PCR-termékeket AMPure XP gyöngyökkel tisztítják. A párvégi 38 bp-os szekvenálást a NextSeq-500 készüléken hajtják végre.
Tanulmány típusa
Megfigyelő
Beiratkozás (Várható)
100
Kapcsolatok és helyek
Ez a rész a vizsgálatot végzők elérhetőségeit, valamint a vizsgálat lefolytatásának helyére vonatkozó információkat tartalmazza.
Tanulmányi kapcsolat
- Név: Jie Xu, M.D
- Telefonszám: +86-15901040835
- E-mail: xujie_pkuph@sina.com
Tanulmányi helyek
-
-
-
Beijing, Kína, 100044
- Toborzás
- Peking University People's Hospital
-
-
Részvételi kritériumok
A kutatók olyan embereket keresnek, akik megfelelnek egy bizonyos leírásnak, az úgynevezett jogosultsági kritériumoknak. Néhány példa ezekre a kritériumokra a személy általános egészségi állapota vagy a korábbi kezelések.
Jogosultsági kritériumok
Tanulmányozható életkorok
10 év és régebbi (FELNŐTT, OLDER_ADULT, GYERMEK)
Egészséges önkénteseket fogad
Nem
Tanulmányozható nemek
Összes
Mintavételi módszer
Nem valószínűségi minta
Tanulmányi populáció
A biopszia bebizonyította, hogy a magas fokú osteosarcomát, aki 10 évnél idősebbnek kell lennie, és el tudja végezni az osteosarcoma rutin kemoprotokolát, be lehet vonni.
Leírás
Bevételi kritériumok:
- 1) szövettanilag igazolt magas fokú osteosarcoma;
- 2) 10 évesnél idősebb;
- 3) kezdetben a Pekingi Egyetemi Népi Kórház Izom-csontrendszeri Tumor Központjában kezelték;
- 4) Szérumminták állnak rendelkezésre;
- 5) befejezett neoadjuváns kemoterápia és legalább 8 ciklus adjuváns kemoterápia;
- 6) várhatóan 3 hónapnál tovább él, és az Eastern Cooperative Oncology Group teljesítménystátusza 0 vagy 1;
- 7) elfogadható hematológiai, máj- és vesefunkció.
Kizárási kritériumok:
- 1) A szérumminták nem minősítettek;
- 2) olyan betegek, akik nem tudták befejezni a neoadjuváns kemoterápiát vagy legalább 4 hónapos adjuváns kemoterápiát;
- 3) elveszett a nyomon követés.
Tanulási terv
Ez a rész a vizsgálati terv részleteit tartalmazza, beleértve a vizsgálat megtervezését és a vizsgálat mérését.
Hogyan készül a tanulmány?
Tervezési részletek
Kohorszok és beavatkozások
Csoport / Kohorsz |
|---|
|
megfigyelő csoport
A résztvevők egy csoportja megfigyelés alatt áll.
Ez a próba két fázisból áll.
I. szakasz: 40 résztvevőt neveznek be.
Csak ha epigenetikus cfDNS-könyvtárat építenek fel, a kutatók a II.
További 60 résztvevőt vesznek fel további elemzésre.
|
Mit mér a tanulmány?
Elsődleges eredményintézkedések
Eredménymérő |
Intézkedés leírása |
Időkeret |
|---|---|---|
|
Szövettani válasz
Időkeret: 2 hónap
|
Az osteosarcoma esetében minden résztvevőnél meg kell határozni a tumor nekrózis arányát.
A patológiás vizsgálat során a sebészeti mintákat gondosan tanulmányozták és metszettek.
Ez az értékelés magában foglalta a tumor bruttó kiterjedésének megállapítását[26, 27], valamint annak lágyrész-összetevőjét és a sebészeti reszekciós vonalakat[27].
Átlagosan 10-20 szövettani mintát vizsgáltak meg mindegyik en bloc reszekcióban az osteosarcoma csontvelőüregben felfelé és lefelé történő kiterjedésének körülhatárolására, valamint a kemoterápia (életképes, részben, nagymértékben vagy teljesen nekrotikus) daganatra gyakorolt hatásának vizsgálatára. , amelyeket azután a tumor nekrózis arányaként számítottak ki a papíron leírtak szerint.
|
2 hónap
|
Másodlagos eredményintézkedések
Eredménymérő |
Intézkedés leírása |
Időkeret |
|---|---|---|
|
Objektív válaszarány
Időkeret: 2 hónap
|
A RECIST 1.1 szerint azok a résztvevők, akik megfelelnek a teljes válasz és a részleges válasz kritériumainak.
|
2 hónap
|
|
Progressziómentes túlélés
Időkeret: 2 év
|
A progressziómentes túlélést (PFS) a kemoterápia kezdetétől az első progresszióig számítják.
|
2 év
|
|
Általános túlélés
Időkeret: 5 év
|
A teljes túlélést (OS) a kemoterápia kezdetétől a halálig számítják.
|
5 év
|
Együttműködők és nyomozók
Itt találhatja meg a tanulmányban érintett személyeket és szervezeteket.
Szponzor
Publikációk és hasznos linkek
A vizsgálattal kapcsolatos információk beviteléért felelős személy önkéntesen bocsátja rendelkezésre ezeket a kiadványokat. Ezek bármiről szólhatnak, ami a tanulmányhoz kapcsolódik.
Általános kiadványok
- Bernthal NM, Federman N, Eilber FR, Nelson SD, Eckardt JJ, Eilber FC, Tap WD. Long-term results (>25 years) of a randomized, prospective clinical trial evaluating chemotherapy in patients with high-grade, operable osteosarcoma. Cancer. 2012 Dec 1;118(23):5888-93. doi: 10.1002/cncr.27651. Epub 2012 May 30.
- Bielack S, Jurgens H, Jundt G, Kevric M, Kuhne T, Reichardt P, Zoubek A, Werner M, Winkelmann W, Kotz R. Osteosarcoma: the COSS experience. Cancer Treat Res. 2009;152:289-308. doi: 10.1007/978-1-4419-0284-9_15.
- Marina NM, Smeland S, Bielack SS, Bernstein M, Jovic G, Krailo MD, Hook JM, Arndt C, van den Berg H, Brennan B, Brichard B, Brown KLB, Butterfass-Bahloul T, Calaminus G, Daldrup-Link HE, Eriksson M, Gebhardt MC, Gelderblom H, Gerss J, Goldsby R, Goorin A, Gorlick R, Grier HE, Hale JP, Hall KS, Hardes J, Hawkins DS, Helmke K, Hogendoorn PCW, Isakoff MS, Janeway KA, Jurgens H, Kager L, Kuhne T, Lau CC, Leavey PJ, Lessnick SL, Mascarenhas L, Meyers PA, Mottl H, Nathrath M, Papai Z, Randall RL, Reichardt P, Renard M, Safwat AA, Schwartz CL, Stevens MCG, Strauss SJ, Teot L, Werner M, Sydes MR, Whelan JS. Comparison of MAPIE versus MAP in patients with a poor response to preoperative chemotherapy for newly diagnosed high-grade osteosarcoma (EURAMOS-1): an open-label, international, randomised controlled trial. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1396-1408. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30214-5. Epub 2016 Aug 25.
- Duchman KR, Gao Y, Miller BJ. Prognostic factors for survival in patients with high-grade osteosarcoma using the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program database. Cancer Epidemiol. 2015 Aug;39(4):593-9. doi: 10.1016/j.canep.2015.05.001. Epub 2015 May 20.
- Tang XD, Guo W, Yang RL, Yang Y, Ji T. [Limb salvage surgery for osteosarcoma around the knee in children and adolescent patients]. Zhonghua Wai Ke Za Zhi. 2007 May 15;45(10):669-72. Chinese.
- Xie L, Guo W, Tang X, Yang Y, Xu J. Effects of Arsenic Trioxide on Minor Progressive High-Grade Osteosarcoma of the Extremities Metastatic to the Lung: Results of 39 Patients Treated in a Single Institution. Case Rep Oncol. 2016 Oct 17;9(3):610-628. doi: 10.1159/000448705. eCollection 2016 Sep-Dec.
- Guo W, Sun X, Ji T, Tang X. Outcome of surgical treatment of pelvic osteosarcoma. J Surg Oncol. 2012 Sep 15;106(4):406-10. doi: 10.1002/jso.23076. Epub 2012 Feb 27.
- Fei D, Li Y, Zhao D, Zhao K, Dai L, Gao Z. Serum miR-9 as a prognostic biomarker in patients with osteosarcoma. J Int Med Res. 2014 Aug;42(4):932-7. doi: 10.1177/0300060514534643. Epub 2014 Jun 24.
- Fu HL, Shao L, Wang Q, Jia T, Li M, Yang DP. A systematic review of p53 as a biomarker of survival in patients with osteosarcoma. Tumour Biol. 2013 Dec;34(6):3817-21. doi: 10.1007/s13277-013-0966-x. Epub 2013 Sep 7.
- Bachman M, Uribe-Lewis S, Yang X, Williams M, Murrell A, Balasubramanian S. 5-Hydroxymethylcytosine is a predominantly stable DNA modification. Nat Chem. 2014 Dec;6(12):1049-55. doi: 10.1038/nchem.2064. Epub 2014 Sep 21.
- Valinluck V, Tsai HH, Rogstad DK, Burdzy A, Bird A, Sowers LC. Oxidative damage to methyl-CpG sequences inhibits the binding of the methyl-CpG binding domain (MBD) of methyl-CpG binding protein 2 (MeCP2). Nucleic Acids Res. 2004 Aug 9;32(14):4100-8. doi: 10.1093/nar/gkh739. Print 2004.
- Chapman CG, Mariani CJ, Wu F, Meckel K, Butun F, Chuang A, Madzo J, Bissonnette MB, Kwon JH, Godley LA. TET-catalyzed 5-hydroxymethylcytosine regulates gene expression in differentiating colonocytes and colon cancer. Sci Rep. 2015 Dec 3;5:17568. doi: 10.1038/srep17568. Erratum In: Sci Rep. 2016 Apr 28;6:24963.
Tanulmányi rekorddátumok
Ezek a dátumok nyomon követik a ClinicalTrials.gov webhelyre benyújtott vizsgálati rekordok és összefoglaló eredmények benyújtásának folyamatát. A vizsgálati feljegyzéseket és a jelentett eredményeket a Nemzeti Orvostudományi Könyvtár (NLM) felülvizsgálja, hogy megbizonyosodjon arról, hogy megfelelnek-e az adott minőség-ellenőrzési szabványoknak, mielőtt közzéteszik őket a nyilvános weboldalon.
Tanulmány főbb dátumok
Tanulmány kezdete (TÉNYLEGES)
2017. szeptember 1.
Elsődleges befejezés (VÁRHATÓ)
2018. október 30.
A tanulmány befejezése (VÁRHATÓ)
2018. december 31.
Tanulmányi regisztráció dátumai
Először benyújtva
2017. november 6.
Először nyújtották be, amely megfelel a minőségbiztosítási kritériumoknak
2017. november 6.
Első közzététel (TÉNYLEGES)
2017. november 8.
Tanulmányi rekordok frissítései
Utolsó frissítés közzétéve (TÉNYLEGES)
2017. november 13.
Az utolsó frissítés elküldve, amely megfelel a minőségbiztosítási kritériumoknak
2017. november 8.
Utolsó ellenőrzés
2017. november 1.
Több információ
A tanulmányhoz kapcsolódó kifejezések
Kulcsszavak
További vonatkozó MeSH feltételek
Egyéb vizsgálati azonosító számok
- CBTRA-02
Terv az egyéni résztvevői adatokhoz (IPD)
Tervezi megosztani az egyéni résztvevői adatokat (IPD)?
ELDÖNTETLEN
IPD terv leírása
A tanulmány kutatói szeretnék megosztani az IPD-t.
Az IPD megosztásához azonban más szövetkezeti intézmény hozzájárulása szükséges.
Gyógyszer- és eszközinformációk, tanulmányi dokumentumok
Egy amerikai FDA által szabályozott gyógyszerkészítményt tanulmányoz
Nem
Egy amerikai FDA által szabályozott eszközterméket tanulmányoz
Nem
Ezt az információt közvetlenül a clinicaltrials.gov webhelyről szereztük be, változtatás nélkül. Ha bármilyen kérése van vizsgálati adatainak módosítására, eltávolítására vagy frissítésére, kérjük, írjon a következő címre: register@clinicaltrials.gov. Amint a változás bevezetésre kerül a clinicaltrials.gov oldalon, ez a webhelyünkön is automatikusan frissül. .