Biomarker epigenetyczny dla kostniakomięsaka
8 listopada 2017 zaktualizowane przez: Peking University People's Hospital
Identyfikacja biomarkerów epigenetycznych z krwi obwodowej pacjentów z kostniakomięsakiem na podstawie techniki hMe-Seal
hMe-Seal to niskonakładowa metoda sekwencjonowania całego genomu bez komórek 5hmC oparta na selektywnym znakowaniu chemicznym.
Wykorzystuje β-glukozylotransferazę (βGT) do selektywnego znakowania 5hmC biotyną poprzez glukozę modyfikowaną azydkiem w celu pobrania fragmentów DNA zawierających 5hmC do sekwencjonowania.
Po selektywnym skonstruowaniu biblioteki 5hmC, wysokowydajne sekwencjonowanie zostanie przeprowadzone na instrumencie Illumina Nextseq-500.
Za pomocą przetwarzania danych Rawdata zostaną wykryte loci różnicowe między grupą kostniakomięsaka a grupą kontrolną w celu zidentyfikowania określonych biomarkerów epigenetycznych kostniakomięsaka.
Przegląd badań
Status
Nieznany
Szczegółowy opis
Badacz chce zarejestrować 100 pacjentów z kostniakomięsakiem, początkowo leczonych w Centrum Guzów Mięśniowo-Szkieletowych Szpitala Ludowego Uniwersytetu Pekińskiego (PKUPH). Wszyscy ci uczestnicy będą przestrzegać protokołu chemioterapii dla kostniakomięsaka w PKUPH. Przed każdym cyklem chemioterapii zostanie pobrane 8 ml krwi obwodowej do dalszej analizy. Po ostatecznej operacji uczestnicy będą musieli pobierać 8 ml krwi obwodowej co 2 miesiące przez 6 miesięcy. Konieczne będzie wykonanie 6-krotnego pobrania krwi.
W metodzie hMe-Seal krew obwodową pobiera się do pojemników Vacutainer pokrytych EDTA. Z próbek krwi pobiera się osocze po odwirowaniu przy 1 600 x g przez 10 min w 4 °C i 16 000 x g przez 10 min w 4 °C. CfDNA jest ekstrahowany za pomocą zestawu Circulating Nucleic Acid Kit (QIAGEN). Następnie cfDNA (1-10 ng) jest naprawiany na końcach, 3'-adenylowany i ligowany z kodami kreskowymi DNA przy użyciu zestawu KAPA Hyper Prep (Kapa Biosystems). Zligowany DNA inkubuje się w roztworze zawierającym bufor HEPES, UDP-6-N3-Glc i βGT. Następnie do mieszaniny reakcyjnej dodaje się bezpośrednio DBCO-PEG4-biotynę. Następnie DNA oczyszcza się na kolumnie Micro Bio-Spin 30 (Bio-Rad). Oczyszczony DNA inkubuje się z kulkami streptawidyny M270 (Life Technologies) w określonym buforze. Perełki są następnie poddawane trzykrotnemu przemywaniu przez 5 minut, każde z czterema rodzajami różnych buforów. Całe wiązanie i pranie odbywa się w temperaturze pokojowej z delikatnym obracaniem. Perełki następnie ponownie zawiesza się w wodzie i amplifikuje w 16 cyklach amplifikacji PCR. Produkty PCR oczyszcza się za pomocą perełek AMPure XP. Sekwencjonowanie 38 pz na końcu pary przeprowadza się na instrumencie NextSeq-500.
Typ studiów
Obserwacyjny
Zapisy (Oczekiwany)
100
Kontakty i lokalizacje
Ta sekcja zawiera dane kontaktowe osób prowadzących badanie oraz informacje o tym, gdzie badanie jest przeprowadzane.
Lokalizacje studiów
-
-
-
Beijing, Chiny, 100044
- Rekrutacyjny
- Peking University People's Hospital
-
-
Kryteria uczestnictwa
Badacze szukają osób, które pasują do określonego opisu, zwanego kryteriami kwalifikacyjnymi. Niektóre przykłady tych kryteriów to ogólny stan zdrowia danej osoby lub wcześniejsze leczenie.
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
10 lat i starsze (DOROSŁY, STARSZY_DOROŚLI, DZIECKO)
Akceptuje zdrowych ochotników
Nie
Płeć kwalifikująca się do nauki
Wszystko
Metoda próbkowania
Próbka bez prawdopodobieństwa
Badana populacja
Biopsja wykazała, że kostniakomięsak o wysokim stopniu złośliwości, który powinien mieć więcej niż 10 lat i być w stanie przejść rutynową chemioterapię dla kostniakomięsaka, może zostać włączony.
Opis
Kryteria przyjęcia:
- 1) potwierdzony histologicznie kostniakomięsak wysokiego stopnia;
- 2) starsze niż 10 lat;
- 3) początkowo leczony w Centrum Guzów Mięśniowo-Szkieletowych Szpitala Ludowego Uniwersytetu Pekińskiego;
- 4) Dostępne są próbki surowicy;
- 5) ukończona chemioterapia neoadjuwantowa i co najmniej 8 cykli chemioterapii adjuwantowej;
- 6) oczekuje się, że przeżyje dłużej niż 3 miesiące ze stanem sprawności Grupy Wschodniej Spółdzielczej Onkologii 0 lub 1;
- 7) prawidłowa czynność hematologiczna, wątrobowa i nerkowa.
Kryteria wyłączenia:
- 1) Próbki surowicy nie są kwalifikowane;
- 2) Pacjenci, którzy nie mogli ukończyć chemioterapii neoadiuwantowej lub co najmniej 4-miesięcznej chemioterapii adjuwantowej;
- 3) przegrał z kontynuacją.
Plan studiów
Ta sekcja zawiera szczegółowe informacje na temat planu badania, w tym sposób zaprojektowania badania i jego pomiary.
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Kohorty i interwencje
Grupa / Kohorta |
|---|
|
grupa obserwacyjna
Jedna grupa uczestników jest pod obserwacją.
Ta próba ma dwie fazy.
Faza I: zapisanych zostanie 40 uczestników.
Dopiero po zbudowaniu epigenetycznej biblioteki cfDNA badacze przejdą do fazy II.
Kolejnych 60 uczestników zostanie zapisanych do dalszej analizy.
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Odpowiedź histologiczna
Ramy czasowe: 2 miesiące
|
W przypadku kostniakomięsaka, dla każdego uczestnika zostanie przeprowadzony wskaźnik martwicy nowotworu.
Podczas badania patologicznego próbki chirurgiczne dokładnie zbadano i pocięto na skrawki.
Ocena ta obejmowała określenie rozległości guza [26, 27] oraz odnotowanie jego składowej tkanki miękkiej i linii resekcji chirurgicznej [27].
Średnio 10-20 próbek histologicznych zbadano w każdej z resekcji en bloc, aby określić rozprzestrzenianie się kostniakomięsaka w górę i w dół jamy szpiku kostnego oraz zbadać wpływ chemioterapii na guz (żywotny, częściowo, w dużej mierze lub całkowicie martwiczy) , które następnie obliczono jako wskaźnik martwicy nowotworu, jak opisano w artykule.
|
2 miesiące
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Wskaźnik obiektywnych odpowiedzi
Ramy czasowe: 2 miesiące
|
Zgodnie z RECIST 1.1 uczestnicy, którzy spełniają kryteria odpowiedzi pełnej i odpowiedzi częściowej.
|
2 miesiące
|
|
Przeżycie bez progresji
Ramy czasowe: 2 lata
|
Czas przeżycia bez progresji choroby (PFS) będzie obliczany od rozpoczęcia chemioterapii do pierwszej progresji.
|
2 lata
|
|
Ogólne przetrwanie
Ramy czasowe: 5 lat
|
Przeżycie całkowite (OS) będzie obliczane od rozpoczęcia chemioterapii do zgonu.
|
5 lat
|
Współpracownicy i badacze
Tutaj znajdziesz osoby i organizacje zaangażowane w to badanie.
Publikacje i pomocne linki
Osoba odpowiedzialna za wprowadzenie informacji o badaniu dobrowolnie udostępnia te publikacje. Mogą one dotyczyć wszystkiego, co jest związane z badaniem.
Publikacje ogólne
- Bernthal NM, Federman N, Eilber FR, Nelson SD, Eckardt JJ, Eilber FC, Tap WD. Long-term results (>25 years) of a randomized, prospective clinical trial evaluating chemotherapy in patients with high-grade, operable osteosarcoma. Cancer. 2012 Dec 1;118(23):5888-93. doi: 10.1002/cncr.27651. Epub 2012 May 30.
- Bielack S, Jurgens H, Jundt G, Kevric M, Kuhne T, Reichardt P, Zoubek A, Werner M, Winkelmann W, Kotz R. Osteosarcoma: the COSS experience. Cancer Treat Res. 2009;152:289-308. doi: 10.1007/978-1-4419-0284-9_15.
- Marina NM, Smeland S, Bielack SS, Bernstein M, Jovic G, Krailo MD, Hook JM, Arndt C, van den Berg H, Brennan B, Brichard B, Brown KLB, Butterfass-Bahloul T, Calaminus G, Daldrup-Link HE, Eriksson M, Gebhardt MC, Gelderblom H, Gerss J, Goldsby R, Goorin A, Gorlick R, Grier HE, Hale JP, Hall KS, Hardes J, Hawkins DS, Helmke K, Hogendoorn PCW, Isakoff MS, Janeway KA, Jurgens H, Kager L, Kuhne T, Lau CC, Leavey PJ, Lessnick SL, Mascarenhas L, Meyers PA, Mottl H, Nathrath M, Papai Z, Randall RL, Reichardt P, Renard M, Safwat AA, Schwartz CL, Stevens MCG, Strauss SJ, Teot L, Werner M, Sydes MR, Whelan JS. Comparison of MAPIE versus MAP in patients with a poor response to preoperative chemotherapy for newly diagnosed high-grade osteosarcoma (EURAMOS-1): an open-label, international, randomised controlled trial. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1396-1408. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30214-5. Epub 2016 Aug 25.
- Duchman KR, Gao Y, Miller BJ. Prognostic factors for survival in patients with high-grade osteosarcoma using the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program database. Cancer Epidemiol. 2015 Aug;39(4):593-9. doi: 10.1016/j.canep.2015.05.001. Epub 2015 May 20.
- Tang XD, Guo W, Yang RL, Yang Y, Ji T. [Limb salvage surgery for osteosarcoma around the knee in children and adolescent patients]. Zhonghua Wai Ke Za Zhi. 2007 May 15;45(10):669-72. Chinese.
- Xie L, Guo W, Tang X, Yang Y, Xu J. Effects of Arsenic Trioxide on Minor Progressive High-Grade Osteosarcoma of the Extremities Metastatic to the Lung: Results of 39 Patients Treated in a Single Institution. Case Rep Oncol. 2016 Oct 17;9(3):610-628. doi: 10.1159/000448705. eCollection 2016 Sep-Dec.
- Guo W, Sun X, Ji T, Tang X. Outcome of surgical treatment of pelvic osteosarcoma. J Surg Oncol. 2012 Sep 15;106(4):406-10. doi: 10.1002/jso.23076. Epub 2012 Feb 27.
- Fei D, Li Y, Zhao D, Zhao K, Dai L, Gao Z. Serum miR-9 as a prognostic biomarker in patients with osteosarcoma. J Int Med Res. 2014 Aug;42(4):932-7. doi: 10.1177/0300060514534643. Epub 2014 Jun 24.
- Fu HL, Shao L, Wang Q, Jia T, Li M, Yang DP. A systematic review of p53 as a biomarker of survival in patients with osteosarcoma. Tumour Biol. 2013 Dec;34(6):3817-21. doi: 10.1007/s13277-013-0966-x. Epub 2013 Sep 7.
- Bachman M, Uribe-Lewis S, Yang X, Williams M, Murrell A, Balasubramanian S. 5-Hydroxymethylcytosine is a predominantly stable DNA modification. Nat Chem. 2014 Dec;6(12):1049-55. doi: 10.1038/nchem.2064. Epub 2014 Sep 21.
- Valinluck V, Tsai HH, Rogstad DK, Burdzy A, Bird A, Sowers LC. Oxidative damage to methyl-CpG sequences inhibits the binding of the methyl-CpG binding domain (MBD) of methyl-CpG binding protein 2 (MeCP2). Nucleic Acids Res. 2004 Aug 9;32(14):4100-8. doi: 10.1093/nar/gkh739. Print 2004.
- Chapman CG, Mariani CJ, Wu F, Meckel K, Butun F, Chuang A, Madzo J, Bissonnette MB, Kwon JH, Godley LA. TET-catalyzed 5-hydroxymethylcytosine regulates gene expression in differentiating colonocytes and colon cancer. Sci Rep. 2015 Dec 3;5:17568. doi: 10.1038/srep17568. Erratum In: Sci Rep. 2016 Apr 28;6:24963.
Daty zapisu na studia
Daty te śledzą postęp w przesyłaniu rekordów badań i podsumowań wyników do ClinicalTrials.gov. Zapisy badań i zgłoszone wyniki są przeglądane przez National Library of Medicine (NLM), aby upewnić się, że spełniają określone standardy kontroli jakości, zanim zostaną opublikowane na publicznej stronie internetowej.
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (RZECZYWISTY)
1 września 2017
Zakończenie podstawowe (OCZEKIWANY)
30 października 2018
Ukończenie studiów (OCZEKIWANY)
31 grudnia 2018
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
6 listopada 2017
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
6 listopada 2017
Pierwszy wysłany (RZECZYWISTY)
8 listopada 2017
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (RZECZYWISTY)
13 listopada 2017
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
8 listopada 2017
Ostatnia weryfikacja
1 listopada 2017
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- CBTRA-02
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
NIEZDECYDOWANY
Opis planu IPD
Badacze tego badania chcieliby podzielić się IChP.
Jednak na udostępnienie IChP potrzebna będzie zgoda innej instytucji współpracującej.
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Nie
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Nie
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .