Эпигенетический биомаркер остеосаркомы
8 ноября 2017 г. обновлено: Peking University People's Hospital
Идентификация эпигенетических биомаркеров из периферической крови пациентов с остеосаркомой на основе метода hMe-Seal
hMe-Seal — это малозатратный метод секвенирования 5hmC для полногеномного бесклеточного секвенирования, основанный на селективной химической маркировке.
Он использует β-глюкозилтрансферазу (βGT) для селективного мечения 5hmC биотином через модифицированную азидом глюкозу для извлечения фрагментов ДНК, содержащих 5hmC, для секвенирования.
После выборочного создания библиотеки 5hmC высокопроизводительное секвенирование будет выполняться на приборе Illumina Nextseq-500.
Путем обработки Rawdata будут обнаружены дифференциальные локусы между группой остеосаркомы и контрольной группой для определения специфических эпигенетических биомаркеров остеосаркомы.
Обзор исследования
Статус
Неизвестный
Подробное описание
Исследователь хочет зарегистрировать 100 участников остеосаркомы, первоначально лечившихся в Центре скелетно-мышечных опухолей Народной больницы Пекинского университета (PKUPH). Все эти участники будут следовать химио-протоколу для остеосаркомы в PKUPH. Перед каждым циклом химиотерапии будет взято 8 мл периферической крови для дальнейшего анализа. После радикальной операции участникам необходимо будет сдавать 8 мл периферической крови каждые 2 месяца в течение 6 месяцев. Всего необходимо будет сдать кровь 6 раз.
При подходе hMe-Seal периферическую кровь собирают в Vacutainers, покрытые ЭДТА. Плазму собирают из образцов крови после центрифугирования при 1600 g в течение 10 мин при 4 °C и 16 000 g в течение 10 мин при 4 °C. ВкДНК выделяют с помощью набора циркулирующих нуклеиновых кислот (QIAGEN). После этого вкДНК (1-10 нг) восстанавливают по концам, 3'-аденилируют и лигируют со штрих-кодами ДНК с использованием набора KAPA Hyper Prep Kit (Kapa Biosystems). Лигированную ДНК инкубируют в растворе, содержащем буфер HEPES, UDP-6-N3-Glc и βGT. После этого к реакционной смеси непосредственно добавляют DBCO-PEG4-биотин. Затем ДНК очищают на колонке Micro Bio-Spin 30 (Bio-Rad). Очищенную ДНК инкубируют с шариками стрептавидина М270 (Life Technologies) в специальном буфере. Гранулы затем подвергают трем 5-минутным промывкам с использованием четырех видов различных буферов. Все связывание и промывка выполняются при комнатной температуре при осторожном вращении. Затем гранулы ресуспендируют в воде и амплифицируют с помощью 16 циклов ПЦР-амплификации. Продукты ПЦР очищают с использованием гранул AMPure XP. Парное секвенирование 38 п.н. выполняется на приборе NextSeq-500.
Тип исследования
Наблюдательный
Регистрация (Ожидаемый)
100
Контакты и местонахождение
В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.
Места учебы
-
-
-
Beijing, Китай, 100044
- Рекрутинг
- Peking University People's Hospital
-
-
Критерии участия
Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
10 лет и старше (ВЗРОСЛЫЙ, OLDER_ADULT, РЕБЕНОК)
Принимает здоровых добровольцев
Нет
Полы, имеющие право на обучение
Все
Метод выборки
Невероятностная выборка
Исследуемая популяция
Биопсия показала остеосаркому высокой степени злокачественности, и пациенты должны были быть старше 10 лет и могли пройти рутинный протокол химиотерапии остеосаркомы.
Описание
Критерии включения:
- 1) гистологически подтвержденная остеосаркома высокой степени злокачественности;
- 2) старше 10 лет;
- 3) первоначально лечился в Центре скелетно-мышечных опухолей Народной больницы Пекинского университета;
- 4) Доступны образцы сыворотки;
- 5) завершена неоадъювантная химиотерапия и не менее 8 курсов адъювантной химиотерапии;
- 6) ожидаемая продолжительность жизни более 3 месяцев со статусом эффективности Восточной кооперативной онкологической группы 0 или 1;
- 7) приемлемая гематологическая, печеночная и почечная функции.
Критерий исключения:
- 1) образцы сыворотки не квалифицированы;
- 2) пациенты, которые не смогли завершить неоадъювантную химиотерапию или хотя бы 4-месячную адъювантную химиотерапию;
- 3) потерян для последующего наблюдения.
Учебный план
В этом разделе представлена подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.
Как устроено исследование?
Детали дизайна
Когорты и вмешательства
Группа / когорта |
|---|
|
группа наблюдения
Одна группа участников находится под наблюдением.
Это испытание состоит из двух фаз.
Фаза I: будет зачислено 40 участников.
Только в том случае, если будет создана библиотека эпигенетической вкДНК, исследователи перейдут к этапу II.
Еще 60 участников будут зачислены для дальнейшего анализа.
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Гистологический ответ
Временное ограничение: 2 месяца
|
Для остеосаркомы скорость некроза опухоли будет измеряться для каждого участника.
При патологоанатомическом исследовании хирургические образцы были тщательно изучены и разрезаны.
Эта оценка включала установление общей протяженности опухоли [26, 27] и определение ее мягкотканного компонента и линий хирургической резекции [27].
В среднем 10-20 гистологических образцов исследовали при каждой резекции единым блоком, чтобы очертить распространение остеосаркомы вверх и вниз по полости костного мозга и изучить влияние химиотерапии на опухоль (жизнеспособную, частично, в значительной степени или полностью некротизированную). , которые затем были рассчитаны как скорость некроза опухоли, как описано в статье.
|
2 месяца
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Скорость объективного ответа
Временное ограничение: 2 месяца
|
Согласно RECIST 1.1, участники, соответствующие критериям полного ответа и частичного ответа.
|
2 месяца
|
|
Выживаемость без прогрессирования
Временное ограничение: 2 года
|
Выживаемость без прогрессирования (ВБП) будет рассчитываться от начала химиотерапии до первого прогрессирования.
|
2 года
|
|
Общая выживаемость
Временное ограничение: 5 лет
|
Общая выживаемость (ОВ) будет рассчитываться от начала химиотерапии до смерти.
|
5 лет
|
Соавторы и исследователи
Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.
Публикации и полезные ссылки
Лицо, ответственное за внесение сведений об исследовании, добровольно предоставляет эти публикации. Это может быть что угодно, связанное с исследованием.
Общие публикации
- Bernthal NM, Federman N, Eilber FR, Nelson SD, Eckardt JJ, Eilber FC, Tap WD. Long-term results (>25 years) of a randomized, prospective clinical trial evaluating chemotherapy in patients with high-grade, operable osteosarcoma. Cancer. 2012 Dec 1;118(23):5888-93. doi: 10.1002/cncr.27651. Epub 2012 May 30.
- Bielack S, Jurgens H, Jundt G, Kevric M, Kuhne T, Reichardt P, Zoubek A, Werner M, Winkelmann W, Kotz R. Osteosarcoma: the COSS experience. Cancer Treat Res. 2009;152:289-308. doi: 10.1007/978-1-4419-0284-9_15.
- Marina NM, Smeland S, Bielack SS, Bernstein M, Jovic G, Krailo MD, Hook JM, Arndt C, van den Berg H, Brennan B, Brichard B, Brown KLB, Butterfass-Bahloul T, Calaminus G, Daldrup-Link HE, Eriksson M, Gebhardt MC, Gelderblom H, Gerss J, Goldsby R, Goorin A, Gorlick R, Grier HE, Hale JP, Hall KS, Hardes J, Hawkins DS, Helmke K, Hogendoorn PCW, Isakoff MS, Janeway KA, Jurgens H, Kager L, Kuhne T, Lau CC, Leavey PJ, Lessnick SL, Mascarenhas L, Meyers PA, Mottl H, Nathrath M, Papai Z, Randall RL, Reichardt P, Renard M, Safwat AA, Schwartz CL, Stevens MCG, Strauss SJ, Teot L, Werner M, Sydes MR, Whelan JS. Comparison of MAPIE versus MAP in patients with a poor response to preoperative chemotherapy for newly diagnosed high-grade osteosarcoma (EURAMOS-1): an open-label, international, randomised controlled trial. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1396-1408. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30214-5. Epub 2016 Aug 25.
- Duchman KR, Gao Y, Miller BJ. Prognostic factors for survival in patients with high-grade osteosarcoma using the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program database. Cancer Epidemiol. 2015 Aug;39(4):593-9. doi: 10.1016/j.canep.2015.05.001. Epub 2015 May 20.
- Tang XD, Guo W, Yang RL, Yang Y, Ji T. [Limb salvage surgery for osteosarcoma around the knee in children and adolescent patients]. Zhonghua Wai Ke Za Zhi. 2007 May 15;45(10):669-72. Chinese.
- Xie L, Guo W, Tang X, Yang Y, Xu J. Effects of Arsenic Trioxide on Minor Progressive High-Grade Osteosarcoma of the Extremities Metastatic to the Lung: Results of 39 Patients Treated in a Single Institution. Case Rep Oncol. 2016 Oct 17;9(3):610-628. doi: 10.1159/000448705. eCollection 2016 Sep-Dec.
- Guo W, Sun X, Ji T, Tang X. Outcome of surgical treatment of pelvic osteosarcoma. J Surg Oncol. 2012 Sep 15;106(4):406-10. doi: 10.1002/jso.23076. Epub 2012 Feb 27.
- Fei D, Li Y, Zhao D, Zhao K, Dai L, Gao Z. Serum miR-9 as a prognostic biomarker in patients with osteosarcoma. J Int Med Res. 2014 Aug;42(4):932-7. doi: 10.1177/0300060514534643. Epub 2014 Jun 24.
- Fu HL, Shao L, Wang Q, Jia T, Li M, Yang DP. A systematic review of p53 as a biomarker of survival in patients with osteosarcoma. Tumour Biol. 2013 Dec;34(6):3817-21. doi: 10.1007/s13277-013-0966-x. Epub 2013 Sep 7.
- Bachman M, Uribe-Lewis S, Yang X, Williams M, Murrell A, Balasubramanian S. 5-Hydroxymethylcytosine is a predominantly stable DNA modification. Nat Chem. 2014 Dec;6(12):1049-55. doi: 10.1038/nchem.2064. Epub 2014 Sep 21.
- Valinluck V, Tsai HH, Rogstad DK, Burdzy A, Bird A, Sowers LC. Oxidative damage to methyl-CpG sequences inhibits the binding of the methyl-CpG binding domain (MBD) of methyl-CpG binding protein 2 (MeCP2). Nucleic Acids Res. 2004 Aug 9;32(14):4100-8. doi: 10.1093/nar/gkh739. Print 2004.
- Chapman CG, Mariani CJ, Wu F, Meckel K, Butun F, Chuang A, Madzo J, Bissonnette MB, Kwon JH, Godley LA. TET-catalyzed 5-hydroxymethylcytosine regulates gene expression in differentiating colonocytes and colon cancer. Sci Rep. 2015 Dec 3;5:17568. doi: 10.1038/srep17568. Erratum In: Sci Rep. 2016 Apr 28;6:24963.
Даты записи исследования
Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.
Изучение основных дат
Начало исследования (ДЕЙСТВИТЕЛЬНЫЙ)
1 сентября 2017 г.
Первичное завершение (ОЖИДАЕТСЯ)
30 октября 2018 г.
Завершение исследования (ОЖИДАЕТСЯ)
31 декабря 2018 г.
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
6 ноября 2017 г.
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
6 ноября 2017 г.
Первый опубликованный (ДЕЙСТВИТЕЛЬНЫЙ)
8 ноября 2017 г.
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (ДЕЙСТВИТЕЛЬНЫЙ)
13 ноября 2017 г.
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
8 ноября 2017 г.
Последняя проверка
1 ноября 2017 г.
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Ключевые слова
Дополнительные соответствующие термины MeSH
Другие идентификационные номера исследования
- CBTRA-02
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
НЕ РЕШЕНО
Описание плана IPD
Исследователи этого исследования хотели бы поделиться IPD.
Однако для совместного использования IPD потребуется согласие другого кооперативного учреждения.
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Нет
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Нет
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .