Epigenetisk biomarkør for osteosarkom
8. november 2017 opdateret af: Peking University People's Hospital
Identificering af epigenetiske biomarkører fra perifert blod fra osteosarkompatienter baseret på hMe-seal-teknik
hMe-Seal er en cellefri 5hmC sekvenseringsmetode med lav input fra hele genomet baseret på selektiv kemisk mærkning.
Den bruger β-glucosyltransferase (βGT) til selektivt at mærke 5hmC med et biotin via en azid-modificeret glucose til nedtrapning af 5hmC-holdige DNA-fragmenter til sekventering.
Efter selektiv konstruktion af 5hmC-bibliotek, vil highthroughput-sekventering blive udført på et Illumina Nextseq-500-instrument.
Ved hjælp af Rawdata-behandling vil differentielle loci mellem osteosarkomgruppe og kontrolgruppe blive påvist for at identificere specifikke epigenetiske biomarkører for osteosarkom.
Studieoversigt
Status
Ukendt
Detaljeret beskrivelse
Efterforskeren ønsker at indskrive 100 osteosarkom-deltagere, der oprindeligt blev behandlet i Musculoskeletal Tumor Center på Peking University People's Hospital (PKUPH). Alle disse deltagere vil følge kemoprotokollen for osteosarkom i PKUPH.8 ml perifert blod vil blive udtaget før hver kemoterapicyklus til yderligere analyse. Efter den endelige operation skal deltagerne tage 8 ml perifert blod hver 2. måned i 6 måneder. Der skal tages blodprøver i alt 6 gange.
Ved hMe-Seal-metoden opsamles perifert blod i EDTA-coatede Vacutainere. Plasma opsamles fra blodprøverne efter centrifugering ved 1 600 x g i 10 minutter ved 4 °C og 16 000 x g ved 10 minutter ved 4 °C. CfDNA ekstraheres ved hjælp af Circulating Nucleic Acid Kit (QIAGEN). Derefter enderepareres cfDNA (1-10 ng), 3'-adenyleres og ligeres til DNA-stregkoder ved hjælp af KAPA Hyper Prep Kit (Kapa Biosystems). Ligeret DNA inkuberes i en opløsning indeholdende HEPES-buffer, UDP-6-N3-Glc og βGT. Derefter tilsættes DBCO-PEG4-biotin direkte til reaktionsblandingen. Derefter oprenses DNA med Micro Bio-Spin 30 Column (Bio-Rad). Det oprensede DNA inkuberes med M270 Streptavidin-perler (Life Technologies) i specifik buffer. Perlerne gennemgår efterfølgende tre 5-minutters vaske hver med fire slags forskellige buffere. Al indbinding og vask udføres ved stuetemperatur med forsigtig drejning. Perler resuspenderes derefter i vand og amplificeres med 16 cyklusser af PCR-amplifikation. PCR-produkterne renses med AMPure XP-perler. Pair-end 38bp-sekventering udføres på NextSeq-500-instrumentet.
Undersøgelsestype
Observationel
Tilmelding (Forventet)
100
Kontakter og lokationer
Dette afsnit indeholder kontaktoplysninger for dem, der udfører undersøgelsen, og oplysninger om, hvor denne undersøgelse udføres.
Studiesteder
-
-
-
Beijing, Kina, 100044
- Rekruttering
- Peking University People's Hospital
-
-
Deltagelseskriterier
Forskere leder efter personer, der passer til en bestemt beskrivelse, kaldet berettigelseskriterier. Nogle eksempler på disse kriterier er en persons generelle helbredstilstand eller tidligere behandlinger.
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
10 år og ældre (VOKSEN, OLDER_ADULT, BARN)
Tager imod sunde frivillige
Ingen
Køn, der er berettiget til at studere
Alle
Prøveudtagningsmetode
Ikke-sandsynlighedsprøve
Studiebefolkning
Biopsi viste, at højgradigt osteosarkom, som skulle være ældre end 10 år og kunne gennemføre rutinemæssig kemo-protokol for osteosarkom, kunne blive indskrevet.
Beskrivelse
Inklusionskriterier:
- 1) histologisk bekræftet højgradigt osteosarkom;
- 2) ældre end 10 år;
- 3) oprindeligt behandlet i Musculoskeletal Tumor Center på Peking University People's Hospital;
- 4) Serumprøver er tilgængelige;
- 5) afsluttet neo-adjuverende kemoterapi og mindst 8 cyklusser af adjuverende kemoterapi;
- 6) forventes at leve længere end 3 måneder med Eastern Cooperative Oncology Groups præstationsstatus på 0 eller 1;
- 7) acceptabel hæmatologisk, hepatisk og nyrefunktion.
Ekskluderingskriterier:
- 1) Serumprøver er ikke kvalificerede;
- 2) Patienter, der ikke kunne gennemføre neo-adjuverende kemoterapi eller mindst 4-måneders adjuverende kemoterapi;
- 3) tabte til opfølgning.
Studieplan
Dette afsnit indeholder detaljer om studieplanen, herunder hvordan undersøgelsen er designet, og hvad undersøgelsen måler.
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
Kohorter og interventioner
Gruppe / kohorte |
|---|
|
observationsgruppe
En gruppe deltagere er under observation.
Dette forsøg har to faser.
Fase I: 40 deltagere vil blive tilmeldt.
Kun hvis epigenetisk cfDNA-bibliotek er blevet bygget, ville efterforskerne gå videre til fase II.
Yderligere 60 deltagere vil blive tilmeldt til yderligere analyse.
|
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Histologisk respons
Tidsramme: 2 måneder
|
For osteosarkom vil tumornekrosehastighed blive foretaget for hver deltager.
Ved patologisk undersøgelse blev de kirurgiske prøver omhyggeligt undersøgt og sektioneret.
Denne evaluering omfattede etablering af tumorens bruttoudstrækning[26, 27] og notering af dens bløddelskomponent og kirurgiske resektionslinjer[27].
Et gennemsnit på 10-20 histologiske prøver blev undersøgt i hver af en bloc-resektionerne for at afgrænse udvidelsen af osteosarkom op og ned i marvhulen og for at studere virkningerne af kemoterapi på tumoren (levedygtig, delvist, stort set eller fuldstændig nekrotisk) , som derefter blev beregnet som tumornekrosehastighed som beskrevet i papiret.
|
2 måneder
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Objektiv svarprocent
Tidsramme: 2 måneder
|
Ifølge RECIST 1.1 deltager deltagere, der opfylder kriterierne for fuldstændig respons og delvis respons.
|
2 måneder
|
|
Progressionsfri overlevelse
Tidsramme: 2 år
|
Progressionsfri overlevelse (PFS) vil blive beregnet fra starten af kemoterapi til første progression.
|
2 år
|
|
Samlet overlevelse
Tidsramme: 5 år
|
Den samlede overlevelse (OS) vil blive beregnet fra starten af kemoterapi til døden.
|
5 år
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Det er her, du vil finde personer og organisationer, der er involveret i denne undersøgelse.
Publikationer og nyttige links
Den person, der er ansvarlig for at indtaste oplysninger om undersøgelsen, leverer frivilligt disse publikationer. Disse kan handle om alt relateret til undersøgelsen.
Generelle publikationer
- Bernthal NM, Federman N, Eilber FR, Nelson SD, Eckardt JJ, Eilber FC, Tap WD. Long-term results (>25 years) of a randomized, prospective clinical trial evaluating chemotherapy in patients with high-grade, operable osteosarcoma. Cancer. 2012 Dec 1;118(23):5888-93. doi: 10.1002/cncr.27651. Epub 2012 May 30.
- Bielack S, Jurgens H, Jundt G, Kevric M, Kuhne T, Reichardt P, Zoubek A, Werner M, Winkelmann W, Kotz R. Osteosarcoma: the COSS experience. Cancer Treat Res. 2009;152:289-308. doi: 10.1007/978-1-4419-0284-9_15.
- Marina NM, Smeland S, Bielack SS, Bernstein M, Jovic G, Krailo MD, Hook JM, Arndt C, van den Berg H, Brennan B, Brichard B, Brown KLB, Butterfass-Bahloul T, Calaminus G, Daldrup-Link HE, Eriksson M, Gebhardt MC, Gelderblom H, Gerss J, Goldsby R, Goorin A, Gorlick R, Grier HE, Hale JP, Hall KS, Hardes J, Hawkins DS, Helmke K, Hogendoorn PCW, Isakoff MS, Janeway KA, Jurgens H, Kager L, Kuhne T, Lau CC, Leavey PJ, Lessnick SL, Mascarenhas L, Meyers PA, Mottl H, Nathrath M, Papai Z, Randall RL, Reichardt P, Renard M, Safwat AA, Schwartz CL, Stevens MCG, Strauss SJ, Teot L, Werner M, Sydes MR, Whelan JS. Comparison of MAPIE versus MAP in patients with a poor response to preoperative chemotherapy for newly diagnosed high-grade osteosarcoma (EURAMOS-1): an open-label, international, randomised controlled trial. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1396-1408. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30214-5. Epub 2016 Aug 25.
- Duchman KR, Gao Y, Miller BJ. Prognostic factors for survival in patients with high-grade osteosarcoma using the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program database. Cancer Epidemiol. 2015 Aug;39(4):593-9. doi: 10.1016/j.canep.2015.05.001. Epub 2015 May 20.
- Tang XD, Guo W, Yang RL, Yang Y, Ji T. [Limb salvage surgery for osteosarcoma around the knee in children and adolescent patients]. Zhonghua Wai Ke Za Zhi. 2007 May 15;45(10):669-72. Chinese.
- Xie L, Guo W, Tang X, Yang Y, Xu J. Effects of Arsenic Trioxide on Minor Progressive High-Grade Osteosarcoma of the Extremities Metastatic to the Lung: Results of 39 Patients Treated in a Single Institution. Case Rep Oncol. 2016 Oct 17;9(3):610-628. doi: 10.1159/000448705. eCollection 2016 Sep-Dec.
- Guo W, Sun X, Ji T, Tang X. Outcome of surgical treatment of pelvic osteosarcoma. J Surg Oncol. 2012 Sep 15;106(4):406-10. doi: 10.1002/jso.23076. Epub 2012 Feb 27.
- Fei D, Li Y, Zhao D, Zhao K, Dai L, Gao Z. Serum miR-9 as a prognostic biomarker in patients with osteosarcoma. J Int Med Res. 2014 Aug;42(4):932-7. doi: 10.1177/0300060514534643. Epub 2014 Jun 24.
- Fu HL, Shao L, Wang Q, Jia T, Li M, Yang DP. A systematic review of p53 as a biomarker of survival in patients with osteosarcoma. Tumour Biol. 2013 Dec;34(6):3817-21. doi: 10.1007/s13277-013-0966-x. Epub 2013 Sep 7.
- Bachman M, Uribe-Lewis S, Yang X, Williams M, Murrell A, Balasubramanian S. 5-Hydroxymethylcytosine is a predominantly stable DNA modification. Nat Chem. 2014 Dec;6(12):1049-55. doi: 10.1038/nchem.2064. Epub 2014 Sep 21.
- Valinluck V, Tsai HH, Rogstad DK, Burdzy A, Bird A, Sowers LC. Oxidative damage to methyl-CpG sequences inhibits the binding of the methyl-CpG binding domain (MBD) of methyl-CpG binding protein 2 (MeCP2). Nucleic Acids Res. 2004 Aug 9;32(14):4100-8. doi: 10.1093/nar/gkh739. Print 2004.
- Chapman CG, Mariani CJ, Wu F, Meckel K, Butun F, Chuang A, Madzo J, Bissonnette MB, Kwon JH, Godley LA. TET-catalyzed 5-hydroxymethylcytosine regulates gene expression in differentiating colonocytes and colon cancer. Sci Rep. 2015 Dec 3;5:17568. doi: 10.1038/srep17568. Erratum In: Sci Rep. 2016 Apr 28;6:24963.
Datoer for undersøgelser
Disse datoer sporer fremskridtene for indsendelser af undersøgelsesrekord og resumeresultater til ClinicalTrials.gov. Studieregistreringer og rapporterede resultater gennemgås af National Library of Medicine (NLM) for at sikre, at de opfylder specifikke kvalitetskontrolstandarder, før de offentliggøres på den offentlige hjemmeside.
Studer store datoer
Studiestart (FAKTISKE)
1. september 2017
Primær færdiggørelse (FORVENTET)
30. oktober 2018
Studieafslutning (FORVENTET)
31. december 2018
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
6. november 2017
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
6. november 2017
Først opslået (FAKTISKE)
8. november 2017
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (FAKTISKE)
13. november 2017
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
8. november 2017
Sidst verificeret
1. november 2017
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Yderligere relevante MeSH-vilkår
Andre undersøgelses-id-numre
- CBTRA-02
Plan for individuelle deltagerdata (IPD)
Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?
UBESLUTET
IPD-planbeskrivelse
Efterforskerne af denne undersøgelse vil gerne dele IPD.
Der vil dog være behov for andre andelsinstitutioners samtykke for at dele IPD.
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Ingen
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
Ingen
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .
Kliniske forsøg med Histologisk respons (tumornekrosefrekvens)
-
University of Roma La SapienzaAfsluttetStadie I brystkræft | Kræft, behandlingsrelateret | Systemisk inflammatorisk respons | Tumor i brystetItalien
-
Jiangxi Provincial Cancer HospitalRekrutteringNasopharyngealt karcinom | Tumor mikromiljø | Patologisk komplet responsKina