Epigenetische biomarker voor osteosarcoom
8 november 2017 bijgewerkt door: Peking University People's Hospital
Identificatie van epigenetische biomarkers uit perifeer bloed van osteosarcoompatiënten op basis van hMe-Seal-techniek
hMe-Seal is een low-input celvrije 5hmC-sequencingmethode voor het hele genoom, gebaseerd op selectieve chemische labeling.
Het gebruikt β-glucosyltransferase (βGT) om 5hmC selectief te labelen met een biotine via een azide-gemodificeerde glucose voor pull-down van 5hmC-bevattende DNA-fragmenten voor sequencing.
Na het selectief construeren van de 5hmC-bibliotheek, zal highthroughput-sequencing worden uitgevoerd op een Illumina Nextseq-500-instrument.
Door middel van Rawdata-verwerking zullen differentiële loci tussen de osteosarcoomgroep en de controlegroep worden gedetecteerd om specifieke epigenetische biomarkers van osteosarcoom te identificeren.
Studie Overzicht
Toestand
Onbekend
Gedetailleerde beschrijving
De onderzoeker wil 100 osteosarcoomdeelnemers inschrijven die aanvankelijk werden behandeld in het Musculoskeletal Tumor Center van het Peking University People's Hospital (PKUPH). Al die deelnemers volgen het chemoprotocol voor osteosarcoom bij PKUPH. Voor elke chemotherapiecyclus wordt 8 ml perifeer bloed afgenomen voor verdere analyse. Na de definitieve operatie moeten de deelnemers gedurende 6 maanden elke 2 maanden 8 ml perifeer bloed nemen. Er moet in totaal 6 keer bloed worden afgenomen.
Bij de hMe-Seal-benadering wordt perifeer bloed verzameld in EDTA-gecoate Vacutainers. Plasma wordt verzameld uit de bloedmonsters na centrifugatie bij 1 600 x g gedurende 10 min bij 4 °C en 16 000 x g bij 10 min bij 4 °C. CfDNA wordt geëxtraheerd met behulp van de Circulating Nucleic Acid Kit (QIAGEN). Daarna wordt cfDNA (1-10 ng) aan het einde gerepareerd, 3'-geadenyleerd en geligeerd aan DNA-streepjescodes met behulp van KAPA Hyper Prep Kit (Kapa Biosystems). Geligeerd DNA wordt geïncubeerd in een oplossing die HEPES-buffer, UDP-6-N3-Glc en PGT bevat. Daarna wordt DBCO-PEG4-biotine direct aan het reactiemengsel toegevoegd. Vervolgens wordt DNA gezuiverd door Micro Bio-Spin 30 Column (Bio-Rad). Het gezuiverde DNA wordt geïncubeerd met M270 Streptavidin-korrels (Life Technologies) in specifieke buffer. De parels ondergaan vervolgens drie wasbeurten van 5 minuten, elk met vier soorten verschillende buffers. Al het binden en wassen gebeurt bij kamertemperatuur met zachte rotatie. Parels worden vervolgens opnieuw gesuspendeerd in water en geamplificeerd met 16 cycli van PCR-amplificatie. De PCR-producten worden gezuiverd met behulp van AMPure XP-korrels. Pair-end 38bp sequencing wordt uitgevoerd op het NextSeq-500 instrument.
Studietype
Observationeel
Inschrijving (Verwacht)
100
Contacten en locaties
In dit gedeelte vindt u de contactgegevens van degenen die het onderzoek uitvoeren en informatie over waar dit onderzoek wordt uitgevoerd.
Studie Locaties
-
-
-
Beijing, China, 100044
- Werving
- Peking University People's Hospital
-
-
Deelname Criteria
Onderzoekers zoeken naar mensen die aan een bepaalde beschrijving voldoen, de zogenaamde geschiktheidscriteria. Enkele voorbeelden van deze criteria zijn iemands algemene gezondheidstoestand of eerdere behandelingen.
Geschiktheidscriteria
Leeftijden die in aanmerking komen voor studie
10 jaar en ouder (VOLWASSEN, OUDER_ADULT, KIND)
Accepteert gezonde vrijwilligers
Nee
Geslachten die in aanmerking komen voor studie
Allemaal
Bemonsteringsmethode
Niet-waarschijnlijkheidssteekproef
Studie Bevolking
Biopsie bewees dat hooggradig osteosarcoom, die ouder dan 10 jaar zou moeten zijn en het routinematige chemoprotocol voor osteosarcoom zou kunnen voltooien, zou kunnen worden ingeschreven.
Beschrijving
Inclusiecriteria:
- 1) histologisch bevestigd hoogwaardig osteosarcoom;
- 2) ouder dan 10 jaar;
- 3) aanvankelijk behandeld in Musculoskeletal Tumor Center van het Volksziekenhuis van de Universiteit van Peking;
- 4) Serummonsters zijn beschikbaar;
- 5) voltooide neo-adjuvante chemotherapie en ten minste 8 cycli van adjuvante chemotherapie;
- 6) verwacht langer dan 3 maanden te leven met een prestatiestatus van de Eastern Cooperative Oncology Group van 0 of 1;
- 7) aanvaardbare hematologische, lever- en nierfunctie.
Uitsluitingscriteria:
- 1) Serummonsters zijn niet gekwalificeerd;
- 2) Patiënten die neo-adjuvante chemotherapie of adjuvante chemotherapie van ten minste 4 maanden niet konden voltooien;
- 3) verloren voor follow-up.
Studie plan
Dit gedeelte bevat details van het studieplan, inclusief hoe de studie is opgezet en wat de studie meet.
Hoe is de studie opgezet?
Ontwerpdetails
Cohorten en interventies
Groep / Cohort |
|---|
|
observatie groep
Een groep deelnemers wordt geobserveerd.
Deze proef heeft twee fasen.
Fase I: 40 deelnemers worden ingeschreven.
Alleen als er een epigenetische cfDNA-bibliotheek is gebouwd, kunnen onderzoekers doorgaan naar fase II.
Nog eens 60 deelnemers zullen worden ingeschreven voor verdere analyse.
|
Wat meet het onderzoek?
Primaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Histologische reactie
Tijdsspanne: 2 maanden
|
Voor osteosarcoom wordt het percentage tumornecrose voor elke deelnemer bepaald.
Bij pathologisch onderzoek werden de chirurgische monsters zorgvuldig bestudeerd en doorgesneden.
Deze evaluatie omvatte het vaststellen van de grove omvang van de tumor[26, 27] en het noteren van de zachte weefselcomponent en lijnen van chirurgische resectie[27].
Er werden gemiddeld 10-20 histologische monsters onderzocht in elk van de en bloc-resecties om de uitbreiding van osteosarcoom naar boven en naar beneden in de mergholte af te bakenen en om de effecten van chemotherapie op de tumor te bestuderen (levensvatbaar, gedeeltelijk, grotendeels of volledig necrotisch). , die vervolgens werden berekend als tumornecrosesnelheid zoals beschreven in het document.
|
2 maanden
|
Secundaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Objectief responspercentage
Tijdsspanne: 2 maanden
|
Volgens RECIST 1.1, deelnemers die voldoen aan de criteria van volledige respons en gedeeltelijke respons.
|
2 maanden
|
|
Progressievrije overleving
Tijdsspanne: 2 jaar
|
Progressievrije overleving (PFS) wordt berekend vanaf het begin van de chemotherapie tot de eerste progressie.
|
2 jaar
|
|
Algemeen overleven
Tijdsspanne: 5 jaar
|
De totale overleving (OS) wordt berekend vanaf het begin van de chemotherapie tot de dood.
|
5 jaar
|
Medewerkers en onderzoekers
Hier vindt u mensen en organisaties die betrokken zijn bij dit onderzoek.
Publicaties en nuttige links
De persoon die verantwoordelijk is voor het invoeren van informatie over het onderzoek stelt deze publicaties vrijwillig ter beschikking. Dit kan gaan over alles wat met het onderzoek te maken heeft.
Algemene publicaties
- Bernthal NM, Federman N, Eilber FR, Nelson SD, Eckardt JJ, Eilber FC, Tap WD. Long-term results (>25 years) of a randomized, prospective clinical trial evaluating chemotherapy in patients with high-grade, operable osteosarcoma. Cancer. 2012 Dec 1;118(23):5888-93. doi: 10.1002/cncr.27651. Epub 2012 May 30.
- Bielack S, Jurgens H, Jundt G, Kevric M, Kuhne T, Reichardt P, Zoubek A, Werner M, Winkelmann W, Kotz R. Osteosarcoma: the COSS experience. Cancer Treat Res. 2009;152:289-308. doi: 10.1007/978-1-4419-0284-9_15.
- Marina NM, Smeland S, Bielack SS, Bernstein M, Jovic G, Krailo MD, Hook JM, Arndt C, van den Berg H, Brennan B, Brichard B, Brown KLB, Butterfass-Bahloul T, Calaminus G, Daldrup-Link HE, Eriksson M, Gebhardt MC, Gelderblom H, Gerss J, Goldsby R, Goorin A, Gorlick R, Grier HE, Hale JP, Hall KS, Hardes J, Hawkins DS, Helmke K, Hogendoorn PCW, Isakoff MS, Janeway KA, Jurgens H, Kager L, Kuhne T, Lau CC, Leavey PJ, Lessnick SL, Mascarenhas L, Meyers PA, Mottl H, Nathrath M, Papai Z, Randall RL, Reichardt P, Renard M, Safwat AA, Schwartz CL, Stevens MCG, Strauss SJ, Teot L, Werner M, Sydes MR, Whelan JS. Comparison of MAPIE versus MAP in patients with a poor response to preoperative chemotherapy for newly diagnosed high-grade osteosarcoma (EURAMOS-1): an open-label, international, randomised controlled trial. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1396-1408. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30214-5. Epub 2016 Aug 25.
- Duchman KR, Gao Y, Miller BJ. Prognostic factors for survival in patients with high-grade osteosarcoma using the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program database. Cancer Epidemiol. 2015 Aug;39(4):593-9. doi: 10.1016/j.canep.2015.05.001. Epub 2015 May 20.
- Tang XD, Guo W, Yang RL, Yang Y, Ji T. [Limb salvage surgery for osteosarcoma around the knee in children and adolescent patients]. Zhonghua Wai Ke Za Zhi. 2007 May 15;45(10):669-72. Chinese.
- Xie L, Guo W, Tang X, Yang Y, Xu J. Effects of Arsenic Trioxide on Minor Progressive High-Grade Osteosarcoma of the Extremities Metastatic to the Lung: Results of 39 Patients Treated in a Single Institution. Case Rep Oncol. 2016 Oct 17;9(3):610-628. doi: 10.1159/000448705. eCollection 2016 Sep-Dec.
- Guo W, Sun X, Ji T, Tang X. Outcome of surgical treatment of pelvic osteosarcoma. J Surg Oncol. 2012 Sep 15;106(4):406-10. doi: 10.1002/jso.23076. Epub 2012 Feb 27.
- Fei D, Li Y, Zhao D, Zhao K, Dai L, Gao Z. Serum miR-9 as a prognostic biomarker in patients with osteosarcoma. J Int Med Res. 2014 Aug;42(4):932-7. doi: 10.1177/0300060514534643. Epub 2014 Jun 24.
- Fu HL, Shao L, Wang Q, Jia T, Li M, Yang DP. A systematic review of p53 as a biomarker of survival in patients with osteosarcoma. Tumour Biol. 2013 Dec;34(6):3817-21. doi: 10.1007/s13277-013-0966-x. Epub 2013 Sep 7.
- Bachman M, Uribe-Lewis S, Yang X, Williams M, Murrell A, Balasubramanian S. 5-Hydroxymethylcytosine is a predominantly stable DNA modification. Nat Chem. 2014 Dec;6(12):1049-55. doi: 10.1038/nchem.2064. Epub 2014 Sep 21.
- Valinluck V, Tsai HH, Rogstad DK, Burdzy A, Bird A, Sowers LC. Oxidative damage to methyl-CpG sequences inhibits the binding of the methyl-CpG binding domain (MBD) of methyl-CpG binding protein 2 (MeCP2). Nucleic Acids Res. 2004 Aug 9;32(14):4100-8. doi: 10.1093/nar/gkh739. Print 2004.
- Chapman CG, Mariani CJ, Wu F, Meckel K, Butun F, Chuang A, Madzo J, Bissonnette MB, Kwon JH, Godley LA. TET-catalyzed 5-hydroxymethylcytosine regulates gene expression in differentiating colonocytes and colon cancer. Sci Rep. 2015 Dec 3;5:17568. doi: 10.1038/srep17568. Erratum In: Sci Rep. 2016 Apr 28;6:24963.
Studie record data
Deze datums volgen de voortgang van het onderzoeksdossier en de samenvatting van de ingediende resultaten bij ClinicalTrials.gov. Studieverslagen en gerapporteerde resultaten worden beoordeeld door de National Library of Medicine (NLM) om er zeker van te zijn dat ze voldoen aan specifieke kwaliteitscontrolenormen voordat ze op de openbare website worden geplaatst.
Bestudeer belangrijke data
Studie start (WERKELIJK)
1 september 2017
Primaire voltooiing (VERWACHT)
30 oktober 2018
Studie voltooiing (VERWACHT)
31 december 2018
Studieregistratiedata
Eerst ingediend
6 november 2017
Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria
6 november 2017
Eerst geplaatst (WERKELIJK)
8 november 2017
Updates van studierecords
Laatste update geplaatst (WERKELIJK)
13 november 2017
Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria
8 november 2017
Laatst geverifieerd
1 november 2017
Meer informatie
Termen gerelateerd aan deze studie
Trefwoorden
Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden
Andere studie-ID-nummers
- CBTRA-02
Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)
Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?
ONBESLIST
Beschrijving IPD-plan
De onderzoekers van deze studie willen graag IPD delen.
Er is echter toestemming van een andere coöperatieve instelling nodig voor het delen van IPD.
Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel
Nee
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct
Nee
Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .