골육종에 대한 후생유전학적 바이오마커
2017년 11월 8일 업데이트: Peking University People's Hospital
HMe-Seal 기법을 기반으로 골육종 환자의 말초 혈액에서 후성유전학적 바이오마커 식별
hMe-Seal은 선택적 화학 라벨링을 기반으로 하는 저입력 전체 게놈 무세포 5hmC 시퀀싱 방법입니다.
그것은 β-glucosyltransferase(βGT)를 사용하여 시퀀싱을 위해 5hmC 함유 DNA 단편의 풀다운을 위해 아지드 변형 포도당을 통해 비오틴으로 5hmC를 선택적으로 라벨링합니다.
5hmC 라이브러리를 선택적으로 구성한 후 Illumina Nextseq-500 기기에서 highthroughput-sequencing을 수행합니다.
원시 데이터 처리를 통해 골육종 그룹과 대조군 사이의 차등 유전자좌를 검출하여 골육종의 특정 후생유전학적 바이오마커를 식별합니다.
연구 개요
상태
알려지지 않은
상세 설명
연구자는 북경대학교 인민병원(PKUPH)의 근골격 종양 센터에서 초기 치료를 받은 100명의 골육종 참가자를 등록하고자 합니다. 모든 참가자는 추가 분석을 위해 화학 요법의 각 주기 전에 PKUPH.8ml의 말초 혈액을 채취하여 골육종에 대한 화학 프로토콜을 따를 것입니다. 최종 수술 후 참가자는 6개월 동안 2개월마다 말초 혈액 8ml를 복용해야 합니다. 총 6번의 채혈이 필요합니다.
hMe-Seal 접근 방식에서는 말초 혈액을 EDTA 코팅된 Vacutainer에 수집합니다. 혈장은 4 °C에서 1600 x g로 10분 동안 원심분리하고 4 °C에서 10분 동안 16,000 x g로 원심분리한 후 혈액 샘플에서 수집합니다. CfDNA는 QIAGEN(Circulating Nucleic Acid Kit)을 사용하여 추출됩니다. 그 후, cfDNA(1-10 ng)는 KAPA Hyper Prep Kit(Kapa Biosystems)를 사용하여 말단 복구, 3'-아데닐화 및 DNA 바코드에 결찰됩니다. 결찰된 DNA는 HEPES 버퍼, UDP-6-N3-Glc 및 βGT를 포함하는 용액에서 배양됩니다. 그 후 DBCO-PEG4-비오틴을 반응 혼합물에 직접 첨가합니다. 다음으로 Micro Bio-Spin 30 Column(Bio-Rad)으로 DNA를 정제합니다. 정제된 DNA는 특정 버퍼에서 M270 Streptavidin 비드(Life Technologies)와 함께 배양됩니다. 이어서 비드는 4가지 종류의 서로 다른 완충액으로 각각 3번의 5분 세척을 거칩니다. 모든 바인딩 및 세척은 부드러운 회전으로 실온에서 수행됩니다. 그런 다음 비드는 물에 재현탁되고 16주기의 PCR 증폭으로 증폭됩니다. PCR 제품은 AMPure XP 비드를 사용하여 정제됩니다. 페어 엔드 38bp 시퀀싱은 NextSeq-500 기기에서 수행됩니다.
연구 유형
관찰
등록 (예상)
100
연락처 및 위치
이 섹션에서는 연구를 수행하는 사람들의 연락처 정보와 이 연구가 수행되는 장소에 대한 정보를 제공합니다.
연구 장소
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Beijing, 중국, 100044
- 모병
- Peking University People's Hospital
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참여기준
연구원은 적격성 기준이라는 특정 설명에 맞는 사람을 찾습니다. 이러한 기준의 몇 가지 예는 개인의 일반적인 건강 상태 또는 이전 치료입니다.
자격 기준
공부할 수 있는 나이
10년 이상 (성인, OLDER_ADULT, 어린이)
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
아니
연구 대상 성별
모두
샘플링 방법
비확률 샘플
연구 인구
생검 결과 10세 이상이어야 하고 골육종에 대한 일상적인 화학 프로토콜을 완료할 수 있는 고급 골육종이 등록될 수 있음이 입증되었습니다.
설명
포함 기준:
- 1) 조직학적으로 확인된 고도 골육종;
- 2) 10세 이상
- 3) 북경대학교 인민병원 근골격계종양센터에서 초기 치료;
- 4) 혈청 샘플을 사용할 수 있습니다.
- 5) 선행 보조 화학요법 및 최소 8주기의 보조 화학요법을 완료함;
- 6) Eastern Cooperative Oncology Group 수행 상태가 0 또는 1이고 3개월보다 더 오래 살 것으로 예상됨;
- 7) 허용 가능한 혈액, 간 및 신장 기능.
제외 기준:
- 1) 혈청 샘플이 적격하지 않습니다.
- 2) 신 보조 화학 요법 또는 최소 4개월 보조 화학 요법을 완료할 수 없는 환자;
- 3) 후속 조치를 잃었습니다.
공부 계획
이 섹션에서는 연구 설계 방법과 연구가 측정하는 내용을 포함하여 연구 계획에 대한 세부 정보를 제공합니다.
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
코호트 및 개입
그룹/코호트 |
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관찰 그룹
한 그룹의 참가자가 관찰 중입니다.
이 재판에는 두 단계가 있습니다.
1단계: 40명의 참가자가 등록됩니다.
후성유전학적 cfDNA 라이브러리가 구축된 경우에만 조사자는 Phase II로 넘어갑니다.
또 다른 60명의 참가자가 추가 분석을 위해 등록됩니다.
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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조직학적 반응
기간: 2 개월
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골육종의 경우 모든 참가자에 대해 종양 괴사율을 측정합니다.
병리학적 검사에서 수술 표본을 주의 깊게 연구하고 절단했습니다.
이 평가에는 종양의 전체 범위를 설정하고[26, 27] 연조직 구성 요소와 외과적 절제선을 기록하는 것이 포함되었습니다[27].
평균 10-20개의 조직학적 표본을 각각의 일괄 절제에서 검사하여 골육종의 골수강 위아래 확장을 기술하고 종양에 대한 화학 요법의 효과를 연구했습니다(생존 가능, 부분적, 대부분 또는 완전 괴사). , 그런 다음 종이에 설명된 대로 종양 괴사율로 계산되었습니다.
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2 개월
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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객관적 응답률
기간: 2 개월
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RECIST 1.1에 따라 완전 응답 및 부분 응답 기준을 충족하는 참가자.
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2 개월
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무진행 생존
기간: 2 년
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무진행 생존(PFS)은 화학 요법 시작부터 첫 번째 진행까지 계산됩니다.
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2 년
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전반적인 생존
기간: 5 년
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전체 생존(OS)은 화학 요법 시작부터 사망까지 계산됩니다.
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5 년
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공동 작업자 및 조사자
여기에서 이 연구와 관련된 사람과 조직을 찾을 수 있습니다.
간행물 및 유용한 링크
연구에 대한 정보 입력을 담당하는 사람이 자발적으로 이러한 간행물을 제공합니다. 이것은 연구와 관련된 모든 것에 관한 것일 수 있습니다.
일반 간행물
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- Bielack S, Jurgens H, Jundt G, Kevric M, Kuhne T, Reichardt P, Zoubek A, Werner M, Winkelmann W, Kotz R. Osteosarcoma: the COSS experience. Cancer Treat Res. 2009;152:289-308. doi: 10.1007/978-1-4419-0284-9_15.
- Marina NM, Smeland S, Bielack SS, Bernstein M, Jovic G, Krailo MD, Hook JM, Arndt C, van den Berg H, Brennan B, Brichard B, Brown KLB, Butterfass-Bahloul T, Calaminus G, Daldrup-Link HE, Eriksson M, Gebhardt MC, Gelderblom H, Gerss J, Goldsby R, Goorin A, Gorlick R, Grier HE, Hale JP, Hall KS, Hardes J, Hawkins DS, Helmke K, Hogendoorn PCW, Isakoff MS, Janeway KA, Jurgens H, Kager L, Kuhne T, Lau CC, Leavey PJ, Lessnick SL, Mascarenhas L, Meyers PA, Mottl H, Nathrath M, Papai Z, Randall RL, Reichardt P, Renard M, Safwat AA, Schwartz CL, Stevens MCG, Strauss SJ, Teot L, Werner M, Sydes MR, Whelan JS. Comparison of MAPIE versus MAP in patients with a poor response to preoperative chemotherapy for newly diagnosed high-grade osteosarcoma (EURAMOS-1): an open-label, international, randomised controlled trial. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1396-1408. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30214-5. Epub 2016 Aug 25.
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- Chapman CG, Mariani CJ, Wu F, Meckel K, Butun F, Chuang A, Madzo J, Bissonnette MB, Kwon JH, Godley LA. TET-catalyzed 5-hydroxymethylcytosine regulates gene expression in differentiating colonocytes and colon cancer. Sci Rep. 2015 Dec 3;5:17568. doi: 10.1038/srep17568. Erratum In: Sci Rep. 2016 Apr 28;6:24963.
연구 기록 날짜
이 날짜는 ClinicalTrials.gov에 대한 연구 기록 및 요약 결과 제출의 진행 상황을 추적합니다. 연구 기록 및 보고된 결과는 공개 웹사이트에 게시되기 전에 특정 품질 관리 기준을 충족하는지 확인하기 위해 국립 의학 도서관(NLM)에서 검토합니다.
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
2017년 9월 1일
기본 완료 (예상)
2018년 10월 30일
연구 완료 (예상)
2018년 12월 31일
연구 등록 날짜
최초 제출
2017년 11월 6일
QC 기준을 충족하는 최초 제출
2017년 11월 6일
처음 게시됨 (실제)
2017년 11월 8일
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
2017년 11월 13일
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
2017년 11월 8일
마지막으로 확인됨
2017년 11월 1일
추가 정보
이 연구와 관련된 용어
추가 관련 MeSH 약관
기타 연구 ID 번호
- CBTRA-02
개별 참가자 데이터(IPD) 계획
개별 참가자 데이터(IPD)를 공유할 계획입니까?
미정
IPD 계획 설명
이 연구의 연구자들은 IPD를 공유하고자 합니다.
단, IPD 공유를 위해서는 타 협력기관의 동의가 필요합니다.
약물 및 장치 정보, 연구 문서
미국 FDA 규제 의약품 연구
아니
미국 FDA 규제 기기 제품 연구
아니
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