Biomarqueur épigénétique de l'ostéosarcome
8 novembre 2017 mis à jour par: Peking University People's Hospital
Identification des biomarqueurs épigénétiques du sang périphérique des patients atteints d'ostéosarcome sur la base de la technique hMe-Seal
hMe-Seal est une méthode de séquençage 5hmC sans cellule du génome entier à faible apport basée sur un marquage chimique sélectif.
Il utilise la β-glucosyltransférase (βGT) pour marquer sélectivement le 5hmC avec une biotine via un glucose modifié par un azide pour le pull-down des fragments d'ADN contenant du 5hmC pour le séquençage.
Après avoir construit sélectivement la bibliothèque 5hmC, le séquençage à haut débit sera effectué sur un instrument Illumina Nextseq-500.
Grâce au traitement des données brutes, des locus différentiels entre le groupe d'ostéosarcome et le groupe témoin seront détectés pour identifier des biomarqueurs épigénétiques spécifiques de l'ostéosarcome.
Aperçu de l'étude
Statut
Inconnue
Description détaillée
L'investigateur souhaite recruter 100 participants à l'ostéosarcome initialement traités au Centre des tumeurs musculosquelettiques de l'Hôpital populaire de l'Université de Pékin (PKUPH). Tous ces participants suivront le protocole de chimio pour l'ostéosarcome dans PKUPH.8 ml de sang périphérique seront prélevés avant chaque cycle de chimiothérapie pour une analyse plus approfondie. Après la chirurgie définitive, les participants devront prélever 8 ml de sang périphérique tous les 2 mois pendant 6 mois. Un total de 6 prises de sang devra être effectué.
Dans l'approche hMe-Seal, le sang périphérique est collecté dans des Vacutainers revêtus d'EDTA. Le plasma est prélevé à partir des échantillons de sang après centrifugation à 1 600 × g pendant 10 min à 4 °C et 16 000 × g pendant 10 min à 4 °C. Le CfDNA est extrait à l'aide du kit d'acide nucléique circulant (QIAGEN). Après cela, le cfDNA (1-10 ng) est réparé, 3'-adénylé et ligaturé aux codes-barres d'ADN à l'aide du kit KAPA Hyper Prep (Kapa Biosystems). L'ADN ligaturé est incubé dans une solution contenant du tampon HEPES, UDP-6-N3-Glc et βGT. Après cela, DBCO-PEG4-biotine est directement ajouté au mélange réactionnel. Ensuite, l'ADN est purifié par Micro Bio-Spin 30 Column (Bio-Rad). L'ADN purifié est incubé avec des billes de Streptavidine M270 (Life Technologies) dans un tampon spécifique. Les perles sont ensuite soumises à trois lavages de 5 minutes chacun avec quatre types de tampons différents. Toutes les reliures et tous les lavages sont effectués à température ambiante avec une rotation douce. Les billes sont ensuite remises en suspension dans de l'eau et amplifiées avec 16 cycles d'amplification PCR. Les produits de PCR sont purifiés à l'aide de billes AMPure XP. Le séquençage de 38 pb de fin de paire est effectué sur l'instrument NextSeq-500.
Type d'étude
Observationnel
Inscription (Anticipé)
100
Contacts et emplacements
Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.
Lieux d'étude
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Beijing, Chine, 100044
- Recrutement
- Peking University People's Hospital
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Critères de participation
Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
10 ans et plus (ADULTE, OLDER_ADULT, ENFANT)
Accepte les volontaires sains
Non
Sexes éligibles pour l'étude
Tout
Méthode d'échantillonnage
Échantillon non probabiliste
Population étudiée
La biopsie a prouvé que l'ostéosarcome de haut grade, qui devrait être âgé de plus de 10 ans et pourrait compléter le protocole de chimiothérapie de routine pour l'ostéosarcome, pourrait être inscrit.
La description
Critère d'intégration:
- 1) ostéosarcome de haut grade confirmé histologiquement ;
- 2) plus de 10 ans ;
- 3) initialement traité au Centre des tumeurs musculo-squelettiques de l'Hôpital populaire de l'Université de Pékin ;
- 4) Des échantillons de sérum sont disponibles ;
- 5) avoir terminé une chimiothérapie néo-adjuvante et au moins 8 cycles de chimiothérapie adjuvante ;
- 6) devrait vivre plus de 3 mois avec un indice de performance Eastern Cooperative Oncology Group de 0 ou 1 ;
- 7) une fonction hématologique, hépatique et rénale acceptable.
Critère d'exclusion:
- 1) Les échantillons de sérum ne sont pas qualifiés ;
- 2) Patients qui n'ont pas pu terminer une chimiothérapie néo-adjuvante ou une chimiothérapie adjuvante d'au moins 4 mois ;
- 3) perdu de vue.
Plan d'étude
Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
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groupe d'observation
Un groupe de participants est sous observation.
Ce procès comporte deux phases.
Phase I : 40 participants seront inscrits.
Ce n'est que si la bibliothèque épigénétique de cfDNA a été construite que les chercheurs passeraient à la phase II.
60 autres participants seront inscrits pour une analyse plus approfondie.
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Réponse histologique
Délai: 2 mois
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Pour l'ostéosarcome, le taux de nécrose tumorale sera effectué pour chaque participant.
Lors de l'examen anatomopathologique, les pièces opératoires ont été soigneusement étudiées et sectionnées.
Cette évaluation comprenait l'établissement de l'étendue brute de la tumeur [26, 27] et la notation de sa composante de tissu mou et des lignes de résection chirurgicale [27].
Une moyenne de 10 à 20 spécimens histologiques ont été examinés dans chacune des résections en bloc pour délimiter l'extension de l'ostéosarcome vers le haut et vers le bas de la cavité médullaire et pour étudier les effets de la chimiothérapie sur la tumeur (viable, partiellement, en grande partie ou totalement nécrotique) , qui ont ensuite été calculés en tant que taux de nécrose tumorale comme décrit dans l'article.
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2 mois
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Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Taux de réponse objective
Délai: 2 mois
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Selon RECIST 1.1, les participants qui répondent aux critères de réponse complète et de réponse partielle.
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2 mois
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Survie sans progression
Délai: 2 années
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La survie sans progression (SSP) sera calculée du début de la chimiothérapie à la première progression.
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2 années
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La survie globale
Délai: 5 années
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La survie globale (SG) sera calculée du début de la chimiothérapie jusqu'au décès.
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5 années
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Collaborateurs et enquêteurs
C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.
Parrainer
Publications et liens utiles
La personne responsable de la saisie des informations sur l'étude fournit volontairement ces publications. Il peut s'agir de tout ce qui concerne l'étude.
Publications générales
- Bernthal NM, Federman N, Eilber FR, Nelson SD, Eckardt JJ, Eilber FC, Tap WD. Long-term results (>25 years) of a randomized, prospective clinical trial evaluating chemotherapy in patients with high-grade, operable osteosarcoma. Cancer. 2012 Dec 1;118(23):5888-93. doi: 10.1002/cncr.27651. Epub 2012 May 30.
- Bielack S, Jurgens H, Jundt G, Kevric M, Kuhne T, Reichardt P, Zoubek A, Werner M, Winkelmann W, Kotz R. Osteosarcoma: the COSS experience. Cancer Treat Res. 2009;152:289-308. doi: 10.1007/978-1-4419-0284-9_15.
- Marina NM, Smeland S, Bielack SS, Bernstein M, Jovic G, Krailo MD, Hook JM, Arndt C, van den Berg H, Brennan B, Brichard B, Brown KLB, Butterfass-Bahloul T, Calaminus G, Daldrup-Link HE, Eriksson M, Gebhardt MC, Gelderblom H, Gerss J, Goldsby R, Goorin A, Gorlick R, Grier HE, Hale JP, Hall KS, Hardes J, Hawkins DS, Helmke K, Hogendoorn PCW, Isakoff MS, Janeway KA, Jurgens H, Kager L, Kuhne T, Lau CC, Leavey PJ, Lessnick SL, Mascarenhas L, Meyers PA, Mottl H, Nathrath M, Papai Z, Randall RL, Reichardt P, Renard M, Safwat AA, Schwartz CL, Stevens MCG, Strauss SJ, Teot L, Werner M, Sydes MR, Whelan JS. Comparison of MAPIE versus MAP in patients with a poor response to preoperative chemotherapy for newly diagnosed high-grade osteosarcoma (EURAMOS-1): an open-label, international, randomised controlled trial. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1396-1408. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30214-5. Epub 2016 Aug 25.
- Duchman KR, Gao Y, Miller BJ. Prognostic factors for survival in patients with high-grade osteosarcoma using the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program database. Cancer Epidemiol. 2015 Aug;39(4):593-9. doi: 10.1016/j.canep.2015.05.001. Epub 2015 May 20.
- Tang XD, Guo W, Yang RL, Yang Y, Ji T. [Limb salvage surgery for osteosarcoma around the knee in children and adolescent patients]. Zhonghua Wai Ke Za Zhi. 2007 May 15;45(10):669-72. Chinese.
- Xie L, Guo W, Tang X, Yang Y, Xu J. Effects of Arsenic Trioxide on Minor Progressive High-Grade Osteosarcoma of the Extremities Metastatic to the Lung: Results of 39 Patients Treated in a Single Institution. Case Rep Oncol. 2016 Oct 17;9(3):610-628. doi: 10.1159/000448705. eCollection 2016 Sep-Dec.
- Guo W, Sun X, Ji T, Tang X. Outcome of surgical treatment of pelvic osteosarcoma. J Surg Oncol. 2012 Sep 15;106(4):406-10. doi: 10.1002/jso.23076. Epub 2012 Feb 27.
- Fei D, Li Y, Zhao D, Zhao K, Dai L, Gao Z. Serum miR-9 as a prognostic biomarker in patients with osteosarcoma. J Int Med Res. 2014 Aug;42(4):932-7. doi: 10.1177/0300060514534643. Epub 2014 Jun 24.
- Fu HL, Shao L, Wang Q, Jia T, Li M, Yang DP. A systematic review of p53 as a biomarker of survival in patients with osteosarcoma. Tumour Biol. 2013 Dec;34(6):3817-21. doi: 10.1007/s13277-013-0966-x. Epub 2013 Sep 7.
- Bachman M, Uribe-Lewis S, Yang X, Williams M, Murrell A, Balasubramanian S. 5-Hydroxymethylcytosine is a predominantly stable DNA modification. Nat Chem. 2014 Dec;6(12):1049-55. doi: 10.1038/nchem.2064. Epub 2014 Sep 21.
- Valinluck V, Tsai HH, Rogstad DK, Burdzy A, Bird A, Sowers LC. Oxidative damage to methyl-CpG sequences inhibits the binding of the methyl-CpG binding domain (MBD) of methyl-CpG binding protein 2 (MeCP2). Nucleic Acids Res. 2004 Aug 9;32(14):4100-8. doi: 10.1093/nar/gkh739. Print 2004.
- Chapman CG, Mariani CJ, Wu F, Meckel K, Butun F, Chuang A, Madzo J, Bissonnette MB, Kwon JH, Godley LA. TET-catalyzed 5-hydroxymethylcytosine regulates gene expression in differentiating colonocytes and colon cancer. Sci Rep. 2015 Dec 3;5:17568. doi: 10.1038/srep17568. Erratum In: Sci Rep. 2016 Apr 28;6:24963.
Dates d'enregistrement des études
Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (RÉEL)
1 septembre 2017
Achèvement primaire (ANTICIPÉ)
30 octobre 2018
Achèvement de l'étude (ANTICIPÉ)
31 décembre 2018
Dates d'inscription aux études
Première soumission
6 novembre 2017
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
6 novembre 2017
Première publication (RÉEL)
8 novembre 2017
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (RÉEL)
13 novembre 2017
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
8 novembre 2017
Dernière vérification
1 novembre 2017
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- CBTRA-02
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
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INDÉCIS
Description du régime IPD
Les enquêteurs de cette étude aimeraient partager IPD.
Cependant, le consentement d'une autre institution coopérative sera nécessaire pour le partage d'IPD.
Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Non
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
Non
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