Epigenetisk biomarkör för osteosarkom
8 november 2017 uppdaterad av: Peking University People's Hospital
Identifiera epigenetiska biomarkörer från perifert blod från osteosarkompatienter baserat på hMe-Seal-teknik
hMe-Seal är en cellfri 5hmC-sekvenseringsmetod för helgenom med låg ingång baserad på selektiv kemisk märkning.
Den använder β-glukosyltransferas (βGT) för att selektivt märka 5hmC med ett biotin via en azidmodifierad glukos för neddragning av 5hmC-innehållande DNA-fragment för sekvensering.
Efter selektiv konstruktion av 5hmC-biblioteket kommer highthroughput-sekvensering att utföras på ett Illumina Nextseq-500-instrument.
Med hjälp av Rawdata-bearbetning kommer differentiella loci mellan osteosarkomgrupp och kontrollgrupp att detekteras för att identifiera specifika epigenetiska biomarkörer för osteosarkom.
Studieöversikt
Status
Okänd
Detaljerad beskrivning
Utredaren vill registrera 100 osteosarkomdeltagare som initialt behandlades i Musculoskeletal Tumor Center vid Peking University People's Hospital (PKUPH). Alla dessa deltagare kommer att följa kemoprotokollet för osteosarkom i PKUPH.8 ml perifert blod skulle tas före varje cykel av kemoterapi för vidare analys. Efter definitiv operation kommer deltagarna att behöva ta 8 ml perifert blod varannan månad i 6 månader. Totalt 6 gånger av blodtagning kommer att behöva göras.
I hMe-Seal-metoden samlas perifert blod upp i EDTA-belagda Vacutainers. Plasma samlas in från blodproverna efter centrifugering vid 1 600 × g under 10 minuter vid 4 °C och 16 000 × g vid 10 minuter vid 4 °C. CfDNA extraheras med hjälp av Circulating Nucleic Acid Kit (QIAGEN). Därefter slutrepareras cfDNA (1-10 ng), 3'-adenyleras och ligeras till DNA-streckkoder med användning av KAPA Hyper Prep Kit (Kapa Biosystems). Ligerat DNA inkuberas i en lösning innehållande HEPES-buffert, UDP-6-N3-Glc och PGT. Därefter tillsätts DBCO-PEG4-biotin direkt till reaktionsblandningen. Därefter renas DNA med Micro Bio-Spin 30 Column (Bio-Rad). Det renade DNA:t inkuberas med M270 Streptavidin-pärlor (Life Technologies) i specifik buffert. Pärlorna genomgår därefter tre 5-minuterstvättar vardera med fyra sorters olika buffertar. All bindning och tvätt görs i rumstemperatur med försiktig rotation. Pärlor återsuspenderas sedan i vatten och amplifieras med 16 cykler av PCR-amplifiering. PCR-produkterna renas med användning av AMPure XP-kulor. Pair-end 38bp-sekvensering utförs på NextSeq-500-instrumentet.
Studietyp
Observationell
Inskrivning (Förväntat)
100
Kontakter och platser
Det här avsnittet innehåller kontaktuppgifter för dem som genomför studien och information om var denna studie genomförs.
Studiekontakt
- Namn: Jie Xu, M.D
- Telefonnummer: +86-15901040835
- E-post: xujie_pkuph@sina.com
Studieorter
-
-
-
Beijing, Kina, 100044
- Rekrytering
- Peking University People's Hospital
-
-
Deltagandekriterier
Forskare letar efter personer som passar en viss beskrivning, så kallade behörighetskriterier. Några exempel på dessa kriterier är en persons allmänna hälsotillstånd eller tidigare behandlingar.
Urvalskriterier
Åldrar som är berättigade till studier
10 år och äldre (VUXEN, OLDER_ADULT, BARN)
Tar emot friska volontärer
Nej
Kön som är behöriga för studier
Allt
Testmetod
Icke-sannolikhetsprov
Studera befolkning
Biopsi visade att höggradigt osteosarkom, som borde vara äldre än 10 år och kunde slutföra rutinmässigt kemoprotokoll för osteosarkom, kunde bli inskrivet.
Beskrivning
Inklusionskriterier:
- 1) histologiskt bekräftat höggradigt osteosarkom;
- 2) äldre än 10 år;
- 3) initialt behandlad i Musculoskeletal Tumor Center vid Peking University People's Hospital;
- 4) Serumprover finns tillgängliga;
- 5) avslutad neo-adjuvant kemoterapi och minst 8 cykler av adjuvant kemoterapi;
- 6) förväntas leva längre än 3 månader med Eastern Cooperative Oncology Groups prestationsstatus på 0 eller 1;
- 7) acceptabel hematologisk funktion, lever- och njurfunktion.
Exklusions kriterier:
- 1) Serumprover är inte kvalificerade;
- 2) Patienter som inte kunde fullfölja neo-adjuvant kemoterapi eller åtminstone 4-månaders adjuvant kemoterapi;
- 3) förlorade mot uppföljning.
Studieplan
Det här avsnittet ger detaljer om studieplanen, inklusive hur studien är utformad och vad studien mäter.
Hur är studien utformad?
Designdetaljer
Kohorter och interventioner
Grupp / Kohort |
|---|
|
observationsgrupp
En grupp deltagare är under observation.
Denna rättegång har två faser.
Fas I: 40 deltagare kommer att anmälas.
Endast om ett epigenetiskt cfDNA-bibliotek har byggts skulle utredarna gå vidare till fas II.
Ytterligare 60 deltagare kommer att skrivas in för vidare analys.
|
Vad mäter studien?
Primära resultatmått
Resultatmått |
Åtgärdsbeskrivning |
Tidsram |
|---|---|---|
|
Histologiskt svar
Tidsram: 2 månader
|
För osteosarkom kommer tumörnekrosfrekvens att göras för varje deltagare.
Vid patologisk undersökning studerades de kirurgiska proverna noggrant och snittades.
Denna utvärdering inkluderade fastställande av tumörens bruttoomfattning [26, 27] och notering av dess mjukdelskomponent och kirurgiska resektionslinjer [27].
I genomsnitt 10-20 histologiska prover undersöktes i var och en av en bloc-resektionerna för att avgränsa förlängningen av osteosarkom upp och ner i märghålan och för att studera effekterna av kemoterapi på tumören (viabla, delvis, till stor del eller helt nekrotisk) , som sedan beräknades som tumörnekroshastighet enligt beskrivningen i papper.
|
2 månader
|
Sekundära resultatmått
Resultatmått |
Åtgärdsbeskrivning |
Tidsram |
|---|---|---|
|
Objektiv svarsfrekvens
Tidsram: 2 månader
|
Enligt RECIST 1.1, deltagare som uppfyller kriterierna för fullständig respons och partiell respons.
|
2 månader
|
|
Progressionsfri överlevnad
Tidsram: 2 år
|
Progressionsfri överlevnad (PFS) kommer att beräknas från början av kemoterapi till första progression.
|
2 år
|
|
Total överlevnad
Tidsram: 5 år
|
Total överlevnad (OS) kommer att beräknas från starten av kemoterapi till döden.
|
5 år
|
Samarbetspartners och utredare
Det är här du hittar personer och organisationer som är involverade i denna studie.
Publikationer och användbara länkar
Den som ansvarar för att lägga in information om studien tillhandahåller frivilligt dessa publikationer. Dessa kan handla om allt som har med studien att göra.
Allmänna publikationer
- Bernthal NM, Federman N, Eilber FR, Nelson SD, Eckardt JJ, Eilber FC, Tap WD. Long-term results (>25 years) of a randomized, prospective clinical trial evaluating chemotherapy in patients with high-grade, operable osteosarcoma. Cancer. 2012 Dec 1;118(23):5888-93. doi: 10.1002/cncr.27651. Epub 2012 May 30.
- Bielack S, Jurgens H, Jundt G, Kevric M, Kuhne T, Reichardt P, Zoubek A, Werner M, Winkelmann W, Kotz R. Osteosarcoma: the COSS experience. Cancer Treat Res. 2009;152:289-308. doi: 10.1007/978-1-4419-0284-9_15.
- Marina NM, Smeland S, Bielack SS, Bernstein M, Jovic G, Krailo MD, Hook JM, Arndt C, van den Berg H, Brennan B, Brichard B, Brown KLB, Butterfass-Bahloul T, Calaminus G, Daldrup-Link HE, Eriksson M, Gebhardt MC, Gelderblom H, Gerss J, Goldsby R, Goorin A, Gorlick R, Grier HE, Hale JP, Hall KS, Hardes J, Hawkins DS, Helmke K, Hogendoorn PCW, Isakoff MS, Janeway KA, Jurgens H, Kager L, Kuhne T, Lau CC, Leavey PJ, Lessnick SL, Mascarenhas L, Meyers PA, Mottl H, Nathrath M, Papai Z, Randall RL, Reichardt P, Renard M, Safwat AA, Schwartz CL, Stevens MCG, Strauss SJ, Teot L, Werner M, Sydes MR, Whelan JS. Comparison of MAPIE versus MAP in patients with a poor response to preoperative chemotherapy for newly diagnosed high-grade osteosarcoma (EURAMOS-1): an open-label, international, randomised controlled trial. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1396-1408. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30214-5. Epub 2016 Aug 25.
- Duchman KR, Gao Y, Miller BJ. Prognostic factors for survival in patients with high-grade osteosarcoma using the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program database. Cancer Epidemiol. 2015 Aug;39(4):593-9. doi: 10.1016/j.canep.2015.05.001. Epub 2015 May 20.
- Tang XD, Guo W, Yang RL, Yang Y, Ji T. [Limb salvage surgery for osteosarcoma around the knee in children and adolescent patients]. Zhonghua Wai Ke Za Zhi. 2007 May 15;45(10):669-72. Chinese.
- Xie L, Guo W, Tang X, Yang Y, Xu J. Effects of Arsenic Trioxide on Minor Progressive High-Grade Osteosarcoma of the Extremities Metastatic to the Lung: Results of 39 Patients Treated in a Single Institution. Case Rep Oncol. 2016 Oct 17;9(3):610-628. doi: 10.1159/000448705. eCollection 2016 Sep-Dec.
- Guo W, Sun X, Ji T, Tang X. Outcome of surgical treatment of pelvic osteosarcoma. J Surg Oncol. 2012 Sep 15;106(4):406-10. doi: 10.1002/jso.23076. Epub 2012 Feb 27.
- Fei D, Li Y, Zhao D, Zhao K, Dai L, Gao Z. Serum miR-9 as a prognostic biomarker in patients with osteosarcoma. J Int Med Res. 2014 Aug;42(4):932-7. doi: 10.1177/0300060514534643. Epub 2014 Jun 24.
- Fu HL, Shao L, Wang Q, Jia T, Li M, Yang DP. A systematic review of p53 as a biomarker of survival in patients with osteosarcoma. Tumour Biol. 2013 Dec;34(6):3817-21. doi: 10.1007/s13277-013-0966-x. Epub 2013 Sep 7.
- Bachman M, Uribe-Lewis S, Yang X, Williams M, Murrell A, Balasubramanian S. 5-Hydroxymethylcytosine is a predominantly stable DNA modification. Nat Chem. 2014 Dec;6(12):1049-55. doi: 10.1038/nchem.2064. Epub 2014 Sep 21.
- Valinluck V, Tsai HH, Rogstad DK, Burdzy A, Bird A, Sowers LC. Oxidative damage to methyl-CpG sequences inhibits the binding of the methyl-CpG binding domain (MBD) of methyl-CpG binding protein 2 (MeCP2). Nucleic Acids Res. 2004 Aug 9;32(14):4100-8. doi: 10.1093/nar/gkh739. Print 2004.
- Chapman CG, Mariani CJ, Wu F, Meckel K, Butun F, Chuang A, Madzo J, Bissonnette MB, Kwon JH, Godley LA. TET-catalyzed 5-hydroxymethylcytosine regulates gene expression in differentiating colonocytes and colon cancer. Sci Rep. 2015 Dec 3;5:17568. doi: 10.1038/srep17568. Erratum In: Sci Rep. 2016 Apr 28;6:24963.
Studieavstämningsdatum
Dessa datum spårar framstegen för inlämningar av studieposter och sammanfattande resultat till ClinicalTrials.gov. Studieposter och rapporterade resultat granskas av National Library of Medicine (NLM) för att säkerställa att de uppfyller specifika kvalitetskontrollstandarder innan de publiceras på den offentliga webbplatsen.
Studera stora datum
Studiestart (FAKTISK)
1 september 2017
Primärt slutförande (FÖRVÄNTAT)
30 oktober 2018
Avslutad studie (FÖRVÄNTAT)
31 december 2018
Studieregistreringsdatum
Först inskickad
6 november 2017
Först inskickad som uppfyllde QC-kriterierna
6 november 2017
Första postat (FAKTISK)
8 november 2017
Uppdateringar av studier
Senaste uppdatering publicerad (FAKTISK)
13 november 2017
Senaste inskickade uppdateringen som uppfyllde QC-kriterierna
8 november 2017
Senast verifierad
1 november 2017
Mer information
Termer relaterade till denna studie
Nyckelord
Ytterligare relevanta MeSH-villkor
Andra studie-ID-nummer
- CBTRA-02
Plan för individuella deltagardata (IPD)
Planerar du att dela individuella deltagardata (IPD)?
OBESLUTSAM
IPD-planbeskrivning
Utredarna av denna studie skulle vilja dela IPD.
Men andra kooperativa institutioners samtycke kommer att behövas för att dela IPD.
Läkemedels- och apparatinformation, studiedokument
Studerar en amerikansk FDA-reglerad läkemedelsprodukt
Nej
Studerar en amerikansk FDA-reglerad produktprodukt
Nej
Denna information hämtades direkt från webbplatsen clinicaltrials.gov utan några ändringar. Om du har några önskemål om att ändra, ta bort eller uppdatera dina studieuppgifter, vänligen kontakta register@clinicaltrials.gov. Så snart en ändring har implementerats på clinicaltrials.gov, kommer denna att uppdateras automatiskt även på vår webbplats .