Epigenetischer Biomarker für Osteosarkom
8. November 2017 aktualisiert von: Peking University People's Hospital
Identifizierung epigenetischer Biomarker aus peripherem Blut von Osteosarkompatienten basierend auf der hMe-Seal-Technik
hMe-Seal ist eine zellfreie 5hmC-Sequenzierungsmethode für das gesamte Genom mit geringem Aufwand, die auf selektiver chemischer Markierung basiert.
Es verwendet β-Glucosyltransferase (βGT), um 5hmC selektiv mit einem Biotin über eine Azid-modifizierte Glucose zu markieren, um 5hmC-enthaltende DNA-Fragmente für die Sequenzierung herunterzuziehen.
Nach dem selektiven Aufbau einer 5hmC-Bibliothek wird die Hochdurchsatz-Sequenzierung auf einem Illumina Nextseq-500-Instrument durchgeführt.
Mittels Rohdatenverarbeitung werden unterschiedliche Loci zwischen der Osteosarkom-Gruppe und der Kontrollgruppe detektiert, um spezifische epigenetische Biomarker des Osteosarkoms zu identifizieren.
Studienübersicht
Status
Unbekannt
Detaillierte Beschreibung
Der Ermittler möchte 100 Osteosarkom-Teilnehmer einschreiben, die ursprünglich im Muskel-Skelett-Tumorzentrum des Volkskrankenhauses der Universität Peking (PKUPH) behandelt wurden. Alle diese Teilnehmer werden das Chemoprotokoll für Osteosarkom bei PKUPH befolgen. Vor jedem Chemotherapiezyklus würden 8 ml peripheres Blut zur weiteren Analyse entnommen. Nach der endgültigen Operation müssen die Teilnehmer 6 Monate lang alle 2 Monate 8 ml peripheres Blut entnehmen. Es müssen insgesamt 6 Blutentnahmen durchgeführt werden.
Beim hMe-Seal-Ansatz wird peripheres Blut in EDTA-beschichtete Vacutainer gesammelt. Plasma wird aus den Blutproben nach Zentrifugation bei 1 600 × g für 10 min bei 4 °C und 16 000 × g für 10 min bei 4 °C gewonnen. CfDNA wird mit dem Circulating Nucleic Acid Kit (QIAGEN) extrahiert. Danach wird die cfDNA (1–10 ng) am Ende repariert, 3'-adenyliert und mit dem KAPA Hyper Prep Kit (Kapa Biosystems) an DNA-Barcodes ligiert. Ligierte DNA wird in einer Lösung inkubiert, die HEPES-Puffer, UDP-6-N3-Glc und βGT enthält. Danach wird DBCO-PEG4-Biotin direkt zum Reaktionsgemisch gegeben. Als nächstes wird DNA durch Micro Bio-Spin 30 Column (Bio-Rad) gereinigt. Die gereinigte DNA wird mit M270-Streptavidin-Kügelchen (Life Technologies) in spezifischem Puffer inkubiert. Die Kügelchen werden anschließend drei 5-minütigen Waschvorgängen mit jeweils vier Arten unterschiedlicher Puffer unterzogen. Alle Binden und Waschen werden bei Raumtemperatur mit sanfter Rotation durchgeführt. Die Kügelchen werden dann in Wasser resuspendiert und mit 16 PCR-Amplifikationszyklen amplifiziert. Die PCR-Produkte werden mit AMPure XP-Beads gereinigt. Pair-End-38-bp-Sequenzierung wird auf dem NextSeq-500-Gerät durchgeführt.
Studientyp
Beobachtungs
Einschreibung (Voraussichtlich)
100
Kontakte und Standorte
Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.
Studienorte
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-
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Beijing, China, 100044
- Rekrutierung
- Peking University People's Hospital
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Teilnahmekriterien
Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.
Zulassungskriterien
Studienberechtigtes Alter
10 Jahre und älter (ERWACHSENE, OLDER_ADULT, KIND)
Akzeptiert gesunde Freiwillige
Nein
Studienberechtigte Geschlechter
Alle
Probenahmeverfahren
Nicht-Wahrscheinlichkeitsprobe
Studienpopulation
Durch Biopsie nachgewiesenes hochgradiges Osteosarkom, das älter als 10 Jahre sein sollte und das routinemäßige Chemoprotokoll für Osteosarkom absolvieren konnte, konnte aufgenommen werden.
Beschreibung
Einschlusskriterien:
- 1) histologisch bestätigtes hochgradiges Osteosarkom;
- 2) älter als 10 Jahre;
- 3) anfangs behandelt im Muskel-Skelett-Tumorzentrum des Volkskrankenhauses der Universität Peking;
- 4) Serumproben sind verfügbar;
- 5) abgeschlossene neoadjuvante Chemotherapie und mindestens 8 Zyklen adjuvanter Chemotherapie;
- 6) voraussichtlich länger als 3 Monate leben mit einem Leistungsstatus der Eastern Cooperative Oncology Group von 0 oder 1;
- 7) akzeptable hämatologische, Leber- und Nierenfunktion.
Ausschlusskriterien:
- 1) Serumproben sind nicht qualifiziert;
- 2) Patienten, die eine neoadjuvante Chemotherapie oder eine mindestens 4-monatige adjuvante Chemotherapie nicht abschließen konnten;
- 3) für die Nachverfolgung verloren.
Studienplan
Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.
Wie ist die Studie aufgebaut?
Designdetails
Kohorten und Interventionen
Gruppe / Kohorte |
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Beobachtungsgruppe
Eine Gruppe von Teilnehmern steht unter Beobachtung.
Diese Studie hat zwei Phasen.
Phase I: 40 Teilnehmer werden eingeschrieben.
Erst wenn eine epigenetische cfDNA-Bibliothek aufgebaut wurde, würden die Forscher mit Phase II fortfahren.
Weitere 60 Teilnehmer werden für weitere Analysen aufgenommen.
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Was misst die Studie?
Primäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
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Histologische Reaktion
Zeitfenster: 2 Monate
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Für Osteosarkom wird die Tumornekroserate für jeden Teilnehmer durchgeführt.
Bei der pathologischen Untersuchung wurden die chirurgischen Proben sorgfältig untersucht und geschnitten.
Diese Bewertung umfasste die Feststellung der groben Ausdehnung des Tumors[26, 27] und die Feststellung seiner Weichteilkomponente und der Linien der chirurgischen Resektion[27].
Durchschnittlich 10–20 histologische Proben wurden in jeder der en bloc-Resektionen untersucht, um die Ausdehnung des Osteosarkoms in der Markhöhle nach oben und unten zu beschreiben und die Auswirkungen der Chemotherapie auf den Tumor zu untersuchen (lebensfähig, teilweise, weitgehend oder vollständig nekrotisch). , die dann als Tumornekroserate berechnet wurden, wie im Papier beschrieben.
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2 Monate
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Sekundäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
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Objektive Antwortrate
Zeitfenster: 2 Monate
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Gemäß RECIST 1.1 Teilnehmer, die die Kriterien des vollständigen Ansprechens und des teilweisen Ansprechens erfüllen.
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2 Monate
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Progressionsfreies Überleben
Zeitfenster: 2 Jahre
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Das progressionsfreie Überleben (PFS) wird vom Beginn der Chemotherapie bis zur ersten Progression berechnet.
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2 Jahre
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Gesamtüberleben
Zeitfenster: 5 Jahre
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Das Gesamtüberleben (OS) wird vom Beginn der Chemotherapie bis zum Tod berechnet.
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5 Jahre
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Mitarbeiter und Ermittler
Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.
Publikationen und hilfreiche Links
Die Bereitstellung dieser Publikationen erfolgt freiwillig durch die für die Eingabe von Informationen über die Studie verantwortliche Person. Diese können sich auf alles beziehen, was mit dem Studium zu tun hat.
Allgemeine Veröffentlichungen
- Bernthal NM, Federman N, Eilber FR, Nelson SD, Eckardt JJ, Eilber FC, Tap WD. Long-term results (>25 years) of a randomized, prospective clinical trial evaluating chemotherapy in patients with high-grade, operable osteosarcoma. Cancer. 2012 Dec 1;118(23):5888-93. doi: 10.1002/cncr.27651. Epub 2012 May 30.
- Bielack S, Jurgens H, Jundt G, Kevric M, Kuhne T, Reichardt P, Zoubek A, Werner M, Winkelmann W, Kotz R. Osteosarcoma: the COSS experience. Cancer Treat Res. 2009;152:289-308. doi: 10.1007/978-1-4419-0284-9_15.
- Marina NM, Smeland S, Bielack SS, Bernstein M, Jovic G, Krailo MD, Hook JM, Arndt C, van den Berg H, Brennan B, Brichard B, Brown KLB, Butterfass-Bahloul T, Calaminus G, Daldrup-Link HE, Eriksson M, Gebhardt MC, Gelderblom H, Gerss J, Goldsby R, Goorin A, Gorlick R, Grier HE, Hale JP, Hall KS, Hardes J, Hawkins DS, Helmke K, Hogendoorn PCW, Isakoff MS, Janeway KA, Jurgens H, Kager L, Kuhne T, Lau CC, Leavey PJ, Lessnick SL, Mascarenhas L, Meyers PA, Mottl H, Nathrath M, Papai Z, Randall RL, Reichardt P, Renard M, Safwat AA, Schwartz CL, Stevens MCG, Strauss SJ, Teot L, Werner M, Sydes MR, Whelan JS. Comparison of MAPIE versus MAP in patients with a poor response to preoperative chemotherapy for newly diagnosed high-grade osteosarcoma (EURAMOS-1): an open-label, international, randomised controlled trial. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1396-1408. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30214-5. Epub 2016 Aug 25.
- Duchman KR, Gao Y, Miller BJ. Prognostic factors for survival in patients with high-grade osteosarcoma using the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program database. Cancer Epidemiol. 2015 Aug;39(4):593-9. doi: 10.1016/j.canep.2015.05.001. Epub 2015 May 20.
- Tang XD, Guo W, Yang RL, Yang Y, Ji T. [Limb salvage surgery for osteosarcoma around the knee in children and adolescent patients]. Zhonghua Wai Ke Za Zhi. 2007 May 15;45(10):669-72. Chinese.
- Xie L, Guo W, Tang X, Yang Y, Xu J. Effects of Arsenic Trioxide on Minor Progressive High-Grade Osteosarcoma of the Extremities Metastatic to the Lung: Results of 39 Patients Treated in a Single Institution. Case Rep Oncol. 2016 Oct 17;9(3):610-628. doi: 10.1159/000448705. eCollection 2016 Sep-Dec.
- Guo W, Sun X, Ji T, Tang X. Outcome of surgical treatment of pelvic osteosarcoma. J Surg Oncol. 2012 Sep 15;106(4):406-10. doi: 10.1002/jso.23076. Epub 2012 Feb 27.
- Fei D, Li Y, Zhao D, Zhao K, Dai L, Gao Z. Serum miR-9 as a prognostic biomarker in patients with osteosarcoma. J Int Med Res. 2014 Aug;42(4):932-7. doi: 10.1177/0300060514534643. Epub 2014 Jun 24.
- Fu HL, Shao L, Wang Q, Jia T, Li M, Yang DP. A systematic review of p53 as a biomarker of survival in patients with osteosarcoma. Tumour Biol. 2013 Dec;34(6):3817-21. doi: 10.1007/s13277-013-0966-x. Epub 2013 Sep 7.
- Bachman M, Uribe-Lewis S, Yang X, Williams M, Murrell A, Balasubramanian S. 5-Hydroxymethylcytosine is a predominantly stable DNA modification. Nat Chem. 2014 Dec;6(12):1049-55. doi: 10.1038/nchem.2064. Epub 2014 Sep 21.
- Valinluck V, Tsai HH, Rogstad DK, Burdzy A, Bird A, Sowers LC. Oxidative damage to methyl-CpG sequences inhibits the binding of the methyl-CpG binding domain (MBD) of methyl-CpG binding protein 2 (MeCP2). Nucleic Acids Res. 2004 Aug 9;32(14):4100-8. doi: 10.1093/nar/gkh739. Print 2004.
- Chapman CG, Mariani CJ, Wu F, Meckel K, Butun F, Chuang A, Madzo J, Bissonnette MB, Kwon JH, Godley LA. TET-catalyzed 5-hydroxymethylcytosine regulates gene expression in differentiating colonocytes and colon cancer. Sci Rep. 2015 Dec 3;5:17568. doi: 10.1038/srep17568. Erratum In: Sci Rep. 2016 Apr 28;6:24963.
Studienaufzeichnungsdaten
Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.
Haupttermine studieren
Studienbeginn (TATSÄCHLICH)
1. September 2017
Primärer Abschluss (ERWARTET)
30. Oktober 2018
Studienabschluss (ERWARTET)
31. Dezember 2018
Studienanmeldedaten
Zuerst eingereicht
6. November 2017
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
6. November 2017
Zuerst gepostet (TATSÄCHLICH)
8. November 2017
Studienaufzeichnungsaktualisierungen
Letztes Update gepostet (TATSÄCHLICH)
13. November 2017
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
8. November 2017
Zuletzt verifiziert
1. November 2017
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Schlüsselwörter
Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen
Andere Studien-ID-Nummern
- CBTRA-02
Plan für individuelle Teilnehmerdaten (IPD)
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UNENTSCHIEDEN
Beschreibung des IPD-Plans
Die Ermittler dieser Studie möchten IPD teilen.
Für die gemeinsame Nutzung von IPD ist jedoch die Zustimmung einer anderen kooperativen Institution erforderlich.
Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt
Nein
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt
Nein
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