Epigeneettinen biomarkkeri osteosarkoomaan
keskiviikko 8. marraskuuta 2017 päivittänyt: Peking University People's Hospital
Epigeneettisten biomarkkerien tunnistaminen osteosarkoomapotilaiden perifeerisestä verestä hMe-Seal-tekniikan perusteella
hMe-Seal on vähäsyöttöinen koko genomin soluton 5hmC-sekvensointimenetelmä, joka perustuu valikoivaan kemialliseen leimaamiseen.
Se käyttää β-glukosyylitransferaasia (βGT) leimaamaan 5hmC:n selektiivisesti biotiinilla atsidimodifioidun glukoosin kautta 5hmC:tä sisältävien DNA-fragmenttien poistamiseksi sekvensointia varten.
5hmC-kirjaston valikoivan rakentamisen jälkeen suoritetaan korkean suorituskyvyn sekvensointi Illumina Nextseq-500 -instrumentilla.
Rawdata-käsittelyn avulla havaitaan osteosarkooman ryhmän ja kontrolliryhmän väliset erotuslokukset osteosarkooman spesifisten epigeneettisten biomarkkerien tunnistamiseksi.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Tuntematon
Yksityiskohtainen kuvaus
Tutkija haluaa rekisteröidä 100 osteosarkooman osallistujaa, joita hoidettiin alun perin Pekingin yliopistollisen kansansairaalan (PKUPH) tuki- ja liikuntaelinten kasvainkeskuksessa. Kaikki nämä osallistujat noudattavat PKUPH:n osteosarkooman kemoprotokollaa. Ennen jokaista kemoterapiajaksoa otetaan 8 ml ääreisverta lisäanalyysiä varten. Lopullisen leikkauksen jälkeen osallistujien on otettava 8 ml ääreisverta 2 kuukauden välein 6 kuukauden ajan. Veri otetaan yhteensä 6 kertaa.
hMe-Seal-lähestymistavassa perifeerinen veri kerätään EDTA-päällystettyihin Vacutainereihin. Plasma kerätään verinäytteistä sen jälkeen, kun on sentrifugoitu 1 600 x g 10 minuuttia 4 °C:ssa ja 16 000 x g 10 minuuttia 4 °C:ssa. CfDNA uutetaan käyttämällä Circulating Nucleic Acid Kit -sarjaa (QIAGEN). Tämän jälkeen cfDNA:n (1-10 ng) pää korjataan, 3'-adenyloidaan ja ligoidaan DNA-viivakoodeihin käyttämällä KAPA Hyper Prep Kit -pakkausta (Kapa Biosystems). Ligoitua DNA:ta inkuboidaan liuoksessa, joka sisältää HEPES-puskuria, UDP-6-N3-Glc:tä ja pGT:tä. Sen jälkeen DBCO-PEG4-biotiini lisätään suoraan reaktioseokseen. Seuraavaksi DNA puhdistetaan Micro Bio-Spin 30 -kolonnilla (Bio-Rad). Puhdistettua DNA:ta inkuboidaan M270 Streptavidin -helmien (Life Technologies) kanssa spesifisessä puskurissa. Helmille suoritetaan sen jälkeen kolme 5 minuutin pesua neljällä eri puskurilla. Kaikki sidonta ja pesu tehdään huoneenlämmössä kevyesti pyöritellen. Helmet suspendoidaan sitten uudelleen veteen ja monistetaan 16 PCR-monistussyklillä. PCR-tuotteet puhdistetaan käyttämällä AMPure XP -helmiä. Paripään 38 bp:n sekvensointi suoritetaan NextSeq-500-instrumentilla.
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Odotettu)
100
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskelupaikat
-
-
-
Beijing, Kiina, 100044
- Rekrytointi
- Peking University People's Hospital
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
10 vuotta ja vanhemmat (AIKUINEN, OLDER_ADULT, LAPSI)
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Ei
Sukupuolet, jotka voivat opiskella
Kaikki
Näytteenottomenetelmä
Ei-todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
Biopsia osoitti korkea-asteen osteosarkooman, jonka pitäisi olla yli 10-vuotias ja joka voi suorittaa rutiininomaisen kemo-protokollan osteosarkooman varalta, voisi ilmoittautua.
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- 1) histologisesti vahvistettu korkea-asteinen osteosarkooma;
- 2) yli 10 vuotta vanha;
- 3) alun perin hoidettu Pekingin yliopistollisen kansansairaalan tuki- ja liikuntaelinten kasvainkeskuksessa;
- 4) Seeruminäytteitä on saatavilla;
- 5) suoritettu neoadjuvanttikemoterapia ja vähintään 8 sykliä adjuvanttikemoterapiaa;
- 6) odotetaan elävän pidempään kuin 3 kuukautta itäisen onkologian osuuskunnan suorituskyvyn ollessa 0 tai 1;
- 7) hyväksyttävä hematologinen, maksan ja munuaisten toiminta.
Poissulkemiskriteerit:
- 1) Seeruminäytteet eivät ole hyväksyttyjä;
- 2) potilaat, jotka eivät voineet saada loppuun neoadjuvanttikemoterapiaa tai vähintään 4 kuukauden adjuvanttikemoterapiaa;
- 3) hävinnyt seurantaan.
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
|---|
|
tarkkailuryhmä
Yksi osallistujaryhmä on tarkkailun alla.
Tämä kokeilu on kaksivaiheinen.
Vaihe I: Mukaan otetaan 40 osallistujaa.
Vain jos epigeneettinen cfDNA-kirjasto on rakennettu, tutkijat siirtyisivät vaiheeseen II.
Lisäksi 60 osallistujaa otetaan lisäanalyysejä varten.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Histologinen vaste
Aikaikkuna: 2 kuukautta
|
Osteosarkooman osalta tuumorinekroosinopeus tehdään jokaiselle osallistujalle.
Patologisessa tutkimuksessa kirurgiset näytteet tutkittiin huolellisesti ja leikattiin.
Tämä arviointi sisälsi kasvaimen kokonaislaajuuden määrittämisen[26, 27] ja sen pehmytkudoskomponentin ja kirurgisen resektiolinjan huomioimisen[27].
Keskimäärin 10-20 histologista näytettä tutkittiin kussakin kokonaisresektiossa osteosarkooman laajenemisen määrittämiseksi ylös ja alas luuydinonteloon ja kemoterapian vaikutusten tutkimiseksi kasvaimeen (elinkykyinen, osittain, suurelta osin tai kokonaan nekroottinen). , jotka laskettiin sitten tuumorinekroosinopeudena paperissa kuvatulla tavalla.
|
2 kuukautta
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Objektiivinen vasteprosentti
Aikaikkuna: 2 kuukautta
|
RECIST 1.1:n mukaan osallistujat, jotka täyttävät täydellisen ja osittaisen vastauksen kriteerit.
|
2 kuukautta
|
|
Etenemisvapaa selviytyminen
Aikaikkuna: 2 vuotta
|
Progression-free survival (PFS) lasketaan kemoterapian alusta ensimmäiseen etenemiseen.
|
2 vuotta
|
|
Kokonaisselviytyminen
Aikaikkuna: 5 vuotta
|
Kokonaiseloonjäämisaika (OS) lasketaan kemoterapian alusta kuolemaan.
|
5 vuotta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Sponsori
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Tutkimusta koskevien tietojen syöttämisestä vastaava henkilö toimittaa nämä julkaisut vapaaehtoisesti. Nämä voivat koskea mitä tahansa tutkimukseen liittyvää.
Yleiset julkaisut
- Bernthal NM, Federman N, Eilber FR, Nelson SD, Eckardt JJ, Eilber FC, Tap WD. Long-term results (>25 years) of a randomized, prospective clinical trial evaluating chemotherapy in patients with high-grade, operable osteosarcoma. Cancer. 2012 Dec 1;118(23):5888-93. doi: 10.1002/cncr.27651. Epub 2012 May 30.
- Bielack S, Jurgens H, Jundt G, Kevric M, Kuhne T, Reichardt P, Zoubek A, Werner M, Winkelmann W, Kotz R. Osteosarcoma: the COSS experience. Cancer Treat Res. 2009;152:289-308. doi: 10.1007/978-1-4419-0284-9_15.
- Marina NM, Smeland S, Bielack SS, Bernstein M, Jovic G, Krailo MD, Hook JM, Arndt C, van den Berg H, Brennan B, Brichard B, Brown KLB, Butterfass-Bahloul T, Calaminus G, Daldrup-Link HE, Eriksson M, Gebhardt MC, Gelderblom H, Gerss J, Goldsby R, Goorin A, Gorlick R, Grier HE, Hale JP, Hall KS, Hardes J, Hawkins DS, Helmke K, Hogendoorn PCW, Isakoff MS, Janeway KA, Jurgens H, Kager L, Kuhne T, Lau CC, Leavey PJ, Lessnick SL, Mascarenhas L, Meyers PA, Mottl H, Nathrath M, Papai Z, Randall RL, Reichardt P, Renard M, Safwat AA, Schwartz CL, Stevens MCG, Strauss SJ, Teot L, Werner M, Sydes MR, Whelan JS. Comparison of MAPIE versus MAP in patients with a poor response to preoperative chemotherapy for newly diagnosed high-grade osteosarcoma (EURAMOS-1): an open-label, international, randomised controlled trial. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1396-1408. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30214-5. Epub 2016 Aug 25.
- Duchman KR, Gao Y, Miller BJ. Prognostic factors for survival in patients with high-grade osteosarcoma using the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program database. Cancer Epidemiol. 2015 Aug;39(4):593-9. doi: 10.1016/j.canep.2015.05.001. Epub 2015 May 20.
- Tang XD, Guo W, Yang RL, Yang Y, Ji T. [Limb salvage surgery for osteosarcoma around the knee in children and adolescent patients]. Zhonghua Wai Ke Za Zhi. 2007 May 15;45(10):669-72. Chinese.
- Xie L, Guo W, Tang X, Yang Y, Xu J. Effects of Arsenic Trioxide on Minor Progressive High-Grade Osteosarcoma of the Extremities Metastatic to the Lung: Results of 39 Patients Treated in a Single Institution. Case Rep Oncol. 2016 Oct 17;9(3):610-628. doi: 10.1159/000448705. eCollection 2016 Sep-Dec.
- Guo W, Sun X, Ji T, Tang X. Outcome of surgical treatment of pelvic osteosarcoma. J Surg Oncol. 2012 Sep 15;106(4):406-10. doi: 10.1002/jso.23076. Epub 2012 Feb 27.
- Fei D, Li Y, Zhao D, Zhao K, Dai L, Gao Z. Serum miR-9 as a prognostic biomarker in patients with osteosarcoma. J Int Med Res. 2014 Aug;42(4):932-7. doi: 10.1177/0300060514534643. Epub 2014 Jun 24.
- Fu HL, Shao L, Wang Q, Jia T, Li M, Yang DP. A systematic review of p53 as a biomarker of survival in patients with osteosarcoma. Tumour Biol. 2013 Dec;34(6):3817-21. doi: 10.1007/s13277-013-0966-x. Epub 2013 Sep 7.
- Bachman M, Uribe-Lewis S, Yang X, Williams M, Murrell A, Balasubramanian S. 5-Hydroxymethylcytosine is a predominantly stable DNA modification. Nat Chem. 2014 Dec;6(12):1049-55. doi: 10.1038/nchem.2064. Epub 2014 Sep 21.
- Valinluck V, Tsai HH, Rogstad DK, Burdzy A, Bird A, Sowers LC. Oxidative damage to methyl-CpG sequences inhibits the binding of the methyl-CpG binding domain (MBD) of methyl-CpG binding protein 2 (MeCP2). Nucleic Acids Res. 2004 Aug 9;32(14):4100-8. doi: 10.1093/nar/gkh739. Print 2004.
- Chapman CG, Mariani CJ, Wu F, Meckel K, Butun F, Chuang A, Madzo J, Bissonnette MB, Kwon JH, Godley LA. TET-catalyzed 5-hydroxymethylcytosine regulates gene expression in differentiating colonocytes and colon cancer. Sci Rep. 2015 Dec 3;5:17568. doi: 10.1038/srep17568. Erratum In: Sci Rep. 2016 Apr 28;6:24963.
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (TODELLINEN)
Perjantai 1. syyskuuta 2017
Ensisijainen valmistuminen (ODOTETTU)
Tiistai 30. lokakuuta 2018
Opintojen valmistuminen (ODOTETTU)
Maanantai 31. joulukuuta 2018
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Maanantai 6. marraskuuta 2017
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Maanantai 6. marraskuuta 2017
Ensimmäinen Lähetetty (TODELLINEN)
Keskiviikko 8. marraskuuta 2017
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (TODELLINEN)
Maanantai 13. marraskuuta 2017
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Keskiviikko 8. marraskuuta 2017
Viimeksi vahvistettu
Keskiviikko 1. marraskuuta 2017
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- CBTRA-02
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
PÄÄTTÄMÄTÖN
IPD-suunnitelman kuvaus
Tämän tutkimuksen tutkijat haluaisivat jakaa IPD:n.
IPD:n jakamiseen tarvitaan kuitenkin muun osuuskunnan suostumus.
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Ei
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .