Epigenetisk biomarkør for osteosarkom
8. november 2017 oppdatert av: Peking University People's Hospital
Identifisering av epigenetiske biomarkører fra perifert blod fra osteosarkompasienter basert på hMe-Seal-teknikk
hMe-Seal er en cellefri 5hmC-sekvenseringsmetode basert på selektiv kjemisk merking.
Den bruker β-glukosyltransferase (βGT) for selektivt å merke 5hmC med et biotin via en azidmodifisert glukose for nedtrekk av 5hmC-holdige DNA-fragmenter for sekvensering.
Etter selektivt konstruert 5hmC-bibliotek, vil highthroughput-sekvensering bli utført på et Illumina Nextseq-500-instrument.
Ved hjelp av Rawdata-behandling vil differensielle loci mellom osteosarkomgruppe og kontrollgruppe bli oppdaget for å identifisere spesifikke epigenetiske biomarkører for osteosarkom.
Studieoversikt
Status
Ukjent
Detaljert beskrivelse
Etterforskeren ønsker å registrere 100 osteosarkomdeltakere som opprinnelig ble behandlet i Musculoskeletal Tumor Center ved Peking University People's Hospital (PKUPH). Alle disse deltakerne vil følge kjemo-protokollen for osteosarkom i PKUPH.8 ml perifert blod vil bli tappet før hver syklus med kjemoterapi for videre analyse. Etter definitiv kirurgi, må deltakerne ta 8 ml perifert blod hver 2. måned i 6 måneder. Totalt 6 ganger blodprøvetaking må gjøres.
I hMe-Seal-tilnærmingen samles perifert blod opp i EDTA-belagte Vacutainere. Plasma tas fra blodprøvene etter sentrifugering ved 1 600 × g i 10 minutter ved 4 °C og 16 000 × g ved 10 minutter ved 4 °C. CfDNA ekstraheres ved å bruke det sirkulerende nukleinsyresettet (QIAGEN). Deretter blir cfDNA (1-10 ng) endereparert, 3'-adenylert og ligert til DNA-strekkoder ved bruk av KAPA Hyper Prep Kit (Kapa Biosystems). Ligert DNA inkuberes i en løsning som inneholder HEPES-buffer, UDP-6-N3-Glc og βGT. Deretter tilsettes DBCO-PEG4-biotin direkte til reaksjonsblandingen. Deretter renses DNA med Micro Bio-Spin 30 Column (Bio-Rad). Det rensede DNA inkuberes med M270 Streptavidin-kuler (Life Technologies) i spesifikk buffer. Perlene gjennomgår deretter tre 5-minutters vask med hver fire typer forskjellige buffere. All innbinding og vask gjøres ved romtemperatur med forsiktig rotasjon. Perler blir deretter resuspendert i vann og amplifisert med 16 sykluser med PCR-amplifikasjon. PCR-produktene renses ved bruk av AMPure XP-kuler. Pair-end 38bp-sekvensering utføres på NextSeq-500-instrumentet.
Studietype
Observasjonsmessig
Registrering (Forventet)
100
Kontakter og plasseringer
Denne delen inneholder kontaktinformasjon for de som utfører studien, og informasjon om hvor denne studien blir utført.
Studiesteder
-
-
-
Beijing, Kina, 100044
- Rekruttering
- Peking University People's Hospital
-
-
Deltakelseskriterier
Forskere ser etter personer som passer til en bestemt beskrivelse, kalt kvalifikasjonskriterier. Noen eksempler på disse kriteriene er en persons generelle helsetilstand eller tidligere behandlinger.
Kvalifikasjonskriterier
Alder som er kvalifisert for studier
10 år og eldre (VOKSEN, OLDER_ADULT, BARN)
Tar imot friske frivillige
Nei
Kjønn som er kvalifisert for studier
Alle
Prøvetakingsmetode
Ikke-sannsynlighetsprøve
Studiepopulasjon
Biopsi viste at høygradig osteosarkom, som burde være eldre enn 10 år og kunne fullføre rutinemessig cellegiftprotokoll for osteosarkom, kunne bli registrert.
Beskrivelse
Inklusjonskriterier:
- 1) histologisk bekreftet høygradig osteosarkom;
- 2) eldre enn 10 år;
- 3) opprinnelig behandlet i muskel- og skjeletttumorsenter ved Peking University People's Hospital;
- 4) Serumprøver er tilgjengelige;
- 5) fullført neo-adjuvant kjemoterapi og minst 8 sykluser med adjuvant kjemoterapi;
- 6) forventet å leve lenger enn 3 måneder med Eastern Cooperative Oncology Groups ytelsesstatus på 0 eller 1;
- 7) akseptabel hematologisk, lever- og nyrefunksjon.
Ekskluderingskriterier:
- 1) Serumprøver er ikke kvalifisert;
- 2) Pasienter som ikke kunne fullføre neo-adjuvant kjemoterapi eller minst 4 måneders adjuvant kjemoterapi;
- 3) tapte for oppfølging.
Studieplan
Denne delen gir detaljer om studieplanen, inkludert hvordan studien er utformet og hva studien måler.
Hvordan er studiet utformet?
Designdetaljer
Kohorter og intervensjoner
Gruppe / Kohort |
|---|
|
observasjonsgruppe
En gruppe deltakere er under observasjon.
Denne rettssaken har to faser.
Fase I: 40 deltakere vil bli påmeldt.
Bare hvis epigenetisk cfDNA-bibliotek er bygget, ville etterforskerne gå videre til fase II.
Ytterligere 60 deltakere vil bli registrert for videre analyse.
|
Hva måler studien?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Histologisk respons
Tidsramme: 2 måneder
|
For osteosarkom vil tumornekrosefrekvens bli utført for hver deltaker.
Ved patologisk undersøkelse ble de kirurgiske prøvene nøye studert og seksjonert.
Denne evalueringen inkluderte å fastslå den grove utstrekningen av svulsten [26, 27] og notere dens bløtvevskomponent og kirurgiske reseksjonslinjer [27].
Gjennomsnittlig 10-20 histologiske prøver ble undersøkt i hver av en bloc-reseksjonene for å avgrense forlengelsen av osteosarkom opp og ned i marghulen og for å studere effekten av kjemoterapi på svulsten (levedyktig, delvis, i stor grad eller helt nekrotisk) , som deretter ble beregnet som tumornekrosehastighet som beskrevet i papiret.
|
2 måneder
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Objektiv responsrate
Tidsramme: 2 måneder
|
I følge RECIST 1.1, deltakere som oppfyller kriteriene for fullstendig respons og delvis respons.
|
2 måneder
|
|
Progresjonsfri overlevelse
Tidsramme: 2 år
|
Progresjonsfri overlevelse (PFS) vil bli beregnet fra start av kjemoterapi til første progresjon.
|
2 år
|
|
Total overlevelse
Tidsramme: 5 år
|
Total overlevelse (OS) vil bli beregnet fra start av kjemoterapi til død.
|
5 år
|
Samarbeidspartnere og etterforskere
Det er her du vil finne personer og organisasjoner som er involvert i denne studien.
Publikasjoner og nyttige lenker
Den som er ansvarlig for å legge inn informasjon om studien leverer frivillig disse publikasjonene. Disse kan handle om alt relatert til studiet.
Generelle publikasjoner
- Bernthal NM, Federman N, Eilber FR, Nelson SD, Eckardt JJ, Eilber FC, Tap WD. Long-term results (>25 years) of a randomized, prospective clinical trial evaluating chemotherapy in patients with high-grade, operable osteosarcoma. Cancer. 2012 Dec 1;118(23):5888-93. doi: 10.1002/cncr.27651. Epub 2012 May 30.
- Bielack S, Jurgens H, Jundt G, Kevric M, Kuhne T, Reichardt P, Zoubek A, Werner M, Winkelmann W, Kotz R. Osteosarcoma: the COSS experience. Cancer Treat Res. 2009;152:289-308. doi: 10.1007/978-1-4419-0284-9_15.
- Marina NM, Smeland S, Bielack SS, Bernstein M, Jovic G, Krailo MD, Hook JM, Arndt C, van den Berg H, Brennan B, Brichard B, Brown KLB, Butterfass-Bahloul T, Calaminus G, Daldrup-Link HE, Eriksson M, Gebhardt MC, Gelderblom H, Gerss J, Goldsby R, Goorin A, Gorlick R, Grier HE, Hale JP, Hall KS, Hardes J, Hawkins DS, Helmke K, Hogendoorn PCW, Isakoff MS, Janeway KA, Jurgens H, Kager L, Kuhne T, Lau CC, Leavey PJ, Lessnick SL, Mascarenhas L, Meyers PA, Mottl H, Nathrath M, Papai Z, Randall RL, Reichardt P, Renard M, Safwat AA, Schwartz CL, Stevens MCG, Strauss SJ, Teot L, Werner M, Sydes MR, Whelan JS. Comparison of MAPIE versus MAP in patients with a poor response to preoperative chemotherapy for newly diagnosed high-grade osteosarcoma (EURAMOS-1): an open-label, international, randomised controlled trial. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1396-1408. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30214-5. Epub 2016 Aug 25.
- Duchman KR, Gao Y, Miller BJ. Prognostic factors for survival in patients with high-grade osteosarcoma using the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program database. Cancer Epidemiol. 2015 Aug;39(4):593-9. doi: 10.1016/j.canep.2015.05.001. Epub 2015 May 20.
- Tang XD, Guo W, Yang RL, Yang Y, Ji T. [Limb salvage surgery for osteosarcoma around the knee in children and adolescent patients]. Zhonghua Wai Ke Za Zhi. 2007 May 15;45(10):669-72. Chinese.
- Xie L, Guo W, Tang X, Yang Y, Xu J. Effects of Arsenic Trioxide on Minor Progressive High-Grade Osteosarcoma of the Extremities Metastatic to the Lung: Results of 39 Patients Treated in a Single Institution. Case Rep Oncol. 2016 Oct 17;9(3):610-628. doi: 10.1159/000448705. eCollection 2016 Sep-Dec.
- Guo W, Sun X, Ji T, Tang X. Outcome of surgical treatment of pelvic osteosarcoma. J Surg Oncol. 2012 Sep 15;106(4):406-10. doi: 10.1002/jso.23076. Epub 2012 Feb 27.
- Fei D, Li Y, Zhao D, Zhao K, Dai L, Gao Z. Serum miR-9 as a prognostic biomarker in patients with osteosarcoma. J Int Med Res. 2014 Aug;42(4):932-7. doi: 10.1177/0300060514534643. Epub 2014 Jun 24.
- Fu HL, Shao L, Wang Q, Jia T, Li M, Yang DP. A systematic review of p53 as a biomarker of survival in patients with osteosarcoma. Tumour Biol. 2013 Dec;34(6):3817-21. doi: 10.1007/s13277-013-0966-x. Epub 2013 Sep 7.
- Bachman M, Uribe-Lewis S, Yang X, Williams M, Murrell A, Balasubramanian S. 5-Hydroxymethylcytosine is a predominantly stable DNA modification. Nat Chem. 2014 Dec;6(12):1049-55. doi: 10.1038/nchem.2064. Epub 2014 Sep 21.
- Valinluck V, Tsai HH, Rogstad DK, Burdzy A, Bird A, Sowers LC. Oxidative damage to methyl-CpG sequences inhibits the binding of the methyl-CpG binding domain (MBD) of methyl-CpG binding protein 2 (MeCP2). Nucleic Acids Res. 2004 Aug 9;32(14):4100-8. doi: 10.1093/nar/gkh739. Print 2004.
- Chapman CG, Mariani CJ, Wu F, Meckel K, Butun F, Chuang A, Madzo J, Bissonnette MB, Kwon JH, Godley LA. TET-catalyzed 5-hydroxymethylcytosine regulates gene expression in differentiating colonocytes and colon cancer. Sci Rep. 2015 Dec 3;5:17568. doi: 10.1038/srep17568. Erratum In: Sci Rep. 2016 Apr 28;6:24963.
Studierekorddatoer
Disse datoene sporer fremdriften for innsending av studieposter og sammendragsresultater til ClinicalTrials.gov. Studieposter og rapporterte resultater gjennomgås av National Library of Medicine (NLM) for å sikre at de oppfyller spesifikke kvalitetskontrollstandarder før de legges ut på det offentlige nettstedet.
Studer hoveddatoer
Studiestart (FAKTISKE)
1. september 2017
Primær fullføring (FORVENTES)
30. oktober 2018
Studiet fullført (FORVENTES)
31. desember 2018
Datoer for studieregistrering
Først innsendt
6. november 2017
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
6. november 2017
Først lagt ut (FAKTISKE)
8. november 2017
Oppdateringer av studieposter
Sist oppdatering lagt ut (FAKTISKE)
13. november 2017
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
8. november 2017
Sist bekreftet
1. november 2017
Mer informasjon
Begreper knyttet til denne studien
Nøkkelord
Ytterligere relevante MeSH-vilkår
Andre studie-ID-numre
- CBTRA-02
Plan for individuelle deltakerdata (IPD)
Planlegger du å dele individuelle deltakerdata (IPD)?
UBESLUTTE
IPD-planbeskrivelse
Etterforskerne av denne studien vil gjerne dele IPD.
Imidlertid vil andre samarbeidsinstitusjoners samtykke være nødvendig for å dele IPD.
Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter
Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt
Nei
Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt
Nei
Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .
Kliniske studier på Histologisk respons (tumornekrosefrekvens)
-
Jiangxi Provincial Cancer HospitalRekrutteringNasofaryngealt karsinom | Tumor mikromiljø | Patologisk fullstendig responsKina