Epigenetický biomarker pro osteosarkom
8. listopadu 2017 aktualizováno: Peking University People's Hospital
Identifikace epigenetických biomarkerů z periferní krve pacientů s osteosarkomem na základě techniky hMe-Seal
hMe-Seal je nízkovstupová celogenomová bezbuněčná 5hmC sekvenační metoda založená na selektivním chemickém značení.
Využívá β-glukosyltransferázu (βGT) k selektivnímu značení 5hmC biotinem prostřednictvím azidem modifikované glukózy pro stažení fragmentů DNA obsahujících 5hmC pro sekvenování.
Po selektivní konstrukci 5hmC knihovny bude provedeno sekvenování s vysokou propustností na přístroji Illumina Nextseq-500.
Pomocí zpracování Rawdata budou detekovány diferenciální lokusy mezi skupinou s osteosarkomem a kontrolní skupinou za účelem identifikace specifických epigenetických biomarkerů osteosarkomu.
Přehled studie
Postavení
Neznámý
Detailní popis
Vyšetřovatel chce zapsat 100 účastníků osteosarkomu původně léčených v Centru muskuloskeletálních nádorů Pekingské univerzitní lidové nemocnice (PKUPH). Všichni tito účastníci se budou řídit chemoprotokolem pro osteosarkom u PKUPH. Před každým cyklem chemoterapie by bylo odebráno 8 ml periferní krve pro další analýzu. Po definitivní operaci budou účastníci muset brát 8 ml periferní krve každé 2 měsíce po dobu 6 měsíců. Bude potřeba provést celkem 6 odběrů krve.
Při přístupu hMe-Seal se periferní krev odebírá do vakuových nádob potažených EDTA. Plazma se odebírá ze vzorků krve po centrifugaci při 1 600 x g po dobu 10 minut při 4 °C a 16 000 x g po 10 minutách při 4 °C. CfDNA se extrahuje pomocí soupravy Circulating Nucleic Acid Kit (QIAGEN). Poté je cfDNA (1-10 ng) na konci opravena, 3'-adenylována a ligována na čárové kódy DNA pomocí KAPA Hyper Prep Kit (Kapa Biosystems). Ligovaná DNA se inkubuje v roztoku obsahujícím pufr HEPES, UDP-6-N3-Glc a βGT. Poté se DBCO-PEG4-biotin přímo přidá k reakční směsi. Dále je DNA purifikována pomocí Micro Bio-Spin 30 Column (Bio-Rad). Purifikovaná DNA se inkubuje s kuličkami M270 Streptavidin (Life Technologies) ve specifickém pufru. Kuličky jsou následně podrobeny třem 5minutovým promytím, každé čtyřmi druhy různých pufrů. Veškeré vázání a praní se provádí při pokojové teplotě s jemným otáčením. Kuličky jsou poté resuspendovány ve vodě a amplifikovány 16 cykly PCR amplifikace. Produkty PCR jsou purifikovány pomocí kuliček AMPure XP. Sekvenování párového konce 38 bp se provádí na přístroji NextSeq-500.
Typ studie
Pozorovací
Zápis (Očekávaný)
100
Kontakty a umístění
Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.
Studijní místa
-
-
-
Beijing, Čína, 100044
- Nábor
- Peking University People's Hospital
-
-
Kritéria účasti
Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
10 let a starší (DOSPĚLÝ, OLDER_ADULT, DÍTĚ)
Přijímá zdravé dobrovolníky
Ne
Pohlaví způsobilá ke studiu
Všechno
Metoda odběru vzorků
Vzorek nepravděpodobnosti
Studijní populace
Biopsie prokázala osteosarkom vysokého stupně, který by měl být starší 10 let a mohl by dokončit rutinní chemoprotokol pro osteosarkom, mohl být zapsán.
Popis
Kritéria pro zařazení:
- 1) histologicky potvrzený osteosarkom vysokého stupně;
- 2) starší 10 let;
- 3) zpočátku léčena v centru pro muskuloskeletální nádory v Pekingské univerzitní lidové nemocnici;
- 4) K dispozici jsou vzorky séra;
- 5) dokončená neoadjuvantní chemoterapie a alespoň 8 cyklů adjuvantní chemoterapie;
- 6) očekává se, že bude žít déle než 3 měsíce s výkonnostním stavem Eastern Cooperative Oncology Group 0 nebo 1;
- 7) přijatelné hematologické, jaterní a renální funkce.
Kritéria vyloučení:
- 1) Vzorky séra nejsou kvalifikované;
- 2) Pacienti, kteří nemohli dokončit neoadjuvantní chemoterapii nebo alespoň 4měsíční adjuvantní chemoterapii;
- 3) prohrálo se sledováním.
Studijní plán
Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Kohorty a intervence
Skupina / kohorta |
|---|
|
pozorovací skupina
Jedna skupina účastníků je sledována.
Tento soud má dvě fáze.
Fáze I: Bude přihlášeno 40 účastníků.
Pouze pokud byla vytvořena epigenetická cfDNA knihovna, výzkumníci by přešli do fáze II.
Dalších 60 účastníků bude zapsáno k další analýze.
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Histologická odpověď
Časové okno: 2 měsíce
|
U osteosarkomu bude u každého účastníka provedena míra nekrózy nádoru.
Při patologickém vyšetření byly chirurgické vzorky pečlivě studovány a nařezány.
Toto hodnocení zahrnovalo stanovení hrubého rozsahu tumoru[26, 27] a zaznamenání jeho měkké tkáně a linií chirurgické resekce [27].
Průměrně 10-20 histologických vzorků bylo vyšetřeno v každé z en bloc resekcí, aby se vymezila extenze osteosarkomu nahoru a dolů v dřeňové dutině a aby se studovaly účinky chemoterapie na nádor (životaschopný, částečně, z velké části nebo zcela nekrotický). , které byly poté vypočteny jako míra nekrózy nádoru, jak je popsáno v článku.
|
2 měsíce
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Cílová míra odezvy
Časové okno: 2 měsíce
|
Podle RECIST 1.1 účastníci, kteří splňují kritéria úplné odpovědi a částečné odpovědi.
|
2 měsíce
|
|
Přežití bez progrese
Časové okno: 2 roky
|
Přežití bez progrese (PFS) bude počítáno od zahájení chemoterapie do první progrese.
|
2 roky
|
|
Celkové přežití
Časové okno: 5 let
|
Celkové přežití (OS) bude počítáno od zahájení chemoterapie do smrti.
|
5 let
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.
Publikace a užitečné odkazy
Osoba odpovědná za zadávání informací o studiu tyto publikace poskytuje dobrovolně. Mohou se týkat čehokoli, co souvisí se studiem.
Obecné publikace
- Bernthal NM, Federman N, Eilber FR, Nelson SD, Eckardt JJ, Eilber FC, Tap WD. Long-term results (>25 years) of a randomized, prospective clinical trial evaluating chemotherapy in patients with high-grade, operable osteosarcoma. Cancer. 2012 Dec 1;118(23):5888-93. doi: 10.1002/cncr.27651. Epub 2012 May 30.
- Bielack S, Jurgens H, Jundt G, Kevric M, Kuhne T, Reichardt P, Zoubek A, Werner M, Winkelmann W, Kotz R. Osteosarcoma: the COSS experience. Cancer Treat Res. 2009;152:289-308. doi: 10.1007/978-1-4419-0284-9_15.
- Marina NM, Smeland S, Bielack SS, Bernstein M, Jovic G, Krailo MD, Hook JM, Arndt C, van den Berg H, Brennan B, Brichard B, Brown KLB, Butterfass-Bahloul T, Calaminus G, Daldrup-Link HE, Eriksson M, Gebhardt MC, Gelderblom H, Gerss J, Goldsby R, Goorin A, Gorlick R, Grier HE, Hale JP, Hall KS, Hardes J, Hawkins DS, Helmke K, Hogendoorn PCW, Isakoff MS, Janeway KA, Jurgens H, Kager L, Kuhne T, Lau CC, Leavey PJ, Lessnick SL, Mascarenhas L, Meyers PA, Mottl H, Nathrath M, Papai Z, Randall RL, Reichardt P, Renard M, Safwat AA, Schwartz CL, Stevens MCG, Strauss SJ, Teot L, Werner M, Sydes MR, Whelan JS. Comparison of MAPIE versus MAP in patients with a poor response to preoperative chemotherapy for newly diagnosed high-grade osteosarcoma (EURAMOS-1): an open-label, international, randomised controlled trial. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1396-1408. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30214-5. Epub 2016 Aug 25.
- Duchman KR, Gao Y, Miller BJ. Prognostic factors for survival in patients with high-grade osteosarcoma using the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program database. Cancer Epidemiol. 2015 Aug;39(4):593-9. doi: 10.1016/j.canep.2015.05.001. Epub 2015 May 20.
- Tang XD, Guo W, Yang RL, Yang Y, Ji T. [Limb salvage surgery for osteosarcoma around the knee in children and adolescent patients]. Zhonghua Wai Ke Za Zhi. 2007 May 15;45(10):669-72. Chinese.
- Xie L, Guo W, Tang X, Yang Y, Xu J. Effects of Arsenic Trioxide on Minor Progressive High-Grade Osteosarcoma of the Extremities Metastatic to the Lung: Results of 39 Patients Treated in a Single Institution. Case Rep Oncol. 2016 Oct 17;9(3):610-628. doi: 10.1159/000448705. eCollection 2016 Sep-Dec.
- Guo W, Sun X, Ji T, Tang X. Outcome of surgical treatment of pelvic osteosarcoma. J Surg Oncol. 2012 Sep 15;106(4):406-10. doi: 10.1002/jso.23076. Epub 2012 Feb 27.
- Fei D, Li Y, Zhao D, Zhao K, Dai L, Gao Z. Serum miR-9 as a prognostic biomarker in patients with osteosarcoma. J Int Med Res. 2014 Aug;42(4):932-7. doi: 10.1177/0300060514534643. Epub 2014 Jun 24.
- Fu HL, Shao L, Wang Q, Jia T, Li M, Yang DP. A systematic review of p53 as a biomarker of survival in patients with osteosarcoma. Tumour Biol. 2013 Dec;34(6):3817-21. doi: 10.1007/s13277-013-0966-x. Epub 2013 Sep 7.
- Bachman M, Uribe-Lewis S, Yang X, Williams M, Murrell A, Balasubramanian S. 5-Hydroxymethylcytosine is a predominantly stable DNA modification. Nat Chem. 2014 Dec;6(12):1049-55. doi: 10.1038/nchem.2064. Epub 2014 Sep 21.
- Valinluck V, Tsai HH, Rogstad DK, Burdzy A, Bird A, Sowers LC. Oxidative damage to methyl-CpG sequences inhibits the binding of the methyl-CpG binding domain (MBD) of methyl-CpG binding protein 2 (MeCP2). Nucleic Acids Res. 2004 Aug 9;32(14):4100-8. doi: 10.1093/nar/gkh739. Print 2004.
- Chapman CG, Mariani CJ, Wu F, Meckel K, Butun F, Chuang A, Madzo J, Bissonnette MB, Kwon JH, Godley LA. TET-catalyzed 5-hydroxymethylcytosine regulates gene expression in differentiating colonocytes and colon cancer. Sci Rep. 2015 Dec 3;5:17568. doi: 10.1038/srep17568. Erratum In: Sci Rep. 2016 Apr 28;6:24963.
Termíny studijních záznamů
Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.
Hlavní termíny studia
Začátek studia (AKTUÁLNÍ)
1. září 2017
Primární dokončení (OČEKÁVANÝ)
30. října 2018
Dokončení studie (OČEKÁVANÝ)
31. prosince 2018
Termíny zápisu do studia
První předloženo
6. listopadu 2017
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
6. listopadu 2017
První zveřejněno (AKTUÁLNÍ)
8. listopadu 2017
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (AKTUÁLNÍ)
13. listopadu 2017
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
8. listopadu 2017
Naposledy ověřeno
1. listopadu 2017
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- CBTRA-02
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
NEROZHODNÝ
Popis plánu IPD
Vyšetřovatelé této studie by rádi sdíleli IPD.
Ke sdílení IPD však bude zapotřebí souhlas jiné kooperativní instituce.
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Ne
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Ne
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .
Klinické studie na Histologická odpověď (míra nekrózy nádoru)
-
University of California, San FranciscoNáborMrtvice | Vaskulitida | Aneuryzma | Tumor Necrosis Factor-alfaSpojené státy
-
University Hospital of SplitDokončenoZánětlivá odezva | Chirurgická operace | Děti, Pouze | C Reaktivní protein | Tříselná kýla, nepřímá | Interleukin-6 | Tumor Necrosis Factor Alpha | Počet bílých krvinek, LeukocytyChorvatsko