骨肉瘤的表观遗传生物标志物
2017年11月8日 更新者：Peking University People's Hospital
基于hMe-Seal技术从骨肉瘤患者外周血中鉴定表观遗传生物标志物
hMe-Seal 是一种基于选择性化学标记的低输入全基因组无细胞 5hmC 测序方法。
它使用 β-葡萄糖基转移酶 (βGT) 通过叠氮化物修饰的葡萄糖用生物素选择性地标记 5hmC，用于下拉包含 5hmC 的 DNA 片段以进行测序。
选择性构建 5hmC 库后，将在 Illumina Nextseq-500 仪器上进行高通量测序。
通过原始数据处理，检测骨肉瘤组与对照组的差异位点，鉴定骨肉瘤特异性表观遗传生物标志物。
研究概览
地位
未知
详细说明
研究者想招募 100 名最初在北京大学人民医院 (PKUPH) 肌肉骨骼肿瘤中心接受治疗的骨肉瘤参与者。 所有这些参与者都将遵循 PKUPH 中骨肉瘤的化疗方案。在每个化疗周期之前抽取 8 毫升外周血用于进一步分析。 确定性手术后，参与者需要每 2 个月抽取 8 毫升外周血，持续 6 个月。 总共需要进行 6 次抽血。
在 hMe-Seal 方法中，外周血被收集到涂有 EDTA 的真空采血管中。 在 4 °C 下以 1 600× g 离心 10 分钟和 4 ℃ 下以 16 000 × g 离心 10 分钟后，从血液样本中收集血浆。 使用循环核酸试剂盒 (QIAGEN) 提取 CfDNA。 之后，使用 KAPA Hyper Prep Kit (Kapa Biosystems) 对 cfDNA (1-10 ng) 进行末端修复、3'-腺苷酸化并连接到 DNA 条形码。 连接的 DNA 在含有 HEPES 缓冲液、UDP-6-N3-Glc 和 βGT 的溶液中孵育。 之后，将 DBCO-PEG4-生物素直接添加到反应混合物中。 接下来，通过 Micro Bio-Spin 30 Column (Bio-Rad) 纯化 DNA。 纯化的 DNA 在特定缓冲液中与 M270 链霉亲和素珠（Life Technologies）一起孵育。 随后对珠子进行 3 次 5 分钟的洗涤，每次使用四种不同的缓冲液。 所有结合和洗涤均在室温下轻轻旋转完成。 然后将珠子重新悬浮在水中并用 16 个 PCR 扩增循环进行扩增。 使用 AMPure XP 珠纯化 PCR 产物。 Pair-end 38bp 测序在 NextSeq-500 仪器上进行。
研究类型
观察性的
注册 (预期的)
100
联系人和位置
本节提供了进行研究的人员的详细联系信息，以及有关进行该研究的地点的信息。
学习地点
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Beijing、中国、100044
- 招聘中
- Peking University People's Hospital
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参与标准
研究人员寻找符合特定描述的人，称为资格标准。这些标准的一些例子是一个人的一般健康状况或先前的治疗。
资格标准
适合学习的年龄
10年 及以上 (成人、OLDER_ADULT、孩子)
接受健康志愿者
不
有资格学习的性别
全部
取样方法
非概率样本
研究人群
活检证明年龄超过 10 岁且能够完成骨肉瘤常规化疗方案的高级别骨肉瘤可以入组。
描述
纳入标准：
- 1）经组织学证实的高级别骨肉瘤；
- 2) 10岁以上；
- 3）初诊于北京大学人民医院肌肉骨骼肿瘤中心；
- 4）有血清样本；
- 5）完成新辅助化疗和至少8个周期的辅助化疗；
- 6) Eastern Cooperative Oncology Group 体能状态为 0 或 1，预计寿命超过 3 个月；
- 7) 可接受的血液学、肝和肾功能。
排除标准：
- 1）血清样本不合格；
- 2）不能完成新辅助化疗或辅助化疗至少4个月的患者；
- 3）失访。
学习计划
本节提供研究计划的详细信息，包括研究的设计方式和研究的衡量标准。
研究是如何设计的？
设计细节
队列和干预
团体/队列 |
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观察组
一组参与者正在接受观察。
该试验分为两个阶段。
第一阶段：将招收 40 名参与者。
只有建立了表观遗传 cfDNA 文库，研究人员才会进入第二阶段。
将招募另外 60 名参与者进行进一步分析。
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研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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组织学反应
大体时间：2个月
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对于骨肉瘤，将为每个参与者完成肿瘤坏死率。
在病理检查中，对手术标本进行了仔细研究和切片。
该评估包括确定肿瘤的总体范围 [26, 27] 并记录其软组织成分和手术切除线 [27]。
在每个整块切除术中检查平均 10-20 个组织学标本，以描绘骨肉瘤在骨髓腔上下的扩展，并研究化疗对肿瘤的影响（存活的、部分的、大部分的或完全坏死的） ，然后将其计算为论文所述的肿瘤坏死率。
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2个月
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次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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客观反应率
大体时间：2个月
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根据 RECIST 1.1，符合完全缓解和部分缓解标准的参与者。
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2个月
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无进展生存期
大体时间：2年
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无进展生存期 (PFS) 将从化疗开始计算到第一次进展。
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2年
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总生存期
大体时间：5年
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将从化疗开始到死亡计算总生存期 (OS)。
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5年
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合作者和调查者
在这里您可以找到参与这项研究的人员和组织。
出版物和有用的链接
负责输入研究信息的人员自愿提供这些出版物。这些可能与研究有关。
一般刊物
- Bernthal NM, Federman N, Eilber FR, Nelson SD, Eckardt JJ, Eilber FC, Tap WD. Long-term results (>25 years) of a randomized, prospective clinical trial evaluating chemotherapy in patients with high-grade, operable osteosarcoma. Cancer. 2012 Dec 1;118(23):5888-93. doi: 10.1002/cncr.27651. Epub 2012 May 30.
- Bielack S, Jurgens H, Jundt G, Kevric M, Kuhne T, Reichardt P, Zoubek A, Werner M, Winkelmann W, Kotz R. Osteosarcoma: the COSS experience. Cancer Treat Res. 2009;152:289-308. doi: 10.1007/978-1-4419-0284-9_15.
- Marina NM, Smeland S, Bielack SS, Bernstein M, Jovic G, Krailo MD, Hook JM, Arndt C, van den Berg H, Brennan B, Brichard B, Brown KLB, Butterfass-Bahloul T, Calaminus G, Daldrup-Link HE, Eriksson M, Gebhardt MC, Gelderblom H, Gerss J, Goldsby R, Goorin A, Gorlick R, Grier HE, Hale JP, Hall KS, Hardes J, Hawkins DS, Helmke K, Hogendoorn PCW, Isakoff MS, Janeway KA, Jurgens H, Kager L, Kuhne T, Lau CC, Leavey PJ, Lessnick SL, Mascarenhas L, Meyers PA, Mottl H, Nathrath M, Papai Z, Randall RL, Reichardt P, Renard M, Safwat AA, Schwartz CL, Stevens MCG, Strauss SJ, Teot L, Werner M, Sydes MR, Whelan JS. Comparison of MAPIE versus MAP in patients with a poor response to preoperative chemotherapy for newly diagnosed high-grade osteosarcoma (EURAMOS-1): an open-label, international, randomised controlled trial. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1396-1408. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30214-5. Epub 2016 Aug 25.
- Duchman KR, Gao Y, Miller BJ. Prognostic factors for survival in patients with high-grade osteosarcoma using the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program database. Cancer Epidemiol. 2015 Aug;39(4):593-9. doi: 10.1016/j.canep.2015.05.001. Epub 2015 May 20.
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- Xie L, Guo W, Tang X, Yang Y, Xu J. Effects of Arsenic Trioxide on Minor Progressive High-Grade Osteosarcoma of the Extremities Metastatic to the Lung: Results of 39 Patients Treated in a Single Institution. Case Rep Oncol. 2016 Oct 17;9(3):610-628. doi: 10.1159/000448705. eCollection 2016 Sep-Dec.
- Guo W, Sun X, Ji T, Tang X. Outcome of surgical treatment of pelvic osteosarcoma. J Surg Oncol. 2012 Sep 15;106(4):406-10. doi: 10.1002/jso.23076. Epub 2012 Feb 27.
- Fei D, Li Y, Zhao D, Zhao K, Dai L, Gao Z. Serum miR-9 as a prognostic biomarker in patients with osteosarcoma. J Int Med Res. 2014 Aug;42(4):932-7. doi: 10.1177/0300060514534643. Epub 2014 Jun 24.
- Fu HL, Shao L, Wang Q, Jia T, Li M, Yang DP. A systematic review of p53 as a biomarker of survival in patients with osteosarcoma. Tumour Biol. 2013 Dec;34(6):3817-21. doi: 10.1007/s13277-013-0966-x. Epub 2013 Sep 7.
- Bachman M, Uribe-Lewis S, Yang X, Williams M, Murrell A, Balasubramanian S. 5-Hydroxymethylcytosine is a predominantly stable DNA modification. Nat Chem. 2014 Dec;6(12):1049-55. doi: 10.1038/nchem.2064. Epub 2014 Sep 21.
- Valinluck V, Tsai HH, Rogstad DK, Burdzy A, Bird A, Sowers LC. Oxidative damage to methyl-CpG sequences inhibits the binding of the methyl-CpG binding domain (MBD) of methyl-CpG binding protein 2 (MeCP2). Nucleic Acids Res. 2004 Aug 9;32(14):4100-8. doi: 10.1093/nar/gkh739. Print 2004.
- Chapman CG, Mariani CJ, Wu F, Meckel K, Butun F, Chuang A, Madzo J, Bissonnette MB, Kwon JH, Godley LA. TET-catalyzed 5-hydroxymethylcytosine regulates gene expression in differentiating colonocytes and colon cancer. Sci Rep. 2015 Dec 3;5:17568. doi: 10.1038/srep17568. Erratum In: Sci Rep. 2016 Apr 28;6:24963.
研究记录日期
这些日期跟踪向 ClinicalTrials.gov 提交研究记录和摘要结果的进度。研究记录和报告的结果由国家医学图书馆 (NLM) 审查，以确保它们在发布到公共网站之前符合特定的质量控制标准。
研究主要日期
学习开始 (实际的)
2017年9月1日
初级完成 (预期的)
2018年10月30日
研究完成 (预期的)
2018年12月31日
研究注册日期
首次提交
2017年11月6日
首先提交符合 QC 标准的
2017年11月6日
首次发布 (实际的)
2017年11月8日
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
2017年11月13日
上次提交的符合 QC 标准的更新
2017年11月8日
最后验证
2017年11月1日
更多信息
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