Biomarcatore epigenetico per l'osteosarcoma
8 novembre 2017 aggiornato da: Peking University People's Hospital
Identificazione di biomarcatori epigenetici dal sangue periferico di pazienti con osteosarcoma sulla base della tecnica hMe-Seal
hMe-Seal è un metodo di sequenziamento di 5hmC senza cellule del genoma intero a basso input basato sull'etichettatura chimica selettiva.
Utilizza la β-glucosiltransferasi (βGT) per etichettare selettivamente 5hmC con una biotina tramite un glucosio modificato con azide per il pull-down di frammenti di DNA contenenti 5hmC per il sequenziamento.
Dopo aver costruito selettivamente la libreria 5hmC, il sequenziamento ad alto rendimento verrà eseguito su uno strumento Illumina Nextseq-500.
Attraverso l'elaborazione di Rawdata, verranno rilevati loci differenziali tra il gruppo di Osteosarcoma e il gruppo di controllo per identificare specifici biomarcatori epigenetici di Osteosarcoma.
Panoramica dello studio
Stato
Sconosciuto
Descrizione dettagliata
L'investigatore desidera arruolare 100 partecipanti all'osteosarcoma inizialmente trattati nel Centro per i tumori muscoloscheletrici dell'Ospedale popolare dell'Università di Pechino (PKUPH). Tutti questi partecipanti seguiranno il protocollo chemio per l'osteosarcoma in PKUPH.8 ml di sangue periferico verrebbero prelevati prima di ogni ciclo di chemioterapia per ulteriori analisi. Dopo l'intervento chirurgico definitivo, i partecipanti dovranno assumere 8 ml di sangue periferico ogni 2 mesi per 6 mesi. Sarà necessario eseguire un totale di 6 volte il prelievo di sangue.
Nell'approccio hMe-Seal, il sangue periferico viene raccolto in Vacutainer rivestiti con EDTA. Il plasma viene raccolto dai campioni di sangue dopo centrifugazione a 1 600 × g per 10 min a 4 °C e 16 000 × g a 10 min a 4 °C. Il CfDNA viene estratto utilizzando il Circulating Nucleic Acid Kit (QIAGEN). Successivamente, il cfDNA (1-10 ng) viene riparato all'estremità, 3'-adenilato e legato ai codici a barre del DNA utilizzando il kit KAPA Hyper Prep (Kapa Biosystems). Il DNA ligato viene incubato in una soluzione contenente tampone HEPES, UDP-6-N3-Glc e βGT. Successivamente, DBCO-PEG4-biotina viene aggiunta direttamente alla miscela di reazione. Successivamente, il DNA viene purificato dalla colonna Micro Bio-Spin 30 (Bio-Rad). Il DNA purificato viene incubato con sfere di streptavidina M270 (Life Technologies) in tampone specifico. Le sfere vengono successivamente sottoposte a tre lavaggi di 5 minuti ciascuno con quattro tipi di tamponi diversi. Tutta la rilegatura e il lavaggio vengono eseguiti a temperatura ambiente con rotazione delicata. Le sfere vengono quindi risospese in acqua e amplificate con 16 cicli di amplificazione PCR. I prodotti di PCR vengono purificati utilizzando sfere AMPure XP. Il sequenziamento pair-end a 38 bp viene eseguito sullo strumento NextSeq-500.
Tipo di studio
Osservativo
Iscrizione (Anticipato)
100
Contatti e Sedi
Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.
Luoghi di studio
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Beijing, Cina, 100044
- Reclutamento
- Peking University People's Hospital
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Criteri di partecipazione
I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
10 anni e precedenti (ADULTO, ANZIANO_ADULTO, BAMBINO)
Accetta volontari sani
No
Sessi ammissibili allo studio
Tutto
Metodo di campionamento
Campione non probabilistico
Popolazione di studio
La biopsia ha dimostrato che l'osteosarcoma di alto grado, che dovrebbe avere più di 10 anni e potrebbe completare il protocollo chemio di routine per l'osteosarcoma, potrebbe essere arruolato.
Descrizione
Criterio di inclusione:
- 1) osteosarcoma di alto grado confermato istologicamente;
- 2) di età superiore a 10 anni;
- 3) inizialmente trattato nel Centro per i tumori muscoloscheletrici dell'Ospedale popolare dell'Università di Pechino;
- 4) Sono disponibili campioni di siero;
- 5) aver completato la chemioterapia neo-adiuvante e almeno 8 cicli di chemioterapia adiuvante;
- 6) si prevede una vita superiore a 3 mesi con performance status dell'Eastern Cooperative Oncology Group pari a 0 o 1;
- 7) funzionalità ematologica, epatica e renale accettabile.
Criteri di esclusione:
- 1) I campioni di siero non sono qualificati;
- 2) Pazienti che non hanno potuto completare la chemioterapia neo-adiuvante o almeno 4 mesi di chemioterapia adiuvante;
- 3) perso al follow-up.
Piano di studio
Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
Coorti e interventi
Gruppo / Coorte |
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gruppo di osservazione
Un gruppo di partecipanti è sotto osservazione.
Questo processo ha due fasi.
Fase I: saranno iscritti 40 partecipanti.
Solo se la libreria epigenetica di cfDNA fosse stata costruita, gli investigatori passerebbero alla Fase II.
Altri 60 partecipanti saranno arruolati per ulteriori analisi.
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Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
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Risposta istologica
Lasso di tempo: Due mesi
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Per l'osteosarcoma, verrà calcolato il tasso di necrosi tumorale per ogni partecipante.
All'esame patologico, i campioni chirurgici sono stati attentamente studiati e sezionati.
Questa valutazione includeva la determinazione dell'estensione macroscopica del tumore[26, 27] e l'annotazione della sua componente di tessuto molle e delle linee di resezione chirurgica[27].
Una media di 10-20 campioni istologici è stata esaminata in ciascuna delle resezioni in blocco per delineare l'estensione dell'osteosarcoma su e giù per la cavità midollare e per studiare gli effetti della chemioterapia sul tumore (vitale, parzialmente, in gran parte o totalmente necrotico) , che sono stati quindi calcolati come tasso di necrosi tumorale come descritto nel documento.
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Due mesi
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Misure di risultato secondarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
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Tasso di risposta obiettiva
Lasso di tempo: Due mesi
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Secondo RECIST 1.1, i partecipanti che soddisfano i criteri di risposta completa e risposta parziale.
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Due mesi
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Sopravvivenza libera da progressione
Lasso di tempo: 2 anni
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La sopravvivenza libera da progressione (PFS) sarà calcolata dall'inizio della chemioterapia alla prima progressione.
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2 anni
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Sopravvivenza globale
Lasso di tempo: 5 anni
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La sopravvivenza globale (OS) sarà calcolata dall'inizio della chemioterapia alla morte.
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5 anni
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Collaboratori e investigatori
Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.
Pubblicazioni e link utili
La persona responsabile dell'inserimento delle informazioni sullo studio fornisce volontariamente queste pubblicazioni. Questi possono riguardare qualsiasi cosa relativa allo studio.
Pubblicazioni generali
- Bernthal NM, Federman N, Eilber FR, Nelson SD, Eckardt JJ, Eilber FC, Tap WD. Long-term results (>25 years) of a randomized, prospective clinical trial evaluating chemotherapy in patients with high-grade, operable osteosarcoma. Cancer. 2012 Dec 1;118(23):5888-93. doi: 10.1002/cncr.27651. Epub 2012 May 30.
- Bielack S, Jurgens H, Jundt G, Kevric M, Kuhne T, Reichardt P, Zoubek A, Werner M, Winkelmann W, Kotz R. Osteosarcoma: the COSS experience. Cancer Treat Res. 2009;152:289-308. doi: 10.1007/978-1-4419-0284-9_15.
- Marina NM, Smeland S, Bielack SS, Bernstein M, Jovic G, Krailo MD, Hook JM, Arndt C, van den Berg H, Brennan B, Brichard B, Brown KLB, Butterfass-Bahloul T, Calaminus G, Daldrup-Link HE, Eriksson M, Gebhardt MC, Gelderblom H, Gerss J, Goldsby R, Goorin A, Gorlick R, Grier HE, Hale JP, Hall KS, Hardes J, Hawkins DS, Helmke K, Hogendoorn PCW, Isakoff MS, Janeway KA, Jurgens H, Kager L, Kuhne T, Lau CC, Leavey PJ, Lessnick SL, Mascarenhas L, Meyers PA, Mottl H, Nathrath M, Papai Z, Randall RL, Reichardt P, Renard M, Safwat AA, Schwartz CL, Stevens MCG, Strauss SJ, Teot L, Werner M, Sydes MR, Whelan JS. Comparison of MAPIE versus MAP in patients with a poor response to preoperative chemotherapy for newly diagnosed high-grade osteosarcoma (EURAMOS-1): an open-label, international, randomised controlled trial. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1396-1408. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30214-5. Epub 2016 Aug 25.
- Duchman KR, Gao Y, Miller BJ. Prognostic factors for survival in patients with high-grade osteosarcoma using the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program database. Cancer Epidemiol. 2015 Aug;39(4):593-9. doi: 10.1016/j.canep.2015.05.001. Epub 2015 May 20.
- Tang XD, Guo W, Yang RL, Yang Y, Ji T. [Limb salvage surgery for osteosarcoma around the knee in children and adolescent patients]. Zhonghua Wai Ke Za Zhi. 2007 May 15;45(10):669-72. Chinese.
- Xie L, Guo W, Tang X, Yang Y, Xu J. Effects of Arsenic Trioxide on Minor Progressive High-Grade Osteosarcoma of the Extremities Metastatic to the Lung: Results of 39 Patients Treated in a Single Institution. Case Rep Oncol. 2016 Oct 17;9(3):610-628. doi: 10.1159/000448705. eCollection 2016 Sep-Dec.
- Guo W, Sun X, Ji T, Tang X. Outcome of surgical treatment of pelvic osteosarcoma. J Surg Oncol. 2012 Sep 15;106(4):406-10. doi: 10.1002/jso.23076. Epub 2012 Feb 27.
- Fei D, Li Y, Zhao D, Zhao K, Dai L, Gao Z. Serum miR-9 as a prognostic biomarker in patients with osteosarcoma. J Int Med Res. 2014 Aug;42(4):932-7. doi: 10.1177/0300060514534643. Epub 2014 Jun 24.
- Fu HL, Shao L, Wang Q, Jia T, Li M, Yang DP. A systematic review of p53 as a biomarker of survival in patients with osteosarcoma. Tumour Biol. 2013 Dec;34(6):3817-21. doi: 10.1007/s13277-013-0966-x. Epub 2013 Sep 7.
- Bachman M, Uribe-Lewis S, Yang X, Williams M, Murrell A, Balasubramanian S. 5-Hydroxymethylcytosine is a predominantly stable DNA modification. Nat Chem. 2014 Dec;6(12):1049-55. doi: 10.1038/nchem.2064. Epub 2014 Sep 21.
- Valinluck V, Tsai HH, Rogstad DK, Burdzy A, Bird A, Sowers LC. Oxidative damage to methyl-CpG sequences inhibits the binding of the methyl-CpG binding domain (MBD) of methyl-CpG binding protein 2 (MeCP2). Nucleic Acids Res. 2004 Aug 9;32(14):4100-8. doi: 10.1093/nar/gkh739. Print 2004.
- Chapman CG, Mariani CJ, Wu F, Meckel K, Butun F, Chuang A, Madzo J, Bissonnette MB, Kwon JH, Godley LA. TET-catalyzed 5-hydroxymethylcytosine regulates gene expression in differentiating colonocytes and colon cancer. Sci Rep. 2015 Dec 3;5:17568. doi: 10.1038/srep17568. Erratum In: Sci Rep. 2016 Apr 28;6:24963.
Studiare le date dei record
Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.
Studia le date principali
Inizio studio (EFFETTIVO)
1 settembre 2017
Completamento primario (ANTICIPATO)
30 ottobre 2018
Completamento dello studio (ANTICIPATO)
31 dicembre 2018
Date di iscrizione allo studio
Primo inviato
6 novembre 2017
Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità
6 novembre 2017
Primo Inserito (EFFETTIVO)
8 novembre 2017
Aggiornamenti dei record di studio
Ultimo aggiornamento pubblicato (EFFETTIVO)
13 novembre 2017
Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
8 novembre 2017
Ultimo verificato
1 novembre 2017
Maggiori informazioni
Termini relativi a questo studio
Parole chiave
Termini MeSH pertinenti aggiuntivi
Altri numeri di identificazione dello studio
- CBTRA-02
Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)
Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?
INDECISO
Descrizione del piano IPD
I ricercatori di questo studio vorrebbero condividere IPD.
Tuttavia, sarà necessario il consenso di un'altra istituzione cooperativa per la condivisione di IPD.
Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio
Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
No
Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
No
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