COVID-19 から回復した個人における SARS-CoV-2 特異的免疫の特徴付け

COVID-19 で入院していない人、グループ 3 で指定された臨床スペクトルまたは転帰がない人

• 1A: 18 歳から 55 歳までの無症候性感染者
• 1B: 無症候性感染者、年齢 > 55
• 1C: 18 歳から 55 歳までの症候性感染症 (つまり、COVID-19) の人
• 1D: 症候性感染症 (すなわち、COVID-19)、年齢 > 55 の人

• オプションの鼻標本
• 採血

COVID-19で以前に入院した人で、グループ3で指定された臨床スペクトルまたは転帰がない人

• 2A：18～55歳の方
• 2B: 55 歳以上の人

• オプションの鼻標本
• 採血

• オプションの鼻標本
• 採血

BAMAアッセイは、参加者からのサンプルについて、訪問1（0ヶ月目、ベースライン）およびフォローアップ訪問（2ヶ月目、4ヶ月目）で入手可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex装置（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：背景差し引き平均蛍光強度（MFI）（背景はプレートレベルのコントロール、すなわち各プレートで実行されたブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を差し引いた値がアイソタイプ、抗原、および希釈特異的カットオフ値（研究室によって提供されます）以上である場合に呼び出されます。 MFIからブランクを差し引いた値（または正味MFI）は、特定の時点での応答の大きさを要約するために使用されます。

この表は、訪問1、2、3における、結合抗体マルチプレックスアッセイ（BAMA IgG1）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率を、全体、地域別、および登録グループ別にまとめたものです。

BAMAアッセイは、参加者から採取したサンプルについて、第1回訪問時（0ヶ月目、ベースライン）および追跡訪問時（2ヶ月目、4ヶ月目）に利用可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3反応（希釈率1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad社製）を用いて測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：プレートレベルの対照（すなわち、各プレートで実行されたブランクウェル）を背景とした背景減算平均蛍光強度（MFI）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問時における陽性反応は、MFIからブランク値を引いた値が、アイソタイプ、抗原、および希釈率に特異的なカットオフ値（研究室から提供される）以上である場合に判定されます。 ブランクを差し引いたMFI（または正味MFI）は、特定の時点における反応の大きさを要約するために使用されます。

この表は、第1回、2回、3回訪問時における結合抗体多重検定法（BAMA IgG1）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合反応の大きさを、全体、地域別、および登録グループ別に要約したものです。

BAMAアッセイは、参加者の訪問1（0ヶ月目、ベースライン）および追跡訪問（2ヶ月目、4ヶ月目）で利用可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：プレートレベルコントロール（各プレートで実行されたブランクウェル）を背景として差し引いた平均蛍光強度（MFI）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を差し引いた値が、アイソタイプ、抗原、および希釈固有のカットオフ値（研究室によって提供される）以上である場合に判定されます。 MFIからブランクを差し引いた値（または正味MFI）は、特定の時点での応答の大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1、2、全体、および地域および登録グループ別の結合抗体多重アッセイ（BAMA IgG3）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率を要約しています。

BAMAアッセイは、参加者の訪問1（月0、ベースライン）および追跡訪問（月2、4）で利用可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：背景差引き平均蛍光強度（MFI）（背景はプレートレベルのコントロール、つまり各プレートで実行されるブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を引いた値が、アイソタイプ、抗原、および希釈に特異的なカットオフ値（研究室から提供されます）以上である場合に呼び出されます。 MFIからブランクを引いた値（または正味MFI）は、特定の時点での大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1、2での結合抗体マルチプレックスアッセイ（BAMA IgG3）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答の大きさを、全体および地域および登録グループ別に要約しています。

参加者のサンプルについて、訪問1（0ヶ月目、ベースライン）および追跡訪問（2ヶ月目、4ヶ月目）で入手可能なサンプルに対してBAMAアッセイが実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：背景を差し引いた平均蛍光強度（MFI）（背景はプレートレベルのコントロール、つまり各プレートで実行されたブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を差し引いた値が、アイソタイプ、抗原、および希釈特異的なカットオフ（研究室から提供されます）以上である場合に判定されます。 MFIからブランクを差し引いた値（または正味MFI）は、特定の時点での応答の大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1、2、全体、および地域と登録グループ別の結合抗体多重アッセイ（BAMA IgA）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率を要約しています。

BAMAアッセイは、参加者の訪問1（0ヶ月、ベースライン）および追跡訪問（2ヶ月）で利用可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3反応（希釈率1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex装置（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：バックグラウンド減算平均蛍光強度（MFI）（バックグラウンドはプレートレベルのコントロール、すなわち各プレートで実行されたブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問における陽性反応は、MFIからブランク値を引いた値がアイソタイプ、抗原、および希釈率に特有のカットオフ値（研究室から提供されます）以上である場合に判定されます。 ブランクを差し引いたMFI（または正味MFI）は、特定の時点での反応の大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1、2、全体、地域別、および登録グループ別のBAMA IgAによるSARS-CoV-2特異的抗体結合反応の大きさをまとめたものです。

SARSコロナウイルスに対する中和抗体は、すべてのHIV陰性サンプルについて293T/ACE2細胞で測定されます。 MPI（最大阻害率）も測定されます。 陽性判定は、ID50/ID80（50％および80％阻害用量）値が>20（アッセイの検出下限値（LLOD））であるか、またはMPIが10％-50％の間であるかのいずれかです。 すべてのHIV陽性サンプルの中和抗体ID50/ID80は、異なるアッセイであるVSV疑似ウイルス中和アッセイによって測定されます。 陽性判定は、全滴定（開始希釈1:20）を通じて中和が観察されるかどうか、およびMPIが10％-50％の間であるかに基づきます。 陽性判定であっても中和が50％または80％に達しない場合、ID50/ID80力価はまずPrismによって推定されます。

この表は、アメリカコホート（米国およびペルーのみ）における中和抗体アッセイ（NAb）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率を、訪問1、2、3、4、全体、地域別、登録グループ別にまとめたものです。

すべてのHIV陰性サンプルに対して、SARSコロナウイルスに対する中和抗体は293T/ACE2細胞で測定されます。 MPI（最大阻害率）も測定されます。 陽性判定は、ID50/ID80（50％および80％阻害用量）値が>20（アッセイの検出下限（LLOD））であるか、またはMPIが10％-50％の間であることです。 すべてのHIV陽性サンプルの中和抗体ID50/ID80は、異なるアッセイであるVSV偽ウイルス中和アッセイによって測定されます。 陽性判定は、全滴定（開始希釈1:20）を通じて中和が観察されるかどうか、およびMPIが10％-50％の間であることに基づきます。 陽性判定で中和が50％または80％に達しない場合、ID50/ID80力価はまずPrismによって推定されます。

この表は、アメリカコホート（米国とペルーのみ）における訪問1、2、3、4、全体、および地域と登録グループ別の中和抗体アッセイ（NAb）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答の大きさをまとめています。

すべてのHIV陰性サンプルにおいて、SARSコロナウイルスに対する中和抗体は293T/ACE2細胞で測定されます。 MPI（最大阻害率）も測定されます。 陽性判定は、ID50/ID80（50%および80%阻害濃度）値が>20（アッセイの検出下限値（LLOD））であるか、またはMPIが10%-50%の間であるかのいずれかです。 すべてのHIV陽性サンプルの中和抗体ID50/ID80は、異なるアッセイであるVSV疑似ウイルス中和アッセイによって測定されます。 陽性判定は、全希釈系列（開始希釈1:20）を通じて中和が観察されるかどうか、およびMPIが10%-50%の間であるかに基づきます。 陽性判定であっても中和が50%または80%に達しない場合、ID50/ID80力価はまずPrismによって推定されます。

この表は、アフリカコホートにおける、中和抗体アッセイ（NAb）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合反応率を、訪問1、2、3、4、全体、および地域および登録グループ別にまとめたものです。

すべてのHIV陰性サンプルについて、SARSコロナウイルスに対する中和抗体は293T/ACE2細胞で測定されます。 MPI（最大阻害率）も測定されます。 陽性判定は、ID50/ID80（50％および80％阻害用量）値が>20（アッセイの検出下限（LLOD））であるか、またはMPIが10％-50％の間であることです。 すべてのHIV陽性サンプルの中和抗体ID50/ID80は、異なるアッセイであるVSV擬似ウイルス中和アッセイによって測定されます。 陽性判定は、全希釈系列（開始希釈1:20）を通じて中和が観察されるかどうか、およびMPIが10％-50％の間であるかに基づきます。 陽性判定だが中和が50％または80％に達しない場合、ID50/ID80力価はまずPrismによって推定されます。

この表は、アフリカコホートにおける訪問1、2、3、4、全体、地域別、登録グループ別の中和抗体アッセイ（NAb）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答の大きさをまとめています。

抗体依存性NK細胞脱顆粒は、1：500希釈でADCCアッセイを用いて測定される。 2つの読み取り値は、感染細胞に対する背景差し引き済み％CD107A+ NK細胞と、トランスフェクト細胞に対する背景差し引き済み％CD107A+ NK細胞である。 感染細胞とトランスフェクト細胞それぞれについて、背景差し引き済み％CD107A+の値がそれぞれ≧4.07および≧5.27の場合、陽性反応と判定される。 カットオフ値は、SARS-CoV-2陰性対照群の平均+2SDからそれぞれ決定された。 ％CD107a+ NK細胞は応答の大きさであった。

この表は、訪問1時点におけるSARS-CoV-2特異的抗体結合反応率を、抗体依存性細胞傷害性アッセイ（ADCC）により、全体、地域別、登録群別にアメリカコホート（米国およびペルーのみ）で要約したものである。

抗体依存性NK細胞脱顆粒は、希釈率1:500でADCCアッセイを用いて測定されます。 2つの読み取り値は、感染細胞の背景差し引き% CD107A+ NK細胞と、トランスフェクト細胞の背景差し引き% CD107A+ NK細胞となります。 陽性反応は、感染細胞およびトランスフェクト細胞について、それぞれ背景差し引き% CD107A+の値が≥4.07および≥5.27の場合に判定されます。 カットオフ値は、それぞれSARS-CoV-2陰性対照からの平均+2SDによって決定されました。 % CD107a+ NK細胞が反応の大きさでした。

この表は、アメリカコホートにおけるSARS-CoV-2特異的抗体結合反応の大きさを、抗体依存性細胞傷害性アッセイ（ADCC）による訪問1の結果について、全体および地域別、登録グループ別に要約しています。

フローサイトメトリーを用いて、細胞内サイトカイン染色（ICS）によりSARS-CoV-2特異的CD4+およびCD8+ T細胞応答を調べました。 陽性判定は、すべてのマーカーに対してフィッシャーの正確確率検定を用いて行われます。 大きさは、IFN-γ/IL-2を発現する%T細胞です。

この表は、アメリカコホート（米国とペルーのみ）における、訪問1時点でのフローサイトメトリーによるSARS-CoV-2特異的CD4+およびCD8+ T細胞応答率を全体、地域別、登録群別にまとめたものです。

フローサイトメトリーを用いて、細胞内サイトカイン染色（ICS）によりSARS-CoV-2特異的CD4+およびCD8+ T細胞応答を調べました。 陽性判定は、全てのマーカーに対してフィッシャーの正確確率検定を用いて行われます。 その大きさは、IFN-γ/IL-2を発現するT細胞の％です。

この表は、アメリカコホート陽性応答者（米国およびペルー）において、全体および地域および登録グループ別に、訪問1時点でのフローサイトメトリーによるSARS-CoV-2特異的CD4+およびCD8+ T細胞応答の大きさをまとめたものです。

SARS-CoV-2特異的B細胞応答およびB細胞表現型データは、蛍光標識組換えEnvタンパク質（S6PおよびRBD）をフローサイトメトリー抗体パネルと組み合わせて使用し、登録時訪問（V1）で利用可能な全サンプルについて同定および特徴付けされました。 B細胞表現型データに対する陽性判定はありません。 測定値はB細胞サブセット頻度です。

この表は、アメリカコホート（米国およびペルーのみ）における訪問1時点でのフローサイトメトリーによるSARS-CoV-2特異的メモリーB細胞応答強度を、全体、地域別、登録グループ別に要約しています。

BAMAアッセイは、参加者からのサンプルを訪問1（月0、ベースライン）および追跡訪問（月2、4）で利用可能なサンプルについて実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：プレートレベルのコントロール（つまり、各プレートで実行されるブランクウェル）を背景として差し引いた平均蛍光強度（MFI）、および標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を差し引いた値が、アイソタイプ、抗原、および希釈に特異的なカットオフ（研究室によって提供される）以上である場合に呼び出されます。 MFIからブランクを差し引いた値（または正味MFI）は、特定の時点での大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホート（米国およびペルー）における、結合抗体マルチプレックスアッセイ（BAMA IgG1）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率を、訪問1、2、3、全体、地域別、およびCOVID-19重症度別に要約しています。

BAMAアッセイは、参加者からのサンプルを訪問1（月0、ベースライン）および追跡訪問（月2、月4）で利用可能なサンプルに対して実施されました。 血清SARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：背景差し引き平均蛍光強度（MFI）（背景はプレートレベルコントロール、つまり各プレートで実行されたブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を差し引いた値がアイソタイプ、抗原、および希釈特異的なカットオフ（研究室によって提供されます）以上である場合に呼び出されます。 MFIからブランクを差し引いた値（または正味MFI）は、特定の時点での応答の大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホート（米国とペルー）における訪問1、2、3での結合抗体多重アッセイ（BAMA IgG1）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答の大きさを、全体および地域別、COVID-19重症度別にまとめています。

BAMAアッセイは、参加者の訪問1（月0、ベースライン）および追跡訪問（月2、4）で入手可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex装置（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの出力を提供します：プレートレベルコントロール（つまり、各プレートで実行されるブランクウェル）を背景とした背景差引平均蛍光強度（MFI）、および標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を引いた値がアイソタイプ、抗原、および希釈特異的なカットオフ（研究室から提供される）以上の場合に呼び出されます。 ブランクを差し引いたMFI（または正味MFI）は、特定の時点での応答の大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホート（米国とペルー）における訪問1、2、全体、地域別、およびCOVID-19重症度別の結合抗体多重アッセイ（BAMA IgG3）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率をまとめています。

BAMAアッセイは、参加者のサンプルを訪問1（月0、ベースライン）およびフォローアップ訪問（月2、4）で利用可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex装置（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：背景補正平均蛍光強度（MFI）（背景はプレートレベルコントロール、つまり各プレートで実行されるブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を引いた値がアイソタイプ、抗原、希釈特異的カットオフ（研究室から提供されます）以上である場合に呼び出されます。 MFIからブランクを引いた値（または正味MFI）は、特定の時点での応答の大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホート（米国とペルー）における訪問1、2、全体、および地域とCOVID-19重症度別の、結合抗体多重アッセイ（BAMA IgA）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率をまとめています。

BAMAアッセイは、参加者の訪問1（月0、ベースライン）および追跡訪問（月2、4）で利用可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：プレートレベルのコントロール（すなわち、各プレートで実行されたブランクウェル）を背景とした背景差引き平均蛍光強度（MFI）、および標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を引いた値がアイソタイプ、抗原、および希釈特異的なカットオフ値（研究室によって提供される）以上である場合に呼び出されます。 ブランクを差し引いたMFI（または正味MFI）は、特定の時点での応答の大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホート（米国およびペルー）における訪問1、2での結合抗体多重アッセイ（BAMA IgA）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答の大きさを、全体、地域別、およびCOVID-19重症度別に要約しています。

すべてのHIV陰性サンプルにおいて、SARSコロナウイルスに対する中和抗体は293T/ACE2細胞で測定されます。MPI（最大阻害率）も測定されます。陽性判定は、ID50/ID80（50％および80％阻害濃度）値が20以上（アッセイの検出下限値（LLOD））、またはMPIが10％～50％の場合です。すべてのHIV陽性サンプルの中和抗体ID50/ID80は、別のアッセイであるVSV疑似ウイルス中和アッセイで測定されます。陽性判定は、全希釈範囲（開始希釈1:20）で中和が観察されるかどうか、およびMPIが10％～50％であるかに基づきます。陽性判定で中和が50％または80％に達しない場合、ID50/ID80力価はまずPrismで推定されます。

この表は、訪問1、2、3、4、全体、および地域およびCOVID-19重症度別の中和抗体アッセイ（NAb）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率をまとめたものです。

すべてのHIV陰性サンプルにおいて、SARSコロナウイルスに対する中和抗体は293T/ACE2細胞で測定されます。 MPI（最大阻害率）も測定されます。 陽性判定は、ID50/ID80（50%および80%阻害濃度）値が>20（アッセイの検出下限値（LLOD））であるか、またはMPIが10%-50%の間であることに基づきます。 すべてのHIV陽性サンプルの中和抗体ID50/ID80は、別のアッセイであるVSV疑似ウイルス中和アッセイによって測定されます。 陽性判定は、全希釈系列（開始希釈1:20）でいかなる中和が観察されるかどうか、およびMPIが10%-50%の間に基づきます。 陽性判定であっても中和が50%または80%に達しない場合、ID50/ID80力価はまずPrismによって推定されます。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1、2、3、4時点、全体、地域別、およびCOVID-19重症度別の中和抗体アッセイ（NAb）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合反応強度をまとめています。

すべてのHIV陰性サンプルについて、SARSコロナウイルスに対する中和抗体は293T/ACE2細胞で測定されます。 MPI（最大阻害率）も測定されます。 陽性判定は、ID50/ID80（50%および80%阻害用量）値が>20（アッセイの検出下限値（LLOD））であるか、またはMPIが10%-50%の間であるかのいずれかです。 すべてのHIV陽性サンプルの中和抗体ID50/ID80は、別のアッセイであるVSV疑似ウイルス中和アッセイによって測定されます。 陽性判定は、全滴定（開始希釈1:20）を通じて中和が観察されるかどうか、およびMPIが10%-50%の間であるかに基づきます。 陽性判定だが中和が50%または80%に達しない場合、ID50/ID80力価はまずPrismによって推定されます。

この表は、訪問1、2、3、4、全体、および地域およびCOVID-19重症度別の中和抗体アッセイ（NAb）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率をまとめています。

SARSコロナウイルスに対する中和抗体は、すべてのHIV陰性サンプルについて293T/ACE2細胞で測定されます。 MPI（最大阻害率）も測定されます。 陽性判定は、ID50/ID80（50%および80%阻害用量）値が>20（アッセイの検出下限（LLOD））であるか、またはMPIが10%-50%の間にある場合に行われます。 すべてのHIV陽性サンプルの中和抗体ID50/ID80は、別のアッセイであるVSV擬似ウイルス中和アッセイによって測定されます。 陽性判定は、全滴定（開始希釈1:20）を通じて何らの中和が観察されるかどうか、およびMPIが10%-50%の間にあるかどうかに基づきます。 陽性判定であっても中和が50%または80%に達しない場合、ID50/ID80力価はまずPrismによって推定されます。

この表は、アフリカコホートにおけるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答の大きさを、中和抗体アッセイ（NAb）により、訪問1、2、3、4、全体、地域別、およびCOVID-19重症度別に要約しています。

抗体依存性NK細胞脱顆粒は、希釈率1:500でADCCアッセイを用いて測定されます。 2つの読み取り値は、感染細胞とトランスフェクト細胞それぞれのバックグラウンド差し引き済み% CD107A+ NK細胞です。 陽性反応は、感染細胞とトランスフェクト細胞それぞれについて、バックグラウンド差し引き済み% CD107A+の値がそれぞれ≥4.07および≥5.27の場合に判定されます。 カットオフ値は、それぞれSARS-CoV-2陰性対照群の平均+2SDから決定されます。 % CD107a+ NK細胞は応答強度でした。

この表は、アメリカコホート（米国およびペルー）における訪問1時点での抗体依存性細胞傷害性アッセイ（ADCC）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率を、全体、地域別、およびCOVID-19重症度別にまとめたものです。

抗体依存性NK細胞脱顆粒は、希釈率1:500でADCCアッセイを用いて測定されます。 2つの読み取り値は、感染細胞のバックグラウンド減算済み％CD107A+ NK細胞と、トランスフェクト細胞のバックグラウンド減算済み％CD107A+ NK細胞です。 陽性反応は、感染細胞とトランスフェクト細胞のバックグラウンド減算済み％CD107A+の値がそれぞれ≧4.07および≧5.27の場合に判定されます。 カットオフ値は、それぞれSARS-CoV-2陰性対照からの平均+2SDによって決定されました。 ％CD107a+ NK細胞は応答の大きさでした。

この表は、アメリカコホート（米国とペルー）におけるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答の大きさを、抗体依存性細胞傷害性アッセイ（ADCC）訪問1について、全体、地域別、COVID-19重症度別にまとめたものです。

フローサイトメトリーを用いて、細胞内サイトカイン染色（ICS）によりSARS-CoV-2特異的CD4+およびCD8+ T細胞応答を調べました。 陽性判定は、すべてのマーカーに対してフィッシャーの正確確率検定を用いて行われます。 測定値は、IFN-γ/IL-2を発現するT細胞の割合（%）です。

この表は、アメリカコホート（米国およびペルー）における、訪問1時点でのフローサイトメトリーによるSARS-CoV-2特異的CD4+およびCD8+ T細胞応答率を、全体、地域別、およびCOVID-19重症度別にまとめたものです。

フローサイトメトリーを用いて、細胞内サイトカイン染色（ICS）によりSARS-CoV-2特異的CD4+およびCD8+ T細胞応答を調べました。 すべてのマーカーに対してフィッシャーの正確確率検定を用いて陽性判定を行います。 値はIFN-γ/IL-2を発現するT細胞の％です。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1時点でのフローサイトメトリーによるSARS-CoV-2特異的CD4+およびCD8+ T細胞応答強度を、全体、地域別、およびCOVID-19重症度別にまとめたものです。

SARS-CoV-2特異的B細胞応答およびB細胞表現型データは、蛍光標識組換えEnvタンパク質（S6PおよびRBD）をフローサイトメトリー抗体パネルと組み合わせて使用し、登録時訪問（V1）で入手可能な全サンプルについて同定および特徴付けを行いました。 そのサンプルのIgD- B細胞数が1000以上の場合にのみ、分析に含めます。

この表は、アメリカコホート（米国およびペルー）における訪問1時点でのフローサイトメトリーによるSARS-CoV-2特異的メモリーB細胞応答規模を、全体、地域別、COVID-19重症度別にまとめたものです。

BAMAアッセイは、参加者からのサンプルを訪問1（0ヶ月目、ベースライン）および追跡訪問（2ヶ月目、4ヶ月目）で利用可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）を用いて測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：背景を差し引いた平均蛍光強度（MFI）（背景はプレートレベルのコントロール、すなわち各プレートで実行されたブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を引いた値が、アイソタイプ、抗原、および希釈に特異的なカットオフ値（ラボから提供されます）以上である場合に呼び出されます。 MFIからブランクを引いた値（または正味MFI）は、特定の時点での大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1、2、3での結合抗体多重アッセイ（BAMA IgG1）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率を、全体、地域別、およびSARS-CoV-2診断からの日数別に要約しています。

BAMAアッセイは、参加者の訪問1（0か月目、ベースライン）と追跡調査訪問（2か月目、4か月目）で入手可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：背景を差し引いた平均蛍光強度（MFI）（背景はプレートレベルの対照、すなわち各プレートで実行されたブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を引いた値が、アイソタイプ、抗原、および希釈度に特異的なカットオフ（研究室から提供されます）以上である場合に呼び出されます。 MFIからブランクを引いた値（または正味MFI）は、特定の時点での応答の大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1、2、3でのSARS-CoV-2特異的抗体結合応答の大きさをBAMA IgG1によって、全体および地域別、SARS-CoV-2診断後の日数別グループで要約しています。

BAMAアッセイは、参加者から訪問1（月0、ベースライン）およびフォローアップ訪問（月2、4）で入手可能なサンプルに対して実施されました。 血清SARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：背景差し引き平均蛍光強度（MFI）（背景はプレートレベルのコントロール、すなわち各プレートで実行されたブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を引いた値が、アイソタイプ、抗原、および希釈に特異的なカットオフ値（研究室によって提供されます）以上である場合に呼び出されます。 ブランクを引いたMFI（またはネットMFI）は、特定の時点での大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1、2、全体、地域別、およびSARS-CoV-2診断からの経過日数別の、結合抗体多重アッセイ（BAMA IgG3）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率を要約しています。

BAMAアッセイは、参加者のVisit 1（月次0、ベースライン）および追跡調査訪問（月次2、4）で利用可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：背景差し引き平均蛍光強度（MFI）（背景はプレートレベルコントロール、つまり各プレートで実行されるブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を引いた値がアイソタイプ、抗原、希釈特異的カットオフ（研究室から提供されます）以上である場合に判定されます。 MFIからブランクを引いた値（または正味MFI）は、特定の時点での応答の大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおいて、結合抗体多重アッセイ（BAMA IgG3）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答の大きさを、Visit 1、2、全体、地域別、およびSARS-CoV-2診断からの日数別グループで要約しています。

BAMAアッセイは、訪問1（0ヶ月目、ベースライン）および追跡訪問（2ヶ月目、4ヶ月目）で入手可能な参加者サンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：背景を差し引いた平均蛍光強度（MFI）（背景はプレートレベルのコントロール、つまり各プレートで実行されたブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を引いた値が、アイソタイプ、抗原、希釈に特異的なカットオフ値（研究室によって提供されます）以上である場合に呼び出されます。 ブランクを差し引いたMFI（または正味MFI）は、特定の時点での応答の大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1、2、全体、および地域別、SARS-CoV-2診断からの経過日数別の、結合抗体多重アッセイ（BAMA IgA）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率を要約しています。

BAMAアッセイは、参加者の訪問1（月0、ベースライン）および追跡訪問（月2、4）で利用可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：バックグラウンド差し引き平均蛍光強度（MFI）（バックグラウンドはプレートレベルのコントロール、つまり各プレートで実行されたブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を差し引いた値が、アイソタイプ、抗原、希釈特異的カットオフ（研究所によって提供される）以上である場合に判定されます。 ブランクを差し引いたMFI（または正味MFI）は、特定の時点での応答の大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1、2、全体、地域別、およびSARS-CoV-2診断からの経過日数別に、結合抗体多重アッセイ（BAMA IgA）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答の大きさを要約しています。

すべてのHIV陰性サンプルにおいて、SARSコロナウイルスに対する中和抗体は293T/ACE2細胞で測定されます。 MPI（最大阻害率）も測定されます。 陽性判定は、ID50/ID80（50%および80%阻害用量）値が>20（アッセイの検出下限値（LLOD））であるか、またはMPIが10%-50%の間であることです。 すべてのHIV陽性サンプルの中和抗体ID50/ID80は、別のアッセイであるVSV偽ウイルス中和アッセイによって測定されます。 陽性判定は、全滴定（開始希釈1:20）を通じて中和が観察されるかどうか、およびMPIが10%-50%の間であることに基づきます。 陽性判定で中和が50%または80%に達しない場合、ID50/ID80力価はまずPrismによって推定されます。

この表は、アメリカコホートにおけるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率を、中和抗体アッセイ（NAb）により、訪問1、2、3、4、全体、地域別、およびSARS-CoV-2診断からの日数別にまとめたものです。

すべてのHIV陰性サンプルにおいて、SARSコロナウイルスに対する中和抗体は293T/ACE2細胞で測定されます。 MPI（最大阻害率）も測定されます。 陽性判定は、ID50/ID80（50％および80％阻害濃度）値が>20（アッセイの検出下限（LLOD））であるか、またはMPIが10％〜50％の間であることに基づきます。 すべてのHIV陽性サンプルの中和抗体ID50/ID80は、異なるアッセイであるVSV疑似ウイルス中和アッセイによって測定されます。 陽性判定は、全滴定（開始希釈1:20）を通じて中和が観察されるかどうか、およびMPIが10％〜50％の間であるかに基づきます。 陽性判定ではあるが中和が50％または80％に達しない場合、ID50/ID80力価はまずPrismによって推定されます。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1、2、3、4、全体、地域別、およびSARS-CoV-2診断からの日数別グループごとに、中和抗体アッセイ（NAb）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合反応強度をまとめています。

すべてのHIV陰性サンプルに対して、SARSコロナウイルスに対する中和抗体は293T/ACE2細胞で測定されます。MPI（最大阻害率）も測定されます。陽性判定は、ID50/ID80（50％および80％阻害濃度）値が>20（アッセイの検出下限（LLOD））またはMPIが10％-50％の間である場合に行われます。すべてのHIV陽性サンプルの中和抗体ID50/ID80は、別のアッセイであるVSV疑似ウイルス中和アッセイによって測定されます。陽性判定は、全滴定（開始希釈1:20）を通じて中和が観察されるかどうか、およびMPIが10％-50％の間であるかに基づきます。陽性判定だが中和が50％または80％に達しない場合、ID50/ID80力価は最初にPrismによって推定されます。

この表は、アフリカコホートにおけるSARS-CoV-2特異的抗体結合反応率を、中和抗体アッセイ（NAb）により、訪問1、2、3、4、全体、および地域別、SARS-CoV-2診断からの日数別にまとめています。

すべてのHIV陰性サンプルにおいて、SARSコロナウイルスに対する中和抗体は293T/ACE2細胞で測定されます。 MPI（最大阻害率）も測定されます。 陽性判定は、ID50/ID80（50％および80％阻害用量）値が>20（アッセイの検出下限（LLOD））であるか、またはMPIが10％〜50％の間であるかのいずれかです。 すべてのHIV陽性サンプルの中和抗体ID50/ID80は、異なるアッセイであるVSV偽ウイルス中和アッセイによって測定されます。 陽性判定は、全希釈系列（開始希釈1:20）を通じて何らの中和が観察され、かつMPIが10％〜50％の間であるかどうかに基づきます。 陽性判定であっても中和が50％または80％に達しない場合、ID50/ID80力価はまずPrismによって推定されます。

この表は、アフリカコホートにおけるSARS-CoV-2特異的抗体結合反応の強度を、中和抗体アッセイ（NAb）により、訪問1、2、3、4、全体、地域別、およびSARS-CoV-2診断からの日数別グループでまとめたものです。

抗体依存性NK細胞脱顆粒は、1:500希釈でADCCアッセイを用いて測定されます。 2つの読み取り値は、感染細胞に対する背景差し引き% CD107A+ NK細胞と、形質転換細胞に対する背景差し引き% CD107A+ NK細胞です。 背景差し引き% CD107A+の値がそれぞれ感染細胞で≥4.07、形質転換細胞で≥5.27の場合、陽性反応と判定されます。 カットオフ値は、SARS-CoV-2陰性対照群の平均+2SDからそれぞれ決定されました。 % CD107a+ NK細胞が反応の大きさでした。

この表は、アメリカコホート（アメリカ合衆国とペルー）における、SARS-CoV-2診断後日数群別および全体の、訪問1時点でのSARS-CoV-2特異的抗体結合反応率を、抗体依存性細胞傷害性アッセイ（ADCC）によりまとめたものです。

抗体依存性NK細胞脱顆粒は、ADCCアッセイを用いて1:500の希釈で測定されます。 2つの読み取り値は、感染細胞のバックグラウンド補正済み％CD107A+ NK細胞と、トランスフェクション細胞のバックグラウンド補正済み％CD107A+ NK細胞となります。 陽性反応は、感染細胞とトランスフェクション細胞それぞれにおいて、バックグラウンド補正済み％CD107A+の値がそれぞれ≥4.07および≥5.27の場合に判定されます。 カットオフ値は、SARS-CoV-2陰性対照群からの平均+2SDによってそれぞれ決定されます。 ％CD107a+ NK細胞が反応の大きさを示しました。

この表は、アメリカコホートにおけるSARS-CoV-2特異的抗体結合反応の大きさを、抗体依存性細胞傷害性アッセイ（ADCC）訪問1時点で、全体、地域別、およびSARS-CoV-2診断からの経過日数別にまとめたものです。

フローサイトメトリーを用いて、細胞内サイトカイン染色（ICS）によりSARS-CoV-2特異的CD4+およびCD8+ T細胞応答を調べました。 すべてのマーカーに対して、フィッシャーの正確確率検定を用いて陽性判定が行われます。 測定値は、IFN-γ/IL-2を発現するT細胞の割合（％）です。

この表は、アメリカコホートにおいて、全体および地域別、SARS-CoV-2診断からの日数別に、訪問1時点でのフローサイトメトリーによるSARS-CoV-2特異的CD4+およびCD8+ T細胞応答率をまとめたものです。

フローサイトメトリーを用いて、細胞内サイトカイン染色（ICS）によりSARS-CoV-2特異的CD4+およびCD8+ T細胞応答を調べました。 陽性判定は、すべてのマーカーに対してフィッシャーの正確確率検定を用いて行います。 値はIFN-γ/IL-2を発現するT細胞の％です。

この表は、アメリカコホートにおける、SARS-CoV-2診断後日数別、地域別、および全体の、訪問1時点でのフローサイトメトリーによるSARS-CoV-2特異的CD4+およびCD8+ T細胞応答の大きさをまとめています。

SARS-CoV-2特異的B細胞応答およびB細胞表現型データは、蛍光標識組換えEnvタンパク質（S6PおよびRBD）をフローサイトメトリー抗体パネルと組み合わせて使用し、登録時訪問（V1）の全ての利用可能なサンプルについて同定および特性評価が行われました。 サンプルは、そのサンプルのIgD- B細胞数が1000以上である場合にのみ分析に含まれます。

この表は、アメリカコホートにおける地域別およびSARS-CoV-2診断後日数別のSARS-CoV-2特異的記憶B細胞応答規模（B細胞）をまとめたものです。

BAMAアッセイは、参加者の訪問1（月0、ベースライン）および追跡訪問（月2、4）で入手可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：プレートレベルコントロール（すなわち、各プレートで実行されたブランクウェル）を背景として差し引いた平均蛍光強度（MFI）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を差し引いた値がアイソタイプ、抗原、および希釈に特異的なカットオフ値以上である場合に判定されます（カットオフ値は研究室によって提供されます）。 MFIからブランクを差し引いた値（または正味MFI）は、特定の時点での応答の大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおいて、結合抗体多重アッセイ（BAMA IgG1）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率を、訪問1、2、3、全体、および地域と併存疾患グループ別に要約したものです。

BAMAアッセイは、参加者の訪問1（月0、ベースライン）および追跡訪問（月2、4）で利用可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：背景を差し引いた平均蛍光強度（MFI）（背景はプレートレベルのコントロール、すなわち各プレートで実行されたブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問における陽性応答は、MFIからブランク値を差し引いた値が、アイソタイプ、抗原、および希釈に特異的なカットオフ（研究室から提供されます）以上である場合に呼び出されます。 MFIからブランクを差し引いた値（または純MFI）は、特定の時点での応答の大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおける結合抗体多重アッセイ（BAMA IgG1）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答の大きさを、訪問1、2、3、全体、および地域と併存疾患グループ別に要約しています。

BAMAアッセイは、参加者の訪問1（0ヶ月目、ベースライン）および追跡訪問（2ヶ月目、4ヶ月目）で利用可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）は、Bio-Plex機器（Bio-Rad）を用いてSARS-CoV-2抗原に対して測定されました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：プレートレベルコントロール（各プレートで実行されたブランクウェル）を背景として差し引いた平均蛍光強度（MFI）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を差し引いた値が、アイソタイプ、抗原、および希釈に特異的なカットオフ値（ラボによって提供される）以上である場合に呼び出されます。 ブランクを差し引いたMFI（または正味MFI）は、特定の時点での応答の大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1、2、全体、および地域および併存疾患グループ別の、結合抗体多重アッセイ（BAMA IgG3）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率を要約しています。

BAMAアッセイは、参加者の訪問1（0ヶ月目、ベースライン）と追跡訪問（2ヶ月目、4ヶ月目）で利用可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：背景減算平均蛍光強度（MFI）（背景はプレートレベルの対照、すなわち各プレートで実行されたブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を引いた値がアイソタイプ、抗原、希釈特異的なカットオフ（ラボによって提供されます）以上の場合に呼び出されます。 MFIからブランクを引いた値（または正味MFI）は、特定の時点での大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1、2での結合抗体多重アッセイ（BAMA IgG3）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答の大きさを、全体、地域、合併症群別に要約しています。

BAMAアッセイは、参加者のVisit 1（月次0、ベースライン）および追跡調査訪問（月次2、4）で入手可能なサンプルに対して実施されました。 血清SARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：背景を差し引いた平均蛍光強度（MFI）（背景はプレートレベルのコントロール、すなわち各プレートで実行されたブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を引いた値がアイソタイプ、抗原、および希釈固有のカットオフ（研究室から提供されます）以上である場合に呼び出されます。 ブランクを引いたMFI（または純MFI）は、特定の時点での大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおけるVisit 1、2、全体、および地域と併存疾患グループ別に、結合抗体マルチプレックスアッセイ（BAMA IgA）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率を要約しています。

BAMAアッセイは、参加者からのVisit 1（0ヶ月目、ベースライン）のサンプルと、追跡調査訪問（2ヶ月目、4ヶ月目）で入手可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3反応（希釈倍率1:50）をSARS-CoV-2抗原に対して、Bio-Plex機器（Bio-Rad）を用いて測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：背景を差し引いた平均蛍光強度（MFI）（背景とはプレートレベルのコントロール、すなわち各プレートで実行されたブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問時における陽性反応は、MFIからブランク値を引いた値が、アイソタイプ、抗原、および希釈倍率に特異的なカットオフ値（研究室から提供されます）以上である場合に判定されます。 ブランクを差し引いたMFI（または正味MFI）は、特定の時点での反応の大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおけるVisit 1、2での、結合抗体マルチプレックスアッセイ（BAMA IgA）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合反応の大きさを、全体、地域別、併存疾患群別に要約したものです。

すべてのHIV陰性サンプルについて、SARSコロナウイルスに対する中和抗体は293T/ACE2細胞で測定されます。MPI（最大阻害率）も測定されます。陽性判定は、ID50/ID80（50％および80％阻害濃度）値が>20（アッセイの検出下限値（LLOD））であるか、またはMPIが10％〜50％の間にある場合です。すべてのHIV陽性サンプルの中和抗体ID50/ID80は、異なるアッセイであるVSV疑似ウイルス中和アッセイによって測定されます。陽性判定は、全希釈系列（開始希釈1:20）を通じて中和が観察されるかどうかに基づき、MPIは10％〜50％の間です。陽性判定だが中和が50％または80％に達しない場合、ID50/ID80力価はまずPrismによって推定されます。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1、2、3、4、全体、および地域および併存疾患グループ別の中和抗体アッセイ（NAb）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率をまとめています。

SARSコロナウイルスに対する中和抗体は、すべてのHIV陰性サンプルにおいて293T/ACE2細胞で測定されます。 MPI（最大阻害率）も測定されます。 陽性判定は、ID50/ID80（50％および80％阻害濃度）値が>20（アッセイの検出下限（LLOD））であるか、またはMPIが10％-50％の間であるかのいずれかです。 すべてのHIV陽性サンプルの中和抗体ID50/ID80は、別のアッセイであるVSV疑似ウイルス中和アッセイによって測定されます。 陽性判定は、全希釈系列（開始希釈1:20）を通じて中和が観察されるかどうか、およびMPIが10％-50％の間であるかに基づきます。 陽性判定だが中和が50％または80％に達しない場合、ID50/ID80力価はまずPrismによって推定されます。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1、2、3、4、全体、および地域と併存疾患グループ別の中和抗体アッセイ（NAb）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答の大きさをまとめたものです。

すべてのHIV陰性サンプルにおいて、SARSコロナウイルスに対する中和抗体は293T/ACE2細胞で測定されます。 MPI（最大阻害率）も測定されます。 陽性判定は、ID50/ID80（50％および80％阻害用量）値が>20（アッセイの検出下限値（LLOD））であるか、またはMPIが10％〜50％の間であることです。 すべてのHIV陽性サンプルの中和抗体ID50/ID80は、異なるアッセイであるVSV疑似ウイルス中和アッセイによって測定されます。 陽性判定は、全希釈（開始希釈1:20）を通じて中和が観察されるかどうか、およびMPIが10％〜50％の間に基づきます。 陽性判定であっても中和が50％または80％に達しない場合、ID50/ID80力価はまずPrismによって推定されます。

この表は、アフリカコホートにおける訪問1、2、3、4、全体、および地域および併存疾患群別の中和抗体アッセイ（NAb）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率をまとめたものです。

すべてのHIV陰性サンプルについて、SARSコロナウイルスに対する中和抗体は293T/ACE2細胞で測定されます。MPI（最大阻害率）も測定されます。陽性判定は、ID50/ID80（50％および80％阻害用量）値が>20（アッセイの検出下限（LLOD））であるか、またはMPIが10％-50％の間であるかのいずれかです。すべてのHIV陽性サンプルの中和抗体ID50/ID80は、別のアッセイであるVSV疑似ウイルス中和アッセイによって測定されます。陽性判定は、全滴定（開始希釈1:20）を通じてMPIが10％-50％の間で中和が観察されるかどうかに基づきます。陽性判定だが中和が50％または80％に達しない場合、ID50/ID80力価はまずPrismによって推定されます。

この表は、アフリカコホートにおける訪問1、2、3、4、全体、および地域および併存疾患グループ別の中和抗体アッセイ（NAb）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合反応の大きさをまとめたものです。

抗体依存性NK細胞脱顆粒は、希釈率1:500のADCCアッセイを用いて測定されます。 2つの読み取り値は、感染細胞に対する背景差し引き％CD107A+ NK細胞と、トランスフェクト細胞に対する背景差し引き％CD107A+ NK細胞となります。 陽性反応は、感染細胞とトランスフェクト細胞それぞれにおいて、背景差し引き％CD107A+の値がそれぞれ≥4.07および≥5.27の場合に判定されます。 カットオフ値は、SARS-CoV-2陰性対照群からの平均+2SDに基づいてそれぞれ決定されます。 ％CD107a+ NK細胞が反応の大きさを示す指標でした。

この表は、アメリカコホートにおける、全体、地域別、併存疾患群別の訪問1時点でのSARS-CoV-2特異的抗体結合応答率を、抗体依存性細胞傷害性アッセイ（ADCC）によりまとめたものです。

抗体依存性NK細胞脱顆粒は、1:500希釈でADCCアッセイを用いて測定される。 2つの読み取り値は、感染細胞のバックグラウンド補正済み％CD107A+ NK細胞と、トランスフェクト細胞のバックグラウンド補正済み％CD107A+ NK細胞である。 陽性反応は、感染細胞およびトランスフェクト細胞について、それぞれバックグラウンド補正済み％CD107A+の値が≥4.07および≥5.27である場合に判定される。 カットオフ値は、それぞれSARS-CoV-2陰性対照からの平均+2SDによって決定された。 ％CD107a+ NK細胞は応答強度であった。

この表は、アメリカコホート全体、および地域および併存疾患群別の、抗体依存性細胞傷害性アッセイ（ADCC）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答強度を要約したものである。

フローサイトメトリーを用いて、細胞内サイトカイン染色（ICS）によりSARS-CoV-2特異的CD4+およびCD8+ T細胞応答を調べた。 全てのマーカーについてフィッシャーの正確確率検定を用いて陽性判定を行う。 マグニチュードはIFN-g/IL-2を発現するT細胞の％である。

この表は、アメリカコホートにおける地域および併存疾患群別を含む全体としての、訪問1時点でのフローサイトメトリーによるSARS-CoV-2特異的CD4+およびCD8+ T細胞応答率をまとめたものである。

フローサイトメトリーを用いて、細胞内サイトカイン染色（ICS）によりSARS-CoV-2特異的CD4+およびCD8+ T細胞応答を調べました。 すべてのマーカーについて、Fisherの正確確率検定を用いて陽性判定を行います。 大きさはIFN-g/IL-2を発現するT細胞の％です。

この表は、アメリカコホート全体および地域別、併存疾患群別における、訪問1時点でのフローサイトメトリーによるSARS-CoV-2特異的CD4+およびCD8+ T細胞応答の大きさをまとめたものです。

SARS-CoV-2特異的B細胞応答およびB細胞表現型データは、蛍光標識組換えEnvタンパク質（S6PおよびRBD）とフローサイトメトリー抗体パネルを組み合わせて、登録時訪問（V1）の全利用可能サンプルで同定・特徴付けされました。 サンプルは、そのサンプルのIgD- B細胞数が1000以上の場合のみ分析に含められます。

この表は、アメリカコホート全体、地域別、併存疾患群別における、訪問1時点でのフローサイトメトリーによるSARS-CoV-2特異的記憶B細胞応答の大きさをまとめたものです。

BAMAアッセイは、参加者の訪問1（0ヶ月目、ベースライン）および追跡訪問（2ヶ月目、4ヶ月目）で利用可能なサンプルに対して実施されました。 血清中のSARS-CoV-2特異的IgA、IgG1、IgG3応答（希釈1:50）をSARS-CoV-2抗原に対してBio-Plex機器（Bio-Rad）で測定しました。 Bioplexソフトウェアは2つの読み取り値を提供します：背景を差し引いた平均蛍光強度（MFI）（背景はプレートレベルコントロール、つまり各プレートで実行されるブランクウェルを指します）と、標準曲線に基づく濃度です。 各訪問での陽性応答は、MFIからブランク値を引いた値が、アイソタイプ、抗原、希釈特異的なカットオフ（ラボによって提供されます）以上である場合に呼び出されます。 ブランクを差し引いたMFI（または正味MFI）は、特定の時点での応答の大きさを要約するために使用されます。

この表は、アメリカコホートにおける訪問1、2、3、全体、地域および登録グループ別の、結合抗体多重アッセイ（BAMA IgA鼻腔サンプル）によるSARS-CoV-2特異的抗体結合応答の大きさを要約しています。