Charakterizace imunity specifické pro SARS-CoV-2 u jedinců, kteří se zotavili z COVID-19

Osoby, které nejsou hospitalizovány pro COVID-19, bez klinického spektra nebo výsledků uvedených ve skupině 3

• 1A: Osoby s asymptomatickou infekcí ve věku 18 až 55 let včetně
• 1B: Osoby s asymptomatickou infekcí, věk > 55
• 1C: Osoby se symptomatickou infekcí (tj. COVID-19) ve věku 18 až 55 let
• 1D: Osoby se symptomatickou infekcí (tj. COVID-19), věk > 55

• Volitelný nosní vzorek(y)
• Odběr krve

Osoby dříve hospitalizované pro COVID-19, bez klinického spektra nebo výsledků uvedených ve skupině 3

• 2A: Osoby ve věku 18 až 55 let
• 2B: Osoby starší 55 let

• Volitelný nosní vzorek(y)
• Odběr krve

• Volitelný nosní vzorek(y)
• Odběr krve

BAMA testy byly provedeny na vzorcích od účastníků při návštěvě 1 (měsíc 0, výchozí hodnota) a na dostupných vzorcích při následných návštěvách (měsíc 2, 4). Sérové SARS-CoV-2-specifické IgA, IgG1, IgG3 odpovědi (ředění 1:50) na SARS-CoV-2 antigeny byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: průměrnou fluorescenční intenzitu po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí označuje kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku na každé destičce), a koncentraci založenou na standardní křivce. Pozitivní odpovědi při každé návštěvě budou označeny, pokud hodnoty MFI minus prázdné hodnoty jsou ≥ izotypově, antigenově a ředěně specifický práh (bude poskytnut laboratoří). MFI minus prázdné hodnoty (nebo čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnuje míru odpovědi specifické vazby protilátek na SARS-CoV-2 pomocí multiplexního testu vazebných protilátek (BAMA IgG1) při návštěvě 1, 2, 3, celkově a podle regionu a skupiny zápisu.

BAMA testy byly provedeny na vzorcích od účastníků při návštěvě 1 (měsíc 0, výchozí stav) a dostupných vzorcích při následných návštěvách (měsíc 2, 4). Sérové odpovědi SARS-CoV-2-specifického IgA, IgG1, IgG3 (ředění 1:50) na antigeny SARS-CoV-2 byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: průměrnou fluorescenční intenzitu po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí označuje kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku na každé destičce), a koncentraci založenou na standardní křivce. Pozitivní odpovědi při každé návštěvě budou určeny, pokud hodnoty MFI minus prázdné hodnoty jsou ≥ specifický práh pro izotyp, antigen a ředění (bude poskytnut laboratoří). Hodnoty MFI minus prázdné hodnoty (neboli čisté MFI) se používají ke shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnula velikost vazebné odpovědi protilátek specifických pro SARS-CoV-2 multiplexním testem vazebných protilátek (BAMA IgG1) při návštěvě 1, 2, 3, celkově a podle regionu a zařazovací skupiny.

BAMA testy byly provedeny na vzorcích od účastníků při návštěvě 1 (měsíc 0, výchozí stav) a na dostupných vzorcích z následných návštěv (měsíc 2, 4). Sérové SARS-CoV-2-specifické IgA, IgG1, IgG3 odpovědi (ředění 1:50) na SARS-CoV-2 antigeny byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: průměrnou fluorescenční intenzitu po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí označuje kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku na každé destičce), a koncentraci založenou na kalibrační křivce. Pozitivní odpovědi při každé návštěvě budou označeny, pokud hodnoty MFI minus prázdné hodnoty jsou ≥ izotypově, antigenově a ředěně specifický práh (bude poskytnut laboratoří). MFI minus prázdné hodnoty (neboli čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnula míru odpovědi specifických protilátek proti SARS-CoV-2 vazbou pomocí multiplexního testu vazebných protilátek (BAMA IgG3) při návštěvě 1, 2, celkově a podle regionu a skupiny zápisu v Americké kohortě.

Testy BAMA byly provedeny pro vzorky od účastníků při návštěvě 1 (měsíc 0, výchozí hodnoty) a dostupné vzorky při následných návštěvách (měsíc 2, 4). Sérové odpovědi IgA, IgG1, IgG3 specifické pro SARS-CoV-2 (ředění 1:50) na antigeny SARS-CoV-2 byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: střední hodnotu fluorescenční intenzity po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí odkazuje na kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku spuštěnou na každé destičce), a koncentraci založenou na kalibrační křivce. Pozitivní odpovědi při každé návštěvě budou označeny, pokud hodnoty MFI mínus prázdné hodnoty jsou ≥ izotypově, antigenově a ředěním specifický práh (bude poskytnut laboratoří). Hodnoty MFI mínus prázdné hodnoty (nebo čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnuje velikost vazebné odpovědi protilátek specifických pro SARS-CoV-2 pomocí multiplexního testu vazebných protilátek (BAMA IgG3) při návštěvě 1, 2, celkově a podle regionu a skupiny zápisu v americké kohortě.

BAMA testy byly provedeny na vzorcích od účastníků při Návštěvě 1 (Měsíc 0, výchozí hodnoty) a na dostupných vzorcích při následných návštěvách (Měsíc 2, 4). Sérové SARS-CoV-2-specifické IgA, IgG1, IgG3 odpovědi (ředění 1:50) na SARS-CoV-2 antigeny byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: průměrnou fluorescenční intenzitu po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí označuje kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku provedenou na každé destičce), a koncentraci založenou na standardní křivce. Pozitivní odpovědi při každé návštěvě budou vyhodnoceny, pokud MFI minus hodnoty prázdné jamky jsou ≥ izotypově, antigenově a ředěně specifický práh (bude poskytnut laboratoří). MFI minus prázdná jamka (nebo čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnula míru odpovědi na vazbu protilátek specifických pro SARS-CoV-2 multiplexním testem vazby protilátek (BAMA IgA) při Návštěvě 1, 2, celkově a podle regionu a skupiny zařazení v Americké kohortě

BAMA testy byly provedeny pro vzorky od účastníků při Návštěvě 1 (Měsíc 0, výchozí stav) a dostupné vzorky při následných návštěvách (Měsíc 2). Sérové SARS-CoV-2-specifické IgA, IgG1, IgG3 odpovědi (ředění 1:50) na SARS-CoV-2 antigeny byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: průměrnou fluorescenční intenzitu po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí odkazuje na kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku spuštěnou na každé destičce), a koncentraci založenou na kalibrační křivce. Pozitivní odpovědi při každé návštěvě budou označeny, pokud hodnoty MFI minus prázdné hodnoty jsou ≥ specifický mezní bod pro izotyp, antigen a ředění (bude poskytnut laboratoří). MFI minus prázdné hodnoty (neboli čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnula velikost odpovědi specifické vazby protilátek proti SARS-CoV-2 multiplexním testem vazby protilátek (BAMA IgA) při Návštěvě 1, 2, celkově a podle regionu a skupiny zápisu v Americké kohortě

Proti SARS koronavirům neutralizující protilátky jsou měřeny v buňkách 293T/ACE2 u všech HIV negativních vzorků. MPI (maximální procento inhibice) je také měřeno. Pozitivní výsledky jsou hodnoty ID50/ID80 (50% a 80% inhibiční dávka) buď >20 (dolní mez detekce (LLOD) testu) nebo MPI je mezi 10%-50%. Neutralizující protilátky ID50/ID80 u všech HIV pozitivních vzorků jsou měřeny jiným testem, VSV pseudovirus neutralizačním testem. Pozitivní výsledky jsou založeny na tom, zda je pozorována jakákoliv neutralizace v celé titraci (počáteční ředění 1:20) s MPI mezi 10%-50%. Pro pozitivní výsledky, kde neutralizace nedosahuje 50% nebo 80%, je titr ID50/ID80 nejprve odhadnut pomocí Prism.

Tabulka shrnuje míru vazebné odpovědi specifických protilátek proti SARS-CoV-2 podle neutralizačního testu protilátek (NAb) při návštěvě 1, 2, 3, 4, celkově a podle regionu a zařazovací skupiny v Americké kohortě (pouze USA a Peru)

Neutralizační protilátky proti SARS koronavirům jsou měřeny v buňkách 293T/ACE2 pro všechny vzorky HIV negativních. MPI (maximální procento inhibice) je také měřeno. Pozitivní výsledky jsou hodnoty ID50/ID80 (50% a 80% inhibiční dávka) buď >20 (spodní hranice detekce (LLOD) testu) nebo MPI je mezi 10%-50%. Neutralizační protilátky ID50/ID80 všech HIV pozitivních vzorků jsou měřeny jiným testem, testem neutralizace pseudoviru VSV. Pozitivní výsledky jsou založeny na tom, zda je pozorována jakákoliv neutralizace během celé titrace (počáteční ředění 1:20) s MPI mezi 10%-50%. Pro pozitivní výsledky, kde neutralizace nedosáhne 50% nebo 80%, je titr ID50/ID80 nejprve odhadnut pomocí Prism.

Tabulka shrnuje velikost odpovědi vazby specifických protilátek proti SARS-CoV-2 pomocí testu neutralizačních protilátek (NAb) při návštěvě 1, 2, 3, 4, celkově a podle regionu a skupiny zápisu v americké kohortě (pouze USA a Peru)

Pro všechny vzorky HIV negativních pacientů se neutralizační protilátky proti SARS koronavirům měří v buňkách 293T/ACE2. Měří se také MPI (maximální procento inhibice). Pozitivní výsledky jsou určeny buď hodnotou ID50/ID80 (50% a 80% inhibiční dávka) >20 (dolní mez detekce (LLOD) testu), nebo MPI mezi 10%-50%. Neutralizační protilátky ID50/ID80 všech HIV pozitivních vzorků se měří jiným testem, testem neutralizace pseudoviru VSV. Pozitivní výsledky se určují na základě toho, zda je během celé titrace (počáteční ředění 1:20) pozorována nějaká neutralizace s MPI mezi 10%-50%. U pozitivních výsledků, kde neutralizace nedosáhne 50% nebo 80%, se titr ID50/ID80 nejprve odhadne pomocí Prism.

Tabulka shrnuje míru specifické protilátkové vazebné odpovědi na SARS-CoV-2 podle neutralizačního protilátkového testu (NAb) při návštěvě 1, 2, 3, 4, celkově a podle regionu a skupiny zařazení v Africké kohortě.

Neutralizační protilátky proti SARS koronavirům se měří v buňkách 293T/ACE2 pro všechny vzorky HIV negativních. MPI (maximální procento inhibice) se také měří. Pozitivita je určena hodnotou ID50/ID80 (50% a 80% inhibiční dávka) buď >20 (dolní limit detekce (LLOD) testu) nebo MPI je mezi 10%-50%. Neutralizační protilátky ID50/ID80 všech HIV pozitivních vzorků se měří jiným testem, VSV pseudovirus neutralizačním testem. Pozitivita je určena podle toho, zda je pozorována neutralizace v celém titračním rozsahu (počáteční ředění 1:20) s MPI mezi 10%-50%. Pro pozitivní případy, kde neutralizace nedosahuje 50% nebo 80%, je titr ID50/ID80 nejprve odhadnut pomocí Prism.

Tabulka shrnuje velikost vazebné odpovědi specifických protilátek proti SARS-CoV-2 podle neutralizačního testu protilátek (NAb) při návštěvě 1, 2, 3, 4, celkově a podle regionu a skupiny zápisu v Africké kohortě

Degranulace NK buněk závislá na protilátkách bude měřena pomocí ADCC testu při ředění 1:500. Dvě odečtené hodnoty budou pozadím korigované % CD107A+ NK buněk pro infikované buňky a pozadím korigované % CD107A+ NK buněk pro transfekované buňky. Pozitivní odpovědi budou vyhodnoceny, pokud hodnoty pozadím korigovaného % CD107A+ ≥ 4,07 a ≥ 5,27 pro infikované a transfekované buňky, respektive. Hranice jsou stanoveny jako průměr + 2SD, respektive, z negativních kontrol SARS-CoV-2. Procento CD107a+ NK buněk bylo velikostí odpovědi.

Tabulka shrnuje míru specifické vazebné odpovědi protilátek proti SARS-CoV-2 pomocí testu protilátkami zprostředkované buněčné cytotoxicity (ADCC) při návštěvě 1, celkově a podle regionu a skupiny zápisu v americké kohortě (pouze USA a Peru).

Degranulace NK buněk závislá na protilátkách bude měřena pomocí ADCC testu při ředění 1:500. Dvě odečtené hodnoty budou procento CD107A+ NK buněk po odečtení pozadí pro infikované buňky a procento CD107A+ NK buněk po odečtení pozadí pro transfekované buňky. Pozitivní odpovědi budou vyhodnoceny, pokud hodnoty procenta CD107A+ po odečtení pozadí ≥ 4,07 a ≥ 5,27 pro infikované a transfekované buňky, v daném pořadí. Mezní hodnoty jsou stanoveny jako průměr + 2SD, v daném pořadí, z negativních kontrol SARS-CoV-2. Procento CD107a+ NK buněk představovalo velikost odpovědi.

Tabulka shrnuje velikost specifické protilátkové vazebné odpovědi na SARS-CoV-2 pomocí testu protilátkami závislé buněčné cytotoxicity (ADCC) v návštěvě 1, celkově a podle regionu a zápisové skupiny v rámci Americké kohorty.

K vyšetření specifických odpovědí CD4+ a CD8+ T-buněk na SARS-CoV-2 byla použita průtoková cytometrie pomocí intracelulárního barvení cytokinů (ICS). Pozitivní výsledky budou určeny pomocí Fisherova exaktního testu pro všechny markery. Velikosti jsou vyjádřeny jako % T-buněk exprimujících IFN-g/IL-2.

Tabulka shrnuje míru specifické odpovědi CD4+ a CD8+ T-buněk na SARS-CoV-2 pomocí průtokové cytometrie při návštěvě 1, celkově a podle regionu a skupiny zařazení v rámci americké kohorty (pouze USA a Peru).

K vyšetření specifických odpovědí CD4+ a CD8+ T-buněk na SARS-CoV-2 byla použita průtoková cytometrie s intracelulárním barvením cytokinů (ICS). Pozitivní výsledky budou určeny pomocí Fisherova exaktního testu pozitivity pro všechny markery. Velikosti jsou vyjádřeny jako % T-buněk exprimujících IFN-g/IL-2.

Tabulka shrnuje velikost specifické odpovědi CD4+ a CD8+ T-buněk na SARS-CoV-2 pomocí průtokové cytometrie při návštěvě 1, celkově a podle regionu a zařazovací skupiny mezi pozitivními respondenty americké kohorty (USA a Peru).

SARS-CoV-2 specifické B-buněčné odpovědi a fenotypová data B buněk byly identifikovány a charakterizovány pomocí fluorescenčně značených rekombinantních Env proteinů (S6P a RBD) v kombinaci s průtokově cytometrickou protilátkovou soupravou na všech dostupných vzorcích z vstupního vyšetření (V1). Pro fenotypová data B buněk není k dispozici hodnocení pozitivity. Velikost odpovědi je frekvence subpopulace B buněk.

Tabulka shrnuje velikost odpovědi SARS-CoV-2 specifických paměťových B buněk pomocí průtokové cytometrie při návštěvě 1, celkově a podle regionu a vstupní skupiny v rámci americké kohorty (pouze USA a Peru).

BAMA testy byly provedeny pro vzorky od účastníků při návštěvě 1 (měsíc 0, výchozí stav) a dostupné vzorky při následných návštěvách (měsíc 2, 4). Sérové odpovědi SARS-CoV-2-specifického IgA, IgG1, IgG3 (ředění 1:50) na antigeny SARS-CoV-2 byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: střední fluorescenční intenzitu po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí odkazuje na kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdná jamka na každé destičce), a koncentraci založenou na kalibrační křivce. Pozitivní odpovědi při každé návštěvě budou označeny, pokud hodnoty MFI mínus prázdné hodnoty jsou ≥ izotypově, antigenově a ředěně specifický práh (bude poskytnut laboratoří). MFI mínus prázdné hodnoty (nebo čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém okamžiku.

Tabulka shrnula míru vazebné odpovědi protilátek specifických pro SARS-CoV-2 pomocí multiplexního testu vazebných protilátek (BAMA IgG1) při návštěvě 1, 2, 3, celkově a podle regionu a závažnosti COVID-19 v americké kohortě (USA a Peru)

BAMA testy byly provedeny na vzorcích od účastníků v Návštěvě 1 (Měsíc 0, výchozí hodnota) a na dostupných vzorcích z kontrolních návštěv (Měsíc 2, 4). Sérové odpovědi IgA, IgG1, IgG3 specifické pro SARS-CoV-2 (ředění 1:50) na antigeny SARS-CoV-2 byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: střední intenzitu fluorescence po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí označuje kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku na každé destičce), a koncentraci založenou na kalibrační křivce. Pozitivní odpovědi v každé návštěvě budou označeny, pokud MFI minus prázdné hodnoty jsou ≥ izotypově, antigenově a ředění-specifickému prahu (bude poskytnut laboratoří). MFI minus prázdné hodnoty (neboli čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnuje velikost odpovědi specifické protilátky vázající se na SARS-CoV-2 pomocí multiplexního testu vazebných protilátek (BAMA IgG1) v Návštěvě 1, 2, 3, celkově a podle regionu a závažnosti COVID-19 v americké kohortě (USA a Peru).

BAMA analýzy byly provedeny pro vzorky od účastníků na Návštěvě 1 (Měsíc 0, výchozí hodnoty) a dostupné vzorky na následných návštěvách (Měsíc 2, 4). Sérové SARS-CoV-2 specifické IgA, IgG1, IgG3 odpovědi (ředění 1:50) na SARS-CoV-2 antigeny byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: průměrnou fluorescenční intenzitu po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí označuje kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku provedenou na každé destičce), a koncentraci založenou na kalibrační křivce. Pozitivní odpovědi na každé návštěvě budou označeny, pokud MFI minus hodnoty prázdné jamky jsou ≥ izotypově, antigenově a ředění specifický práh (bude poskytnut laboratoří). MFI minus prázdná jamka (neboli čistá MFI) se používají ke shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnula míru odpovědi na vazbu protilátek specifických pro SARS-CoV-2 pomocí multiplexního testu vazebných protilátek (BAMA IgG3) na Návštěvě 1, 2, celkově a podle regionu a závažnosti COVID-19 v Americké kohortě (USA a Peru).

BAMA testy byly provedeny pro vzorky od účastníků na Návštěvě 1 (Měsíc 0, výchozí hodnota) a dostupné vzorky na následných návštěvách (Měsíc 2, 4). Sérové odpovědi IgA, IgG1, IgG3 specifické pro SARS-CoV-2 (ředění 1:50) na antigeny SARS-CoV-2 byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: střední fluorescenční intenzitu po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí označuje kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku spuštěnou na každé destičce), a koncentraci založenou na standardní křivce. Pozitivní odpovědi na každé návštěvě budou vyhodnoceny, pokud hodnoty MFI minus prázdné hodnoty jsou ≥ izotypově, antigenově a ředěně specifický práh (bude poskytnut laboratoří). MFI minus prázdné hodnoty (nebo čistá MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnula míru odpovědi specifické protilátkové vazby na SARS-CoV-2 pomocí multiplexního testu vazebných protilátek (BAMA IgA) na Návštěvě 1, 2, celkově a podle regionu a závažnosti COVID-19 v Americké kohortě (USA a Peru)

Analýzy BAMA byly provedeny pro vzorky od účastníků v době návštěvy 1 (měsíc 0, výchozí hodnoty) a pro dostupné vzorky z následných návštěv (měsíc 2, 4). Sérové odpovědi SARS-CoV-2-specifických IgA, IgG1, IgG3 (ředění 1:50) na antigeny SARS-CoV-2 byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: střední fluorescenční intenzitu po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí odkazuje na kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdná jamka na každé destičce), a koncentraci založenou na standardní křivce. Pozitivní odpovědi v každé návštěvě budou vyhodnoceny, pokud hodnoty MFI mínus prázdné hodnoty jsou ≥ specifický mezní hodnota pro izotyp, antigen a ředění (bude poskytnuta laboratoří). MFI mínus prázdné hodnoty (nebo čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnula velikost vazebné odpovědi protilátek specifických pro SARS-CoV-2 multiplexní analýzou vazebných protilátek (BAMA IgA) v návštěvě 1, 2, celkově a podle regionu a závažnosti COVID-19 v americké kohortě (USA a Peru).

Pro všechny HIV negativní vzorky jsou neutralizační protilátky proti SARS koronavirům měřeny na buňkách 293T/ACE2. MPI (maximální procentuální inhibice) je také měřeno. Pozitivita je určena hodnotou ID50/ID80 (50% a 80% inhibiční dávka) buď >20 (dolní mez detekce (LLOD) testu) nebo MPI je mezi 10%-50%. Neutralizační protilátky ID50/ID80 všech HIV pozitivních vzorků jsou měřeny jiným testem, VSV pseudovirus neutralizačním testem. Pozitivita je určena na základě toho, zda je pozorována neutralizace v celém titračním rozsahu (počáteční ředění 1:20) s MPI mezi 10%-50%. U pozitivních vzorků, kde neutralizace nedosáhne 50% nebo 80%, je titr ID50/ID80 nejprve odhadnut pomocí Prism.

Tabulka shrnuje míru vazebné odpovědi specifických protilátek proti SARS-CoV-2 podle neutralizačního testu protilátek (NAb) při návštěvě 1, 2, 3, 4, celkově a podle regionu a závažnosti COVID-19.

Pro všechny vzorky HIV negativních jedinců se neutralizační protilátky proti SARS koronavirům měří na buňkách 293T/ACE2. Měří se také MPI (maximální procento inhibice). Pozitivita se stanovuje, pokud je hodnota ID50/ID80 (50% a 80% inhibiční dávka) vyšší než 20 (dolní mez detekce (LLOD) testu) nebo pokud je MPI mezi 10%-50%. Neutralizační protilátky ID50/ID80 u všech HIV pozitivních vzorků se měří jiným testem, testem neutralizace pseudoviru VSV. Pozitivita se stanovuje na základě toho, zda je během celé titrace (počáteční ředění 1:20) pozorována nějaká neutralizace s MPI mezi 10%-50%. U pozitivních výsledků, kde neutralizace nedosáhne 50% nebo 80%, se titr ID50/ID80 nejprve odhaduje pomocí Prism.

Tabulka shrnuje velikost vazebné odpovědi specifických protilátek proti SARS-CoV-2 měřenou neutralizačním testem protilátek (NAb) při návštěvě 1, 2, 3, 4, celkově a podle regionu a závažnosti COVID-19 v rámci Americké kohorty.

Neutralizační protilátky proti SARS koronavirům se měří v buňkách 293T/ACE2 pro všechny vzorky HIV negativních pacientů. Měří se také MPI (maximální procento inhibice). Pozitivní výsledky jsou hodnoty ID50/ID80 (50% a 80% inhibiční dávka) buď >20 (dolní mez detekce (LLOD) testu) nebo MPI je mezi 10%-50%. Neutralizační protilátky ID50/ID80 všech HIV pozitivních vzorků se měří jiným testem, VSV pseudovirus neutralizačním testem. Pozitivní výsledky jsou založeny na tom, zda je pozorována jakákoli neutralizace v celé titraci (počáteční ředění 1:20) s MPI mezi 10%-50%. U pozitivních výsledků, kde neutralizace nedosáhne 50% nebo 80%, se titr ID50/ID80 nejprve odhadne pomocí Prism.

Tabulka shrnuje míru specifické vazebné odpovědi protilátek proti SARS-CoV-2 podle neutralizačního testu protilátek (NAb) při návštěvě 1, 2, 3, 4, celkově a podle regionu a závažnosti COVID-19

Neutralizační protilátky proti SARS koronavirům jsou měřeny v buňkách 293T/ACE2 pro všechny HIV negativní vzorky. MPI (maximální procentuální inhibice) je také měřeno. Pozitivní výsledky jsou určeny hodnotou ID50/ID80 (50% a 80% inhibiční dávka) buď >20 (dolní mez detekce (LLOD) testu) nebo MPI je mezi 10%-50%. Neutralizační protilátky ID50/ID80 všech HIV pozitivních vzorků jsou měřeny jiným testem, testem neutralizace VSV pseudoviru. Pozitivní výsledky jsou založeny na tom, zda je pozorována neutralizace v celé titraci (počáteční ředění 1:20) s MPI mezi 10%-50%. Pro pozitivní výsledky, kde neutralizace nedosáhne 50% nebo 80%, je titr ID50/ID80 nejprve odhadnut pomocí Prism.

Tabulka shrnuje velikost odpovědi specifické vazby protilátek na SARS-CoV-2 pomocí testu neutralizačních protilátek (NAb) při návštěvě 1, 2, 3, 4, celkově a podle regionu a závažnosti COVID-19 v rámci Africké kohorty

Antibody-dependentní degranulace NK buněk bude měřena pomocí ADCC testu při ředění 1:500. Dvě odečtené hodnoty budou pozadím korigované % CD107A+ NK buněk pro infikované buňky a pozadím korigované % CD107A+ NK buněk pro transfekované buňky. Pozitivní odpovědi budou určeny, pokud hodnoty pozadím korigovaného % CD107A+ ≥ 4,07 a ≥5,27 pro infikované a transfekované buňky. Hranice jsou stanoveny průměrem+2SD z negativních kontrol SARS-CoV-2. Procento CD107a+ NK buněk bylo měřítkem velikosti odpovědi.

Tabulka shrnula míru specifické protilátkové vazebné odpovědi na SARS-CoV-2 pomocí testu antibody-dependentní buněčné cytotoxicity (ADCC) při návštěvě 1, celkově a podle regionu a závažnosti COVID-19 v americké kohortě (USA a Peru).

Degranulace NK buněk závislá na protilátkách bude měřena pomocí ADCC testu při ředění 1:500. Dvě odečtené hodnoty budou pozadím korigované % CD107A+ NK buněk pro infikované buňky a pozadím korigované % CD107A+ NK buněk pro transfekované buňky. Pozitivní odpovědi budou vyhodnoceny, pokud hodnoty pozadím korigovaného % CD107A+ ≥ 4,07 a ≥5,27 pro infikované a transfekované buňky. Mezní hodnoty jsou stanoveny jako průměr+2SD z negativních kontrol SARS-CoV-2. Procento CD107a+ NK buněk představovalo velikost odpovědi.

Tabulka shrnula velikost specifické protilátkové vazebné odpovědi na SARS-CoV-2 pomocí testu protilátkami zprostředkované buněčné cytotoxicity (ADCC) při první návštěvě, celkově a podle regionu a závažnosti COVID-19 v americké kohortě (USA a Peru).

Pro vyšetření specifických odpovědí CD4+ a CD8+ T-buněk na SARS-CoV-2 byla použita průtoková cytometrie pomocí intracelulárního barvení cytokinů (ICS). Pozitivní výsledky budou stanoveny pomocí Fisherova exaktního testu pro všechny markery. Velikosti jsou vyjádřeny jako % T-buněk exprimujících IFN-g/IL-2.

Tabulka shrnuje míru specifické odpovědi CD4+ a CD8+ T-buněk na SARS-CoV-2 pomocí průtokové cytometrie při Návštěvě 1, celkově a podle regionu a závažnosti COVID-19 v americké kohortě (USA a Peru)

K vyšetření specifických odpovědí CD4+ a CD8+ T-buněk na SARS-CoV-2 byla použita průtoková cytometrie pomocí intracelulárního barvení cytokinů (ICS). Pozitivní výsledky budou určeny pomocí Fisherova přesného testu pozitivity pro všechny markery. Velikosti jsou vyjádřeny jako % T buněk exprimujících IFN-g/IL-2.

Tabulka shrnuje velikost specifické odpovědi CD4+ a CD8+ T buněk na SARS-CoV-2 pomocí průtokové cytometrie při návštěvě 1, celkově a podle regionu a závažnosti COVID-19 v americké kohortě.

SARS-CoV-2-specifické B-buněčné odpovědi a fenotypová data B buněk byly identifikovány a charakterizovány pomocí fluorescenčně značených rekombinantních Env proteinů (S6P a RBD) v kombinaci s průtokovou cytometrií pomocí protilátkové soupravy na všech dostupných vzorcích z návštěvy při zařazení do studie (V1). Vzorek bude zahrnut do analýzy pouze v případě, že počet IgD- B buněk je u daného vzorku roven nebo větší než 1000.

Tabulka shrnuje velikost odpovědi paměťových B buněk specifických pro SARS-CoV-2 pomocí průtokové cytometrie při Návštěvě 1, celkově a podle regionu a závažnosti COVID-19 v rámci Americké kohorty (USA a Peru).

BAMA testy byly provedeny pro vzorky od účastníků v návštěvě 1 (měsíc 0, výchozí hodnota) a dostupné vzorky z následných návštěv (měsíc 2, 4). Sérové odpovědi SARS-CoV-2-specifických IgA, IgG1, IgG3 (ředění 1:50) na antigeny SARS-CoV-2 byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: průměrnou fluorescenční intenzitu po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí odkazuje na kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku provedenou na každé destičce), a koncentraci založenou na kalibrační křivce. Pozitivní odpovědi v každé návštěvě budou označeny, pokud hodnoty MFI mínus prázdné hodnoty jsou ≥ izotypově, antigenově a ředěně specifický práh (bude poskytnut laboratoří). Hodnoty MFI mínus prázdné hodnoty (neboli čisté MFI) se používají ke shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnula míru odpovědi na vazbu protilátky specifické pro SARS-CoV-2 pomocí multiplexového testu vazebných protilátek (BAMA IgG1) v návštěvě 1, 2, 3, celkově a podle regionu a dnů od diagnózy SARS-CoV-2 ve skupině Americké kohorty.

BAMA testy byly provedeny pro vzorky od účastníků při Návštěvě 1 (Měsíc 0, výchozí hodnoty) a dostupné vzorky při následných návštěvách (Měsíc 2, 4). Sérové odpovědi SARS-CoV-2-specifického IgA, IgG1, IgG3 (ředění 1:50) na antigeny SARS-CoV-2 byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: průměrnou fluorescenční intenzitu s odečteným pozadím (MFI), kde pozadí odkazuje na kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdná jamka spuštěná na každé destičce), a koncentraci založenou na standardní křivce. Pozitivní odpovědi při každé návštěvě budou označeny, pokud hodnoty MFI minus prázdné hodnoty jsou ≥ izotyp, antigen a ředění specifický mezní hodnoty (bude poskytnuta laboratoří). MFI minus prázdné hodnoty (nebo čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnula velikost odpovědi vazby protilátek specifických pro SARS-CoV-2 pomocí BAMA IgG1 při Návštěvě 1, 2, 3, celkově a podle regionu a dnů od diagnózy SARS-CoV-2 ve skupině Americké kohorty.

BAMA testy byly provedeny pro vzorky od účastníků na Návštěvě 1 (Měsíc 0, výchozí hodnoty) a dostupné vzorky na kontrolních návštěvách (Měsíc 2, 4). Sérové SARS-CoV-2-specifické IgA, IgG1, IgG3 odpovědi (ředění 1:50) na SARS-CoV-2 antigeny byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: průměrnou intenzitu fluorescence po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí odkazuje na kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku na každé destičce), a koncentraci založenou na standardní křivce. Pozitivní odpovědi na každé návštěvě budou označeny, pokud hodnoty MFI minus prázdné hodnoty jsou ≥ specifický mezní hodnota pro izotyp, antigen a ředění (bude poskytnuta laboratoří). MFI minus prázdné hodnoty (nebo čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnula míru odpovědi protilátek specifických pro SARS-CoV-2 vázáním pomocí multiplexového testu vazby protilátek (BAMA IgG3) na Návštěvě 1, 2, celkově a podle regionu a dnů od diagnózy SARS-CoV-2 ve skupině americké kohorty.

BAMA testy byly provedeny u vzorků od účastníků při Návštěvě 1 (Měsíc 0, výchozí hodnota) a dostupných vzorků při následných návštěvách (Měsíc 2, 4). Sérové odpovědi SARS-CoV-2-specifického IgA, IgG1, IgG3 (ředění 1:50) na antigeny SARS-CoV-2 byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: střední fluorescenční intenzitu po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí odkazuje na kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku spuštěnou na každé destičce), a koncentraci založenou na kalibrační křivce. Pozitivní odpovědi při každé návštěvě budou označeny, pokud hodnoty MFI mínus prázdné hodnoty jsou ≥ izotypově, antigenově a ředění specifický práh (bude poskytnut laboratoří). MFI mínus prázdné hodnoty (nebo čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnuje velikost vazebné odpovědi SARS-CoV-2-specifické protilátky pomocí multiplexního testu vazebné protilátky (BAMA IgG3) při Návštěvě 1, 2, celkově a podle regionu a dnů od diagnózy SARS-CoV-2 ve skupině Americké kohorty.

Analýzy BAMA byly provedeny pro vzorky od účastníků na Návštěvě 1 (Měsíc 0, výchozí hodnoty) a dostupné vzorky na kontrolních návštěvách (Měsíc 2, 4). Sérové SARS-CoV-2-specifické IgA, IgG1, IgG3 odpovědi (ředění 1:50) na SARS-CoV-2 antigeny byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: střední fluorescenční intenzitu po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí odkazuje na kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku spuštěnou na každé destičce), a koncentraci založenou na standardní křivce. Pozitivní odpovědi na každé návštěvě budou označeny, pokud hodnoty MFI mínus prázdné hodnoty jsou ≥ specifický mezní hodnota pro izotyp, antigen a ředění (bude poskytnuta laboratoří). Hodnoty MFI mínus prázdné (nebo čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnula míru odpovědi na vazbu protilátek specifických pro SARS-CoV-2 pomocí multiplexního testu vazebných protilátek (BAMA IgA) na Návštěvě 1, 2, celkově a podle regionu a dnů od diagnózy SARS-CoV-2 ve skupině Americké kohorty.

BAMA analýzy byly provedeny u vzorků od účastníků na Návštěvě 1 (Měsíc 0, výchozí hodnoty) a u dostupných vzorků na kontrolních návštěvách (Měsíc 2, 4). Sérové odpovědi IgA, IgG1, IgG3 specifické pro SARS-CoV-2 (ředění 1:50) na antigeny SARS-CoV-2 byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: střední fluorescenční intenzitu po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí odkazuje na kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdná jamka spuštěná na každé destičce), a koncentraci založenou na standardní křivce. Pozitivní odpovědi na každé návštěvě budou vyhodnoceny, pokud hodnoty MFI mínus blank jsou ≥ izotypově, antigenově a ředěně specifický mezní bod (bude poskytnut laboratoří). Hodnoty MFI mínus blank (neboli čistá MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnula velikost vazebné odpovědi protilátek specifických pro SARS-CoV-2 pomocí multiplexní analýzy vazebných protilátek (BAMA IgA) na Návštěvě 1, 2, celkově a podle regionu a dnů od diagnózy SARS-CoV-2 ve skupině Americké kohorty.

Neutralizační protilátky proti SARS koronavirům se měří v buňkách 293T/ACE2 u všech vzorků HIV negativních. MPI (maximální procento inhibice) se také měří. Pozitivita je určena hodnotou ID50/ID80 (50% a 80% inhibiční dávka) buď >20 (dolní mez detekce (LLOD) testu) nebo MPI je mezi 10%-50%. Neutralizační protilátka ID50/ID80 všech HIV pozitivních vzorků se měří jiným testem, VSV pseudovirus neutralizačním testem. Pozitivita je určena na základě toho, zda je pozorována nějaká neutralizace v celé titraci (počáteční ředění 1:20) s MPI mezi 10%-50%. U pozitivních vzorků, kde neutralizace nedosáhne 50% nebo 80%, se titr ID50/ID80 nejprve odhadne pomocí Prism.

Tabulka shrnuje míru specifické vazebné odpovědi protilátek proti SARS-CoV-2 pomocí neutralizačního protilátkového testu (NAb) v návštěvách 1, 2, 3, 4, celkově a podle regionu a dnů od diagnózy SARS-CoV-2 ve skupině Americké kohorty

Pro všechny vzorky HIV negativních pacientů se měří neutralizační protilátky proti SARS koronavirům v buňkách 293T/ACE2. Také se měří MPI (maximální procento inhibice). Pozitivita se určuje na základě hodnoty ID50/ID80 (inhibiční dávka 50 % a 80 %) buď >20 (dolní mez detekce (LLOD) testu) nebo MPI mezi 10 % - 50 %. Neutralizační protilátky ID50/ID80 všech vzorků HIV pozitivních pacientů se měří jiným testem, VSV pseudovirus neutralizačním testem. Pozitivita se určuje na základě toho, zda je pozorována jakákoli neutralizace během celé titrace (počáteční ředění 1:20) s MPI mezi 10 % - 50 %. U pozitivních vzorků, kde neutralizace nedosáhne 50 % nebo 80 %, se titer ID50/ID80 nejprve odhaduje pomocí Prism.

Tabulka shrnuje velikost odpovědi specifických protilátek proti SARS-CoV-2 měřenou neutralizačním testem protilátek (NAb) při návštěvě 1, 2, 3, 4, celkově a podle regionu a dnů od diagnózy SARS-CoV-2 ve skupině americké kohorty.

Neutralizační protilátky proti koronavirům SARS se měří v buňkách 293T/ACE2 u všech vzorků HIV negativních. MPI (maximální procento inhibice) se také měří. Pozitivita se určuje, když hodnota ID50/ID80 (50% a 80% inhibiční dávka) je >20 (dolní mez detekce (LLOD) testu) nebo když MPI je mezi 10%-50%. Neutralizační protilátky ID50/ID80 u všech vzorků HIV pozitivních se měří jiným testem, testem neutralizace pseudoviru VSV. Pozitivita se určuje na základě toho, zda je pozorována neutralizace v celém titračním rozsahu (počáteční ředění 1:20) s MPI mezi 10%-50%. U pozitivních vzorků, kde neutralizace nedosáhne 50% nebo 80%, se titr ID50/ID80 nejprve odhaduje pomocí Prismu.

Tabulka shrnuje míru specifické vazebné odpovědi protilátek proti SARS-CoV-2 podle neutralizačního testu protilátek (NAb) při návštěvě 1, 2, 3, 4, celkově a podle regionu a dnů od diagnózy SARS-CoV-2 ve skupině Africké kohorty.

Neutralizační protilátky proti SARS koronavirům se měří v buňkách 293T/ACE2 pro všechny vzorky HIV negativních. MPI (maximální procento inhibice) je také měřeno. Pozitivní výsledky jsou hodnoty ID50/ID80 (50% a 80% inhibiční dávka) buď >20 (dolní mez detekce (LLOD) testu) nebo MPI je mezi 10%-50%. Neutralizační protilátky ID50/ID80 všech HIV pozitivních vzorků jsou měřeny jiným testem, VSV pseudovirus neutralizačním testem. Pozitivní výsledky jsou založeny na tom, zda je pozorována nějaká neutralizace v celé titraci (počáteční ředění 1:20) s MPI mezi 10%-50%. Pro pozitivní výsledky, kde neutralizace nedosáhne 50% nebo 80%, je titr ID50/ID80 nejprve odhadnut pomocí Prism.

Tabulka shrnuje velikost vazebné odpovědi specifických protilátek proti SARS-CoV-2 neutralizačním protilátkovým testem (NAb) při návštěvě 1, 2, 3, 4, celkově a podle regionu a dnů od diagnózy SARS-CoV-2 ve skupině Africké kohorty.

Antibody-dependentní degranulace NK buněk bude měřena pomocí ADCC testu při ředění 1:500. Dvěma výstupy budou pozadím korigované % NK buněk CD107A+ pro infikované buňky a pozadím korigované % NK buněk CD107A+ pro transfekované buňky. Pozitivní odpovědi budou definovány, pokud hodnoty pozadím korigovaného % CD107A+ ≥ 4,07 a ≥5,27 pro infikované a transfekované buňky, v daném pořadí. Hranice jsou stanoveny jako průměr+2SD, v daném pořadí, od negativních kontrol SARS-CoV-2. Procenta NK buněk CD107a+ byla velikost odpovědi.

Tabulka shrnula míru specifické vazebné odpovědi protilátek proti SARS-CoV-2 pomocí testu antibody-dependentní buněčné cytotoxicity (ADCC) při Návštěvě 1, celkově a podle regionu a dnů od diagnózy SARS-CoV-2 ve skupině Americké kohorty (USA a Peru)

Degranulace NK buněk závislá na protilátkách bude měřena pomocí ADCC testu při ředění 1:500. Dvě odečtené hodnoty budou pozadím korigované % CD107A+ NK buněk pro infikované buňky a pozadím korigované % CD107A+ NK buněk pro transfekované buňky. Pozitivní odpovědi budou vyhodnoceny, pokud hodnoty pozadím korigovaného % CD107A+ ≥ 4,07 a ≥ 5,27 pro infikované a transfekované buňky. Mezní hodnoty jsou stanoveny jako průměr + 2SD z negativních kontrol SARS-CoV-2. Procento CD107a+ NK buněk představovalo velikost odpovědi.

Tabulka shrnuje velikost specifické vazebné odpovědi protilátek proti SARS-CoV-2 pomocí testu buněčné cytotoxicity závislé na protilátkách (ADCC) v návštěvě 1, celkově a podle regionu a dnů od diagnózy SARS-CoV-2 v americké kohortě.

Pro vyšetření specifických odpovědí CD4+ a CD8+ T-buněk na SARS-CoV-2 byla použita průtoková cytometrie pomocí intracelulárního barvení cytokinů (ICS). Pozitivní výsledky budou určeny pomocí Fisherova exaktního testu pozitivity pro všechny markery. Velikosti jsou vyjádřeny jako % T-buněk exprimujících IFN-g/IL-2.

Tabulka shrnuje míru specifické odpovědi CD4+ a CD8+ T-buněk na SARS-CoV-2 pomocí průtokové cytometrie při návštěvě 1, celkově a podle regionu a dnů od diagnózy SARS-CoV-2 v Americké kohortě.

Pro vyšetření specifických odpovědí CD4+ a CD8+ T-buněk na SARS-CoV-2 byla použita průtoková cytometrie s intracelulárním barvením cytokinů (ICS). Pozitivní výsledky budou stanoveny pomocí Fisherova exaktního testu pozitivity pro všechny markery. Velikosti jsou vyjádřeny jako % T-buněk exprimujících IFN-g/IL-2.

Tabulka shrnuje velikost specifické odpovědi CD4+ a CD8+ T-buněk na SARS-CoV-2 pomocí průtokové cytometrie při Návštěvě 1, celkově a podle regionu a dnů od diagnózy SARS-CoV-2 v americké kohortě.

Buněčné odpovědi B lymfocytů specifické pro SARS-CoV-2 a fenotypická data B lymfocytů byly identifikovány a charakterizovány pomocí fluorescenčně značených rekombinantních Env proteinů (S6P a RBD) v kombinaci s panelem protilátek pro průtokovou cytometrii na všech dostupných vzorcích z návštěvy při zařazení do studie (V1). Vzorek bude zahrnut do analýzy pouze v případě, že počet IgD- B lymfocytů je pro daný vzorek roven nebo větší než 1000.

Tabulka shrnuje velikost odpovědi paměťových B lymfocytů specifických pro SARS-CoV-2 (B lymfocyty) podle regionu a skupin dnů od diagnózy SARS-CoV-2 v kohortě z Ameriky.

Analýzy BAMA byly provedeny pro vzorky od účastníků v Návštěvě 1 (Měsíc 0, výchozí hodnota) a dostupné vzorky v následných návštěvách (Měsíc 2, 4). Sérové SARS-CoV-2-specifické IgA, IgG1, IgG3 odpovědi (ředění 1:50) na antigeny SARS-CoV-2 byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: střední fluorescenční intenzitu (MFI) po odečtení pozadí, kde pozadí označuje kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku běžící na každé destičce), a koncentraci založenou na standardní křivce. Pozitivní odpovědi v každé návštěvě budou označeny, pokud hodnoty MFI minus prázdné hodnoty jsou ≥ izotypový, antigenový a ředěním-specifický práh (bude poskytnut laboratoří). MFI minus prázdné hodnoty (nebo čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnula míru odpovědi specifických protilátek SARS-CoV-2 na vazbu multiplexním testem vazebných protilátek (BAMA IgG1) v Návštěvě 1, 2, 3, celkově a podle regionu a skupiny komorbidit v Americké kohortě.

BAMA testy byly provedeny u vzorků od účastníků na návštěvě 1 (měsíc 0, výchozí stav) a u dostupných vzorků na následných návštěvách (měsíc 2, 4). Sérové odpovědi SARS-CoV-2-specifického IgA, IgG1, IgG3 (ředění 1:50) na antigeny SARS-CoV-2 byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: průměrnou intenzitu fluorescence po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí odkazuje na kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku spuštěnou na každé destičce), a koncentraci založenou na standardní křivce. Pozitivní odpovědi na každé návštěvě budou určeny, pokud hodnoty MFI mínus prázdné hodnoty jsou ≥ specifický pro izotyp, antigen a ředění (bude poskytnuto laboratoří). MFI mínus prázdné hodnoty (nebo čisté MFI) se používají ke shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnuje velikost odpovědi vazby protilátek specifických pro SARS-CoV-2 pomocí multiplexního testu vazebných protilátek (BAMA IgG1) na návštěvě 1, 2, 3, celkově a podle regionu a skupiny komorbidit v americké kohortě.

BAMA testy byly provedeny na vzorcích od účastníků při návštěvě 1 (měsíc 0, výchozí hodnota) a na dostupných vzorcích z následných návštěv (měsíc 2, 4). Sérové SARS-CoV-2-specifické IgA, IgG1, IgG3 odpovědi (ředění 1:50) na SARS-CoV-2 antigeny byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: střední fluorescenční intenzitu po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí odkazuje na kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdná jamka spuštěná na každé destičce), a koncentraci založenou na standardní křivce. Pozitivní odpovědi při každé návštěvě budou označeny, pokud hodnoty MFI minus prázdné hodnoty jsou ≥ izotypově, antigenově a ředěně specifický práh (bude poskytnut laboratoří). MFI minus prázdné hodnoty (nebo čistá MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnula míru odpovědi na vazbu SARS-CoV-2-specifických protilátek pomocí multiplexového testu vazebných protilátek (BAMA IgG3) při návštěvě 1, 2, celkově a podle regionu a skupiny komorbidit v americké kohortě.

BAMA testy byly provedeny na vzorcích od účastníků na Návštěvě 1 (Měsíc 0, výchozí stav) a dostupných vzorcích na následných návštěvách (Měsíc 2, 4). Sérové SARS-CoV-2-specifické IgA, IgG1, IgG3 odpovědi (ředění 1:50) na SARS-CoV-2 antigeny byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: střední fluorescenční intenzitu (MFI) po odečtení pozadí, kde pozadí odkazuje na kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku na každé destičce), a koncentraci založenou na kalibrační křivce. Pozitivní odpovědi na každé návštěvě budou označeny, pokud MFI minus hodnoty prázdné jamky jsou ≥ specifický mezní hodnota pro izotyp, antigen a ředění (bude poskytnuta laboratoří). MFI minus prázdné jamky (nebo čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnula velikost odpovědi vazby specifických protilátek proti SARS-CoV-2 pomocí multiplexního testu vazebných protilátek (BAMA IgG3) na Návštěvě 1, 2, celkově a podle regionu a skupiny komorbidit v Americké kohortě.

BAMA analýzy byly provedeny u vzorků od účastníků na Návštěvě 1 (měsíc 0, výchozí hodnota) a u dostupných vzorků na následných návštěvách (měsíc 2, 4). Sérové odpovědi SARS-CoV-2-specifických IgA, IgG1, IgG3 (ředění 1:50) na antigeny SARS-CoV-2 byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: průměrná intenzita fluorescence po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí označuje kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku na každé destičce), a koncentraci založenou na standardní křivce. Pozitivní odpovědi na každé návštěvě budou označeny, pokud hodnoty MFI minus prázdné hodnoty jsou ≥ izotyp, antigen a ředění specifický práh (bude poskytnut laboratoří). MFI minus prázdné hodnoty (nebo čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém okamžiku.

Tabulka shrnula míru odpovědi vazby protilátky specifické pro SARS-CoV-2 pomocí multiplexové analýzy vazebných protilátek (BAMA IgA) na Návštěvě 1, 2, celkově a podle regionu a skupiny komorbidit v americké kohortě.

Testy BAMA byly provedeny pro vzorky od účastníků na návštěvě 1 (měsíc 0, výchozí hodnoty) a dostupné vzorky na následných návštěvách (měsíc 2, 4). Sérové SARS-CoV-2-specifické IgA, IgG1, IgG3 odpovědi (ředění 1:50) na SARS-CoV-2 antigeny byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad). Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: střední fluorescenční intenzitu po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí označuje kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdnou jamku provedenou na každé destičce), a koncentraci založenou na standardní křivce. Pozitivní odpovědi na každé návštěvě budou označeny, pokud MFI minus prázdné hodnoty jsou ≥ izotypový, antigenový a ředění-specifický práh (bude poskytnut laboratoří). MFI minus prázdné hodnoty (neboli čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti v daném časovém bodě.

Tabulka shrnuje velikost vazebné protilátkové odpovědi specifické pro SARS-CoV-2 pomocí multiplexového testu vazebných protilátek (BAMA IgA) na návštěvě 1, 2, celkově a podle regionu a skupiny komorbidit v americké kohortě.

Neutralizační protilátky proti SARS koronavirům jsou měřeny v buňkách 293T/ACE2 u všech HIV negativních vzorků. MPI (maximální procento inhibice) je také měřeno. Pozitivní výsledky jsou hodnota ID50/ID80 (50% a 80% inhibiční dávka) buď >20 (dolní mez detekce (LLOD) testu) nebo MPI je mezi 10%-50%. Neutralizační protilátka ID50/ID80 u všech HIV pozitivních vzorků je měřena jiným testem, VSV pseudovirus neutralizačním testem. Pozitivní výsledky jsou založeny na tom, zda je pozorována nějaká neutralizace v celé titraci (počáteční ředění 1:20) s MPI mezi 10%-50%. Pro pozitivní výsledky, kde neutralizace nedosáhne 50% nebo 80%, je titr ID50/ID80 nejprve odhadnut pomocí Prism.

Tabulka shrnuje míru specifické vazebné odpovědi protilátek proti SARS-CoV-2 podle neutralizačního testu protilátek (NAb) při návštěvě 1, 2, 3, 4, celkově a podle regionu a skupiny komorbidit v americké kohortě.

Neutralizační protilátky proti SARS koronavirům se měří v buňkách 293T/ACE2 u všech HIV negativních vzorků. MPI (maximální procentuální inhibice) je také měřeno. Pozitivní výsledky jsou hodnoty ID50/ID80 (50% a 80% inhibiční dávka) buď >20 (spodní mez detekce (LLOD) testu) nebo MPI je mezi 10%-50%. Neutralizační protilátky ID50/ID80 všech HIV pozitivních vzorků jsou měřeny jiným testem, VSV pseudovirus neutralizačním testem. Pozitivní výsledky jsou založeny na tom, zda je pozorována jakákoli neutralizace v celém titračním rozsahu (počáteční ředění 1:20) s MPI mezi 10%-50%. Pro pozitivní výsledky, kde neutralizace nedosahuje 50% nebo 80%, je titr ID50/ID80 nejprve odhadnut pomocí Prism.

Tabulka shrnuje velikost vazebné odpovědi specifické pro SARS-CoV-2 protilátky pomocí neutralizačního testu protilátek (NAb) při návštěvě 1, 2, 3, 4, celkově a podle regionu a skupiny komorbidit v Americké kohortě.

Neutralizační protilátky proti SARS koronavirům jsou měřeny v buňkách 293T/ACE2 pro všechny HIV negativní vzorky. MPI (maximální procento inhibice) je také měřeno. Pozitivita je určena hodnotou ID50/ID80 (50% a 80% inhibiční dávka) buď >20 (dolní mez detekce (LLOD) testu) nebo MPI je mezi 10%-50%. Neutralizační protilátka ID50/ID80 všech HIV pozitivních vzorků je měřena jiným testem, VSV pseudovirus neutralizačním testem. Pozitivita je určena na základě toho, zda je pozorována jakákoliv neutralizace v celém titračním rozsahu (počáteční ředění 1:20) s MPI mezi 10%-50%. Pro pozitivní výsledky, kde neutralizace nedosáhne 50% nebo 80%, je titr ID50/ID80 nejprve odhadnut pomocí Prism.

Tabulka shrnuje míru specifické vazebné odpovědi protilátek proti SARS-CoV-2 pomocí neutralizačního protilátkového testu (NAb) při návštěvě 1, 2, 3, 4, celkově a podle regionu a skupiny komorbidit v rámci Africké kohorty

Neutralizační protilátky proti SARS koronavirům jsou měřeny na buňkách 293T/ACE2 u všech HIV negativních vzorků. MPI (maximální procento inhibice) je také měřeno. Pozitivní výsledky jsou určeny hodnotou ID50/ID80 (50% a 80% inhibiční dávka) buď >20 (dolní mez detekce (LLOD) testu) nebo MPI je mezi 10%-50%. Neutralizační protilátky ID50/ID80 všech HIV pozitivních vzorků jsou měřeny jiným testem, testem neutralizace pseudoviru VSV. Pozitivní výsledky jsou založeny na tom, zda je pozorována jakákoli neutralizace během celé titrace (počáteční ředění 1:20) s MPI mezi 10%-50%. U pozitivních výsledků, kde neutralizace nedosahuje 50% nebo 80%, je titr ID50/ID80 nejprve odhadnut pomocí Prism.

Tabulka shrnuje velikost odpovědi protilátek specifických pro SARS-CoV-2 pomocí testu neutralizačních protilátek (NAb) při návštěvě 1, 2, 3, 4, celkově a podle regionu a skupiny komorbidit v rámci Africké kohorty

Antibody-dependentní degranulace NK buněk bude měřena pomocí ADCC testu při ředění 1:500. Dvě výstupní hodnoty budou představovat procento CD107A+ NK buněk po odečtení pozadí pro infikované buňky a procento CD107A+ NK buněk po odečtení pozadí pro transfekované buňky. Pozitivní odpovědi budou vyhodnoceny, pokud hodnoty procent CD107A+ po odečtení pozadí budou ≥ 4,07 a ≥5,27 pro infikované a transfekované buňky, respektive. Hranice jsou stanoveny jako průměr+2SD, respektive, ze SARS-CoV-2 negativních kontrol. Procento CD107a+ NK buněk představovalo velikost odpovědi.

Tabulka shrnuje míru specifické vazebné odpovědi protilátek na SARS-CoV-2 pomocí testu protilátkami zprostředkované buněčné cytotoxicity (ADCC) při návštěvě 1, celkově a podle regionu a skupiny komorbidit v americké kohortě.

Antibody-dependentní degranulace NK buněk bude měřena pomocí ADCC testu při ředění 1:500. Dvě odečtené hodnoty budou procento NK buněk CD107A+ po odečtení pozadí pro infikované buňky a procento NK buněk CD107A+ po odečtení pozadí pro transfekované buňky. Pozitivní odpovědi budou vyhodnoceny, pokud hodnoty procenta CD107A+ po odečtení pozadí jsou ≥ 4,07 a ≥ 5,27 pro infikované a transfekované buňky, respektive. Mezní hodnoty jsou stanoveny jako průměr+2SD, respektive, z negativních kontrol SARS-CoV-2. Procento NK buněk CD107a+ bylo měřítkem velikosti odpovědi.

Tabulka shrnuje velikost specifické protilátkové vazebné odpovědi na SARS-CoV-2 pomocí testu protilátkami zprostředkované buněčné cytotoxicity (ADCC) při návštěvě 1, celkově a podle regionu a skupiny komorbidit v americké kohortě.

K vyšetření specifických odpovědí CD4+ a CD8+ T-buněk na SARS-CoV-2 byla použita průtoková cytometrie pomocí intracelulárního barvení cytokinů (ICS). Pozitivní výsledky budou stanoveny pomocí Fisherova exaktního testu pozitivity pro všechny markery. Velikosti jsou vyjádřeny jako % T-buněk exprimujících IFN-g/IL-2.

Tabulka shrnuje míru specifické odpovědi CD4+ a CD8+ T-buněk na SARS-CoV-2 pomocí průtokové cytometrie při návštěvě 1, celkově a podle regionu a skupiny komorbidit v americké kohortě.

K průzkumu specifických odpovědí CD4+ a CD8+ T-buněk na SARS-CoV-2 byla použita průtoková cytometrie s intracelulárním barvením cytokinů (ICS). Pozitivní výsledky budou určeny pomocí Fisherova exaktního testu pozitivity pro všechny markery. Velikosti odpovědí jsou vyjádřeny jako % T-buněk exprimujících IFN-g/IL-2.

Tabulka shrnuje velikost specifické odpovědi CD4+ a CD8+ T-buněk na SARS-CoV-2 pomocí průtokové cytometrie při návštěvě 1, celkově a podle regionu a skupiny komorbidit v americké kohortě.

SARS-CoV-2 specifické B buněčné odpovědi a fenotypová data B buněk byly identifikovány a charakterizovány pomocí fluorescenčně značených rekombinantních Env proteinů (S6P a RBD) v kombinaci s protilátkovým panelem průtokové cytometrie na všech dostupných vzorcích z návštěvy při zařazení (V1). Vzorek bude zahrnut do analýzy pouze v případě, že počet IgD- B buněk je pro daný vzorek roven nebo větší než 1000.

Tabulka shrnuje velikost odpovědi paměťových B buněk specifických pro SARS-CoV-2 měřenou průtokovou cytometrií při Návštěvě 1, celkově a podle regionu a skupiny komorbidit v Americké kohortě.

Analýza BAMA byla provedena pro vzorky od účastníků na návštěvě 1 (měsíc 0, výchozí stav) a pro dostupné vzorky na kontrolních návštěvách (měsíc 2, 4).
Specifické odpovědi IgA, IgG1, IgG3 proti SARS-CoV-2 v séru (ředění 1:50) na antigeny SARS-CoV-2 byly měřeny na přístroji Bio-Plex (Bio-Rad).
Software Bioplex poskytuje 2 výstupy: střední hodnotu fluorescenční intenzity po odečtení pozadí (MFI), kde pozadí označuje kontrolu na úrovni destičky (tj. prázdná jamka na každé destičce), a koncentraci založenou na kalibrační křivce.
Pozitivní odpovědi na každé návštěvě budou určeny, pokud hodnoty MFI minus prázdné hodnoty jsou ≥ mezní hodnota specifická pro izotyp, antigen a ředění (bude poskytnuta laboratoří).
Hodnoty MFI minus prázdné (neboli čisté MFI) se používají k shrnutí velikosti odezvy v daném časovém bodě.

Tabulka shrnuje velikost vazebné odpovědi protilátek specifických proti SARS-CoV-2 pomocí multiplexní analýzy vazebných protilátek (BAMA IgA nosní vzorek) na návštěvě 1, 2, 3, celkově a podle regionu a skupiny zápisu v americké kohortě.