Характеристика специфического иммунитета к SARS-CoV-2 у лиц, выздоровевших от COVID-19

Лица, не госпитализированные по поводу COVID-19, без клинического спектра или исходов, указанных в группе 3

• 1А: Лица с бессимптомной инфекцией в возрасте от 18 до 55 лет включительно.
• 1B: Лица с бессимптомной инфекцией, возраст > 55 лет.
• 1C: Лица с симптомами инфекции (например, COVID-19) в возрасте от 18 до 55 лет.
• 1D: Лица с симптоматической инфекцией (например, COVID-19), возраст > 55 лет.

• Дополнительный носовой образец (ы)
• Сбор крови

Лица, ранее госпитализированные по поводу COVID-19, без клинического спектра или исходов, указанных в группе 3

• 2A: Лица в возрасте от 18 до 55 лет.
• 2B: лица старше 55 лет

• Дополнительный носовой образец (ы)
• Сбор крови

• Дополнительный носовой образец (ы)
• Сбор крови

Анализ BAMA был проведен для образцов от участников на Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на контрольных визитах (Месяц 2, 4). Ответы сывороточных IgA, IgG1, IgG3, специфичных к SARS-CoV-2 (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измеряли на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: среднюю интенсивность флуоресценции с вычитанием фона (MFI), где фон относится к контролю на уровне планшета (т.е., пустая лунка, запускаемая на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут определяться, если MFI минус значения пустой лунки ≥ пороговое значение, специфичное для изотипа, антигена и разведения (будет предоставлено лабораторией). MFI минус фона (или чистая MFI) используются для обобщения величины в заданный момент времени.

Таблица суммирует частоту ответа связывания антител, специфичных к SARS-CoV-2, с помощью мультиплексного анализа связывающих антител (BAMA IgG1) на Визитах 1, 2, 3, в целом и по регионам и группам включения.

Анализ BAMA был проведен для образцов от участников на Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на контрольных визитах (Месяц 2, 4). Специфичные к SARS-CoV-2 сывороточные ответы IgA, IgG1, IgG3 (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измерялись на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: вычтенную из фона среднюю интенсивность флуоресценции (MFI), где фон относится к контролю уровня планшета (т.е., пустому лунку, запускаемому на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут определены, если значения MFI минус значения фона ≥ специфичные для изотипа, антигена и разведения пороговые значения (будут предоставлены лабораторией). Значения MFI минус фон (или чистая MFI) используются для обобщения величины в заданный момент времени.

Таблица обобщает величину ответа специфичного связывания антител к SARS-CoV-2 по данным мультиплексного анализа связывающих антител (BAMA IgG1) на Визите 1, 2, 3, в целом, а также по регионам и группам включения.

Анализ BAMA был проведен для образцов от участников в Визит 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на последующих визитах (Месяц 2, 4). Специфические для SARS-CoV-2 ответы IgA, IgG1, IgG3 в сыворотке (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измеряли на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показателя: фоново-скорректированную среднюю интенсивность флуоресценции (MFI), где фон относится к контролю уровня планшета (т.е., пустая лунка, запускаемая на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут считаться, если значения MFI минус бланк ≥ специфичный для изотипа, антигена и разведения порог (будет предоставлен лабораторией). MFI минус бланк (или чистая MFI) используются для обобщения величины в заданный момент времени.

Таблица суммирует частоту ответа связывания антител, специфичных к SARS-CoV-2, по мультиплексному анализу связывающих антител (BAMA IgG3) в Визит 1, 2, в целом и по регионам и группам включения в Американской когорте.

Анализ BAMA был проведен для образцов от участников на Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на контрольных визитах (Месяц 2, 4). Ответы сыворотки SARS-CoV-2-специфичных IgA, IgG1, IgG3 (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измерялись на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показателя: среднюю интенсивность флуоресценции (MFI) с вычетом фона, где фон относится к контролю уровня планшета (т.е., пустая лунка, запущенная на каждой планшете), и концентрацию на основе стандартной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут считаться, если MFI минус значения пустой лунки ≥ изотип-, антиген- и разведение-специфичный порог (будет предоставлен лабораторией). MFI минус фона (или чистая MFI) используются для обобщения величины в заданный момент времени.

Таблица обобщает величину ответа связывания SARS-CoV-2-специфичных антител по мультиплексному анализу связывающих антител (BAMA IgG3) на Визите 1, 2, в целом и по региону и группе включения в когорте Америки.

Анализ BAMA был проведен для образцов от участников на Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на последующих визитах (Месяц 2, 4). Сывороточные ответы IgA, IgG1, IgG3, специфичные к SARS-CoV-2 (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2, были измерены на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показателя: вычтенный из фона средний флуоресцентный интенсив (MFI), где фон относится к контролю уровня планшета (т.е., пустая лунка, запускаемая на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут зафиксированы, если MFI минус значения пустой лунки ≥ специфичный для изотипа, антигена и разведения порог (будет предоставлен лабораторией). MFI минус фона (или чистый MFI) используются для суммирования величины в заданный момент времени.

Таблица суммирует Частоту Ответа Связывания Антител, специфичных к SARS-CoV-2, с помощью мультиплексного анализа связывающих антител (BAMA IgA) на Визите 1, 2, в целом и по регионам и группам включения в Когорте Америки

Анализ BAMA проводился для образцов участников на Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на контрольных визитах (Месяц 2). Специфичные к SARS-CoV-2 сывороточные ответы IgA, IgG1, IgG3 (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измерялись на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показателя: вычтенный из фона средний флуоресцентный сигнал (MFI), где фон относится к контролю уровня планшета (т.е., пустая лунка, запускаемая на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут зафиксированы, если MFI минус значения фона ≥ пороговое значение, специфичное для изотипа, антигена и разведения (будет предоставлено лабораторией). MFI минус фона (или чистое MFI) используются для обобщения величины ответа в заданный момент времени.

В таблице обобщена величина связывающего ответа антител, специфичных к SARS-CoV-2, с помощью мультиплексного анализа связывающих антител (BAMA IgA) на Визите 1, 2, в целом и по регионам и группам включения в когорте Америки.

Нейтрализующие антитела против коронавирусов SARS измеряются в клетках 293T/ACE2 для всех ВИЧ-отрицательных образцов. Также измеряется MPI (максимальный процент ингибирования). Положительные результаты определяются либо по значению ID50/ID80 (50% и 80% ингибирующая доза) >20 (нижний предел обнаружения (LLOD) анализа), либо по MPI в диапазоне 10%-50%. Нейтрализующие антитела ID50/ID80 всех ВИЧ-положительных образцов измеряются другим анализом — анализом нейтрализации псевдовируса VSV. Положительные результаты определяются на основе наличия или отсутствия нейтрализации во всем титровании (начальное разведение 1:20) с MPI в диапазоне 10%-50%. Для положительных результатов, где нейтрализация не достигает 50% или 80%, титр ID50/ID80 сначала оценивается с помощью Prism.

Таблица суммирует частоту ответа специфических антител, связывающихся с SARS-CoV-2, по анализу нейтрализующих антител (NAb) на визитах 1, 2, 3, 4, в целом, по регионам и группам включения в когорте Америки (только США и Перу)

Нейтрализующие антитела против SARS-коронавирусов измеряются в клетках 293T/ACE2 для всех ВИЧ-отрицательных образцов. MPI (максимальный процент ингибирования) также измеряется. Определение положительного результата основывается на значении ID50/ID80 (50% и 80% ингибирующая доза), которое либо >20 (нижний предел обнаружения (LLOD) анализа), либо MPI находится в диапазоне 10%-50%. Нейтрализующие антитела ID50/ID80 всех ВИЧ-положительных образцов измеряются с помощью другого анализа — анализа нейтрализации псевдовируса VSV. Определение положительного результата основывается на том, наблюдается ли какая-либо нейтрализация во всем титровании (начальное разведение 1:20) с MPI в диапазоне 10%-50%. Для положительных результатов, где нейтрализация не достигает 50% или 80%, титр ID50/ID80 сначала оценивается с помощью Prism.

В таблице обобщены величины ответа на связывание антител, специфичных к SARS-CoV-2, по анализу нейтрализующих антител (NAb) на визитах 1, 2, 3, 4, в целом, а также по регионам и группам включения в когорте Америки (только США и Перу).

Нейтрализующие антитела против коронавирусов SARS измеряются в клетках 293T/ACE2 для всех ВИЧ-отрицательных образцов. Также измеряется MPI (максимальный процент ингибирования). Положительные результаты определяются либо значением ID50/ID80 (50% и 80% ингибирующая доза) >20 (нижний предел обнаружения (LLOD) теста), либо MPI находится в диапазоне 10%-50%. Нейтрализующие антитела ID50/ID80 всех ВИЧ-положительных образцов измеряются другим методом - тестом нейтрализации псевдовируса VSV. Положительные результаты определяются на основе наличия или отсутствия нейтрализации во всем диапазоне титрования (начальное разведение 1:20) с MPI между 10%-50%. Для положительных результатов, где нейтрализация не достигает 50% или 80%, титр ID50/ID80 сначала оценивается с помощью Prism.

Таблица суммирует частоту специфического антительного связывания SARS-CoV-2 по тесту нейтрализующих антител (NAb) при визитах 1, 2, 3, 4, в целом, а также по регионам и группам включения в Африканской когорте

Нейтрализующие антитела против коронавирусов SARS измеряются в клетках 293T/ACE2 для всех ВИЧ-отрицательных образцов. Также измеряется МПИ (максимальный процент ингибирования). Положительные результаты определяются как значение ID50/ID80 (50% и 80% ингибирующая доза) >20 (нижний предел обнаружения (НПО) анализа) или МПИ в диапазоне 10%-50%. Нейтрализующие антитела ID50/ID80 всех ВИЧ-положительных образцов измеряются другим анализом — анализом нейтрализации псевдовируса VSV. Положительные результаты определяются на основе наличия или отсутствия нейтрализации во всем титровании (начальное разведение 1:20) с МПИ в диапазоне 10%-50%. Для положительных результатов, где нейтрализация не достигает 50% или 80%, титр ID50/ID80 сначала оценивается с помощью Prism.

В таблице обобщена величина ответа связывания антител, специфичных к SARS-CoV-2, по анализу нейтрализующих антител (НАб) на визитах 1, 2, 3, 4, в целом, а также по регионам и группам включения в когорте Африки.

Антителозависимая дегрануляция NK-клеток будет измеряться с помощью анализа ADCC при разведении 1:500. Двумя показателями будут процент CD107A+ NK-клеток с вычетом фона для инфицированных клеток и процент CD107A+ NK-клеток с вычетом фона для трансфицированных клеток. Положительные ответы будут регистрироваться, если значения процента CD107A+ с вычетом фона ≥ 4,07 и ≥5,27 для инфицированных и трансфицированных клеток соответственно. Пороговые значения определяются как среднее значение + 2 стандартных отклонения соответственно, по отрицательным контролям SARS-CoV-2. Процент CD107a+ NK-клеток был величиной ответа.

В таблице представлены показатели частоты специфического связывания антител с SARS-CoV-2 по анализу антителозависимой клеточной цитотоксичности (ADCC) на Визите 1, в целом и по регионам и группам включения в Американской когорте (только США и Перу).

Антителозависимая дегрануляция NK-клеток будет измеряться с помощью анализа ADCC при разведении 1:500. Двумя показателями будут являться процент NK-клеток CD107A+ после вычитания фона для инфицированных клеток и процент NK-клеток CD107A+ после вычитания фона для трансфицированных клеток. Положительные ответы будут зафиксированы, если значения фонового процента CD107A+ ≥ 4,07 и ≥ 5,27 для инфицированных и трансфицированных клеток соответственно. Пороговые значения определяются как среднее + 2 стандартных отклонения соответственно для отрицательных контролей SARS-CoV-2. Процент NK-клеток CD107a+ представлял собой величину ответа.

В таблице обобщены величины специфического ответа связывания антител к SARS-CoV-2 по результатам анализа антителозависимой клеточной цитотоксичности (ADCC) на визите 1, в целом, по регионам и группам набора в когорте Америки.

Для исследования SARS-CoV-2-специфичных CD4+ и CD8+ T-клеточных ответов с использованием внутриклеточного цитокинового окрашивания (ICS) применялась проточная цитометрия. Положительные результаты будут определяться с использованием точного теста Фишера для всех маркеров. Величины выражены в % T-клеток, экспрессирующих IFN-γ/IL-2.

В таблице обобщена частота SARS-CoV-2-специфичных CD4+ и CD8+ T-клеточных ответов по данным проточной цитометрии на Визите 1, в целом, а также по регионам и группам включения в рамках Американской когорты (только США и Перу)

Для исследования SARS-CoV-2-специфичных CD4+ и CD8+ T-клеточных ответов с использованием внутриклеточного цитокинового окрашивания (ICS) применялась проточная цитометрия. Определение положительных результатов будет проводиться с использованием точного теста Фишера для всех маркеров. Величины выражены в % T-клеток, экспрессирующих IFN-γ/IL-2.

В таблице представлены величины SARS-CoV-2-специфичных CD4+ и CD8+ T-клеточных ответов, определенные методом проточной цитометрии при Визите 1, в целом, а также по регионам и группам включения среди положительных респондентов Американской когорты (США и Перу).

Ответы B-клеток, специфичных к SARS-CoV-2, и фенотипические данные B-клеток были идентифицированы и охарактеризованы с использованием флуоресцентно меченных рекомбинантных белков Env (S6P и RBD) в комбинации с панелью антител для проточной цитометрии на всех доступных образцах с визита включения (V1). Для фенотипических данных B-клеток не предусмотрен вывод о положительности. Величина представляет собой частоту подмножества B-клеток.

В таблице суммирована величина ответа специфичных к SARS-CoV-2 B-клеток памяти по данным проточной цитометрии на Визите 1, в целом, а также по регионам и группам включения в когорте Америки (только США и Перу).

Анализ BAMA был проведен для образцов, полученных от участников во время Визита 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов во время последующих визитов (Месяц 2, 4). Специфические ответы сывороточных IgA, IgG1, IgG3 на SARS-CoV-2 (разведение 1:50) к антигенам SARS-CoV-2 измерялись на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показателя: среднюю интенсивность флуоресценции (MFI) с вычетом фона, где фон относится к контролю на уровне планшета (т.е., пустая лунка, запускаемая на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут определяться, если значения MFI минус бланк ≥ специфичные для изотипа, антигена и разведения пороговые значения (будут предоставлены лабораторией). Значения MFI минус бланк (или чистая MFI) используются для обобщения величины ответа в заданный момент времени.

В таблице обобщены показатели частоты ответа специфических антител, связывающихся с SARS-CoV-2, с помощью мультиплексного анализа связывающих антител (BAMA IgG1) на Визитах 1, 2, 3, в целом и по регионам и тяжести COVID-19 в Американской когорте (США и Перу).

Анализ BAMA был проведен для образцов от участников в Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов в последующих визитах (Месяц 2, 4). Специфические ответы IgA, IgG1, IgG3 к SARS-CoV-2 в сыворотке (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измерялись на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: вычтенную из фона среднюю интенсивность флуоресценции (MFI), где фон относится к контролю уровня планшета (т.е., пустой лунке, запускаемой на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут считаться, если MFI минус значения фона ≥ специфический порог для изотипа, антигена и разведения (будет предоставлен лабораторией). MFI минус фон (или чистая MFI) используются для обобщения величины в заданный момент времени.

Таблица суммирует величину ответа связывания специфических антител к SARS-CoV-2 с помощью мультиплексного анализа связывающих антител (BAMA IgG1) в Визитах 1, 2, 3, в целом и по регионам и тяжести COVID-19 среди американской когорты (США и Перу).

Анализ BAMA был проведен для образцов от участников на Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на последующих визитах (Месяц 2, 4). Специфичные к SARS-CoV-2 ответы IgA, IgG1, IgG3 в сыворотке (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измерялись на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показателя: фоново-скорректированную среднюю интенсивность флуоресценции (MFI), где фон относится к контролю на уровне планшета (т.е., пустая лунка, запускаемая на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут определены, если MFI минус значения пустой лунки ≥ изотип-, антиген- и разведение-специфичный порог (будет предоставлен лабораторией). MFI минус пустой лунки (или чистая MFI) используются для обобщения величины в заданный момент времени.

В таблице обобщен показатель частоты ответа специфичных к SARS-CoV-2 антител по методу мультиплексного анализа связывающих антител (BAMA IgG3) на Визите 1, 2, в целом и по регионам и тяжести COVID-19 среди Американской когорты (США и Перу).

Анализ BAMA был проведен для образцов от участников на Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на последующих визитах (Месяц 2, 4). Специфические для SARS-CoV-2 сывороточные ответы IgA, IgG1, IgG3 (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измерялись на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: фоновую скорректированную среднюю интенсивность флуоресценции (MFI), где фон относится к контролю уровня планшета (т.е., пустая лунка, запускаемая на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут определены, если значения MFI минус бланк ≥ специфичные для изотипа, антигена и разведения пороговые значения (будут предоставлены лабораторией). MFI минус бланк (или чистая MFI) используются для обобщения величины в заданный момент времени.

В таблице обобщены показатели ответа на связывание специфичных для SARS-CoV-2 антител с помощью мультиплексного анализа связывающих антител (BAMA IgA) на Визите 1, 2, в целом и по регионам и степени тяжести COVID-19 в Американской когорте (США и Перу).

Анализы BAMA были выполнены для образцов от участников при Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на контрольных визитах (Месяц 2, 4). Специфические IgA, IgG1, IgG3 ответы в сыворотке на антигены SARS-CoV-2 (разведение 1:50) измеряли на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: среднюю интенсивность флуоресценции (MFI) с вычитанием фона, где фон относится к контролю уровня планшета (т.е., пустая лунка на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут определены, если MFI минус значения фона ≥ изотип-специфичный, антиген-специфичный и специфичный для разведения порог (будет предоставлен лабораторией). MFI минус фон (или чистая MFI) используются для обобщения величины в заданный момент времени.

В таблице обобщены величины ответов специфических антител, связывающих SARS-CoV-2, по мультиплексному анализу связывающих антител (BAMA IgA) на Визите 1, 2, в целом, по регионам и по степени тяжести COVID-19 в когорте Америки (США и Перу).

Нейтрализующие антитела против SARS-коронавирусов измеряются в клетках 293T/ACE2 для всех ВИЧ-отрицательных образцов. Также измеряется MПИ (максимальный процент ингибирования). Определение позитивности основано на значении ID50/ID80 (50% и 80% ингибирующая доза) либо >20 (нижний предел обнаружения (НПО) анализа), либо MПИ находится в диапазоне 10%-50%. Нейтрализующие антитела ID50/ID80 всех ВИЧ-положительных образцов измеряются другим анализом – анализом нейтрализации VSV псевдовирусом. Определение позитивности основано на наличии или отсутствии нейтрализации по всему титрованию (начальное разведение 1:20) с MПИ в диапазоне 10%-50%. Для позитивных результатов, где нейтрализация не достигает 50% или 80%, титр ID50/ID80 сначала оценивается с помощью Prism.

В таблице обобщена частота специфического связывания антител против SARS-CoV-2 по анализу нейтрализующих антител (НА) на визитах 1, 2, 3, 4, в целом, а также по регионам и тяжести COVID-19.

Нейтрализующие антитела против коронавирусов SARS измеряются в клетках 293T/ACE2 для всех ВИЧ-отрицательных образцов. Также измеряется MPI (максимальный процент ингибирования). Положительные результаты определяются как значение ID50/ID80 (50% и 80% ингибирующая доза) либо >20 (нижний предел обнаружения (LLOD) анализа), либо MPI находится в диапазоне 10%-50%. Нейтрализующие антитела ID50/ID80 всех ВИЧ-положительных образцов измеряются другим анализом — анализом нейтрализации псевдовируса VSV. Положительные результаты определяются на основе наличия или отсутствия нейтрализации во всем диапазоне титрования (начальное разведение 1:20) с MPI в диапазоне 10%-50%. Для положительных результатов, где нейтрализация не достигает 50% или 80%, титр ID50/ID80 сначала оценивается с помощью Prism.

Таблица обобщает величину ответа связывания антител, специфичных к SARS-CoV-2, по анализу нейтрализующих антител (NAb) на визитах 1, 2, 3, 4, в целом, а также по регионам и тяжести COVID-19 в когорте Америки.

Нейтрализующие антитела против коронавирусов SARS измеряются в клетках 293T/ACE2 для всех ВИЧ-отрицательных образцов. Также измеряется MPI (максимальный процент ингибирования). Определение положительного результата основывается на значении ID50/ID80 (ингибирующая доза 50% и 80%) либо >20 (нижний предел обнаружения (LLOD) анализа), либо MPI находится в диапазоне 10%-50%. Нейтрализующие антитела ID50/ID80 всех ВИЧ-положительных образцов измеряются с помощью другого анализа — анализа нейтрализации псевдовируса VSV. Определение положительного результата основывается на наличии или отсутствии нейтрализации во всем диапазоне титрования (начальное разведение 1:20) с MPI в диапазоне 10%-50%. Для положительных результатов, при которых нейтрализация не достигает 50% или 80%, титр ID50/ID80 сначала оценивается с помощью Prism.

В таблице обобщена частота ответа на специфические антитела, связывающие SARS-CoV-2, по анализу нейтрализующих антител (NAb) на визитах 1, 2, 3, 4, в целом, а также по регионам и степени тяжести COVID-19.

Нейтрализующие антитела против коронавирусов SARS измеряются в клетках 293T/ACE2 для всех ВИЧ-отрицательных образцов. Также измеряется MPI (максимальный процент ингибирования). Положительный результат определяется как значение ID50/ID80 (50% и 80% ингибирующая доза) либо >20 (нижний предел обнаружения (LLOD) теста), либо MPI находится в диапазоне 10%-50%. Нейтрализующие антитела ID50/ID80 всех ВИЧ-положительных образцов измеряются другим методом — тестом нейтрализации псевдовируса VSV. Положительный результат определяется на основе наличия или отсутствия нейтрализации во всем диапазоне титрования (начальное разведение 1:20) с MPI между 10%-50%. Для положительных результатов, где нейтрализация не достигает 50% или 80%, титр ID50/ID80 сначала оценивается с помощью Prism.

В таблице представлена величина ответа специфических антител к SARS-CoV-2 по результатам теста нейтрализующих антител (NAb) на визитах 1, 2, 3, 4, в целом, а также по регионам и тяжести COVID-19 в когорте Африки.

Антителозависимая дегрануляция NK-клеток будет измеряться с помощью анализа ADCC при разведении 1:500. Двумя показателями будут фоново-скорректированные % CD107A+ NK-клеток для инфицированных клеток и фоново-скорректированные % CD107A+ NK-клеток для трансфицированных клеток. Положительные ответы будут зарегистрированы, если значения фоново-скорректированных % CD107A+ ≥ 4,07 и ≥5,27 для инфицированных и трансфицированных клеток соответственно. Пороговые значения определены как среднее+2SD соответственно по SARS-CoV-2 негативным контролям. Процент CD107a+ NK-клеток был величиной ответа.

Таблица суммирует частоту ответа специфического связывания антител к SARS-CoV-2 по анализу антителозависимой клеточной цитотоксичности (ADCC) на Визите 1, в целом и по регионам и тяжести COVID-19 в Американской когорте (США и Перу).

Дегрануляция NK-клеток, зависимая от антител, будет измерена с помощью анализа ADCC при разведении 1:500. Двумя показателями будут фоново-скорректированный % NK-клеток CD107A+ для инфицированных клеток и фоново-скорректированный % NK-клеток CD107A+ для трансфицированных клеток. Положительные ответы будут определяться, если значения фоново-скорректированного % CD107A+ ≥ 4,07 и ≥ 5,27 для инфицированных и трансфицированных клеток соответственно. Пороговые значения определяются как среднее+2SD соответственно по негативным контролям SARS-CoV-2. Процент NK-клеток CD107a+ являлся величиной ответа.

Таблица суммирует величину ответа специфического связывания антител к SARS-CoV-2 по анализу антителозависимой клеточной цитотоксичности (ADCC) Визит 1, в целом и по регионам и тяжести COVID-19 в Американской когорте (США и Перу).

Метод проточной цитометрии использовался для исследования специфических Т-клеточных ответов CD4+ и CD8+ на SARS-CoV-2 с применением внутриклеточного окрашивания цитокинов (ICS). Положительные результаты будут определяться с использованием точного критерия Фишера для всех маркеров. Величины представлены в виде % Т-клеток, экспрессирующих IFN-γ/IL-2.

В таблице суммированы показатели частоты специфических Т-клеточных ответов CD4+ и CD8+ на SARS-CoV-2 методом проточной цитометрии на Визите 1, в целом, а также по регионам и степени тяжести COVID-19 среди американской когорты (США и Перу)

Для исследования специфических CD4+ и CD8+ T-клеточных ответов на SARS-CoV-2 с помощью внутриклеточного окрашивания цитокинов (ICS) использовали проточную цитометрию. Положительные результаты будут определяться с использованием точного теста Фишера для всех маркеров. Величины выражены в % T-клеток, экспрессирующих IFN-γ/IL-2.

В таблице представлена величина специфического CD4+ и CD8+ T-клеточного ответа на SARS-CoV-2 по данным проточной цитометрии при визите 1, в целом и по регионам, а также по степени тяжести COVID-19 в американской когорте.

SARS-CoV-2-специфичные B-клеточные ответы и фенотипические данные B-клеток были идентифицированы и охарактеризованы с использованием флуоресцентно-меченых рекомбинантных белков Env (S6P и RBD) в комбинации с проточным цитометрическим панелью антител на всех доступных образцах с визита включения (V1). Образец будет включен в анализ только в том случае, если количество IgD- B-клеток в этом образце равно или превышает 1000.

В таблице обобщена величина ответа SARS-CoV-2-специфичных B-клеток памяти методом проточной цитометрии на Визите 1, в целом и по регионам и тяжести COVID-19 среди американской когорты (США и Перу).

Анализ BAMA проводился для образцов от участников на Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на контрольных визитах (Месяц 2, 4). Специфические для SARS-CoV-2 сывороточные ответы IgA, IgG1, IgG3 (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измеряли на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: среднюю интенсивность флуоресценции (MFI) с вычетом фона, где фон относится к контролю на уровне планшета (т.е., пустая лунка, запускаемая на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут считаться, если значения MFI минус бланк ≥ специфичные для изотипа, антигена и разведения пороговые значения (будут предоставлены лабораторией). MFI минус бланк (или чистая MFI) используются для обобщения величины в заданный момент времени.

Таблица обобщает Частоту ответа связывающих антител, специфичных для SARS-CoV-2, по мультиплексному анализу связывающих антител (BAMA IgG1) на Визитах 1, 2, 3, в целом и по регионам и группам дней с момента диагностики SARS-CoV-2 в Американской когорте.

Анализы BAMA были выполнены для образцов от участников на Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на последующих визитах (Месяц 2, 4). Специфические для SARS-CoV-2 ответы IgA, IgG1, IgG3 в сыворотке (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измерялись на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: фоновую скорректированную среднюю интенсивность флуоресценции (MFI), где фон относится к контролю уровня планшета (т.е., пустая лунка, запускаемая на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут определены, если MFI минус значения бланка ≥ специфичный для изотипа, антигена и разведения порог (будет предоставлен лабораторией). MFI минус бланк (или чистая MFI) используются для обобщения величины в заданный момент времени.

Таблица обобщает величину ответа связывания антител, специфичных к SARS-CoV-2, по BAMA IgG1 на Визитах 1, 2, 3, в целом и по регионам и группам дней с момента диагноза SARS-CoV-2 среди американской когорты.

Анализы BAMA были проведены для образцов от участников на Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на последующих визитах (Месяц 2, 4). Специфичные к SARS-CoV-2 IgA, IgG1, IgG3 ответы в сыворотке (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измерялись на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: вычтенный из фона средний показатель флуоресценции (MFI), где фон относится к контролю уровня планшета (т.е. пустой лунке, запущенной на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут определены, если значения MFI минус значения бланка ≥ специфичному для изотипа, антигена и разведения пороговому значению (будет предоставлено лабораторией). MFI минус бланк (или чистый MFI) используются для обобщения величины в заданный момент времени.

Таблица суммирует Частоту Ответа Связывания Антител, специфичных к SARS-CoV-2, с помощью мультиплексного анализа связывающих антител (BAMA IgG3) на Визите 1, 2, в целом, а также по регионам и группам дней с момента диагноза SARS-CoV-2 в когорте Америки.

Анализ BAMA проводился для образцов от участников на визите 1 (месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на последующих визитах (месяц 2, 4). Специфические к SARS-CoV-2 ответы IgA, IgG1, IgG3 в сыворотке (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измерялись на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: среднюю интенсивность флуоресценции с вычетом фона (MFI), где фон относится к контролю на уровне планшета (т.е., пустая лунка на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут определены, если MFI минус значения пустых лунок ≥ изотип-, антиген- и разведение-специфичный порог (будет предоставлен лабораторией). MFI минус фона (или чистая MFI) используются для обобщения величины в заданный момент времени.

Таблица обобщает величину ответа специфического связывания антител к SARS-CoV-2 с помощью мультиплексного анализа связывающих антител (BAMA IgG3) на визите 1, 2, в целом и по регионам и группам дней с момента диагноза SARS-CoV-2 в американской когорте.

Анализ BAMA был проведен для образцов, взятых у участников при визите 1 (месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов при последующих визитах (месяц 2, 4). Специфические ответы IgA, IgG1, IgG3 к SARS-CoV-2 в сыворотке (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измеряли на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: среднюю интенсивность флуоресценции (MFI) с вычитанием фона, где фон относится к контролю на уровне планшета (т.е. пустая лунка, запущенная на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут считаться таковыми, если MFI минус значения фона ≥ специфичный для изотипа, антигена и разведения порог (будет предоставлен лабораторией). MFI минус фон (или чистая MFI) используются для обобщения величины в заданный момент времени.

В таблице обобщена частота ответа специфических антител к SARS-CoV-2 по связыванию с помощью мультиплексного анализа связывающих антител (BAMA IgA) при визитах 1, 2, в целом, а также по регионам и группам по количеству дней с момента диагностики SARS-CoV-2 в когорте Америки.

Анализ BAMA был проведен для образцов от участников на Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на контрольных визитах (Месяц 2, 4). Специфичные к SARS-CoV-2 ответы IgA, IgG1, IgG3 в сыворотке (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измеряли на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: среднюю интенсивность флуоресценции (MFI) с вычитанием фона, где фон относится к контролю уровня планшета (т.е., пустая лунка, запускаемая на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут определяться, если значения MFI минус значения фона ≥ специфичный для изотипа, антигена и разведения порог (будет предоставлен лабораторией). Значения MFI минус фон (или чистая MFI) используются для обобщения величины ответа в заданный момент времени.

Таблица обобщает величину ответа связывания специфичных к SARS-CoV-2 антител по мультиплексному анализу связывающих антител (BAMA IgA) на Визите 1, 2, в целом и по регионам и группам дней с момента диагноза SARS-CoV-2 в американской когорте.

Нейтрализующие антитела против коронавирусов SARS измеряются в клетках 293T/ACE2 для всех ВИЧ-отрицательных образцов. Также измеряется MPI (максимальный процент ингибирования). Определение положительности — это значение ID50/ID80 (50% и 80% ингибирующая доза) либо >20 (нижний предел обнаружения (LLOD) анализа), либо MPI находится в диапазоне 10%-50%. Нейтрализующие антитела ID50/ID80 всех ВИЧ-положительных образцов измеряются с помощью другого анализа — анализа нейтрализации псевдовируса VSV. Определение положительности основано на том, наблюдается ли какая-либо нейтрализация на протяжении всего титрования (начальное разведение 1:20) с MPI в диапазоне 10%-50%. Для положительных результатов, где нейтрализация не достигает 50% или 80%, титр ID50/ID80 сначала оценивается с помощью Prism.

В таблице обобщена частота специфического связывания антител к SARS-CoV-2 по данным анализа нейтрализующих антител (NAb) на визитах 1, 2, 3, 4, в целом, а также по регионам и группам дней с момента диагностики SARS-CoV-2 в когорте Америки.

Нейтрализующие антитела против коронавирусов SARS измеряются в клетках 293T/ACE2 для всех ВИЧ-отрицательных образцов. Также измеряется MPI (максимальный процент ингибирования). Положительные результаты определяются как значение ID50/ID80 (50% и 80% ингибирующая доза) >20 (нижний предел обнаружения (LLOD) анализа) или MPI находится в диапазоне 10%-50%. Нейтрализующие антитела ID50/ID80 всех ВИЧ-положительных образцов измеряются с помощью другого анализа — анализа нейтрализации псевдовируса VSV. Положительные результаты определяются на основе наличия или отсутствия нейтрализации во всем диапазоне титрования (начальное разведение 1:20) с MPI в диапазоне 10%-50%. Для положительных результатов, когда нейтрализация не достигает 50% или 80%, титр ID50/ID80 сначала оценивается с помощью Prism.

В таблице обобщена величина ответа связывания антител, специфичных к SARS-CoV-2, по результатам анализа нейтрализующих антител (NAb) на Визитах 1, 2, 3, 4, в целом, а также по регионам и группам дней с момента диагностики SARS-CoV-2 среди когорты Америки.

Нейтрализующие антитела против SARS коронавирусов измеряются в клетках 293T/ACE2 для всех ВИЧ-отрицательных образцов. Также измеряется MPI (максимальный процент ингибирования). Определение положительности основано на значении ID50/ID80 (50% и 80% ингибирующая доза) >20 (нижний предел обнаружения (LLOD) анализа) или MPI находится в диапазоне 10%-50%. Нейтрализующие антитела ID50/ID80 всех ВИЧ-положительных образцов измеряются с помощью другого анализа – анализа нейтрализации псевдовирусом VSV. Определение положительности основано на наличии или отсутствии нейтрализации во всем диапазоне титрования (начальное разведение 1:20) с MPI в диапазоне 10%-50%. Для положительных результатов, при которых нейтрализация не достигает 50% или 80%, титр ID50/ID80 сначала оценивается с помощью Prism.

В таблице представлены сводные данные по частоте ответа на связывание специфических антител к SARS-CoV-2 с помощью анализа нейтрализующих антител (NAb) на визитах 1, 2, 3, 4, в целом, а также по регионам и группам дней с момента диагностики SARS-CoV-2 в рамках Африканской когорты.

Нейтрализующие антитела против SARS-коронавирусов измеряются в клетках 293T/ACE2 для всех ВИЧ-отрицательных образцов. Также измеряется MPI (максимальный процент ингибирования). Положительные результаты определяются как значение ID50/ID80 (50% и 80% ингибирующая доза) либо >20 (нижний предел обнаружения (LLOD) анализа), либо MPI находится в диапазоне 10%-50%. Нейтрализующие антитела ID50/ID80 всех ВИЧ-положительных образцов измеряются другим методом — анализом нейтрализации псевдовируса VSV. Положительные результаты определяются на основе наличия или отсутствия нейтрализации во всем диапазоне титрования (начальное разведение 1:20) с MPI в диапазоне 10%-50%. Для положительных результатов, где нейтрализация не достигает 50% или 80%, титр ID50/ID80 сначала оценивается с помощью Prism.

Таблица обобщает величину ответа на связывание специфических антител к SARS-CoV-2 по данным анализа нейтрализующих антител (NAb) на визитах 1, 2, 3, 4, в целом, по регионам и по группам дней с момента диагностики SARS-CoV-2 в Африканской когорте.

Дегрануляция NK-клеток, зависимая от антител, будет измеряться с помощью анализа ADCC при разведении 1:500. Два показателя будут представлять собой процент CD107A+ NK-клеток с вычетом фона для инфицированных клеток и процент CD107A+ NK-клеток с вычетом фона для трансфицированных клеток. Положительные ответы будут зарегистрированы, если значения процента CD107A+ с вычетом фона ≥ 4,07 и ≥ 5,27 для инфицированных и трансфицированных клеток соответственно. Пороговые значения определены как среднее значение + 2 стандартных отклонения соответственно, по данным негативных контролей SARS-CoV-2. Процент CD107a+ NK-клеток был показателем величины ответа.

В таблице обобщены показатели частоты специфического связывания антител к SARS-CoV-2 с помощью анализа антителозависимой клеточной цитотоксичности (ADCC) при визите 1, в целом, а также по регионам и группам дней с момента диагностики SARS-CoV-2 в американской когорте (США и Перу).

Антителозависимая дегрануляция NK-клеток будет измеряться с помощью ADCC-теста при разведении 1:500. Два показателя будут представлять собой фоново-скорректированные % CD107A+ NK-клеток для инфицированных клеток и фоново-скорректированные % CD107A+ NK-клеток для трансфицированных клеток. Положительные ответы будут считаться таковыми, если значения фоново-скорректированных % CD107A+ ≥ 4,07 и ≥5,27 для инфицированных и трансфицированных клеток соответственно. Пороговые значения определены как среднее+2SD, соответственно, по отрицательным контролям SARS-CoV-2. Процент CD107a+ NK-клеток был показателем величины ответа.

Таблица обобщает величину ответа специфического связывания антител к SARS-CoV-2 по антителозависимому клеточному цитотоксическому тесту (ADCC) на Визите 1, в целом и по регионам и группам дней с момента диагностики SARS-CoV-2 среди когорты Америки.

Для исследования SARS-CoV-2-специфических CD4+ и CD8+ T-клеточных ответов с использованием внутриклеточного окрашивания цитокинов (ICS) применялась проточная цитометрия. Положительные результаты будут определяться с использованием точного критерия Фишера для всех маркеров. Величины представляют собой % T-клеток, экспрессирующих IFN-γ/IL-2.

В таблице обобщены показатели SARS-CoV-2-специфических CD4+ и CD8+ T-клеточных ответов, определенные методом проточной цитометрии на Визите 1, в целом, а также по регионам и группам дней с момента диагностики SARS-CoV-2 в Американской когорте.

Для исследования SARS-CoV-2-специфичных CD4+ и CD8+ T-клеточных ответов с использованием внутриклеточного окрашивания цитокинов (ICS) применялась проточная цитометрия. Положительные результаты будут определяться с использованием точного теста Фишера для всех маркеров. Величины выражены в % T-клеток, экспрессирующих IFN-γ/IL-2.

В таблице представлены величины SARS-CoV-2-специфичных CD4+ и CD8+ T-клеточных ответов, определенные методом проточной цитометрии при Визите 1, в целом и по регионам, а также по группам дней с момента диагностики SARS-CoV-2 в американской когорте.

Ответы B-клеток, специфичных к SARS-CoV-2, и фенотипические данные B-клеток были идентифицированы и охарактеризованы с использованием флуоресцентно-меченых рекомбинантных белков Env (S6P и RBD) в комбинации с панелью антител для проточной цитометрии на всех доступных образцах с визита включения (V1). Образец будет включен в анализ только в том случае, если количество IgD- B-клеток в этом образце равно или превышает 1000.

В таблице суммирована величина ответа B-клеток памяти, специфичных к SARS-CoV-2, по регионам и группам дней с момента диагностики SARS-CoV-2 в когорте Америки.

Анализ BAMA проводился для образцов участников на Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на контрольных визитах (Месяц 2, 4). Специфические ответы IgA, IgG1, IgG3 в сыворотке на антигены SARS-CoV-2 (разведение 1:50) измерялись на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: среднюю интенсивность флуоресценции с вычетом фона (MFI), где фон относится к контролю уровня планшета (т.е., пустая лунка, запускаемая на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут определяться, если значения MFI минус пустые значения ≥ специфичные для изотипа, антигена и разведения пороговые значения (будут предоставлены лабораторией). Значения MFI минус пустые значения (или чистое MFI) используются для обобщения величины в заданный момент времени.

Таблица обобщает частоту ответа связывания специфических антител к SARS-CoV-2 по мультиплексному анализу связывающих антител (BAMA IgG1) на Визитах 1, 2, 3, в целом и по регионам и группам сопутствующих заболеваний в Американской Когорте.

Анализ BAMA был проведен для образцов от участников на визите 1 (месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на последующих визитах (месяц 2, 4). Специфичные к SARS-CoV-2 сывороточные ответы IgA, IgG1, IgG3 (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измерялись на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: вычтенный из фона средний показатель флуоресценции (MFI), где фон относится к контролю на уровне планшета (т.е., пустая лунка на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут считаться таковыми, если значения MFI минус пустые значения ≥ специфичные для изотипа, антигена и разведения пороговые значения (будут предоставлены лабораторией). MFI минус пустые значения (или чистый MFI) используются для обобщения величины ответа в заданный момент времени.

Таблица обобщает величину ответа связывающих антител, специфичных к SARS-CoV-2, методом мультиплексного анализа связывающих антител (BAMA IgG1) на визитах 1, 2, 3, в целом и по регионам и группам сопутствующих заболеваний в когорте America Cohort.

Анализы BAMA были выполнены для образцов, взятых у участников при Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов при контрольных визитах (Месяц 2, 4).
Специфичные к SARS-CoV-2 ответы IgA, IgG1, IgG3 в сыворотке (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измерялись на приборе Bio-Plex (Bio-Rad).
Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: фоново-скорректированную среднюю интенсивность флуоресценции (MFI), где фон относится к контролю на уровне планшета (т.е., пустая лунка, прогоняемая на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой.
Положительные ответы на каждом визите будут считаться таковыми, если значения MFI минус значения фона ≥ специфичному для изотипа, антигена и разведения пороговому значению (будет предоставлено лабораторией).
Значения MFI минус фон (или чистая MFI) используются для обобщения величины ответа в заданный момент времени.

В таблице обобщён показатель частоты ответа специфичных к SARS-CoV-2 антител, связывающих антиген, по мультиплексному анализу связывающих антител (BAMA IgG3) при Визите 1, Визите 2, в целом, а также по регионам и группам сопутствующих заболеваний в Американской Когорте.

Анализ BAMA был проведен для образцов, полученных от участников на визите 1 (месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на контрольных визитах (месяц 2, 4). Ответы IgA, IgG1, IgG3, специфичные к SARS-CoV-2, в сыворотке (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измеряли на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: среднюю интенсивность флуоресценции (MFI) с вычетом фона, где фон относится к контролю на уровне планшета (т.е., пустая лунка, запускаемая на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут определены, если значения MFI минус бланк ≥ порогового значения, специфичного для изотипа, антигена и разведения (будет предоставлено лабораторией). Значения MFI минус бланк (или чистая MFI) используются для обобщения величины в заданный момент времени.

В таблице обобщена величина ответа связывания антител, специфичных к SARS-CoV-2, с помощью мультиплексного анализа связывающих антител (BAMA IgG3) на визите 1, 2, в целом, а также по регионам и группам сопутствующих заболеваний в американской когорте.

Анализ BAMA проводился для образцов от участников на Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на контрольных визитах (Месяц 2, 4). Специфические для SARS-CoV-2 сывороточные ответы IgA, IgG1, IgG3 (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измерялись на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: вычтенный из фона средний показатель флуоресценции (MFI), где фон относится к контролю на уровне планшета (т.е., пустая лунка, запускаемая на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут определяться, если MFI минус значения пустого контроля ≥ специфичный для изотипа, антигена и разведения порог (будет предоставлен лабораторией). MFI минус пустой контроль (или чистый MFI) используются для обобщения величины ответа в заданный момент времени.

Таблица обобщает частоту ответа связывающих антител, специфичных к SARS-CoV-2, с помощью мультиплексного анализа связывающих антител (BAMA IgA) на Визите 1, 2, в целом и по регионам и группам сопутствующих заболеваний в Американской когорте.

Анализ BAMA был проведен для образцов, полученных от участников в Визите 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов в последующих визитах (Месяц 2, 4). Специфические ответы IgA, IgG1, IgG3 на SARS-CoV-2 в сыворотке (разведение 1:50) к антигенам SARS-CoV-2 измеряли на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: фоновую скорректированную среднюю интенсивность флуоресценции (MFI), где фон относится к контролю уровня планшета (т.е., пустая лунка, запускаемая на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут определяться, если значения MFI минус пустые значения ≥ изотип-, антиген- и разведение-специфический порог (будет предоставлен лабораторией). MFI минус пустые значения (или чистая MFI) используются для обобщения величины в определенный момент времени.

Таблица обобщает величину ответа специфического связывания антител к SARS-CoV-2 с помощью мультиплексного анализа связывания антител (BAMA IgA) в Визите 1, 2, в целом и по регионам и группам коморбидности в Американской когорте.

Нейтрализующие антитела против SARS-коронавирусов измеряются в клетках 293T/ACE2 для всех ВИЧ-отрицательных образцов. Также измеряется MPI (максимальный процент ингибирования). Положительные результаты определяются как значение ID50/ID80 (50% и 80% ингибирующая доза) либо >20 (нижний предел обнаружения (LLOD) теста), либо MPI находится в диапазоне 10%-50%. Нейтрализующие антитела ID50/ID80 всех ВИЧ-положительных образцов измеряются другим методом — тестом нейтрализации псевдовируса VSV. Положительные результаты определяются на основе наличия или отсутствия нейтрализации во всем диапазоне титрования (начальное разведение 1:20) с MPI между 10%-50%. Для положительных результатов, где нейтрализация не достигает 50% или 80%, титр ID50/ID80 сначала оценивается с помощью Prism.

В таблице обобщена частота специфического связывания антител к SARS-CoV-2 по данным теста на нейтрализующие антитела (NAb) при визитах 1, 2, 3, 4, в целом и по регионам и группам сопутствующих заболеваний в американской когорте.

Нейтрализующие антитела против коронавирусов SARS измеряются в клетках 293T/ACE2 для всех ВИЧ-отрицательных образцов. Также измеряется MPI (максимальный процент ингибирования). Определение положительного результата основывается на значении ID50/ID80 (50% и 80% ингибирующая доза) >20 (нижний предел обнаружения (LLOD) анализа) или MPI в диапазоне 10%-50%. Нейтрализующие антитела ID50/ID80 всех ВИЧ-положительных образцов измеряются с помощью другого анализа — анализа нейтрализации псевдовируса VSV. Определение положительного результата основывается на наличии или отсутствии нейтрализации во всем диапазоне титрования (начальное разведение 1:20) с MPI между 10%-50%. Для положительных результатов, где нейтрализация не достигает 50% или 80%, титр ID50/ID80 сначала оценивается с помощью Prism.

Таблица суммирует величину ответа специфических антител к SARS-CoV-2 по анализу нейтрализующих антител (NAb) на визитах 1, 2, 3, 4, в целом и по регионам и группам сопутствующих заболеваний в американской когорте.

Нейтрализующие антитела против коронавирусов SARS измеряются в клетках 293T/ACE2 для всех ВИЧ-отрицательных образцов. Также измеряется MPI (максимальный процент ингибирования). Положительные результаты определяются как значение ID50/ID80 (50% и 80% ингибирующая доза) >20 (нижний предел обнаружения (LLOD) анализа) или MPI находится в диапазоне 10%-50%. Нейтрализующие антитела ID50/ID80 всех ВИЧ-положительных образцов измеряются другим анализом, анализом нейтрализации псевдовируса VSV. Положительные результаты определяются на основе наличия или отсутствия нейтрализации во всем диапазоне титрования (начальное разведение 1:20) с MPI между 10%-50%. Для положительных результатов, при которых нейтрализация не достигает 50% или 80%, титр ID50/ID80 сначала оценивается с помощью Prism.

Таблица суммирует частоту специфического связывания антител к SARS-CoV-2 по анализу нейтрализующих антител (NAb) на визитах 1, 2, 3, 4, в целом и по регионам и группам коморбидности в когорте Африки.

Нейтрализующие антитела против коронавирусов SARS измеряются в клетках 293T/ACE2 для всех ВИЧ-негативных образцов. Также измеряется MPI (максимальный процент ингибирования). Определение позитивности основано на значении ID50/ID80 (50% и 80% ингибирующая доза) либо >20 (нижний предел обнаружения (LLOD) теста), либо MPI находится в диапазоне 10%-50%. Нейтрализующие антитела ID50/ID80 всех ВИЧ-позитивных образцов измеряются другим методом — тестом нейтрализации псевдовируса VSV. Определение позитивности основано на том, наблюдается ли нейтрализация во всем диапазоне титрования (начальное разведение 1:20) с MPI между 10%-50%. Для позитивных результатов, где нейтрализация не достигает 50% или 80%, титр ID50/ID80 сначала оценивается с помощью Prism.

В таблице обобщена величина ответа специфических антител к SARS-CoV-2 по результатам теста на нейтрализующие антитела (NAb) на визитах 1, 2, 3, 4, в целом, а также по регионам и группам сопутствующих заболеваний в Африканской когорте.

Дегрануляция NK-клеток, зависимая от антител, будет измеряться с помощью анализа ADCC при разведении 1:500. Двумя показателями будут процент CD107A+ NK-клеток, скорректированный на фоновый уровень, для инфицированных клеток и процент CD107A+ NK-клеток, скорректированный на фоновый уровень, для трансфицированных клеток. Положительные ответы будут определены, если значения скорректированного на фон процента CD107A+ ≥ 4.07 и ≥5.27 для инфицированных и трансфицированных клеток соответственно. Пороговые значения определены как среднее+2SD соответственно, на основе негативных контролей SARS-CoV-2. Процент CD107a+ NK-клеток был показателем величины ответа.

Таблица суммирует частоту специфического антительного связывания с SARS-CoV-2 по анализу антителозависимой клеточной цитотоксичности (ADCC) на Визите 1, в целом и по регионам и группам коморбидности в Американской когорте.

Дегрануляция NK-клеток, зависимая от антител, будет измеряться с помощью анализа ADCC при разведении 1:500. Двумя показателями будут фоново-скорректированные % CD107A+ NK-клеток для инфицированных клеток и фоново-скорректированные % CD107A+ NK-клеток для трансфицированных клеток. Положительные ответы будут считаться, если значения фоново-скорректированных % CD107A+ ≥ 4.07 и ≥5.27 для инфицированных и трансфицированных клеток соответственно. Пороговые значения определены как среднее+2SD соответственно по отрицательным контролям SARS-CoV-2. Процент CD107a+ NK-клеток был показателем величины ответа.

В таблице представлена величина специфического связывания антител к SARS-CoV-2, измеренная с помощью анализа антителозависимой клеточной цитотоксичности (ADCC) на Визите 1, в целом, а также по регионам и группам коморбидности в Американской когорте.

Для исследования специфических CD4+ и CD8+ T-клеточных ответов на SARS-CoV-2 методом проточной цитометрии использовалось внутриклеточное окрашивание цитокинов (ICS). Положительные результаты будут определяться с помощью точного теста Фишера для всех маркеров. Величины выражены в % T-клеток, экспрессирующих IFN-γ/IL-2.

В таблице представлены данные о частоте специфических CD4+ и CD8+ T-клеточных ответов на SARS-CoV-2 методом проточной цитометрии на Визите 1, в целом и по регионам и группам коморбидности в Американской когорте.

Для исследования SARS-CoV-2-специфичных ответов CD4+ и CD8+ T-клеток с использованием внутриклеточного окрашивания цитокинов (ICS) применялась проточная цитометрия. Положительные результаты будут определяться с использованием точного критерия Фишера для всех маркеров. Величины выражены в % T-клеток, экспрессирующих IFN-γ/IL-2.

В таблице представлена величина SARS-CoV-2-специфичного ответа CD4+ и CD8+ T-клеток, определенная методом проточной цитометрии при Визите 1, в целом и по регионам и группам коморбидности в американской когорте.

Ответы B-клеток, специфичных к SARS-CoV-2, и фенотипические данные B-клеток были идентифицированы и охарактеризованы с использованием флуоресцентно меченных рекомбинантных Env белков (S6P и RBD) в сочетании с панелью антител для проточной цитометрии на всех доступных образцах с визита включения (V1). Образец будет включен в анализ только в том случае, если количество IgD- B-клеток для этого образца равно или превышает 1000.

Таблица суммировала величину ответа B-клеток памяти, специфичных к SARS-CoV-2, методом проточной цитометрии на Визите 1, в целом и по регионам и группам сопутствующих заболеваний в рамках Американской когорты.

Анализ BAMA был проведен для образцов участников в Визит 1 (Месяц 0, исходный уровень) и доступных образцов на контрольных визитах (Месяц 2, 4). Специфические ответы сыворотки SARS-CoV-2 IgA, IgG1, IgG3 (разведение 1:50) на антигены SARS-CoV-2 измерялись на приборе Bio-Plex (Bio-Rad). Программное обеспечение Bioplex предоставляет 2 показания: вычтенный из фона средний флуоресцентный сигнал (MFI), где фон относится к контролю уровня планшета (т.е. пустому лунку на каждой планшете), и концентрацию на основе калибровочной кривой. Положительные ответы на каждом визите будут определены, если MFI минус значения фона ≥ изотип-, антиген- и разведение-специфический порог (будет предоставлен лабораторией). MFI минус фон (или чистый MFI) используются для обобщения величины в заданный момент времени.

В таблице обобщена величина ответа связывания антител SARS-CoV-2 по мультиплексному анализу связывающих антител (BAMA IgA назальный образец) на Визите 1, 2, 3, в целом и по регионам и группам включения в Американской когорте.