Caractérisation de l'immunité spécifique au SRAS-CoV-2 chez les personnes qui se sont remises du COVID-19

Personnes non hospitalisées pour COVID-19, sans spectre clinique ni résultats spécifiés dans le groupe 3

• 1A : Personnes atteintes d'une infection asymptomatique, âgées de 18 à 55 ans inclus
• 1B : Personnes infectées asymptomatiques, âge > 55 ans
• 1C : Personnes atteintes d'une infection symptomatique (c'est-à-dire COVID-19) âgées de 18 à 55 ans
• 1D : Personnes présentant une infection symptomatique (c.-à-d. COVID-19), âge > 55 ans

• Échantillon(s) nasal(s) facultatif(s)
• Collecte de sang

Personnes précédemment hospitalisées pour COVID-19, sans spectre clinique ni résultats spécifiés dans le groupe 3

• 2A : Personnes âgées de 18 à 55 ans
• 2B : Personnes > 55 ans

• Échantillon(s) nasal(s) facultatif(s)
• Collecte de sang

• Échantillon(s) nasal(s) facultatif(s)
• Collecte de sang

Des tests BAMA ont été réalisés pour les échantillons des participants à la visite 1 (mois 0, ligne de base) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1 et IgG3 spécifiques au SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 sorties : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits vide exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Des réponses positives à chaque visite seront signalées si les valeurs MFI moins le blanc sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgG1) aux visites 1, 2, 3, globalement et par région et groupe d'inclusion.

Les analyses BAMA ont été réalisées sur des échantillons provenant de participants à la Visite 1 (Mois 0, référence) et sur les échantillons disponibles lors des visites de suivi (Mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques du SARS-CoV-2 sériques (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 résultats : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits blanc exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Les réponses positives à chaque visite seront identifiées si les valeurs MFI moins les valeurs du blanc sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques du SARS-CoV-2 par dosage multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgG1) aux Visites 1, 2, 3, globalement et par région et groupe d'inclusion.

Des tests BAMA ont été réalisés pour les échantillons des participants à la visite 1 (mois 0, référence) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (mois 2, 4). Les réponses spécifiques IgA, IgG1, IgG3 au SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 lectures : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits blanc exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Les réponses positives à chaque visite seront considérées si les valeurs MFI moins les valeurs blanches sont ≥ seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par dosage multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgG3) à la visite 1, 2, globalement et par région et groupe d'inclusion dans la cohorte américaine.

Les tests BAMA ont été réalisés pour les échantillons des participants à la Visite 1 (Mois 0, ligne de base) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (Mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques au SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 sorties : une intensité moyenne de fluorescence après soustraction du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits vide exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Les réponses positives à chaque visite seront déterminées si les valeurs MFI moins le blanc sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume l'Amplitude de la Réponse de Liaison des Anticorps Spécifiques au SARS-CoV-2 par dosage multiplex d'anticorps de liaison (BAMA IgG3) à la Visite 1, 2, globalement et par région et groupe d'inclusion dans la Cohorte Amérique.

Des tests BAMA ont été réalisés pour les échantillons des participants à la visite 1 (mois 0, référence) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques au SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 sorties : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire, un puits vide exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Les réponses positives à chaque visite seront considérées si les valeurs MFI moins les valeurs du blanc sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgA) à la visite 1, 2, globalement et par région et groupe d'inclusion dans la cohorte américaine.

Des tests BAMA ont été réalisés pour des échantillons provenant des participants à la visite 1 (mois 0, référence) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (mois 2). Les réponses IgA, IgG1 et IgG3 spécifiques au SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un appareil Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 résultats : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits vide exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Des réponses positives à chaque visite seront considérées si les valeurs MFI moins les valeurs du blanc sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (qui sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgA) à la visite 1, 2, globalement et par région et groupe d'inscription dans la cohorte américaine.

Les anticorps neutralisants contre les coronavirus du SRAS sont mesurés dans les cellules 293T/ACE2 pour tous les échantillons séronégatifs pour le VIH. L'IPM (inhibition maximale en pourcentage) est également mesurée. Les appels de positivité sont une valeur ID50/ID80 (dose inhibitrice à 50 % et 80 %) soit >20 (la limite inférieure de détection (LLOD) du test) soit l'IPM est entre 10 %-50 %. L'ID50/ID80 des anticorps neutralisants de tous les échantillons séropositifs pour le VIH est mesuré par un test différent, le test de neutralisation du pseudovirus VSV. Les appels de positivité sont basés sur la présence ou l'absence de neutralisation observée sur toute la titration (dilution de départ 1:20) avec une IPM entre 10 %-50 %. Pour les appels positifs mais où la neutralisation n'atteint pas 50 % ou 80 %, le titre ID50/ID80 est d'abord estimé par Prism.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test d'anticorps neutralisants (NAb) aux visites 1, 2, 3, 4, globalement et par région et groupe d'inclusion dans la cohorte américaine (États-Unis et Pérou uniquement)

Les anticorps neutralisants contre les coronavirus du SRAS sont mesurés dans des cellules 293T/ACE2 pour tous les échantillons VIH négatifs. L'IPM (inhibition maximale en pourcentage) est également mesurée. Les appels de positivité sont une valeur ID50/ID80 (dose inhibitrice à 50% et 80%) soit >20 (la limite inférieure de détection (LLOD) du test) soit l'IPM est comprise entre 10% et 50%. L'ID50/ID80 des anticorps neutralisants de tous les échantillons VIH positifs est mesuré par un test différent, le test de neutralisation par pseudovirus VSV. Les appels de positivité sont basés sur la présence ou non d'une neutralisation observée sur toute la titration (dilution initiale 1:20) avec une IPM comprise entre 10% et 50%. Pour les appels positifs où la neutralisation n'atteint pas 50% ou 80%, le titre ID50/ID80 est d'abord estimé par Prism.

Le tableau résume l'ampleur de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test d'anticorps neutralisants (NAb) aux Visites 1, 2, 3, 4, globalement et par région et groupe d'inclusion dans la cohorte américaine (États-Unis et Pérou uniquement)

Les anticorps neutralisants contre les coronavirus du SRAS sont mesurés dans les cellules 293T/ACE2 pour tous les échantillons séronégatifs pour le VIH. L'IPM (inhibition maximale en pourcentage) est également mesurée. Les appels de positivité sont une valeur ID50/ID80 (dose inhibitrice à 50 % et 80 %) soit >20 (la limite inférieure de détection (LLOD) du test) soit une IPM comprise entre 10 % et 50 %. L'ID50/ID80 des anticorps neutralisants de tous les échantillons séropositifs pour le VIH est mesuré par un test différent, le test de neutralisation par pseudovirus VSV. Les appels de positivité sont basés sur la présence ou l'absence de neutralisation observée sur toute la titration (dilution initiale 1:20) avec une IPM comprise entre 10 % et 50 %. Pour les appels positifs mais où la neutralisation n'atteint pas 50 % ou 80 %, le titre ID50/ID80 est d'abord estimé par Prism.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test d'anticorps neutralisants (NAb) à la visite 1, 2, 3, 4, globalement et par région et groupe d'inscription dans la cohorte africaine

Les anticorps neutralisants contre les coronavirus du SRAS sont mesurés dans des cellules 293T/ACE2 pour tous les échantillons VIH négatifs. L'IPM (pourcentage d'inhibition maximal) est également mesuré. Les appels de positivité sont une valeur ID50/ID80 (dose inhibitrice à 50 % et 80 %) soit >20 (la limite inférieure de détection (LLOD) du test) soit l'IPM est entre 10 % et 50 %. L'ID50/ID80 des anticorps neutralisants de tous les échantillons VIH positifs est mesuré par un test différent, le test de neutralisation par pseudovirus VSV. Les appels de positivité sont basés sur la présence ou non d'une neutralisation observée sur toute la titration (dilution initiale 1:20) avec un IPM entre 10 % et 50 %. Pour les appels positifs mais où la neutralisation n'atteint pas 50 % ou 80 %, le titre ID50/ID80 est d'abord estimé par Prism.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SRAS-CoV-2 par le test d'anticorps neutralisants (NAb) aux Visites 1, 2, 3, 4, globalement et par région et groupe d'inclusion dans la cohorte africaine.

La dégranulation des cellules NK dépendante des anticorps sera mesurée à l'aide du test ADCC à une dilution de 1:500. Deux paramètres seront les pourcentages de cellules NK CD107A+ corrigés du bruit de fond pour les cellules infectées et les pourcentages de cellules NK CD107A+ corrigés du bruit de fond pour les cellules transfectées. Les réponses positives seront définies si les valeurs du pourcentage de CD107A+ corrigé du bruit de fond sont ≥ 4,07 et ≥ 5,27 pour les cellules infectées et transfectées, respectivement. Les seuils sont déterminés respectivement par la moyenne+2SD des témoins négatifs du SARS-CoV-2. Le pourcentage de cellules NK CD107a+ représentait l'amplitude des réponses.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques du SARS-CoV-2 par test de cytotoxicité cellulaire dépendante des anticorps (ADCC) à la Visite 1, globalement et par région et groupe d'inclusion dans la cohorte américaine (États-Unis et Pérou uniquement).

La dégranulation des cellules NK dépendante des anticorps sera mesurée en utilisant un test ADCC à une dilution de 1:500. Deux lectures seront les pourcentages de cellules NK CD107A+ soustraits du bruit de fond pour les cellules infectées et les pourcentages de cellules NK CD107A+ soustraits du bruit de fond pour les cellules transfectées. Les réponses positives seront identifiées si les valeurs du pourcentage de CD107A+ soustrait du bruit de fond sont ≥ 4,07 et ≥5,27 pour les cellules infectées et transfectées, respectivement. Les seuils sont déterminés par moyenne+2SD, respectivement, à partir des témoins négatifs SARS-CoV-2. Le pourcentage de cellules NK CD107a+ représentait les amplitudes de réponse.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test de cytotoxicité cellulaire dépendante des anticorps (ADCC) Visite 1, globalement et par région et groupe d'inclusion dans la cohorte américaine.

La cytométrie en flux a été utilisée pour examiner les réponses des lymphocytes T CD4+ et CD8+ spécifiques au SARS-CoV-2 en utilisant une technique de coloration intracellulaire des cytokines (ICS). Les appels positifs seront effectués en utilisant le test d'exactitude de Fisher pour tous les marqueurs. Les magnitudes correspondent au pourcentage de lymphocytes T exprimant l'IFN-γ/IL-2.

Le tableau résume le taux de réponse des lymphocytes T CD4+ et CD8+ spécifiques au SARS-CoV-2 par cytométrie en flux lors de la Visite 1, globalement et par région et groupe d'inclusion dans la cohorte américaine (États-Unis et Pérou uniquement)

La cytométrie en flux a été utilisée pour examiner les réponses des lymphocytes T CD4+ et CD8+ spécifiques du SARS-CoV-2 en utilisant une coloration intracellulaire des cytokines (ICS). Les appels positifs seront effectués en utilisant le test d'exactitude de Fisher pour tous les marqueurs. Les magnitudes sont exprimées en % de lymphocytes T exprimant l'IFN-γ/IL-2.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse des lymphocytes T CD4+ et CD8+ spécifiques du SARS-CoV-2 par cytométrie en flux à la Visite 1, globalement et par région et groupe d'inclusion parmi les répondeurs positifs de la cohorte américaine (États-Unis et Pérou)

Les réponses des lymphocytes B spécifiques au SARS-CoV-2 et les données phénotypiques des lymphocytes B ont été identifiées et caractérisées en utilisant des protéines Env recombinantes marquées par fluorescence (S6P et RBD) en combinaison avec un panel d'anticorps de cytométrie en flux sur tous les échantillons disponibles de la visite d'inclusion (V1). Il n'y a pas d'appel de positivité pour les données phénotypiques des lymphocytes B. L'amplitude correspond à la fréquence du sous-ensemble de lymphocytes B.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse des lymphocytes B mémoire spécifiques au SARS-CoV-2 par cytométrie en flux à la Visite 1, globalement et par région et groupe d'inclusion au sein de la cohorte américaine (États-Unis et Pérou uniquement)

Les dosages BAMA ont été réalisés pour les échantillons des participants à la visite 1 (mois 0, ligne de base) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques du SARS-CoV-2 sériques (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 lectures : une intensité moyenne de fluorescence après soustraction du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits blanc exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Les réponses positives à chaque visite seront considérées si les valeurs MFI moins les valeurs du blanc sont ≥ au seuil spécifique de l'isotype, de l'antigène et de la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques du SARS-CoV-2 par dosage multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgG1) aux visites 1, 2, 3, globalement et par région et sévérité de la COVID-19 dans la cohorte américaine (États-Unis et Pérou).

Les tests BAMA ont été réalisés pour les échantillons des participants à la Visite 1 (Mois 0, ligne de base) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (Mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques du SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 résultats : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits blanc exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Les réponses positives à chaque visite seront considérées si les valeurs MFI moins les valeurs blanches sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques du SARS-CoV-2 par test multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgG1) aux Visites 1, 2, 3, globalement et par région et gravité de la COVID-19 dans la cohorte américaine (États-Unis et Pérou).

Des tests BAMA ont été réalisés pour les échantillons des participants à la visite 1 (mois 0, référence) et les échantillons disponibles lors des visites de suivi (mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques au SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 lectures : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits blanc exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Les réponses positives à chaque visite seront considérées si les valeurs MFI moins le blanc sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par dosage multiplex de liaison d'anticorps (BAMA IgG3) à la visite 1, 2, globalement et par région et sévérité de la COVID-19 parmi la cohorte américaine (États-Unis et Pérou).

Des tests BAMA ont été réalisés pour les échantillons des participants à la Visite 1 (Mois 0, référence) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (Mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques au SARS-CoV-2 sériques (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 lectures : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits blanc exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Les réponses positives à chaque visite seront considérées si les valeurs MFI moins les valeurs du blanc sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test multiplex de liaison d'anticorps (BAMA IgA) à la Visite 1, 2, globalement et par région et sévérité de la COVID-19 dans la cohorte américaine (États-Unis et Pérou).

Des tests BAMA ont été réalisés pour les échantillons des participants à la Visite 1 (Mois 0, valeur de base) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (Mois 2, 4). Les réponses spécifiques au SARS-CoV-2 des IgA, IgG1 et IgG3 sériques (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit deux sorties : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits blanc exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Les réponses positives à chaque visite seront considérées si les valeurs MFI moins les valeurs blanches sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgA) à la Visite 1, 2, globalement et par région et gravité de la COVID-19 dans la cohorte américaine (États-Unis et Pérou).

Les anticorps neutralisants contre les coronavirus du SRAS sont mesurés dans des cellules 293T/ACE2 pour tous les échantillons séronégatifs pour le VIH. L'IPM (inhibition maximale en pourcentage) est également mesurée. Les appels de positivité sont une valeur ID50/ID80 (dose inhibitrice à 50 % et 80 %) soit >20 (la limite inférieure de détection (LLOD) du test) soit l'IPM est comprise entre 10 % et 50 %. L'ID50/ID80 des anticorps neutralisants de tous les échantillons séropositifs pour le VIH est mesuré par un test différent, le test de neutralisation par pseudovirus VSV. Les appels de positivité sont basés sur la présence ou l'absence de neutralisation observée sur toute la titration (dilution de départ 1:20) avec une IPM entre 10 % et 50 %. Pour les appels positifs mais où la neutralisation n'atteint pas 50 % ou 80 %, le titre ID50/ID80 est d'abord estimé par Prism.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test d'anticorps neutralisants (NAb) aux visites 1, 2, 3, 4, globalement et par région et sévérité de la COVID-19.

Les anticorps neutralisants contre les coronavirus du SRAS sont mesurés dans des cellules 293T/ACE2 pour tous les échantillons VIH négatifs. L'IPM (inhibition maximale en pourcentage) est également mesurée. Les appels de positivité sont une valeur ID50/ID80 (dose inhibitrice à 50 % et 80 %) soit >20 (la limite inférieure de détection (LLOD) du test) ou l'IPM est comprise entre 10 % et 50 %. L'ID50/ID80 des anticorps neutralisants de tous les échantillons VIH positifs est mesuré par un test différent, le test de neutralisation par pseudovirus VSV. Les appels de positivité sont basés sur la présence ou l'absence de neutralisation observée sur toute la titration (dilution initiale 1:20) avec une IPM comprise entre 10 % et 50 %. Pour les appels positifs mais dont la neutralisation n'atteint pas 50 % ou 80 %, le titre ID50/ID80 est d'abord estimé par Prism.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par le test d'anticorps neutralisants (NAb) aux visites 1, 2, 3, 4, globalement et par région et sévérité de la COVID-19 dans la cohorte américaine.

Les anticorps neutralisants contre les coronavirus du SRAS sont mesurés dans des cellules 293T/ACE2 pour tous les échantillons séronégatifs pour le VIH. L'IPM (inhibition maximale en pourcentage) est également mesurée. Les appels de positivité sont une valeur ID50/ID80 (dose inhibitrice à 50 % et 80 %) soit >20 (la limite inférieure de détection (LLOD) du test) ou l'IPM est comprise entre 10 % et 50 %. L'ID50/ID80 des anticorps neutralisants de tous les échantillons séropositifs pour le VIH est mesuré par un test différent, le test de neutralisation par pseudovirus VSV. Les appels de positivité sont basés sur la présence ou non d'une neutralisation observée sur toute la titration (dilution de départ 1:20) avec une IPM entre 10 % et 50 %. Pour les appels positifs mais où la neutralisation n'atteint pas 50 % ou 80 %, le titre ID50/ID80 est d'abord estimé par Prism.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test d'anticorps neutralisants (NAb) aux Visites 1, 2, 3, 4, globalement et par région et gravité de la COVID-19.

Les anticorps neutralisants contre les coronavirus du SRAS sont mesurés dans des cellules 293T/ACE2 pour tous les échantillons séronégatifs pour le VIH. L'IPM (pourcentage d'inhibition maximum) est également mesuré. Les appels de positivité sont une valeur ID50/ID80 (dose inhibitrice à 50 % et 80 %) soit >20 (la limite inférieure de détection (LLOD) du test) soit l'IPM est compris entre 10 % et 50 %. L'ID50/ID80 des anticorps neutralisants de tous les échantillons séropositifs pour le VIH est mesuré par un test différent, le test de neutralisation par pseudovirus VSV. Les appels de positivité sont basés sur la présence ou non d'une neutralisation observée sur toute la titration (dilution de départ 1:20) avec un IPM compris entre 10 % et 50 %. Pour les appels positifs mais où la neutralisation n'atteint pas 50 % ou 80 %, le titre ID50/ID80 est d'abord estimé par Prism.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par le test d'anticorps neutralisants (NAb) à la visite 1, 2, 3, 4, globalement et par région et sévérité de la COVID-19 dans la cohorte africaine.

La dégranulation des cellules NK dépendante des anticorps sera mesurée à l'aide d'un test ADCC à une dilution de 1:500. Deux résultats seront le pourcentage de cellules NK CD107A+ soustrait du bruit de fond pour les cellules infectées et le pourcentage de cellules NK CD107A+ soustrait du bruit de fond pour les cellules transfectées. Les réponses positives seront définies si les valeurs du pourcentage de CD107A+ soustrait du bruit de fond sont ≥ 4,07 et ≥ 5,27 pour les cellules infectées et transfectées, respectivement. Les seuils sont déterminés respectivement par moyenne+2SD, à partir des témoins négatifs du SARS-CoV-2. Le pourcentage de cellules NK CD107a+ représentait l'amplitude des réponses.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test de cytotoxicité cellulaire dépendante des anticorps (ADCC) à la visite 1, globalement et par région et gravité de la COVID-19 dans la cohorte américaine (États-Unis et Pérou).

La dégranulation des cellules NK dépendante des anticorps sera mesurée à l'aide d'un test ADCC à une dilution de 1:500. Deux mesures seront le pourcentage de cellules NK CD107A+ soustrait du bruit de fond pour les cellules infectées et le pourcentage de cellules NK CD107A+ soustrait du bruit de fond pour les cellules transfectées. Les réponses positives seront considérées si les valeurs du pourcentage de CD107A+ soustrait du bruit de fond sont ≥ 4,07 et ≥ 5,27 pour les cellules infectées et transfectées, respectivement. Les seuils sont déterminés par la moyenne + 2DS, respectivement, à partir des témoins négatifs du SARS-CoV-2. Le pourcentage de cellules NK CD107a+ représentait l'amplitude de la réponse.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par le test de cytotoxicité cellulaire dépendante des anticorps (ADCC) à la visite 1, globalement et par région et sévérité de la COVID-19 parmi la cohorte américaine (États-Unis et Pérou).

La cytométrie en flux a été utilisée pour examiner les réponses spécifiques des lymphocytes T CD4+ et CD8+ au SARS-CoV-2 en utilisant une coloration intracellulaire des cytokines (ICS). Les appels positifs seront effectués en utilisant le test d'exactitude de Fisher pour tous les marqueurs. Les magnitudes sont le % de lymphocytes T exprimant l'IFN-γ/IL-2.

Le tableau résume le taux de réponse spécifique des lymphocytes T CD4+ et CD8+ au SARS-CoV-2 par cytométrie en flux à la Visite 1, globalement et par région et gravité de la COVID-19 dans la cohorte américaine (États-Unis et Pérou)

La cytométrie en flux a été utilisée pour examiner les réponses des lymphocytes T CD4+ et CD8+ spécifiques du SARS-CoV-2 en utilisant une coloration intracellulaire de cytokines (ICS). Les appels positifs seront effectués en utilisant le test exact de positivité de Fisher pour tous les marqueurs. Les magnitudes sont le % de lymphocytes T exprimant l'IFN-γ/IL-2.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse des lymphocytes T CD4+ et CD8+ spécifiques du SARS-CoV-2 par cytométrie en flux à la visite 1, globalement et par région et sévérité de la COVID-19 dans la cohorte américaine.

Les réponses des cellules B spécifiques au SARS-CoV-2 et les données phénotypiques des cellules B ont été identifiées et caractérisées à l'aide de protéines Env recombinantes marquées par fluorescence (S6P et RBD) en combinaison avec un panel d'anticorps de cytométrie en flux sur tous les échantillons disponibles de la visite d'inclusion (V1). L'échantillon sera inclus dans l'analyse uniquement si le nombre de cellules B IgD- est égal ou supérieur à 1000 pour cet échantillon.

Le tableau résume l'ampleur de la réponse des cellules B mémoire spécifiques au SARS-CoV-2 par cytométrie en flux à la visite 1, globalement et par région et gravité de la COVID-19 dans la cohorte américaine (États-Unis et Pérou).

Les tests BAMA ont été réalisés pour les échantillons des participants à la visite 1 (mois 0, ligne de base) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques au SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 lectures : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un témoin au niveau de la plaque (c'est-à-dire, un puits vide exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Les réponses positives à chaque visite seront considérées si les valeurs MFI moins les valeurs du blanc sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgG1) aux visites 1, 2, 3, globalement et par région et par groupe de jours depuis le diagnostic du SARS-CoV-2 dans la cohorte américaine.

Les tests BAMA ont été réalisés sur des échantillons provenant des participants lors de la Visite 1 (Mois 0, référence) et sur les échantillons disponibles lors des visites de suivi (Mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques au SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 lectures : une intensité moyenne de fluorescence après soustraction du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits vide exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Des réponses positives à chaque visite seront signalées si les valeurs MFI moins les valeurs du blanc sont ≥ au seuil spécifique de l'isotype, de l'antigène et de la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par BAMA IgG1 lors des Visites 1, 2, 3, globalement et par région et par groupe de jours depuis le diagnostic du SARS-CoV-2 dans la cohorte américaine.

Les dosages BAMA ont été réalisés pour les échantillons des participants à la visite 1 (mois 0, référence) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques au SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 résultats : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits vide exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Les réponses positives à chaque visite seront considérées si les valeurs MFI moins les valeurs du blanc sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par dosage multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgG3) à la visite 1, 2, globalement et par région et par groupe de jours depuis le diagnostic du SARS-CoV-2 dans la cohorte américaine.

Les dosages BAMA ont été réalisés pour les échantillons des participants à la visite 1 (mois 0, ligne de base) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques au SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 sorties : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire, un puits vide exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Les réponses positives à chaque visite seront déterminées si les valeurs MFI moins les valeurs du blanc sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par dosage multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgG3) à la visite 1, 2, globalement et par région et par groupe de jours depuis le diagnostic du SARS-CoV-2 dans la cohorte américaine.

Les tests BAMA ont été réalisés sur les échantillons des participants à la visite 1 (mois 0, référence) et sur les échantillons disponibles lors des visites de suivi (mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques du SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un appareil Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 lectures : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits blanc exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Les réponses positives à chaque visite seront considérées si les valeurs MFI moins les valeurs du blanc sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'ampleur à un moment donné.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques du SARS-CoV-2 par test multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgA) à la visite 1, 2, globalement et par région et jours depuis le diagnostic du groupe SARS-CoV-2 dans la cohorte américaine.

Des tests BAMA ont été réalisés pour des échantillons provenant des participants à la Visite 1 (Mois 0, référence) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (Mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques au SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 sorties : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire, un puits vide exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Des réponses positives à chaque visite seront déclarées si les valeurs MFI moins les valeurs du blanc sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par dosage multiplex d'anticorps de liaison (BAMA IgA) à la Visite 1, 2, globalement et par région et par groupe de jours depuis le diagnostic du SARS-CoV-2 dans la cohorte américaine.

Les anticorps neutralisants contre les coronavirus du SRAS sont mesurés dans des cellules 293T/ACE2 pour tous les échantillons séronégatifs pour le VIH. Le MPI (pourcentage d'inhibition maximal) est également mesuré. Les appels de positivité correspondent à une valeur ID50/ID80 (dose inhibitrice à 50 % et 80 %) soit >20 (la limite inférieure de détection (LLOD) du test) soit un MPI compris entre 10 % et 50 %. L'ID50/ID80 des anticorps neutralisants de tous les échantillons séropositifs pour le VIH est mesuré par un test différent, le test de neutralisation par pseudovirus VSV. Les appels de positivité sont basés sur la présence ou non d'une neutralisation observée sur toute la titration (dilution initiale 1:20) avec un MPI compris entre 10 % et 50 %. Pour les appels positifs mais où la neutralisation n'atteint pas 50 % ou 80 %, le titre ID50/ID80 est d'abord estimé par Prism.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test d'anticorps neutralisants (NAb) à la visite 1, 2, 3, 4, globalement et par région et jours depuis le diagnostic de SARS-CoV-2 dans le groupe de la cohorte américaine

Les anticorps neutralisants contre les coronavirus du SRAS sont mesurés dans les cellules 293T/ACE2 pour tous les échantillons séronégatifs pour le VIH. L'IPM (inhibition maximale en pourcentage) est également mesurée. Les appels de positivité sont une valeur ID50/ID80 (dose inhibitrice à 50 % et 80 %) soit >20 (la limite inférieure de détection (LLOD) du test) ou l'IPM est comprise entre 10 % et 50 %. L'ID50/ID80 des anticorps neutralisants de tous les échantillons séropositifs pour le VIH est mesuré par un test différent, le test de neutralisation par pseudovirus VSV. Les appels de positivité sont basés sur la présence ou l'absence de neutralisation observée tout au long de la titration (dilution initiale 1:20) avec une IPM entre 10 % et 50 %. Pour les appels positifs mais où la neutralisation n'atteint pas 50 % ou 80 %, le titre ID50/ID80 est d'abord estimé par Prism.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par le test d'anticorps neutralisants (NAb) à la visite 1, 2, 3, 4, globalement et par région et par groupe de jours depuis le diagnostic du SARS-CoV-2 dans la cohorte américaine.

Les anticorps neutralisants contre les coronavirus du SRAS sont mesurés dans des cellules 293T/ACE2 pour tous les échantillons VIH négatifs. L'IPM (inhibition maximale en pourcentage) est également mesurée. Les appels de positivité sont une valeur ID50/ID80 (dose inhibitrice à 50 % et 80 %) soit >20 (la limite inférieure de détection (LLOD) du test) ou l'IPM est comprise entre 10 % et 50 %. L'ID50/ID80 des anticorps neutralisants de tous les échantillons VIH positifs est mesuré par un test différent, le test de neutralisation par pseudovirus VSV. Les appels de positivité sont basés sur la présence ou l'absence de neutralisation observée sur toute la titration (dilution initiale 1:20) avec une IPM comprise entre 10 % et 50 %. Pour les appels positifs mais où la neutralisation n'atteint pas 50 % ou 80 %, le titre ID50/ID80 est d'abord estimé par Prism.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SRAS-CoV-2 par test d'anticorps neutralisants (NAb) aux visites 1, 2, 3, 4, globalement et par région et par groupe de jours depuis le diagnostic du SRAS-CoV-2 dans la cohorte africaine.

Les anticorps neutralisants contre les coronavirus du SRAS sont mesurés dans des cellules 293T/ACE2 pour tous les échantillons séronégatifs pour le VIH. L'IPM (inhibition maximale en pourcentage) est également mesurée. Les appels de positivité sont une valeur ID50/ID80 (dose inhibitrice à 50 % et 80 %) soit >20 (la limite inférieure de détection (LLOD) du test) ou l'IPM est comprise entre 10 % et 50 %. L'ID50/ID80 des anticorps neutralisants de tous les échantillons séropositifs pour le VIH est mesuré par un test différent, le test de neutralisation par pseudovirus VSV. Les appels de positivité sont basés sur la présence ou non d'une neutralisation observée sur toute la titration (dilution initiale 1:20) avec une IPM comprise entre 10 % et 50 %. Pour les appels positifs mais où la neutralisation n'atteint pas 50 % ou 80 %, le titre ID50/ID80 est d'abord estimé par Prism.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test d'anticorps neutralisants (NAb) à la visite 1, 2, 3, 4, globalement et par région et par groupe de jours depuis le diagnostic du SARS-CoV-2 dans la cohorte africaine.

La dégranulation des cellules NK dépendante des anticorps sera mesurée à l'aide d'un test ADCC à une dilution de 1:500. Deux lectures seront le pourcentage de cellules NK CD107A+ soustrait du bruit de fond pour les cellules infectées et le pourcentage de cellules NK CD107A+ soustrait du bruit de fond pour les cellules transfectées. Les réponses positives seront définies si les valeurs du pourcentage de CD107A+ soustrait du bruit de fond sont ≥ 4,07 et ≥5,27 pour les cellules infectées et transfectées, respectivement. Les seuils sont déterminés respectivement par moyenne+2SD, à partir des témoins négatifs du SARS-CoV-2. Le pourcentage de cellules NK CD107a+ était l'amplitude de la réponse.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test de cytotoxicité cellulaire dépendante des anticorps (ADCC) à la visite 1, globalement et par région et par groupe de jours depuis le diagnostic du SARS-CoV-2 dans la cohorte américaine (États-Unis et Pérou).

La dégranulation des cellules NK dépendante des anticorps sera mesurée en utilisant un test ADCC à une dilution de 1:500. Deux paramètres de lecture seront le pourcentage de cellules NK CD107A+ soustrait du bruit de fond pour les cellules infectées et le pourcentage de cellules NK CD107A+ soustrait du bruit de fond pour les cellules transfectées. Les réponses positives seront définies si les valeurs du pourcentage de CD107A+ soustrait du bruit de fond sont ≥ 4,07 et ≥ 5,27 pour les cellules infectées et transfectées, respectivement. Les seuils sont déterminés par la moyenne+2SD, respectivement, à partir des témoins négatifs du SARS-CoV-2. Le pourcentage de cellules NK CD107a+ représentait l'amplitude de la réponse.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par le test de cytotoxicité cellulaire dépendante des anticorps (ADCC) à la visite 1, globalement et par région et par nombre de jours depuis le diagnostic du SARS-CoV-2 dans la cohorte américaine.

La cytométrie en flux a été utilisée pour examiner les réponses spécifiques des lymphocytes T CD4+ et CD8+ au SARS-CoV-2 en utilisant une coloration intracellulaire de cytokines (ICS). Les appels positifs seront effectués en utilisant le test exact de positivité de Fisher pour tous les marqueurs. Les magnitudes sont le pourcentage de lymphocytes T exprimant IFN-γ/IL-2.

Le tableau résume le taux de réponse spécifique des lymphocytes T CD4+ et CD8+ au SARS-CoV-2 par cytométrie en flux lors de la Visite 1, globalement et par région et par nombre de jours depuis le diagnostic de SARS-CoV-2 dans la cohorte américaine.

La cytométrie en flux a été utilisée pour examiner les réponses des lymphocytes T CD4+ et CD8+ spécifiques du SARS-CoV-2 en utilisant une coloration intracellulaire des cytokines (ICS). Les appels positifs seront effectués en utilisant le test exact de Fisher pour tous les marqueurs. Les magnitudes sont le % de lymphocytes T exprimant l'IFN-γ/IL-2.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse des lymphocytes T CD4+ et CD8+ spécifiques du SARS-CoV-2 par cytométrie en flux à la visite 1, globalement et par région et jours depuis le diagnostic du SARS-CoV-2 dans le groupe de la cohorte américaine.

Les réponses spécifiques des lymphocytes B au SARS-CoV-2 et les données phénotypiques des lymphocytes B ont été identifiées et caractérisées en utilisant des protéines Env recombinantes marquées par fluorescence (S6P et RBD) en combinaison avec un panel d'anticorps de cytométrie en flux sur tous les échantillons disponibles de la visite d'inclusion (V1). L'échantillon sera inclus dans l'analyse uniquement si le nombre de lymphocytes B IgD- est égal ou supérieur à 1000 pour cet échantillon.

Le tableau résume l'ampleur de la réponse des lymphocytes B mémoire spécifiques au SARS-CoV-2 (lymphocytes B) par région et par groupe de jours depuis le diagnostic du SARS-CoV-2 dans la cohorte américaine.

Des tests BAMA ont été réalisés sur des échantillons de participants à la visite 1 (mois 0, référence) et sur les échantillons disponibles lors des visites de suivi (mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques au SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 lectures : une intensité moyenne de fluorescence corrigée du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un témoin au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits blanc exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Des réponses positives à chaque visite seront considérées si les valeurs MFI moins les valeurs du blanc sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgG1) aux visites 1, 2, 3, globalement et par région et groupe de comorbidité au sein de la cohorte américaine.

Des tests BAMA ont été réalisés pour des échantillons provenant des participants à la visite 1 (mois 0, valeur de référence) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques au SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 résultats : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits blanc exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Des réponses positives à chaque visite seront déclarées si les valeurs MFI moins les valeurs du blanc sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgG1) aux visites 1, 2, 3, globalement et par région et groupe de comorbidité dans la cohorte américaine.

Des dosages BAMA ont été réalisés pour les échantillons des participants à la visite 1 (mois 0, référence) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques au SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 sorties : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits blanc exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Des réponses positives à chaque visite seront déclarées si les valeurs MFI moins les valeurs blanches sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par dosage multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgG3) à la visite 1, 2, globalement et par région et groupe de comorbidité dans la cohorte américaine.

Des tests BAMA ont été réalisés pour les échantillons des participants à la visite 1 (mois 0, référence) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques au SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 sorties : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire, un puits blanc exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Les réponses positives à chaque visite seront déclarées si les valeurs MFI moins les valeurs blanches sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par dosage multiplex de liaison d'anticorps (BAMA IgG3) à la visite 1, 2, globalement et par région et groupe de comorbidité dans la cohorte américaine.

Les dosages BAMA ont été réalisés pour les échantillons des participants à la Visite 1 (Mois 0, ligne de base) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (Mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques du SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 sorties : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits blanc exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Les réponses positives à chaque visite seront déterminées si les valeurs MFI moins le blanc sont ≥ au seuil spécifique de l'isotype, de l'antigène et de la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques du SARS-CoV-2 par dosage multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgA) à la Visite 1, 2, globalement et par région et groupe de comorbidité dans la cohorte américaine.

Des tests BAMA ont été réalisés sur des échantillons provenant de participants lors de la Visite 1 (Mois 0, référence) et sur des échantillons disponibles lors des visites de suivi (Mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques au SARS-CoV-2 (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 lectures : une intensité moyenne de fluorescence après soustraction du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire un puits vide exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Des réponses positives à chaque visite seront identifiées si les valeurs MFI moins le blanc sont ≥ au seuil spécifique à l'isotype, à l'antigène et à la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par dosage multiplex de liaison d'anticorps (BAMA IgA) lors des Visites 1 et 2, globalement et par région et groupe de comorbidité dans la cohorte américaine.

Les anticorps neutralisants contre les coronavirus du SRAS sont mesurés dans des cellules 293T/ACE2 pour tous les échantillons VIH négatifs. L'IPM (inhibition maximale en pourcentage) est également mesurée. Les appels de positivité sont une valeur ID50/ID80 (dose inhibitrice à 50 % et 80 %) soit >20 (la limite inférieure de détection (LLOD) du test) ou l'IPM est entre 10 % et 50 %. L'ID50/ID80 des anticorps neutralisants de tous les échantillons VIH positifs est mesuré par un test différent, le test de neutralisation par pseudovirus VSV. Les appels de positivité sont basés sur la présence ou non d'une neutralisation observée sur toute la titration (dilution initiale 1:20) avec une IPM entre 10 % et 50 %. Pour les appels positifs mais où la neutralisation n'atteint pas 50 % ou 80 %, le titre ID50/ID80 est d'abord estimé par Prism.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test d'anticorps neutralisants (NAb) aux visites 1, 2, 3, 4, globalement et par région et groupe de comorbidité dans la cohorte américaine.

Les anticorps neutralisants contre les coronavirus du SRAS sont mesurés dans des cellules 293T/ACE2 pour tous les échantillons séronégatifs pour le VIH. Le MPI (pourcentage d'inhibition maximal) est également mesuré. Les appels de positivité sont une valeur ID50/ID80 (dose inhibitrice 50% et 80%) soit >20 (la limite inférieure de détection (LLOD) du test) soit le MPI est compris entre 10% et 50%. Les anticorps neutralisants ID50/ID80 de tous les échantillons séropositifs pour le VIH sont mesurés par un test différent, le test de neutralisation du pseudovirus VSV. Les appels de positivité sont basés sur la présence ou l'absence de neutralisation observée sur toute la titration (dilution initiale 1:20) avec un MPI entre 10% et 50%. Pour les appels positifs mais où la neutralisation n'atteint pas 50% ou 80%, le titre ID50/ID80 est d'abord estimé par Prism.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par le test d'anticorps neutralisants (NAb) aux visites 1, 2, 3, 4, globalement et par région et groupe de comorbidités dans la cohorte américaine.

Les anticorps neutralisants contre les coronavirus du SRAS sont mesurés dans des cellules 293T/ACE2 pour tous les échantillons séronégatifs pour le VIH. L'IPM (inhibition maximale en pourcentage) est également mesurée. Les appels de positivité sont une valeur ID50/ID80 (dose inhibitrice à 50 % et 80 %) soit >20 (la limite inférieure de détection (LLOD) du test) soit l'IPM est comprise entre 10 % et 50 %. L'ID50/ID80 des anticorps neutralisants de tous les échantillons séropositifs pour le VIH est mesuré par un test différent, le test de neutralisation par pseudovirus VSV. Les appels de positivité sont basés sur la présence ou l'absence de neutralisation observée sur toute la gamme de dilution (dilution initiale 1:20) avec une IPM comprise entre 10 % et 50 %. Pour les appels positifs mais dont la neutralisation n'atteint pas 50 % ou 80 %, le titre ID50/ID80 est d'abord estimé par Prism.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test d'anticorps neutralisants (NAb) à la visite 1, 2, 3, 4, globalement et par région et groupe de comorbidité dans la cohorte africaine.

Les anticorps neutralisants contre les coronavirus du SRAS sont mesurés dans des cellules 293T/ACE2 pour tous les échantillons séronégatifs pour le VIH. Le MPI (pourcentage d'inhibition maximal) est également mesuré. Les appels de positivité sont une valeur ID50/ID80 (dose inhibitrice à 50 % et 80 %) soit >20 (la limite inférieure de détection (LLOD) du test) soit un MPI compris entre 10 % et 50 %. L'ID50/ID80 des anticorps neutralisants de tous les échantillons séropositifs pour le VIH est mesuré par un test différent, le test de neutralisation par pseudovirus VSV. Les appels de positivité sont basés sur la présence ou non d'une neutralisation observée sur toute la titration (dilution initiale 1:20) avec un MPI entre 10 % et 50 %. Pour les appels positifs mais où la neutralisation n'atteint pas 50 % ou 80 %, le titre ID50/ID80 est d'abord estimé par Prism.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test d'anticorps neutralisants (NAb) à la visite 1, 2, 3, 4, globalement et par région et groupe de comorbidité dans la cohorte Afrique.

La dégranulation des cellules NK dépendante des anticorps sera mesurée à l'aide du test ADCC à une dilution de 1:500. Deux résultats seront le pourcentage de cellules NK CD107A+ soustrait du bruit de fond pour les cellules infectées et le pourcentage de cellules NK CD107A+ soustrait du bruit de fond pour les cellules transfectées. Les réponses positives seront définies si les valeurs du pourcentage de CD107A+ soustrait du bruit de fond sont ≥ 4,07 et ≥ 5,27 pour les cellules infectées et transfectées, respectivement. Les seuils sont déterminés par la moyenne+2SD, respectivement, à partir des contrôles négatifs du SARS-CoV-2. Le pourcentage de cellules NK CD107a+ représentait l'amplitude des réponses.

Le tableau résume le taux de réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par le test de cytotoxicité cellulaire dépendante des anticorps (ADCC) à la Visite 1, globalement et par région et groupe de comorbidités dans la cohorte américaine.

La dégranulation des cellules NK dépendante des anticorps sera mesurée à l'aide d'un test ADCC à une dilution de 1:500. Deux paramètres seront les pourcentages de cellules NK CD107A+ après soustraction du bruit de fond pour les cellules infectées et pour les cellules transfectées. Les réponses positives seront définies si les valeurs du pourcentage de CD107A+ après soustraction du bruit de fond sont ≥ 4,07 et ≥ 5,27 pour les cellules infectées et transfectées, respectivement. Les seuils sont déterminés par la moyenne + 2 écarts-types, respectivement, à partir des témoins négatifs du SARS-CoV-2. Le pourcentage de cellules NK CD107a+ représentait l'amplitude de la réponse.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 par test de cytotoxicité cellulaire dépendante des anticorps (ADCC) à la visite 1, globalement et par région et groupe de comorbidité dans la cohorte américaine.

La cytométrie en flux a été utilisée pour examiner les réponses spécifiques des lymphocytes T CD4+ et CD8+ au SARS-CoV-2 en utilisant une coloration intracellulaire des cytokines (ICS). Les appels positifs seront effectués en utilisant le test exact de Fisher pour tous les marqueurs. Les magnitudes correspondent au % de lymphocytes T exprimant IFN-γ/IL-2.

Le tableau résume le taux de réponse spécifique des lymphocytes T CD4+ et CD8+ au SARS-CoV-2 par cytométrie en flux à la Visite 1, globalement et par région et groupe de comorbidités dans la cohorte américaine.

La cytométrie en flux a été utilisée pour examiner les réponses des lymphocytes T CD4+ et CD8+ spécifiques du SARS-CoV-2 en utilisant une technique de marquage intracellulaire des cytokines (ICS). Les appels positifs seront effectués en utilisant le test d'exactitude de Fisher pour tous les marqueurs. Les magnitudes sont exprimées en % de lymphocytes T exprimant IFN-γ/IL-2.

Le tableau résume l'amplitude des réponses des lymphocytes T CD4+ et CD8+ spécifiques du SARS-CoV-2 par cytométrie en flux à la Visite 1, globalement et par région et groupe de comorbidités au sein de la cohorte américaine.

Les réponses des lymphocytes B spécifiques au SARS-CoV-2 et les données phénotypiques des lymphocytes B ont été identifiées et caractérisées à l'aide de protéines Env recombinantes marquées par fluorescence (S6P et RBD) en combinaison avec un panel d'anticorps en cytométrie en flux sur tous les échantillons disponibles de la visite d'inclusion (V1). L'échantillon sera inclus dans l'analyse uniquement si le nombre de lymphocytes B IgD- est égal ou supérieur à 1000 pour cet échantillon.

Le tableau résume l'ampleur de la réponse des lymphocytes B mémoire spécifiques au SARS-CoV-2 par cytométrie en flux à la Visite 1, globalement et par région et groupe de comorbidité dans la cohorte américaine.

Des dosages BAMA ont été réalisés pour les échantillons des participants à la Visite 1 (Mois 0, référence) et pour les échantillons disponibles lors des visites de suivi (Mois 2, 4). Les réponses IgA, IgG1, IgG3 spécifiques du SARS-CoV-2 dans le sérum (dilution 1:50) aux antigènes du SARS-CoV-2 ont été mesurées sur un instrument Bio-Plex (Bio-Rad). Le logiciel Bioplex fournit 2 lectures : une intensité moyenne de fluorescence soustraite du bruit de fond (MFI), où le bruit de fond fait référence à un contrôle au niveau de la plaque (c'est-à-dire, un puits blanc exécuté sur chaque plaque), et une concentration basée sur une courbe standard. Les réponses positives à chaque visite seront déterminées si les valeurs MFI moins les valeurs du blanc sont ≥ au seuil spécifique de l'isotype, de l'antigène et de la dilution (sera fourni par le laboratoire). Les MFI moins le blanc (ou MFI net) sont utilisés pour résumer l'amplitude à un moment donné.

Le tableau résume l'amplitude de la réponse de liaison des anticorps spécifiques du SARS-CoV-2 par dosage multiplex de liaison des anticorps (BAMA IgA échantillon nasal) aux Visites 1, 2, 3, globalement et par région et groupe d'inclusion dans la cohorte américaine.