Karakterisering av SARS-CoV-2-specifik immunitet hos individer som har återhämtat sig från covid-19

Personer som inte är inlagda på sjukhus för covid-19, utan kliniskt spektrum eller utfall specificerade i grupp 3

• 1A: Personer med asymtomatisk infektion, åldrarna 18 till 55, inklusive
• 1B: Personer med asymtomatisk infektion, ålder > 55
• 1C: Personer med symtomatisk infektion (dvs covid-19) i åldrarna 18 till 55
• 1D: Personer med symtomatisk infektion (dvs covid-19), ålder > 55

• Valfria nasala prover
• Blodsamling

Personer som tidigare varit inlagda på sjukhus för covid-19, utan kliniskt spektrum eller utfall specificerade i grupp 3

• 2A: Personer mellan 18 och 55 år
• 2B: Personer > 55 år

• Valfria nasala prover
• Blodsamling

• Valfria nasala prover
• Blodsamling

BAMA-analyser utfördes för prover från deltagare vid Besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesöken (månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1- och IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på ett Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 utläsningar: en bakgrundssubtraherad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en plattskontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att registreras om MFI minus blankvärden är ≥ isotyp-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI minus blank (eller netto-MFI) används för att sammanfatta storleken vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppsbindningssvarsfrekvens genom bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgG1) vid Besök 1, 2, 3, totalt och per region och inkluderingsgrupp.

BAMA-tester utfördes för prover från deltagare vid besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesök (månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1-, IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på en Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 avläsningar: en bakgrundssubtraherad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en plattnivåkontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att registreras om MFI minus tomvärden är ≥ isotyp-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI-värden minus tomvärden (eller netto-MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningsresponsmagnitud genom bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgG1) vid besök 1, 2, 3, totalt och efter region och rekryteringsgrupp

BAMA-analyser utfördes på prover från deltagare vid Besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesök (månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA, IgG1, IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på en Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 utläsningar: en bakgrundssubtraherad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en platkontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att kallas om MFI minus tomvärden är ≥ isotyp-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av labbet). MFI minus tomvärde (eller netto-MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifika antikroppbindningssvarsfrekvensen genom bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgG3) vid Besök 1, 2, totalt och efter region och inkluderingsgrupp bland Amerikakohorten

BAMA-analyser utfördes för prover från deltagare vid Besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesök (månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA, IgG1, IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på ett Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 avläsningar: en bakgrundskorrigerad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrunden avser en plattsnivåkontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att registreras om MFI minus tomvärden är ≥ isotop, antigen och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI-värden minus tom (eller netto MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifika antikroppbindningsresponsmagnitud genom bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgG3) vid Besök 1, 2, totalt och per region och rekryteringsgrupp bland Amerikakohorten

BAMA-analyser utfördes på prover från deltagare vid Besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesök (månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1-, IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på en Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-mjukvaran ger 2 avläsningar: en bakgrundssubtraherad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en plattskontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att utropas om MFI minus tomma värden är ≥ isotyp-, antigen- och spädningsspecifika gränsvärden (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI-värden minus tomma (eller netto-MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningsresponsfrekvens genom bindande antikroppmultiplexanalys (BAMA IgA) vid Besök 1, 2, totalt och efter region och inskrivningsgrupp inom Amerika-kohorten

BAMA-analyser utfördes för prover från deltagare vid Besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesök (månad 2). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1-, IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på ett Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger två avläsningar: en bakgrundskorrigerad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en plattnivåkontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att registreras om MFI minus tomvärden är ≥ isotyp-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI minus tom (eller netto MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppsbindningsresponsmagnitud genom bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgA) vid Besök 1, 2, totalt och per region och anmälningsgrupp bland America-kohorten.

Neutraliserande antikroppar mot SARS-coronavirus mäts i 293T/ACE2-celler för alla HIV-negativa prover. MPI (maximal procentuell inhibering) mäts också. Positivitetsbedömningar baseras på ett ID50/ID80-värde (50% och 80% inhiberande dos) som antingen är >20 (detektionsgränsen för analysen) eller MPI mellan 10%-50%. De neutraliserande antikropparna ID50/ID80 för alla HIV-positiva prover mäts med en annan analys, VSV-pseudovirusneutraliseringsanalys. Positivitetsbedömningar baseras på om någon neutralisering observeras genom hela titreringen (startspädning 1:20) med MPI mellan 10%-50%. För positiva bedömningar där neutraliseringen inte når 50% eller 80% uppskattas ID50/ID80-titer först med Prism.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifika antikroppbindningssvarsfrekvenser genom neutraliserande antikroppsanalys (NAb) vid besök 1, 2, 3, 4, totalt samt per region och inskrivningsgrupp inom den amerikanska kohorten (endast USA och Peru)

Neutraliserande antikroppar mot SARS-coronavirus mäts i 293T/ACE2-celler för alla HIV-negativa prover. MPI (maximal procentuell inhibering) mäts också. Positivitetsbedömningar baseras på ett ID50/ID80-värde (50% och 80% inhiberande dos) som antingen är >20 (detektionsgränsen för analysen) eller MPI mellan 10%-50%. De neutraliserande antikropparna ID50/ID80 för alla HIV-positiva prover mäts med en annan analys, VSV-pseudovirusneutraliseringsanalys. Positivitetsbedömningar baseras på om någon neutralisering observeras genom hela titreringen (startspädning 1:20) med MPI mellan 10%-50%. För positiva bedömningar där neutraliseringen inte når 50% eller 80% uppskattas ID50/ID80-titer först med Prism.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningsresponsstorlek genom neutraliserande antikroppsanalys (NAb) vid besök 1, 2, 3, 4, totalt och per region och inskrivningsgrupp inom Amerika-kohorten (endast USA och Peru)

Neutraliserande antikroppar mot SARS-coronavirus mäts i 293T/ACE2-celler för alla HIV-negativa prover. MPI (maximal procentuell inhibering) mäts också. Positivitetsbedömningar är ett ID50/ID80-värde (50% och 80% inhiberande dos) antingen >20 (detektionsgränsen (LLOD) för analysen) eller MPI är mellan 10%-50%. Den neutraliserande antikroppen ID50/ID80 för alla HIV-positiva prover mäts med en annan analys, VSV-pseudovirusneutraliseringsanalys. Positivitetsbedömningar baseras på om någon neutralisering observeras genom hela titreringen (startspädning 1:20) med MPI mellan 10%-50%. För positiva bedömningar där neutraliseringen inte når 50% eller 80%, uppskattas ID50/ID80-titer först med Prism.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifik antikroppsbindningssvarsfrekvens genom neutraliserande antikroppsanalys (NAb) vid besök 1, 2, 3, 4, totalt och per region och inskrivningsgrupp i Afrika-kohorten

Neutraliserande antikroppar mot SARS-coronavirus mäts i 293T/ACE2-celler för alla HIV-negativa prover. MPI (maximal procentuell inhibering) mäts också. Positivitetsbedömningar görs när ett ID50/ID80-värde (50% och 80% inhiberande dos) är antingen >20 (detektionsgränsen för analysen) eller när MPI är mellan 10%-50%. Neutraliserande antikroppar ID50/ID80 för alla HIV-positiva prover mäts med en annan analys, VSV-pseudovirusneutraliseringsanalys. Positivitetsbedömningar baseras på om neutralisering observeras genom hela titreringen (startspädning 1:20) med MPI mellan 10%-50%. För positiva bedömningar där neutraliseringen inte når 50% eller 80% uppskattas ID50/ID80-titer först med Prism.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningsresponsstyrka genom neutraliserande antikroppsanalys (NAb) vid besök 1, 2, 3, 4, totalt och efter region och rekryteringsgrupp inom Afrikakohorten

Antikroppsberoende NK-cellsdegranulering kommer att mätas med ADCC-test vid en utspädning 1:500. Två utläsningar kommer att vara bakgrundskorrigerad % CD107A+ NK-celler för infekterade celler och bakgrundskorrigerad % CD107A+ NK-celler för transfekterade celler. Positiva svar kommer att registreras om värdena för bakgrundskorrigerad % CD107A+ är ≥ 4,07 respektive ≥5,27 för infekterade och transfekterade celler. Gränsvärdena bestäms av medelvärde+2SD från SARS-CoV-2-negativa kontroller. Procent CD107a+ NK-celler var responsstorlekarna.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppsbindningsfrekvens med antikroppsberoende cellulär cytotoxicitetstest (ADCC) vid Besök 1, totalt och per region och inskrivningsgrupp i Amerika-kohorten (endast USA och Peru)

Antikroppsberoende NK-cell-degranulering kommer att mätas med ADCC-analys vid en utspädning på 1:500. Två avläsningar kommer att vara bakgrundssubtraherad % CD107A+ NK-celler för infekterade celler och bakgrundssubtraherad % CD107A+ NK-celler för transfekterade celler. Positiva svar kommer att fastställas om värdena för bakgrundssubtraherad % CD107A+ ≥ 4,07 respektive ≥5,27 för infekterade och transfekterade celler. Gränsvärdena bestäms av medelvärde+2SD från SARS-CoV-2-negativa kontroller. Procent CD107a+ NK-celler var responsstorlekarna.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningsresponsstorlek genom antikroppsberoende cellulär cytotoxicitetsanalys (ADCC) Besök 1, totalt och per region och inskrivningsgrupp inom America-kohorten.

Flödescytometri användes för att undersöka SARS-CoV-2-specifika CD4+- och CD8+-T-cellsresponser med intracellulär cytokinfärgning (ICS). Positiva resultat kommer att fastställas med Fishers exakta positivitetstest för alla markörer. Storlekarna anges i % T-celler som uttrycker IFN-g/IL-2.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifika CD4+- och CD8+-T-cellsresponsfrekvenser med flödescytometri vid besök 1, totalt och per region och inkluderingsgrupp inom Amerikakohorten (endast USA och Peru)

Flödescytometri användes för att undersöka SARS-CoV-2-specifika CD4+- och CD8+-T-cellsresponser med intracellulär cytokinfärgning (ICS). Positiva resultat kommer att fastställas med Fishers exakta positivitetstest för alla markörer. Storlekarna anges som % T-celler som uttrycker IFN-g/IL-2.

Tabellen sammanfattar storleken på SARS-CoV-2-specifika CD4+- och CD8+-T-cellsresponser med flödescytometri vid Besök 1, totalt och efter region och inkluderingsgrupp bland positiva respondenter i den amerikanska kohorten (USA och Peru)

SARS-CoV-2-specifika B-cellsresponser och B-cellsphenotypdata identifierades och karakteriserades med hjälp av fluorescerande märkta rekombinanta Env-proteiner (S6P och RBD) i kombination med ett flödescytometri-antikroppspanel på alla tillgängliga prover från registreringsbesöket (V1). Det finns ingen positivitetssignal för B-cellsphenotypdata. Storleken är B-cellsdelsfrekvens.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifikt minnes-B-cellsresponsmagnitud genom flödescytometri vid Besök 1, totalt och efter region och registreringsgrupp bland Amerika-kohorten (endast USA och Peru)

BAMA-analyser utfördes för prover från deltagare vid Besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesöken (månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1-, IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på ett Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 avläsningar: en bakgrundssubtraherad medel fluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en plattskontroll (dvs en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att registreras om MFI minus blankvärden är ≥ isotyp-, antigen- och spänningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI minus blank (eller netto-MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningsfrekvens med bindande antikropp multiplexanalys (BAMA IgG1) vid Besök 1, 2, 3, totalt och per region och COVID-19-allvarlighetsgrad bland Amerikakohorten (USA och Peru)

BAMA-assay utfördes på prover från deltagare vid Besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesök (månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1-, IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på ett Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 avläsningar: en bakgrundssubtraherad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en platnivåkontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att anropas om MFI minus tomvärden är ≥ isotyp-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI minus tomvärden (eller netto-MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifika antikroppbindningssvarmagnitud genom bindande antikroppmultiplexassay (BAMA IgG1) vid Besök 1, 2, 3, totalt och per region och COVID-19-allvarlighetsgrad bland Amerikakohorten (USA och Peru)

BAMA-analyser utfördes för prover från deltagarna vid besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesöken (månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1- och IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på ett Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 avläsningar: en bakgrundskorrigerad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en platakontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att registreras om MFI minus blankvärden är ≥ isotyp-, antigen- och spädningsspecifika gränsvärden (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI minus blank (eller netto-MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppsbindningsresponsfrekvens genom bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgG3) vid besök 1, 2, totalt och per region samt COVID-19-allvarlighetsgrad bland Amerikakohorten (USA och Peru)

BAMA-analyser utfördes för prover från deltagarna vid Besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesöken (månad 2, 4). SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1-, IgG3-svar i serum (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på ett Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 utläsningar: en bakgrundssubtraherad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en plattskiktskontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att kallas om MFI minus blankvärden är ≥ isotyp-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI minus blank (eller netto-MFI) används för att sammanfatta storleken vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningssvarsfrekvens genom bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgA) vid Besök 1, 2, totalt och efter region och COVID-19-allvarlighetsgrad bland Amerikakohorten (USA och Peru)

BAMA-analyser utfördes på prover från deltagare vid Besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesöken (månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1- och IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på ett Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 avläsningar: en bakgrundssubtraherad medel fluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en plattskiktskontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att utläsas om MFI minus blankvärden är ≥ isotop-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av labbet). MFI minus blank (eller netto-MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningsresponsmagnitud genom bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgA) vid Besök 1, 2, totalt och per region och COVID-19-svårighetsgrad inom Amerika-kohorten (USA och Peru)

Neutraliserande antikroppar mot SARS-coronavirus mäts i 293T/ACE2-celler för alla HIV-negativa prover. MPI (maximal procentuell inhibering) mäts också. Positivitetsbedömningar baseras på ett ID50/ID80-värde (50% och 80% inhiberande dos) som är >20 (detektionsgränsen för analysen) eller MPI mellan 10%-50%. De neutraliserande antikropparna ID50/ID80 för alla HIV-positiva prover mäts med en annan analys, VSV-pseudovirusneutraliseringsanalys. Positivitetsbedömningar baseras på om någon neutralisering observeras genom hela titreringen (startspädning 1:20) med MPI mellan 10%-50%. För positiva bedömningar där neutraliseringen inte når 50% eller 80% uppskattas ID50/ID80-titer först med Prism.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningsresponsfrekvens genom neutraliserande antikroppsanalys (NAb) vid besök 1, 2, 3, 4, totalt och per region och COVID-19-svårighetsgrad

Neutraliserande antikroppar mot SARS-coronavirus mäts i 293T/ACE2-celler för alla HIV-negativa prover. MPI (maximal procentuell inhibering) mäts också. Positivitetsbedömningar görs när ett ID50/ID80-värde (50 % och 80 % inhiberande dos) antingen är >20 (detektionsgränsen för analysen) eller när MPI är mellan 10 %-50 %. De neutraliserande antikropparna ID50/ID80 för alla HIV-positiva prover mäts med en annan analys, VSV-pseudovirusneutraliseringsanalys. Positivitetsbedömningar baseras på om någon neutralisering observeras genom hela titreringen (startspädning 1:20) med MPI mellan 10 %-50 %. För positiva bedömningar där neutraliseringen inte når 50 % eller 80 % uppskattas ID50/ID80-titer först med Prism.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifik antikroppsbindningsresponsstyrka genom neutraliserande antikroppsanalys (NAb) vid besök 1, 2, 3, 4, totalt och per region och COVID-19-svårighetsgrad bland Amerika-kohorten.

Neutraliserande antikroppar mot SARS-coronavirus mäts i 293T/ACE2-celler för alla HIV-negativa prover. MPI (maximal procentuell inhibering) mäts också. Positivitetsbedömningar görs när ID50/ID80 (50% och 80% hämmande dos) är >20 (detektionsgränsen för analysen) eller när MPI är mellan 10%-50%. De neutraliserande antikropparna ID50/ID80 för alla HIV-positiva prover mäts med en annan analys, VSV-pseudovirusneutraliseringsanalys. Positivitetsbedömningar baseras på om någon neutralisering observeras genom hela titreringen (startspädning 1:20) med MPI mellan 10%-50%. För positiva bedömningar där neutraliseringen inte når 50% eller 80% uppskattas ID50/ID80-titer först med Prism.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningsfrekvens genom neutraliserande antikroppsanalys (NAb) vid besök 1, 2, 3, 4, totalt och per region samt COVID-19-svårighetsgrad.

Neutraliserande antikroppar mot SARS-coronavirus mäts i 293T/ACE2-celler för alla HIV-negativa prover. MPI (maximal procentuell inhibering) mäts också. Positivitetsbedömningar är ett ID50/ID80 (50% och 80% inhiberande dos) värde antingen >20 (detektionsgränsen för analysen) eller MPI är mellan 10%-50%. De neutraliserande antikropparnas ID50/ID80 för alla HIV-positiva prover mäts med en annan analys, VSV-pseudovirusneutraliseringsanalys. Positivitetsbedömningar baseras på om någon neutralisering observeras genom hela titreringen (startspädning 1:20) med MPI mellan 10%-50%. För positiva bedömningar där neutraliseringen inte når 50% eller 80%, uppskattas ID50/ID80-titer först med Prism.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifika antikroppbindningsresponsens magnitud genom neutraliserande antikroppsanalys (NAb) vid besök 1, 2, 3, 4, totalt och efter region och COVID-19-svårighetsgrad bland Afrika-kohorten

Antikroppsberoende NK-cellsdegranulering kommer att mätas med ADCC-analys vid en utspädning på 1:500. Två utläsningar kommer att vara den bakgrundssubtraherade % CD107A+ NK-celler för de infekterade cellerna och den bakgrundssubtraherade % CD107A+ NK-celler för de transfekterade cellerna. Positiva svar kommer att fastställas om värdena för bakgrundssubtraherad % CD107A+ ≥ 4,07 respektive ≥5,27 för de infekterade och transfekterade cellerna. Tröskelvärdena bestäms av medelvärde+2SD, respektive, från SARS-CoV-2-negativa kontroller. Procent CD107a+ NK-celler var responsstyrkan.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppsbindningsfrekvens med antikroppsberoende cellulär cytotoxicitetsanalys (ADCC) vid besök 1, totalt och per region samt COVID-19 allvarlighetsgrad bland Amerika-kohorten (USA och Peru)

Antikroppsberoende NK-cell-degranulering kommer att mätas med ADCC-analys vid en utspädning 1:500. Två avläsningar kommer att vara bakgrundskorrigerad % CD107A+ NK-celler för infekterade celler och bakgrundskorrigerad % CD107A+ NK-celler för transfekterade celler. Positiva svar kommer att identifieras om värdena för bakgrundskorrigerad % CD107A+ ≥ 4.07 respektive ≥5.27 för infekterade och transfekterade celler. Gränsvärdena bestäms av medelvärde+2SD från SARS-CoV-2-negativa kontroller. Procent CD107a+ NK-celler var responsstorlekarna.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifika antikroppbindningsresponsstorlekar genom antikroppsberoende cellulär cytotoxicitetsanalys (ADCC) Besök 1, totalt och per region samt COVID-19-svårighetsgrad bland Amerikakohorten (USA och Peru)

Flödescytometri användes för att undersöka SARS-CoV-2-specifika CD4+ och CD8+ T-cellsvar med intracellulär cytokinfärgning (ICS). Positiva resultat fastställs med Fishers exakta positivitetstest för alla markörer. Storlekarna anges som % T-celler som uttrycker IFN-γ/IL-2.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifika CD4+ och CD8+ T-cellsresponsfrekvenser med flödescytometri vid Besök 1, totalt och per region samt COVID-19 allvarlighetsgrad i den amerikanska kohorten (USA och Peru)

Flödescytometri användes för att undersöka SARS-CoV-2-specifika CD4+ och CD8+ T-cellsresponser med hjälp av intracellulär cytokinfärgning (ICS). Positiva resultat kommer att fastställas med Fishers exakta positivitetstest för alla markörer. Storlekarna är % T-celler som uttrycker IFN-γ/IL-2.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifika CD4+ och CD8+ T-cellsresponsstorlek med flödescytometri vid Besök 1, totalt och per region och COVID-19 svårighetsgrad bland den amerikanska kohorten

SARS-CoV-2-specifika B-cellsvar och B-cellsfenotypdata identifierades och karakteriserades med hjälp av fluorescerande märkta rekombinanta Env-proteiner (S6P och RBD) i kombination med ett flödescytometri-antikroppspanel på alla tillgängliga prover från registreringsbesöket (V1). Provet kommer endast att inkluderas i analysen om antalet IgD- B-celler är lika med eller större än 1000 för det provet.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik minnes-B-cellsresponsstorlek genom flödescytometri vid Besök 1, totalt och efter region samt COVID-19-svårighetsgrad bland Amerikakohorten (USA och Peru)

BAMA-analyser utfördes på prover från deltagare vid Besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesöken (månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA, IgG1, IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på ett Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 avläsningar: en bakgrundskorrigerad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en plattekontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att registreras om MFI minus blankvärden är ≥ isotyp-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI-värden minus blank (eller netto-MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningsresponsfrekvens genom bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgG1) vid Besök 1, 2, 3, totalt och per region och dagar sedan SARS-CoV-2-diagnosgrupp bland Amerika-kohorten

BAMA-assayer utfördes för prover från deltagarna vid besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesöken (månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA, IgG1, IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på en Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-mjukvaran ger 2 avläsningar: en bakgrundssubtraherad medel fluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en platkontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att registreras om MFI minus blankvärden är ≥ isotyp-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av labbet). MFI minus blank (eller netto MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifika antikroppbindningsresponsmagnitud genom BAMA IgG1 vid besök 1, 2, 3, totalt och per region och dagar sedan SARS-CoV-2-diagnosgrupp i America Cohort

BAMA-analyser utfördes på prover från deltagarna vid besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesöken (månad 2, 4). SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1- och IgG3-svar i serum (utspädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på en Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 utläsningar: en bakgrundskorrigerad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en kontroll på plattnivå (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att utläsas om MFI minus blankovärden är ≥ isotyp-, antigen- och utspädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI-värden minus blanko (eller netto-MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningsresponsfrekvens med bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgG3) vid besök 1, 2, totalt och efter region och dagar sedan SARS-CoV-2-diagnosgrupp i Amerika-kohorten.

BAMA-tester utfördes för prover från deltagare vid Besök 1 (Månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesöken (Månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1- och IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på ett Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 avläsningar: en bakgrundskorrigerad genomsnittlig fluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en platkontrollnivå (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att registreras om MFI minus blankvärden är ≥ isotyp-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI-värden minus blank (eller netto MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningsresponsmagnitud genom bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgG3) vid Besök 1, 2, totalt och per region samt dagar sedan SARS-CoV-2-diagnosgrupp inom Amerika-kohorten

BAMA-analyser utfördes för prover från deltagare vid Besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesök (månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1-, IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på ett Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger två utläsningar: en bakgrundssubtraherad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en plattnivåkontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att registreras om MFI minus tomma värden är ≥ isotop-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI minus tomma värden (eller netto-MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningsresponsfrekvens med bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgA) vid Besök 1, 2, totalt och efter region och dagar sedan SARS-CoV-2-diagnosgrupp bland Amerikakohorten.

BAMA-analyser utfördes på prover från deltagarna vid Besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesök (månad 2, 4). SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1-, IgG3-svar (spädning 1:50) i serum mot SARS-CoV-2-antigener mättes på en Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-mjukvaran ger 2 avläsningar: en bakgrundssubtraherad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en platkontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att registreras om MFI minus blankvärden är ≥ isotyp-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI minus blank (eller netto MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningsresponsmagnitud genom bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgA) vid Besök 1, 2, totalt och efter region samt dagar sedan SARS-CoV-2-diagnosgrupp bland Amerikakohorten.

Neutraliserande antikroppar mot SARS-coronavirus mäts i 293T/ACE2-celler för alla HIV-negativa prover. MPI (maximal procentuell inhibering) mäts också. Positivitet bedöms när ID50/ID80 (50% och 80% inhiberande dos) värde är antingen >20 (detektionsgränsen för analysen) eller MPI är mellan 10%-50%. De neutraliserande antikropparnas ID50/ID80 för alla HIV-positiva prover mäts med en annan analys, VSV-pseudovirusneutraliseringsanalys. Positivitet bedöms baserat på om någon neutralisering observeras genom hela titreringen (startspädning 1:20) med MPI mellan 10%-50%. För positiva resultat där neutraliseringen inte når 50% eller 80% uppskattas ID50/ID80-titer först med Prism.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifik antikroppsbindningsresponsfrekvens med neutraliserande antikroppstest (NAb) vid besök 1, 2, 3, 4, totalt och per region och dagar sedan SARS-CoV-2-diagnosgrupp i America-kohorten

Neutraliserande antikroppar mot SARS-coronavirus mäts i 293T/ACE2-celler för alla HIV-negativa prover. MPI (maximal procentuell inhibering) mäts också. Positivitetsbedömningar är ett ID50/ID80-värde (50% och 80% inhiberande dos) som antingen är >20 (detektionsgränsen för analysen) eller MPI är mellan 10%-50%. Den neutraliserande antikroppens ID50/ID80 för alla HIV-positiva prover mäts med en annan analys, VSV-pseudovirusneutraliseringsanalys. Positivitetsbedömningar baseras på om neutralisering observeras genom hela titreringen (startspädning 1:20) med MPI mellan 10%-50%. För positiva bedömningar där neutraliseringen inte når 50% eller 80% uppskattas ID50/ID80-titer först med Prism.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningsresponsstorlek genom neutraliserande antikroppsanalys (NAb) vid besök 1, 2, 3, 4, totalt och efter region samt dagar sedan SARS-CoV-2-diagnosgrupp i America Cohort

Neutraliserande antikroppar mot SARS-coronavirus mäts i 293T/ACE2-celler för alla HIV-negativa prover. MPI (maximal procentuell inhibering) mäts också. Positivitetsbedömningar är ett ID50/ID80 (50% och 80% inhiberande dos) värde antingen >20 (detektionsgränsen för analysen) eller MPI är mellan 10%-50%. De neutraliserande antikropparna ID50/ID80 för alla HIV-positiva prover mäts med en annan analys, VSV-pseudovirusneutraliseringsanalys. Positivitetsbedömningar baseras på om någon neutralisering observeras genom hela titreringen (startspädning 1:20) med MPI mellan 10%-50%. För positiva bedömningar där neutraliseringen inte når 50% eller 80%, uppskattas ID50/ID80-titer först med Prism.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifik antikroppsbindningsresponsfrekvens efter neutraliserande antikroppsanalys (NAb) vid Besök 1, 2, 3, 4, totalt och efter region och dagar sedan SARS-CoV-2-diagnosgrupp i Afrika-kohorten

Neutraliserande antikroppar mot SARS-coronavirus mäts i 293T/ACE2-celler för alla HIV-negativa prover. MPI (maximal procentuell inhibering) mäts också. Positivitetsbedömningar baseras på ett ID50/ID80-värde (50 % och 80 % inhibitorisk dos) som antingen är >20 (detektionsgränsen för analysen) eller MPI mellan 10 %-50 %. De neutraliserande antikropparnas ID50/ID80 för alla HIV-positiva prover mäts med en annan analys, VSV-pseudovirusneutraliseringsanalys. Positivitetsbedömningar baseras på om neutralisering observeras genom hela titreringen (startspädning 1:20) med MPI mellan 10 %-50 %. För positiva bedömningar där neutraliseringen inte når 50 % eller 80 % uppskattas ID50/ID80-titer först med Prism.

Tabellen sammanfattar storleken på SARS-CoV-2-specifikt antikroppbindningssvar genom neutraliserande antikroppsanalys (NAb) vid besök 1, 2, 3, 4, totalt och per region och dagar sedan SARS-CoV-2-diagnosgrupp inom Afrika-kohorten

Antikroppsberoende NK-cell degranulering kommer att mätas med ADCC-test vid en spädning 1:500. Två avläsningar kommer att vara bakgrundskorrigerade % CD107A+ NK-celler för infekterade celler och bakgrundskorrigerade % CD107A+ NK-celler för transfekterade celler. Positiva svar kommer att registreras om värdena för bakgrundskorrigerade % CD107A+ ≥ 4.07 respektive ≥5.27 för infekterade och transfekterade celler. Gränsvärdena bestäms av medelvärde+2SD från SARS-CoV-2-negativa kontroller. Procent CD107a+ NK-celler var responsstyrkan.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifik antikroppsbindningsfrekvens genom antikroppsberoende cellulär cytotoxicitetstest (ADCC) vid Besök 1, totalt och per region och dagar sedan SARS-CoV-2-diagnosgrupp bland Amerikakohorten (USA och Peru)

Antikroppsberoende NK-cellsdegranulering kommer att mätas med hjälp av ADCC-assay vid en spädning 1:500. Två utläsningar kommer att vara den bakgrundssubtraherade % CD107A+ NK-celler för de infekterade cellerna och den bakgrundssubtraherade % CD107A+ NK-celler för de transfekterade cellerna. Positiva svar kommer att anses föreligga om värdena för bakgrundssubtraherad % CD107A+ ≥ 4.07 respektive ≥5.27 för de infekterade och transfekterade cellerna. Tröskelvärdena bestäms av medelvärde+2SD, respektive, från SARS-CoV-2-negativa kontroller. Procent CD107a+ NK-celler var responsstyrkorna.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik Antikroppsbindningsresponsstyrka genom antikroppsberoende cellulär cytotoxicitetsassay (ADCC) Besök 1, totalt och per region och dagar sedan SARS-CoV-2-diagnosgrupp inom Amerikakohorten.

Flödescytometri användes för att undersöka SARS-CoV-2-specifika CD4+ och CD8+ T-cellsresponser med intracellulär cytokinfärgning (ICS). Positiva resultat kommer att fastställas med Fishers exakta positivitetstest för alla markörer. Storlekarna är % T-celler som uttrycker IFN-g/IL-2.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifika CD4+ och CD8+ T-cellsresponsfrekvenser med flödescytometri vid besök 1, totalt och per region och antal dagar sedan SARS-CoV-2-diagnosgrupp bland Amerika-kohorten

Flödescytometri användes för att undersöka SARS-CoV-2-specifika CD4+ och CD8+ T-cellssvar med intracellulär cytokinfärgning (ICS). Positiva resultat fastställs med Fisher's exakta positivitetstest för alla markörer. Magnituderna är % T-celler som uttrycker IFN-γ/IL-2.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifika CD4+ och CD8+ T-cellsresponsmagnituder genom flödescytometri vid Besök 1, totalt och efter region samt dagar sedan SARS-CoV-2-diagnosgrupp inom Amerika-kohorten

SARS-CoV-2-specifika B-cellsvar och B-cell-fenotypdata identifierades och karakteriserades med hjälp av fluorescerande märkta rekombinanta Env-proteiner (S6P och RBD) i kombination med ett flödescytometri-antikroppspanel på alla tillgängliga prover från inskrivningsbesöket (V1). Provet kommer att inkluderas i analysen endast om antalet IgD- B-celler är lika med eller större än 1000 för det provet.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik minnes-B-cellsresponsstyrka (B-cell) efter region och dagar sedan SARS-CoV-2-diagnosgrupp bland Amerikakohorten

BAMA-analyser utfördes på prover från deltagare vid Besök 1 (Månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesök (Månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1-, IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på ett Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 avläsningar: en bakgrundskorrigerad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en plattnivåkontroll (dvs en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att utropas om MFI minus blankvärden är ≥ isotop-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI minus blank (eller netto MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppsbindningssvarsfrekvens genom bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgG1) vid Besök 1, 2, 3, totalt och per region och komorbiditetsgrupp bland Amerika-kohorten

BAMA-analyser utfördes för prover från deltagarna vid besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesöken (månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1-, IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på ett Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 utläsningar: en bakgrundssubtraherad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en plattskontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att klassificeras om MFI minus blankvärden är ≥ isotyp-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI minus blank (eller netto-MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppsbindningsresponsmagnitud genom bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgG1) vid besök 1, 2, 3, totalt och per region och komorbiditetsgrupp inom Amerika-kohorten.

BAMA-analyser utfördes för prover från deltagare vid Besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesök (månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1-, IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på en Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 avläsningar: en bakgrundssubtraherad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en plattnivåkontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att registreras om MFI minus tomvärden är ≥ isotyp-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI minus tom (eller netto-MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningssvarsfrekvens genom bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgG3) vid Besök 1, 2, totalt och efter region och komorbiditetsgrupp inom Amerika-kohorten

BAMA-analyser utfördes på prover från deltagare vid besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesök (månad 2, 4). SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1- och IgG3-svar i serum (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på ett Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger två avläsningar: en bakgrundskorrigerad medel fluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en plattnivåkontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att registreras om MFI minus tomvärden är ≥ isotop-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI-värden minus blank (eller netto MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifika antikroppbindningsresponsmagnitud genom bindande antikroppmultiplexanalys (BAMA IgG3) vid besök 1, 2, totalt och efter region och komorbiditetsgrupp inom Amerika-kohorten.

BAMA-analyser utfördes för prover från deltagarna vid Besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesöken (månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1- och IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på en Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 avläsningar: en bakgrundssubtraherad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en plattnivåkontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att registreras om MFI minus blankvärden är ≥ isotyp-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI minus blank (eller netto-MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningssvarsfrekvens genom bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgA) vid Besök 1, 2, totalt och efter region och komorbiditetsgrupp bland Amerika-kohorten

BAMA-analyser utfördes på prover från deltagare vid Besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesöken (månad 2, 4). Serum SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1-, IgG3-svar (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på en Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger två utläsningar: en bakgrundssubtraherad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en platkontroll på plattnivå (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att kallas om MFI minus tomma värden är ≥ isotyp-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI minus tomma (eller netto MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifika antikroppsbindningsresponsmagnitud genom bindande antikroppsmultiplexanalys (BAMA IgA) vid Besök 1, 2, totalt och efter region och komorbiditetsgrupp inom America Cohort

Neutraliserande antikroppar mot SARS-coronavirus mäts i 293T/ACE2-celler för alla HIV-negativa prover. MPI (maximal procentuell inhibering) mäts också. Positivitetsbedömningar görs när ett ID50/ID80-värde (50% och 80% inhiberande dos) antingen är >20 (assays nedre detektionsgräns (LLOD)) eller när MPI är mellan 10%-50%. Den neutraliserande antikroppen ID50/ID80 för alla HIV-positiva prover mäts med en annan assay, VSV-pseudovirusneutraliseringsassay. Positivitetsbedömningar baseras på om någon neutralisering observeras genom hela titreringen (startspädning 1:20) med MPI mellan 10%-50%. För positiva bedömningar där neutraliseringen inte når 50% eller 80% uppskattas ID50/ID80-titer först med Prism.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifik antikroppsbindningsresponsfrekvens enligt neutraliserande antikroppsassay (NAb) vid besök 1, 2, 3, 4, totalt och efter region och komorbiditetsgrupp inom America Cohort.

Neutraliserande antikroppar mot SARS-coronavirus mäts i 293T/ACE2-celler för alla HIV-negativa prover. MPI (maximal procentuell inhibering) mäts också. Positivitetsbedömningar är ett ID50/ID80-värde (50% och 80% inhiberande dos) som antingen är >20 (detektionsgränsen för analysen) eller MPI är mellan 10%-50%. Den neutraliserande antikroppen ID50/ID80 för alla HIV-positiva prover mäts med en annan analys, VSV-pseudovirusneutraliseringsanalys. Positivitetsbedömningar baseras på om någon neutralisering observeras genom hela titreringen (startspädning 1:20) med MPI mellan 10%-50%. För positiva bedömningar där neutraliseringen inte når 50% eller 80%, beräknas ID50/ID80-titer först med Prism.

Tabellen sammanfattar storleken på SARS-CoV-2-specifika antikroppbindningssvar genom neutraliserande antikroppsanalys (NAb) vid besök 1, 2, 3, 4, totalt och per region och komorbiditetsgrupp i America-kohorten.

Neutraliserande antikroppar mot SARS-coronavirus mäts i 293T/ACE2-celler för alla HIV-negativa prover. MPI (maximal procentuell inhibering) mäts också. Positivitetsbedömningar är ett ID50/ID80-värde (50% och 80% inhiberande dos) antingen >20 (detektionsgränsen för analysen) eller MPI är mellan 10%-50%. De neutraliserande antikropparnas ID50/ID80 för alla HIV-positiva prover mäts med en annan analys, VSV-pseudovirusneutraliseringsanalys. Positivitetsbedömningar baseras på om någon neutralisering observeras genom hela titreringen (startspädning 1:20) med MPI mellan 10%-50%. För positiva bedömningar där neutraliseringen inte når 50% eller 80%, uppskattas ID50/ID80-titer först med Prism.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifik antikroppbindningsresponsfrekvens genom neutraliserande antikroppsanalys (NAb) vid besök 1, 2, 3, 4, totalt och per region och komorbiditetsgrupp i Afrika-kohorten

Neutraliserande antikroppar mot SARS-coronavirus mäts i 293T/ACE2-celler för alla HIV-negativa prover. MPI (maximal procentuell inhibering) mäts också. Positivitetsbedömningar baseras på ett ID50/ID80-värde (50% och 80% inhiberande dos) antingen >20 (detektionsgränsen för analysen) eller MPI mellan 10%-50%. De neutraliserande antikropparnas ID50/ID80 för alla HIV-positiva prover mäts med en annan analys, VSV-pseudovirusneutraliseringsanalys. Positivitetsbedömningar baseras på om någon neutralisering observeras genom hela titreringen (startspädning 1:20) med MPI mellan 10%-50%. För positiva bedömningar där neutraliseringen inte når 50% eller 80% uppskattas ID50/ID80-titer först med Prism.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifika antikroppbindningsresponsens storlek genom neutraliserande antikroppsanalys (NAb) vid Besök 1, 2, 3, 4, totalt och per region samt komorbiditetsgrupp i Afrika-kohorten

Antikroppsberoende NK-cellsdegranulering kommer att mätas med ADCC-assay vid en spädning 1:500. Två avläsningar kommer att vara bakgrundskorrigerade % CD107A+ NK-celler för infekterade celler och bakgrundskorrigerade % CD107A+ NK-celler för transfekterade celler. Positiva svar kommer att registreras om värdena för bakgrundskorrigerade % CD107A+ ≥ 4,07 respektive ≥5,27 för infekterade och transfekterade celler. Gränsvärdena bestäms av medelvärde+2SD från SARS-CoV-2-negativa kontroller. Procent CD107a+ NK-celler var responsstorlekarna.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppsbindningsfrekvens med antikroppsberoende cellulär cytotoxicitetstest (ADCC) vid Besök 1, totalt och per region och komorbiditetsgrupp i Amerikakohorten

Antikroppsberoende NK-cell-degranulering kommer att mätas med ADCC-analys vid en utspädning 1:500. Två avläsningar kommer att vara bakgrundssubtraherad % CD107A+ NK-celler för infekterade celler och bakgrundssubtraherad % CD107A+ NK-celler för transfekterade celler. Positiva svar kommer att registreras om värdena för bakgrundssubtraherad % CD107A+ ≥ 4.07 och ≥5.27 för infekterade respektive transfekterade celler. Gränsvärdena bestäms av medelvärde+2SD, respektive, från SARS-CoV-2 negativa kontroller. Procent CD107a+ NK-celler var responsstorlekarna.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppsbindningsresponsstorlek genom antikroppsberoende cellulär cytotoxicitetsanalys (ADCC) Besök 1, totalt och per region och komorbiditetsgrupp bland Amerika-kohorten

Flödescytometri användes för att undersöka SARS-CoV-2-specifika CD4+ och CD8+ T-cellsresponser med intracellulär cytokinfärgning (ICS). Positiva resultat kommer att fastställas med Fishers exakta positivitetstest för alla markörer. Storlekarna anges i procent T-celler som uttrycker IFN-g/IL-2.

Tabellen sammanfattar SARS-CoV-2-specifika CD4+ och CD8+ T-cellsresponsfrekvenser med flödescytometri vid Besök 1, totalt och per region samt komorbiditetsgrupp inom Amerika-kohorten

Flödescytometri användes för att undersöka SARS-CoV-2-specifika CD4+ och CD8+ T-cellsresponser med intracellulär cytokinfärgning (ICS). Positiva utslag kommer att göras med Fishers exakta positivitetstest för alla markörer. Magnituderna är % T-celler som uttrycker IFN-γ/IL-2.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifika CD4+ och CD8+ T-cellsresponsmagnituder med flödescytometri vid Besök 1, totalt och per region och komorbiditetsgrupp i Amerika-kohorten.

SARS-CoV-2-specifika B-cellsvar och B-cellsfenotypdata identifierades och karakteriserades med hjälp av fluorescerande märkta rekombinanta Env-proteiner (S6P och RBD) i kombination med ett antikroppspanel för flödescytometri på alla tillgängliga prover från inkluderingsbesöket (V1). Provet kommer endast att inkluderas i analysen om antalet IgD- B-celler är lika med eller större än 1000 för det provet.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifikt minnes-B-cellsresponsens omfattning genom flödescytometri vid Besök 1, totalt och per region och komorbiditetsgrupp inom America-kohorten.

BAMA-tester utfördes på prover från deltagare vid Besök 1 (månad 0, baslinje) och tillgängliga prover vid uppföljningsbesök (månad 2, 4). SARS-CoV-2-specifika IgA-, IgG1-, IgG3-svar i serum (spädning 1:50) mot SARS-CoV-2-antigener mättes på ett Bio-Plex-instrument (Bio-Rad). Bioplex-programvaran ger 2 avläsningar: en bakgrundssubtraherad medelfluorescensintensitet (MFI), där bakgrund avser en plattskontroll (dvs. en tom brunn som körs på varje platta), och en koncentration baserad på en standardkurva. Positiva svar vid varje besök kommer att registreras om MFI minus blankvärden är ≥ isotop-, antigen- och spädningsspecifikt gränsvärde (kommer att tillhandahållas av laboratoriet). MFI minus blank (eller netto-MFI) används för att sammanfatta magnituden vid en given tidpunkt.

Tabellen sammanfattade SARS-CoV-2-specifik antikroppsbindningsresponsmagnitud genom bindande antikropps multiplex assay (BAMA IgA-nasalprov) vid Besök 1, 2, 3, totalt och efter region och inkluderingsgrupp bland Amerikakohorten