Charakterystyka odporności specyficznej dla SARS-CoV-2 u osób, które wyzdrowiały z COVID-19

Osoby niehospitalizowane z powodu COVID-19, bez spektrum klinicznego lub wyników określonych w grupie 3

• 1A: Osoby z bezobjawową infekcją, w wieku od 18 do 55 lat włącznie
• 1B: Osoby z bezobjawowym zakażeniem, wiek > 55 lat
• 1C: Osoby z objawową infekcją (tj. COVID-19) w wieku od 18 do 55 lat
• 1D: Osoby z objawową infekcją (tj. COVID-19), wiek > 55 lat

• Opcjonalne próbki z nosa
• Pobieranie krwi

Osoby wcześniej hospitalizowane z powodu COVID-19, bez spektrum klinicznego lub wyników określonych w grupie 3

• 2A: Osoby w wieku od 18 do 55 lat
• 2B: Osoby > 55 lat

• Opcjonalne próbki z nosa
• Pobieranie krwi

• Opcjonalne próbki z nosa
• Pobieranie krwi

Testy BAMA wykonano dla próbek od uczestników w Wizycie 1 (Miesiąc 0, punkt wyjściowy) i dostępnych próbek w wizytach kontrolnych (Miesiąc 2, 4). Odpowiedzi surowicze swoiste dla SARS-CoV-2 IgA, IgG1, IgG3 (rozcieńczenie 1:50) na antygeny SARS-CoV-2 mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex zapewnia 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pustego dołka na każdej płytce), oraz stężenie oparte na krzywej wzorcowej. Dodatnie odpowiedzi w każdej wizycie będą określane, jeśli wartości MFI minus puste są ≥ swoiste dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia wartości odcięcia (zostaną dostarczone przez laboratorium). MFI minus puste (lub netto MFI) są używane do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi wiązania przeciwciał swoistych dla SARS-CoV-2 według wieloparametrowego testu wiązania przeciwciał (BAMA IgG1) w Wizycie 1, 2, 3, ogólnie oraz według regionu i grupy rekrutacyjnej.

Testy BAMA przeprowadzono dla próbek od uczestników w Wizycie 1 (Miesiąc 0, punkt wyjściowy) i dostępnych próbek w wizytach kontrolnych (Miesiąc 2, 4). Odpowiedzi swoiste dla SARS-CoV-2 w surowicy IgA, IgG1, IgG3 (rozcieńczenie 1:50) na antygeny SARS-CoV-2 mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex dostarcza 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. puste dołki na każdej płytce), oraz stężenie na podstawie krzywej wzorcowej. Dodatnie odpowiedzi w każdej wizycie będą określane, jeśli wartości MFI minus puste są ≥ specyficzne dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia wartości odcięcia (zostaną dostarczone przez laboratorium). Wartości MFI minus puste (lub netto MFI) służą do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał swoistych dla SARS-CoV-2 według wieloparametrowego testu wiązania przeciwciał (BAMA IgG1) w Wizycie 1, 2, 3, ogólnie oraz według regionu i grupy rekrutacyjnej.

Testy BAMA zostały przeprowadzone dla próbek od uczestników wizyty 1 (miesiąc 0, punkt wyjściowy) oraz dostępnych próbek z wizyt kontrolnych (miesiąc 2, 4). Odpowiedzi IgA, IgG1, IgG3 specyficzne dla SARS-CoV-2 w surowicy (rozcieńczenie 1:50) na antygeny SARS-CoV-2 mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex dostarcza 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pusta studzienka uruchamiana na każdej płytce) oraz stężenie na podstawie krzywej wzorcowej. Pozytywne odpowiedzi w każdej wizycie zostaną uznane, jeśli wartości MFI minus puste będą ≥ specyficzne dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia wartości odcięcia (zostaną dostarczone przez laboratorium). Wartości MFI minus puste (lub netto MFI) są używane do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 za pomocą testu wieloparametrycznego wiązania przeciwciał (BAMA IgG3) w wizycie 1, 2, ogólnie oraz według regionu i grupy rekrutacyjnej w kohorcie amerykańskiej.

Testy BAMA przeprowadzono dla próbek od uczestników podczas Wizyty 1 (Miesiąc 0, punkt wyjściowy) oraz dostępnych próbek podczas wizyt kontrolnych (Miesiąc 2, 4). Odpowiedzi IgA, IgG1, IgG3 specyficzne dla SARS-CoV-2 w surowicy (rozcieńczenie 1:50) na antygeny SARS-CoV-2 mierzono przy użyciu instrumentu Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex zapewnia 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pusta studzienka uruchomiona na każdej płytce), oraz stężenie na podstawie krzywej standardowej. Pozytywne odpowiedzi podczas każdej wizyty zostaną określone, jeśli wartości MFI minus puste będą ≥ specyficznego dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia progu (zostanie dostarczony przez laboratorium). Wartości MFI minus puste (lub netto MFI) są używane do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowała wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 za pomocą wieloparametrowego testu wiązania przeciwciał (BAMA IgG3) podczas Wizyty 1, 2, ogólnie oraz według regionu i grupy rekrutacyjnej wśród Kohorty Amerykańskiej.

Testy BAMA przeprowadzono na próbkach od uczestników wizyty 1 (miesiąc 0, punkt wyjścia) oraz dostępnych próbkach z wizyt kontrolnych (miesiąc 2, 4). Odpowiedzi surowicze swoiste dla SARS-CoV-2 IgA, IgG1, IgG3 (rozcieńczenie 1:50) na antygeny SARS-CoV-2 mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex dostarcza 2 odczyty: średnie natężenie fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pusta studzienka na każdej płytce), oraz stężenie oparte na krzywej wzorcowej. Pozytywne odpowiedzi na każdej wizycie zostaną określone, jeśli wartości MFI minus blank są ≥ specyficznego dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia progu odcięcia (zostanie dostarczony przez laboratorium). Wartości MFI minus blank (lub netto MFI) są używane do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi wiązania przeciwciał swoistych dla SARS-CoV-2 metodą wieloparametrycznego testu wiązania przeciwciał (BAMA IgA) w wizycie 1, 2, ogólnie oraz według regionu i grupy rekrutacyjnej w kohorcie amerykańskiej.

Testy BAMA przeprowadzono dla próbek od uczestników podczas Wizyty 1 (Miesiąc 0, punkt wyjściowy) oraz dostępnych próbek podczas wizyt kontrolnych (Miesiąc 2). Odpowiedzi swoiste dla SARS-CoV-2 w surowicy (IgA, IgG1, IgG3, rozcieńczenie 1:50) przeciwko antygenom SARS-CoV-2 mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex dostarcza 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pusta studzienka analizowana na każdej płytce) oraz stężenie na podstawie krzywej wzorcowej. Pozytywne odpowiedzi podczas każdej wizyty zostaną uznane, jeśli wartości MFI minus tło są ≥ specyficznego dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia progu (zostanie dostarczony przez laboratorium). Wartości MFI minus tło (lub netto MFI) są używane do podsumowania wielkości odpowiedzi w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał swoistych dla SARS-CoV-2 za pomocą testu multiplexowego wiązania przeciwciał (BAMA IgA) podczas Wizyty 1, 2, ogólnie oraz według regionu i grupy rekrutacyjnej w ramach Kohorty Amerykańskiej.

Przeciwciała neutralizujące przeciwko koronawirusom SARS są mierzone w komórkach 293T/ACE2 dla wszystkich próbek HIV ujemnych. MPI (maksymalny procent inhibicji) również jest mierzony. Pozytywne oznaczenia to wartość ID50/ID80 (50% i 80% dawka hamująca) większa niż 20 (dolna granica wykrywalności (LLOD) testu) lub MPI między 10%-50%. Przeciwciała neutralizujące ID50/ID80 wszystkich próbek HIV dodatnich są mierzone innym testem, testem neutralizacji pseudowirusa VSV. Pozytywne oznaczenia opierają się na tym, czy w całym procesie miareczkowania (początkowe rozcieńczenie 1:20) zaobserwowano jakąkolwiek neutralizację z MPI między 10%-50%. Dla pozytywnych oznaczeń, w których neutralizacja nie osiąga 50% lub 80%, miano ID50/ID80 jest najpierw szacowane przez Prism.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 według testu przeciwciał neutralizujących (NAb) podczas wizyty 1, 2, 3, 4, ogólnie oraz według regionu i grupy rekrutacyjnej w ramach kohorty amerykańskiej (tylko USA i Peru)

Przeciwciała neutralizujące przeciwko koronawirusom SARS są mierzone w komórkach 293T/ACE2 dla wszystkich próbek HIV ujemnych. MPI (maksymalny procent inhibicji) jest również mierzony. Wyniki pozytywne są określane jako wartość ID50/ID80 (dawka hamująca 50% i 80%) większa niż 20 (dolna granica wykrywalności (LLOD) testu) lub MPI wynosi między 10% a 50%. Przeciwciała neutralizujące ID50/ID80 wszystkich próbek HIV dodatnich są mierzone innym testem, testem neutralizacji pseudowirusa VSV. Wyniki pozytywne są określane na podstawie tego, czy w całym zakresie rozcieńczeń (początkowe rozcieńczenie 1:20) zaobserwowano jakąkolwiek neutralizację z MPI między 10% a 50%. Dla wyników pozytywnych, ale gdy neutralizacja nie osiąga 50% lub 80%, miano ID50/ID80 jest najpierw szacowane za pomocą programu Prism.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 na podstawie testu przeciwciał neutralizujących (NAb) podczas wizyty 1, 2, 3, 4, ogólnie oraz według regionu i grupy rekrutacyjnej w ramach kohorty amerykańskiej (tylko USA i Peru)

Przeciwciała neutralizujące przeciwko koronawirusom SARS są mierzone w komórkach 293T/ACE2 dla wszystkich próbek HIV ujemnych. MPI (maksymalny procent inhibicji) również jest mierzony. Wykrycie pozytywne to wartość ID50/ID80 (50% i 80% dawka hamująca) większa niż 20 (dolna granica wykrywalności (LLOD) testu) lub MPI wynosi od 10% do 50%. Przeciwciała neutralizujące ID50/ID80 wszystkich próbek HIV dodatnich są mierzone innym testem, testem neutralizacji pseudowirusem VSV. Wykrycie pozytywne opiera się na tym, czy zaobserwowano jakąkolwiek neutralizację w całym procesie miareczkowania (rozcieńczenie początkowe 1:20) z MPI od 10% do 50%. Dla wyników pozytywnych, w których neutralizacja nie osiąga 50% lub 80%, miano ID50/ID80 jest najpierw szacowane za pomocą Prism.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi wiązania swoistych przeciwciał przeciwko SARS-CoV-2 według testu przeciwciał neutralizujących (NAb) podczas Wizyty 1, 2, 3, 4, ogólnie oraz według regionu i grupy rekrutacyjnej w kohorcie afrykańskiej.

Przeciwciała neutralizujące przeciwko koronawirusom SARS są mierzone w komórkach 293T/ACE2 dla wszystkich próbek HIV-ujemnych. MPI (maksymalny procent inhibicji) również jest mierzony. Wyniki pozytywne to wartość ID50/ID80 (50% i 80% dawka hamująca) albo >20 (dolna granica wykrywalności (LLOD) testu) albo MPI wynosi między 10%-50%. Przeciwciała neutralizujące ID50/ID80 wszystkich próbek HIV-dodatnich są mierzone innym testem, testem neutralizacji pseudowirusem VSV. Wyniki pozytywne są oparte na tym, czy zaobserwowano jakąkolwiek neutralizację w całym zakresie rozcieńczeń (początkowe rozcieńczenie 1:20) z MPI między 10%-50%. Dla wyników pozytywnych, w których neutralizacja nie osiąga 50% lub 80%, miano ID50/ID80 jest najpierw szacowane przez Prism.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 według testu przeciwciał neutralizujących (NAb) podczas Wizyty 1, 2, 3, 4, ogólnie oraz według regionu i grupy rekrutacyjnej w kohorcie afrykańskiej

Degranulacja komórek NK zależna od przeciwciał będzie mierzona za pomocą testu ADCC w rozcieńczeniu 1:500. Dwa odczyty będą stanowić skorygowany o tło % komórek NK CD107A+ dla komórek zakażonych oraz skorygowany o tło % komórek NK CD107A+ dla komórek transfekowanych. Odpowiedzi pozytywne zostaną określone, jeśli wartości skorygowanego o tło % CD107A+ ≥ 4,07 i ≥5,27 odpowiednio dla komórek zakażonych i transfekowanych. Wartości graniczne zostały określone odpowiednio jako średnia+2SD na podstawie kontroli negatywnych SARS-CoV-2. Procent komórek NK CD107a+ był miarą wielkości odpowiedzi.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 w teście cytotoksyczności komórkowej zależnej od przeciwciał (ADCC) podczas wizyty 1, ogólnie oraz według regionu i grupy rekrutacyjnej w kohorcie amerykańskiej (tylko USA i Peru).

Degranulacja komórek NK zależna od przeciwciał będzie mierzona za pomocą testu ADCC w rozcieńczeniu 1:500. Dwa odczyty to skorygowany o tło % komórek NK CD107A+ dla komórek zainfekowanych oraz skorygowany o tło % komórek NK CD107A+ dla komórek transfekowanych. Odpowiedzi pozytywne zostaną określone, jeśli wartości skorygowanego o tło % CD107A+ ≥ 4,07 i ≥5,27 odpowiednio dla komórek zainfekowanych i transfekowanych. Wartości odcięcia są określone odpowiednio przez średnią+2SD na podstawie ujemnych kontroli SARS-CoV-2. Procent komórek NK CD107a+ był miarą wielkości odpowiedzi.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania swoistych przeciwciał SARS-CoV-2 mierzoną testem przeciwciałozależnej cytotoksyczności komórkowej (ADCC) w wizycie 1, ogólnie oraz według regionu i grupy rekrutacyjnej w ramach kohorty amerykańskiej.

Do badania specyficznych odpowiedzi limfocytów T CD4+ i CD8+ na SARS-CoV-2 wykorzystano cytometrię przepływową z wewnątrzkomórkowym barwieniem cytokin (ICS). Dodatnie wyniki będą określane za pomocą dokładnego testu Fishera dla wszystkich markerów. Wielkości wyrażone są jako % limfocytów T eksprymujących IFN-γ/IL-2.

Tabela podsumowuje częstość odpowiedzi limfocytów T CD4+ i CD8+ specyficznych dla SARS-CoV-2 w badaniu cytometrii przepływowej podczas Wizyty 1, ogółem oraz według regionu i grupy rekrutacyjnej w kohorcie amerykańskiej (tylko USA i Peru)

Do badania odpowiedzi limfocytów T CD4+ i CD8+ specyficznych dla SARS-CoV-2 przy użyciu wewnątrzkomórkowego barwienia cytokin (ICS) zastosowano cytometrię przepływową. Oceny pozytywne będą dokonywane przy użyciu dokładnego testu pozytywności Fishera dla wszystkich markerów. Wielkości wyrażone są jako % limfocytów T eksprymujących IFN-γ/IL-2.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi limfocytów T CD4+ i CD8+ specyficznych dla SARS-CoV-2 za pomocą cytometrii przepływowej w wizycie 1, ogólnie oraz według regionu i grupy rekrutacyjnej wśród pozytywnie odpowiadających uczestników kohorty amerykańskiej (USA i Peru)

Odpowiedzi komórek B specyficznych dla SARS-CoV-2 oraz dane fenotypowe komórek B zostały zidentyfikowane i scharakteryzowane przy użyciu fluorescencyjnie znakowanych rekombinowanych białek Env (S6P i RBD) w połączeniu z panelem przeciwciał do cytometrii przepływowej na wszystkich dostępnych próbkach z wizyty rekrutacyjnej (V1). Nie ma określenia pozytywności dla danych fenotypowych komórek B. Wielkość oznacza częstotliwość podzbiorów komórek B.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi komórek B pamięci specyficznych dla SARS-CoV-2 metodą cytometrii przepływowej w Wizycie 1, ogólnie oraz według regionu i grupy rekrutacyjnej wśród kohorty amerykańskiej (tylko USA i Peru).

Testy BAMA przeprowadzono dla próbek od uczestników w Wizycie 1 (Miesiąc 0, punkt wyjściowy) oraz dostępnych próbek w wizytach kontrolnych (Miesiąc 2, 4). Odpowiedzi swoiste dla SARS-CoV-2 w surowicy IgA, IgG1, IgG3 (rozcieńczenie 1:50) wobec antygenów SARS-CoV-2 mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex dostarcza 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. puste dołki na każdej płytce), oraz stężenie oparte na krzywej wzorcowej. Dodatnie odpowiedzi w każdej wizycie zostaną uznane, jeśli MFI minus wartości z pustych dołków są ≥ specyficznego odcięcia dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia (zostanie dostarczone przez laboratorium). MFI minus tło (lub netto MFI) służą do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowała wskaźnik odpowiedzi wiązania przeciwciał swoistych dla SARS-CoV-2 metodą wieloparametrycznego testu wiązania przeciwciał (BAMA IgG1) w Wizycie 1, 2, 3, ogólnie oraz według regionu i ciężkości COVID-19 w kohorcie amerykańskiej (USA i Peru)

Testy BAMA przeprowadzono dla próbek od uczestników podczas Wizyty 1 (Miesiąc 0, punkt wyjściowy) oraz dostępnych próbek podczas wizyt kontrolnych (Miesiąc 2, 4). Odpowiedzi swoiste przeciw SARS-CoV-2 w surowicy (IgA, IgG1, IgG3, rozcieńczenie 1:50) na antygeny SARS-CoV-2 mierzono przy użyciu instrumentu Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex dostarcza 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pustego dołka na każdej płytce) oraz stężenie oparte na krzywej wzorcowej. Odpowiedzi pozytywne podczas każdej wizyty zostaną określone, jeśli wartości MFI minus blank są ≥ od izotypowo-, antygenowo- i rozcieńczeniowo-specyficznej wartości odcięcia (zostanie dostarczona przez laboratorium). Wartości MFI minus blank (lub netto MFI) służą do podsumowania wielkości odpowiedzi w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał swoistych przeciw SARS-CoV-2 za pomocą wieloparametrowego testu wiązania przeciwciał (BAMA IgG1) podczas Wizyty 1, 2, 3, ogólnie oraz według regionu i ciężkości COVID-19 w ramach kohorty amerykańskiej (USA i Peru).

Testy BAMA przeprowadzono dla próbek od uczestników wizyty 1 (miesiąc 0, punkt wyjściowy) i dostępnych próbek podczas wizyt kontrolnych (miesiąc 2, 4). Odpowiedzi surowicy na antygeny SARS-CoV-2 specyficzne dla IgA, IgG1, IgG3 (rozcieńczenie 1:50) mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex dostarcza 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pusta studzienka na każdej płytce), oraz stężenie oparte na krzywej wzorcowej. Pozytywne odpowiedzi na każdej wizycie zostaną określone, jeśli wartości MFI minus puste będą ≥ specyficzne dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia progi odcięcia (zostaną dostarczone przez laboratorium). MFI minus puste (lub netto MFI) są używane do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowała wskaźnik odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 w teście wieloparametrowym wiązania przeciwciał (BAMA IgG3) w wizycie 1, 2, ogólnie oraz według regionu i ciężkości COVID-19 wśród kohorty amerykańskiej (USA i Peru)

Testy BAMA przeprowadzono na próbkach od uczestników w wizycie 1 (miesiąc 0, punkt wyjściowy) oraz na dostępnych próbkach z wizyt kontrolnych (miesiąc 2, 4). Odpowiedzi swoiste dla SARS-CoV-2 w surowicy, obejmujące IgA, IgG1, IgG3 (rozcieńczenie 1:50) względem antygenów SARS-CoV-2, mierzono na urządzeniu Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex dostarcza 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. puste dołki na każdej płytce), oraz stężenie na podstawie krzywej wzorcowej. Dodatnie odpowiedzi na każdej wizycie zostaną określone, jeśli wartości MFI minus blank są ≥ specyficznego progu dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia (zostanie dostarczone przez laboratorium). MFI minus blank (lub netto MFI) służą do podsumowania wielkości odpowiedzi w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi wiązania przeciwciał swoistych dla SARS-CoV-2 metodą wieloparametrycznego testu wiązania przeciwciał (BAMA IgA) w wizycie 1, 2, ogółem oraz według regionu i ciężkości COVID-19 wśród kohorty amerykańskiej (USA i Peru).

Analizy BAMA zostały wykonane dla próbek od uczestników podczas Wizyty 1 (Miesiąc 0, punkt wyjściowy) oraz dostępnych próbek podczas wizyt kontrolnych (Miesiąc 2, 4). Odpowiedzi IgA, IgG1, IgG3 specyficzne dla SARS-CoV-2 w surowicy (rozcieńczenie 1:50) na antygeny SARS-CoV-2 mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex zapewnia 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pusta studzienka uruchamiana na każdej płytce), oraz stężenie na podstawie krzywej kalibracyjnej. Pozytywne odpowiedzi podczas każdej wizyty zostaną określone, jeśli wartości MFI minus puste studzienki są ≥ specyficznego dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia progu (zostanie dostarczony przez laboratorium). Wartości MFI minus puste studzienki (lub netto MFI) są używane do podsumowania wielkości odpowiedzi w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowała wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 za pomocą wieloparametrycznego testu wiązania przeciwciał (BAMA IgA) podczas Wizyty 1, 2, ogólnie oraz według regionu i ciężkości COVID-19 wśród kohorty amerykańskiej (USA i Peru).

Przeciwciała neutralizujące przeciwko koronawirusom SARS są mierzone w komórkach 293T/ACE2 dla wszystkich próbek HIV ujemnych. MPI (maksymalny procent inhibicji) jest również mierzony. Oznaczenia pozytywne to wartość ID50/ID80 (50% i 80% dawka hamująca) większa niż 20 (dolna granica wykrywalności (LLOD) testu) lub MPI wynosi między 10%-50%. Przeciwciała neutralizujące ID50/ID80 wszystkich próbek HIV dodatnich są mierzone innym testem, testem neutralizacji pseudowirusem VSV. Oznaczenia pozytywne opierają się na tym, czy obserwuje się jakąkolwiek neutralizację w całym zakresie rozcieńczeń (początkowe rozcieńczenie 1:20) z MPI między 10%-50%. Dla oznaczeń pozytywnych, w których neutralizacja nie osiąga 50% lub 80%, miano ID50/ID80 jest najpierw szacowane przez Prism.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 według testu przeciwciał neutralizujących (NAb) podczas wizyty 1, 2, 3, 4, ogólnie oraz według regionu i ciężkości COVID-19.

Przeciwciała neutralizujące przeciwko koronawirusom SARS są mierzone w komórkach 293T/ACE2 dla wszystkich próbek HIV ujemnych. MPI (maksymalny procent inhibicji) również jest mierzony. Pozytywne wyniki to wartość ID50/ID80 (dawka hamująca 50% i 80%) większa niż 20 (dolna granica wykrywalności (LLOD) testu) lub MPI wynoszący 10%-50%. Przeciwciała neutralizujące ID50/ID80 wszystkich próbek HIV dodatnich są mierzone innym testem, testem neutralizacji pseudowirusa VSV. Pozytywne wyniki są oparte na tym, czy w całym rozcieńczeniu (początkowe rozcieńczenie 1:20) obserwuje się neutralizację z MPI wynoszącym 10%-50%. Dla pozytywnych wyników, w których neutralizacja nie osiąga 50% lub 80%, miano ID50/ID80 jest najpierw szacowane przez Prism.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 według testu przeciwciał neutralizujących (NAb) podczas wizyty 1, 2, 3, 4, ogólnie oraz według regionu i ciężkości COVID-19 w amerykańskiej kohorcie

Przeciwciała neutralizujące przeciwko koronawirusom SARS są mierzone w komórkach 293T/ACE2 dla wszystkich próbek HIV-negatywnych. MPI (maksymalny procent inhibicji) również jest mierzony. Wyniki pozytywne są określane na podstawie wartości ID50/ID80 (50% i 80% dawka hamująca) >20 (dolna granica wykrywalności (LLOD) testu) lub gdy MPI wynosi między 10% a 50%. Przeciwciała neutralizujące ID50/ID80 wszystkich próbek HIV-dodatnich są mierzone innym testem, testem neutralizacji pseudowirusa VSV. Wyniki pozytywne opierają się na obserwacji neutralizacji w całym zakresie rozcieńczeń (początkowe rozcieńczenie 1:20) z MPI między 10% a 50%. W przypadku wyników pozytywnych, gdy neutralizacja nie osiąga 50% lub 80%, miano ID50/ID80 jest najpierw szacowane za pomocą Prism.

Tabela podsumowuje częstość odpowiedzi wiązania swoistych przeciwciał przeciwko SARS-CoV-2 według testu przeciwciał neutralizujących (NAb) w wizycie 1, 2, 3, 4, ogólnie oraz według regionu i ciężkości COVID-19.

Przeciwciała neutralizujące przeciwko koronawirusom SARS są mierzone w komórkach 293T/ACE2 dla wszystkich próbek HIV-negatywnych. MPI (maksymalny procent inhibicji) jest również mierzony. Oceny pozytywności to wartość ID50/ID80 (50% i 80% dawka hamująca) >20 (dolna granica wykrywalności (LLOD) testu) lub MPI mieści się w zakresie 10%-50%. Przeciwciała neutralizujące ID50/ID80 wszystkich próbek HIV-dodatnich są mierzone innym testem, testem neutralizacji pseudowirusem VSV. Oceny pozytywności opierają się na tym, czy obserwuje się jakąkolwiek neutralizację w całym zakresie rozcieńczeń (początkowe rozcieńczenie 1:20) z MPI w zakresie 10%-50%. W przypadku pozytywnych ocen, gdy neutralizacja nie osiąga 50% lub 80%, miano ID50/ID80 jest najpierw szacowane za pomocą Prism.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał swoistych dla SARS-CoV-2 według testu przeciwciał neutralizujących (NAb) w wizytach 1, 2, 3, 4, ogólnie oraz według regionu i ciężkości COVID-19 wśród kohorty afrykańskiej

Degranulacja komórek NK zależna od przeciwciał będzie mierzona za pomocą testu ADCC w rozcieńczeniu 1:500. Dwa odczyty będą obejmować skorygowany o tło % komórek NK CD107A+ dla komórek zainfekowanych oraz skorygowany o tło % komórek NK CD107A+ dla komórek transfekowanych. Odpowiedzi pozytywne zostaną określone, jeśli wartości skorygowanego o tło % CD107A+ wyniosą odpowiednio ≥ 4,07 i ≥ 5,27 dla komórek zainfekowanych i transfekowanych. Progi zostały określone odpowiednio jako średnia+2SD na podstawie kontroli negatywnych SARS-CoV-2. Procent komórek NK CD107a+ stanowił wielkość odpowiedzi.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 w badaniu cytotoksyczności komórkowej zależnej od przeciwciał (ADCC) podczas Wizyty 1, ogólnie oraz według regionu i ciężkości COVID-19 w kohorcie amerykańskiej (USA i Peru).

Degranulacja komórek NK zależna od przeciwciał będzie mierzona przy użyciu testu ADCC w rozcieńczeniu 1:500. Dwa odczyty będą stanowiły % komórek NK CD107A+ po odjęciu tła dla zainfekowanych komórek oraz % komórek NK CD107A+ po odjęciu tła dla transfekowanych komórek. Odpowiedzi pozytywne zostaną określone, jeśli wartości % CD107A+ po odjęciu tła wyniosą ≥ 4,07 i ≥ 5,27 odpowiednio dla zainfekowanych i transfekowanych komórek. Wartości odcięcia zostały określone odpowiednio jako średnia + 2SD na podstawie ujemnych kontroli SARS-CoV-2. Procent komórek NK CD107a+ stanowił wielkość odpowiedzi.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 na podstawie testu cytotoksyczności komórkowej zależnej od przeciwciał (ADCC) w wizycie 1, ogólnie oraz według regionu i ciężkości COVID-19 w kohorcie amerykańskiej (USA i Peru).

Przeprowadzono cytometrię przepływową w celu zbadania swoistych dla SARS-CoV-2 odpowiedzi limfocytów T CD4+ i CD8+ przy użyciu wewnątrzkomórkowego barwienia cytokin (ICS). Wykrywanie pozytywnych wyników zostanie przeprowadzone przy użyciu dokładnego testu Fishera dla wszystkich markerów. Wielkości wyrażone są jako % limfocytów T eksprymujących IFN-γ/IL-2.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi limfocytów T CD4+ i CD8+ swoistych dla SARS-CoV-2 metodą cytometrii przepływowej podczas Wizyty 1, ogólnie oraz według regionu i ciężkości COVID-19 w kohorcie amerykańskiej (USA i Peru)

Do badania swoistych odpowiedzi limfocytów T CD4+ i CD8+ na SARS-CoV-2 metodą cytometrii przepływowej zastosowano wewnątrzkomórkowe barwienie cytokin (ICS). Wszystkie markery zostaną ocenione za pomocą dokładnego testu Fishera. Wielkości odpowiedzi wyrażone są jako % limfocytów T eksprymujących IFN-g/IL-2.

Tabela podsumowuje wielkość swoistej odpowiedzi limfocytów T CD4+ i CD8+ na SARS-CoV-2 w badaniu cytometrii przepływowej w Wizycie 1, ogólnie oraz według regionu i ciężkości COVID-19 w kohorcie amerykańskiej.

Odpowiedzi komórek B swoiste dla SARS-CoV-2 oraz dane fenotypowe komórek B zostały zidentyfikowane i scharakteryzowane przy użyciu fluorescencyjnie znakowanych rekombinowanych białek Env (S6P i RBD) w połączeniu z panelem przeciwciał do cytometrii przepływowej na wszystkich dostępnych próbkach z wizyty rekrutacyjnej (V1). Próbka zostanie uwzględniona w analizie tylko wtedy, gdy liczba komórek B IgD- jest równa lub większa niż 1000 dla danej próbki.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi pamięciowych komórek B swoistych dla SARS-CoV-2 metodą cytometrii przepływowej podczas Wizyty 1, ogólnie oraz w podziale na region i ciężkość COVID-19 wśród kohorty amerykańskiej (USA i Peru).

Testy BAMA przeprowadzono dla próbek od uczestników w Wizycie 1 (Miesiąc 0, punkt wyjściowy) oraz dostępnych próbek w wizytach kontrolnych (Miesiąc 2, 4). Odpowiedzi IgA, IgG1, IgG3 specyficzne dla SARS-CoV-2 w surowicy (rozcieńczenie 1:50) na antygeny SARS-CoV-2 mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex dostarcza 2 odczyty: średnie natężenie fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pusta studzienka uruchamiana na każdej płytce), oraz stężenie na podstawie krzywej wzorcowej. Dodatnie odpowiedzi w każdej wizycie zostaną określone, jeśli wartości MFI minus puste są ≥ specyficzne dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia wartości odcięcia (zostaną dostarczone przez laboratorium). MFI minus puste (lub netto MFI) służą do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowała Wskaźnik Odpowiedzi Wiązania Przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 za pomocą testu multiplexowego wiązania przeciwciał (BAMA IgG1) w Wizycie 1, 2, 3, ogólnie oraz według regionu i dni od diagnozy SARS-CoV-2 w grupie Kohorty Amerykańskiej.

Testy BAMA zostały wykonane dla próbek od uczestników w czasie Wizyty 1 (Miesiąc 0, punkt wyjściowy) oraz dostępnych próbek podczas wizyt kontrolnych (Miesiąc 2, 4). Odpowiedzi swoiste dla SARS-CoV-2 w surowicy IgA, IgG1, IgG3 (rozcieńczenie 1:50) na antygeny SARS-CoV-2 mierzono na urządzeniu Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex zapewnia 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. puste dołki na każdej płytce), oraz stężenie na podstawie krzywej wzorcowej. Pozytywne odpowiedzi podczas każdej wizyty zostaną określone, jeśli wartości MFI minus puste są ≥ specyficznego dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia progu (zostanie dostarczony przez laboratorium). Wartości MFI minus puste (lub netto MFI) są używane do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał swoistych dla SARS-CoV-2 metodą BAMA IgG1 podczas Wizyty 1, 2, 3, ogólnie oraz według regionu i dni od diagnozy SARS-CoV-2 w grupie kohorty amerykańskiej.

Testy BAMA przeprowadzono dla próbek od uczestników w Wizycie 1 (Miesiąc 0, punkt wyjściowy) i dostępnych próbek w wizytach kontrolnych (Miesiąc 2, 4). Odpowiedzi swoiste dla SARS-CoV-2 w surowicy IgA, IgG1, IgG3 (rozcieńczenie 1:50) na antygeny SARS-CoV-2 mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex zapewnia 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pusta studzienka uruchamiana na każdej płytce), oraz stężenie na podstawie krzywej wzorcowej. Pozytywne odpowiedzi na każdej wizycie zostaną określone, jeśli wartości MFI minus puste są ≥ specyficzne dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia wartości odcięcia (zostaną dostarczone przez laboratorium). Wartości MFI minus puste (lub netto MFI) służą do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowała Wskaźnik Odpowiedzi Wiązania Przeciwciał Swoistych dla SARS-CoV-2 metodą wieloparametrycznego testu wiązania przeciwciał (BAMA IgG3) w Wizycie 1, 2, ogólnie oraz według regionu i dni od diagnozy SARS-CoV-2 w grupie Kohorty Amerykańskiej

Testy BAMA przeprowadzono na próbkach od uczestników podczas wizyty 1 (miesiąc 0, punkt wyjściowy) i dostępnych próbkach podczas wizyt kontrolnych (miesiąc 2, 4). Odpowiedzi surowicy specyficzne dla SARS-CoV-2 IgA, IgG1, IgG3 (rozcieńczenie 1:50) na antygeny SARS-CoV-2 zmierzono za pomocą instrumentu Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex zapewnia 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. puste dołki na każdej płytce), oraz stężenie na podstawie krzywej wzorcowej. Dodatnie odpowiedzi podczas każdej wizyty zostaną określone, jeśli wartości MFI minus puste będą ≥ specyficznego dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia progu (zostanie dostarczony przez laboratorium). Wartości MFI minus puste (lub netto MFI) służą do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowała wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 za pomocą wieloparametrowego testu wiązania przeciwciał (BAMA IgG3) podczas wizyty 1, 2, ogólnie oraz według regionu i dni od grupy diagnozy SARS-CoV-2 w kohorcie amerykańskiej.

Testy BAMA przeprowadzono dla próbek od uczestników w czasie Wizyty 1 (Miesiąc 0, punkt wyjściowy) oraz dostępnych próbek podczas wizyt kontrolnych (Miesiąc 2, 4). Swoiste dla SARS-CoV-2 odpowiedzi IgA, IgG1, IgG3 w surowicy (rozcieńczenie 1:50) na antygeny SARS-CoV-2 mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex zapewnia 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pusta studzienka uruchomiona na każdej płytce) oraz stężenie na podstawie krzywej wzorcowej. Dodatnie odpowiedzi w każdej wizycie zostaną określone, jeśli wartości MFI minus blank są ≥ specyficznej dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia wartości odcięcia (zostanie dostarczona przez laboratorium). Wartości MFI minus blank (lub netto MFI) służą do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowała wskaźnik odpowiedzi wiązania przeciwciał swoistych dla SARS-CoV-2 metodą wieloparametrycznego testu wiązania przeciwciał (BAMA IgA) w Wizycie 1, 2, ogólnie oraz według regionu i dni od grupy diagnozy SARS-CoV-2 w kohorcie amerykańskiej.

Testy BAMA przeprowadzono dla próbek od uczestników w czasie Wizyty 1 (Miesiąc 0, punkt wyjściowy) oraz dla dostępnych próbek z wizyt kontrolnych (Miesiąc 2, 4). Odpowiedzi swoiste dla SARS-CoV-2 w klasach IgA, IgG1, IgG3 w surowicy (rozcieńczenie 1:50) wobec antygenów SARS-CoV-2 mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex dostarcza 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pustego dołka uruchomionego na każdej płytce), oraz stężenie na podstawie krzywej wzorcowej. Odpowiedzi pozytywne w każdej wizycie zostaną określone, jeśli wartości MFI minus wartości blank są ≥ od specyficznego dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia progu odcięcia (zostanie podany przez laboratorium). Wartości MFI minus blank (lub netto MFI) są używane do podsumowania wielkości odpowiedzi w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał swoistych dla SARS-CoV-2 w teście multiplex wiązania przeciwciał (BAMA IgA) w Wizycie 1, 2, ogólnie oraz według regionu i dni od diagnozy SARS-CoV-2 w grupie Kohorty Amerykańskiej.

Przeciwciała neutralizujące przeciwko koronawirusom SARS są mierzone w komórkach 293T/ACE2 dla wszystkich próbek HIV-ujemnych. Mierzone jest również MPI (maksymalny procent inhibicji). Wyniki pozytywne to wartość ID50/ID80 (50% i 80% dawka hamująca) większa niż 20 (dolna granica wykrywalności (LLOD) testu) lub MPI wynoszące 10%-50%. Przeciwciała neutralizujące ID50/ID80 wszystkich próbek HIV-dodatnich są mierzone innym testem, testem neutralizacji pseudowirusa VSV. Wyniki pozytywne są oparte na tym, czy obserwuje się jakąkolwiek neutralizację w całym zakresie rozcieńczeń (początkowe rozcieńczenie 1:20) z MPI między 10%-50%. Dla wyników pozytywnych, w których neutralizacja nie osiąga 50% lub 80%, miano ID50/ID80 jest najpierw szacowane za pomocą Prism.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 według testu przeciwciał neutralizujących (NAb) w wizytach 1, 2, 3, 4, ogólnie oraz według regionu i dni od diagnozy SARS-CoV-2 w grupie kohorty amerykańskiej.

Przeciwciała neutralizujące przeciwko koronawirusom SARS są mierzone w komórkach 293T/ACE2 dla wszystkich próbek HIV ujemnych. Mierzony jest również MPI (maksymalny procent inhibicji). Pozytywne wyniki są określane, gdy wartość ID50/ID80 (50% i 80% dawka hamująca) jest większa niż 20 (dolna granica wykrywalności (LLOD) testu) lub gdy MPI wynosi między 10% a 50%. Przeciwciała neutralizujące ID50/ID80 wszystkich próbek HIV dodatnich są mierzone innym testem, testem neutralizacji pseudowirusa VSV. Pozytywne wyniki są określane na podstawie tego, czy obserwuje się jakąkolwiek neutralizację w całym zakresie rozcieńczeń (początkowe rozcieńczenie 1:20) z MPI między 10% a 50%. Dla wyników pozytywnych, w których neutralizacja nie osiąga 50% lub 80%, miano ID50/ID80 jest najpierw szacowane za pomocą Prism.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 w teście przeciwciał neutralizujących (NAb) podczas wizyty 1, 2, 3, 4, ogólnie oraz według regionu i dni od diagnozy SARS-CoV-2 w grupie kohorty amerykańskiej

Przeciwciała neutralizujące przeciwko koronawirusom SARS są mierzone w komórkach 293T/ACE2 dla wszystkich próbek HIV ujemnych. Mierzone jest również MPI (maksymalny procent inhibicji). Wyniki pozytywne to wartość ID50/ID80 (dawka hamująca 50% i 80%) większa niż 20 (dolna granica wykrywalności (LLOD) testu) lub MPI wynosi między 10%-50%. Przeciwciała neutralizujące ID50/ID80 wszystkich próbek HIV dodatnich są mierzone innym testem, testem neutralizacji pseudowirusa VSV. Wyniki pozytywne opierają się na tym, czy zaobserwowano jakąkolwiek neutralizację w całym procesie miareczkowania (początkowe rozcieńczenie 1:20) z MPI między 10%-50%. Dla wyników pozytywnych, ale gdy neutralizacja nie osiąga 50% lub 80%, miano ID50/ID80 jest najpierw szacowane przez Prism.

Tabela podsumowuje Wskaźnik Odpowiedzi Wiązania Przeciwciał Specyficznych dla SARS-CoV-2 według testu przeciwciał neutralizujących (NAb) podczas Wizyty 1, 2, 3, 4, ogólnie oraz według regionu i dni od diagnozy SARS-CoV-2 w grupie Kohorty Afrykańskiej.

Przeciwciała neutralizujące przeciwko koronawirusom SARS są mierzone w komórkach 293T/ACE2 dla wszystkich próbek HIV ujemnych. MPI (maksymalny procent inhibicji) jest również mierzony. Wykrycia pozytywne to wartość ID50/ID80 (50% i 80% dawka hamująca) większa niż 20 (dolna granica wykrywalności (LLOD) testu) lub MPI wynoszący między 10%-50%. Przeciwciała neutralizujące ID50/ID80 wszystkich próbek HIV dodatnich są mierzone za pomocą innego testu, testu neutralizacji pseudowirusa VSV. Wykrycia pozytywne opierają się na tym, czy obserwuje się jakąkolwiek neutralizację w całym zakresie rozcieńczeń (początkowe rozcieńczenie 1:20) z MPI między 10%-50%. Dla wykryć pozytywnych, w których neutralizacja nie osiąga 50% lub 80%, miano ID50/ID80 jest najpierw szacowane przez Prism.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 według testu przeciwciał neutralizujących (NAb) na wizycie 1, 2, 3, 4, ogólnie oraz według regionu i dni od diagnozy SARS-CoV-2 w grupie kohorty afrykańskiej

Degranulacja komórek NK zależna od przeciwciał będzie mierzona za pomocą testu ADCC w rozcieńczeniu 1:500. Dwa odczyty będą stanowić skorygowany o tło % komórek NK CD107A+ dla komórek zainfekowanych oraz skorygowany o tło % komórek NK CD107A+ dla komórek transfekowanych. Odpowiedzi pozytywne zostaną uznane, jeśli wartości skorygowanego o tło % CD107A+ wyniosą ≥ 4,07 i ≥ 5,27 odpowiednio dla komórek zainfekowanych i transfekowanych. Progi odcięcia zostały określone odpowiednio jako średnia + 2SD na podstawie ujemnych kontroli SARS-CoV-2. Procent komórek NK CD107a+ był miarą wielkości odpowiedzi.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi wiązania swoistych przeciwciał przeciwko SARS-CoV-2 mierzony testem cytotoksyczności komórkowej zależnej od przeciwciał (ADCC) podczas wizyty 1, ogólnie oraz według regionu i liczby dni od diagnozy SARS-CoV-2 w grupie kohorty amerykańskiej (USA i Peru).

Degranulacja komórek NK zależna od przeciwciał będzie mierzona za pomocą testu ADCC w rozcieńczeniu 1:500. Dwa odczyty to % komórek NK CD107A+ po odjęciu tła dla komórek zainfekowanych oraz % komórek NK CD107A+ po odjęciu tła dla komórek transfekowanych. Odpowiedzi pozytywne zostaną określone, jeśli wartości % CD107A+ po odjęciu tła wyniosą ≥ 4,07 i ≥5,27 odpowiednio dla komórek zainfekowanych i transfekowanych. Progi zostały określone odpowiednio jako średnia+2SD na podstawie kontroli negatywnych SARS-CoV-2. Procent komórek NK CD107a+ był miarą wielkości odpowiedzi.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał swoistych dla SARS-CoV-2 za pomocą testu cytotoksyczności komórkowej zależnej od przeciwciał (ADCC) w wizycie 1, ogólnie oraz według regionu i dni od diagnozy SARS-CoV-2 w grupie kohorty amerykańskiej.

Do badania specyficznych odpowiedzi komórek T CD4+ i CD8+ na SARS-CoV-2 przy użyciu barwienia wewnątrzkomórkowego cytokin (ICS) zastosowano cytometrię przepływową. Pozytywne wyniki będą określane za pomocą dokładnego testu pozytywności Fishera dla wszystkich markerów. Wielkości przedstawiają % komórek T eksprymujących IFN-γ/IL-2.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi specyficznych komórek T CD4+ i CD8+ na SARS-CoV-2 metodą cytometrii przepływowej w Wizycie 1, ogólnie oraz według regionu i liczby dni od diagnozy SARS-CoV-2 w grupie kohorty amerykańskiej.

Do badania odpowiedzi limfocytów T CD4+ i CD8+ specyficznych dla SARS-CoV-2 wykorzystano cytometrię przepływową z wewnątrzkomórkowym barwieniem cytokin (ICS). Wykrywanie pozytywnych odpowiedzi będzie przeprowadzane za pomocą dokładnego testu pozytywności Fishera dla wszystkich markerów. Wielkości odpowiedzi wyrażone są jako % limfocytów T eksprymujących IFN-γ/IL-2.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi limfocytów T CD4+ i CD8+ specyficznych dla SARS-CoV-2 mierzoną za pomocą cytometrii przepływowej podczas Wizyty 1, ogólnie oraz według regionu i liczby dni od rozpoznania SARS-CoV-2 w grupie amerykańskiej kohorty.

Odpowiedzi limfocytów B specyficzne dla SARS-CoV-2 oraz dane fenotypowe limfocytów B zostały zidentyfikowane i scharakteryzowane przy użyciu fluorescencyjnie znakowanych rekombinowanych białek Env (S6P i RBD) w połączeniu z panelem przeciwciał do cytometrii przepływowej we wszystkich dostępnych próbkach z wizyty rekrutacyjnej (V1). Próbka zostanie uwzględniona w analizie tylko wtedy, gdy liczba limfocytów B IgD- jest równa lub większa niż 1000 dla danej próbki.

Tabela podsumowała wielkość odpowiedzi pamięciowych limfocytów B specyficznych dla SARS-CoV-2 (limfocyty B) według regionu i grupy dni od diagnozy SARS-CoV-2 wśród kohorty amerykańskiej.

Testy BAMA wykonano dla próbek od uczestników podczas wizyty 1 (miesiąc 0, punkt wyjściowy) i dostępnych próbek podczas wizyt kontrolnych (miesiąc 2, 4). Odpowiedzi swoiste dla SARS-CoV-2 w klasach IgA, IgG1, IgG3 w surowicy (rozcieńczenie 1:50) wobec antygenów SARS-CoV-2 mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex zapewnia 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pusta próba na każdej płytce), oraz stężenie na podstawie krzywej standardowej. Pozytywne odpowiedzi podczas każdej wizyty zostaną uznane, jeśli wartości MFI minus wartości puste są ≥ specyficznego dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia progu (zostanie dostarczony przez laboratorium). Wartości MFI minus puste (lub netto MFI) są używane do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi wiązania przeciwciał swoistych dla SARS-CoV-2 w teście wieloparametrycznym przeciwciał wiążących (BAMA IgG1) podczas wizyty 1, 2, 3, ogólnie oraz według regionu i grupy chorób współistniejących w kohorcie amerykańskiej.

Testy BAMA przeprowadzono na próbkach od uczestników wizyty 1 (miesiąc 0, linia bazowa) oraz dostępnych próbkach z wizyt kontrolnych (miesiąc 2, 4). Odpowiedzi IgA, IgG1, IgG3 specyficzne dla SARS-CoV-2 w surowicy (rozcieńczenie 1:50) na antygeny SARS-CoV-2 mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex zapewnia 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pusta studzienka uruchamiana na każdej płytce) oraz stężenie na podstawie krzywej kalibracyjnej. Pozytywne odpowiedzi na każdej wizycie zostaną uznane, jeśli wartości MFI minus puste studzienki są ≥ od specyficznych dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia wartości odcięcia (zostaną dostarczone przez laboratorium). Wartości MFI minus puste studzienki (lub netto MFI) służą do podsumowania wielkości odpowiedzi w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowała wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 za pomocą wieloparametrycznego testu wiązania przeciwciał (BAMA IgG1) w wizytach 1, 2, 3, ogólnie oraz według regionu i grupy chorób współistniejących w kohorcie amerykańskiej.

Testy BAMA wykonano dla próbek od uczestników w Wizycie 1 (Miesiąc 0, punkt wyjściowy) oraz dostępnych próbek w wizytach kontrolnych (Miesiąc 2, 4). Odpowiedzi swoiste dla SARS-CoV-2 w surowicy (IgA, IgG1, IgG3) (rozcieńczenie 1:50) na antygeny SARS-CoV-2 mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex dostarcza 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. puste dołki na każdej płytce), oraz stężenie na podstawie krzywej wzorcowej. Pozytywne odpowiedzi w każdej wizycie zostaną uznane, jeśli wartości MFI minus puste są ≥ specyficznego dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia progu (zostanie dostarczony przez laboratorium). Wartości MFI minus puste (lub netto MFI) są używane do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowuje Wskaźnik Odpowiedzi Wiązania Przeciwciał swoistych dla SARS-CoV-2 metodą wieloparametrycznego testu wiązania przeciwciał (BAMA IgG3) w Wizycie 1, 2, ogólnie oraz według regionu i grupy chorób współistniejących w Kohorcie Amerykańskiej.

Testy BAMA przeprowadzono dla próbek od uczestników podczas Wizyty 1 (Miesiąc 0, punkt wyjściowy) i dostępnych próbek podczas wizyt kontrolnych (Miesiąc 2, 4). Odpowiedzi IgA, IgG1, IgG3 specyficzne dla SARS-CoV-2 w surowicy (rozcieńczenie 1:50) na antygeny SARS-CoV-2 mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex dostarcza 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. puste dołki na każdej płytce), oraz stężenie oparte na krzywej wzorcowej. Pozytywne odpowiedzi podczas każdej wizyty zostaną określone, jeśli wartości MFI minus puste dołki są ≥ specyficznym dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia punktem odcięcia (zostanie dostarczony przez laboratorium). Wartości MFI minus puste dołki (lub netto MFI) są używane do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowała wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 za pomocą testu multiplex wiązania przeciwciał (BAMA IgG3) podczas Wizyty 1, 2, ogólnie oraz według regionu i grupy chorób współistniejących wśród Kohorty Amerykańskiej.

Testy BAMA przeprowadzono na próbkach od uczestników w wizycie 1 (miesiąc 0, punkt wyjściowy) oraz dostępnych próbkach z wizyt kontrolnych (miesiąc 2, 4). Odpowiedzi IgA, IgG1, IgG3 specyficzne dla SARS-CoV-2 w surowicy (rozcieńczenie 1:50) wobec antygenów SARS-CoV-2 mierzono na aparacie Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex zapewnia 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pusta studzienka na każdej płytce), oraz stężenie oparte na krzywej wzorcowej. Pozytywne odpowiedzi w każdej wizycie będą określane, jeśli wartości MFI minus puste studzienki są ≥ specyficznego dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia progu (zostanie dostarczone przez laboratorium). Wartości MFI minus puste studzienki (lub netto MFI) służą do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 metodą multiplex assay przeciwciał wiążących (BAMA IgA) w wizycie 1, 2, ogólnie oraz według regionu i grupy chorób współistniejących w kohorcie amerykańskiej.

Testy BAMA przeprowadzono dla próbek od uczestników w czasie Wizyty 1 (Miesiąc 0, punkt wyjściowy) oraz dostępnych próbek w czasie wizyt kontrolnych (Miesiąc 2, 4). Odpowiedzi swoiste dla SARS-CoV-2 w surowicy (IgA, IgG1, IgG3) (rozcieńczenie 1:50) przeciwko antygenom SARS-CoV-2 mierzono przy użyciu instrumentu Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex dostarcza 2 odczyty: średnie natężenie fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pusta studzienka uruchamiana na każdej płytce) oraz stężenie oparte na krzywej wzorcowej. Pozytywne odpowiedzi w czasie każdej wizyty będą określane, jeśli wartości MFI minus wartości z pustej studzienki są ≥ od specyficznego dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia progu (zostanie dostarczone przez laboratorium). Wartości MFI minus tło (lub netto MFI) są używane do podsumowania wielkości odpowiedzi w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał swoistych dla SARS-CoV-2 w teście multiplex wiązania przeciwciał (BAMA IgA) w czasie Wizyty 1, 2, ogólnie oraz według regionu i grupy chorób współistniejących wśród kohorty amerykańskiej.

Przeciwciała neutralizujące przeciwko koronawirusom SARS są mierzone w komórkach 293T/ACE2 dla wszystkich próbek HIV ujemnych. MPI (maksymalny procent inhibicji) jest również mierzony. Wyniki pozytywne są określane, gdy wartość ID50/ID80 (dawka hamująca 50% i 80%) jest większa niż 20 (dolna granica wykrywalności (LLOD) testu) lub gdy MPI mieści się w zakresie 10%-50%. Przeciwciała neutralizujące ID50/ID80 dla wszystkich próbek HIV dodatnich są mierzone za pomocą innego testu, testu neutralizacji pseudowirusem VSV. Wyniki pozytywne są określane na podstawie tego, czy obserwuje się jakąkolwiek neutralizację w całym zakresie rozcieńczeń (początkowe rozcieńczenie 1:20) z MPI między 10%-50%. W przypadku wyników pozytywnych, gdy neutralizacja nie osiąga 50% lub 80%, miano ID50/ID80 jest najpierw szacowane za pomocą programu Prism.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 na podstawie testu przeciwciał neutralizujących (NAb) podczas wizyty 1, 2, 3, 4, ogólnie oraz według regionu i grupy chorób współistniejących w kohorcie amerykańskiej.

Przeciwciała neutralizujące przeciwko koronawirusom SARS są mierzone w komórkach 293T/ACE2 dla wszystkich próbek HIV ujemnych. MPI (maksymalny procent inhibicji) jest również mierzony. Wyniki pozytywne to wartość ID50/ID80 (50% i 80% dawka hamująca) większa niż 20 (dolna granica wykrywalności (LLOD) testu) lub MPI wynosi między 10%-50%. Przeciwciała neutralizujące ID50/ID80 wszystkich próbek HIV dodatnich są mierzone innym testem, testem neutralizacji pseudowirusem VSV. Wyniki pozytywne opierają się na tym, czy obserwuje się jakąkolwiek neutralizację w całym zakresie rozcieńczeń (początkowe rozcieńczenie 1:20) z MPI między 10%-50%. Dla wyników pozytywnych, w których neutralizacja nie osiąga 50% lub 80%, miano ID50/ID80 jest najpierw szacowane za pomocą Prism.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania swoistych przeciwciał przeciwko SARS-CoV-2 według testu przeciwciał neutralizujących (NAb) na wizycie 1, 2, 3, 4, ogólnie oraz według regionu i grupy chorób współistniejących wśród kohorty amerykańskiej

Przeciwciała neutralizujące przeciwko koronawirusom SARS są mierzone w komórkach 293T/ACE2 dla wszystkich próbek HIV ujemnych. Mierzony jest również MPI (maksymalny procent inhibicji). Oznaczenia pozytywne to wartość ID50/ID80 (dawka hamująca 50% i 80%) większa niż 20 (dolna granica wykrywalności (LLOD) testu) lub MPI wynoszący od 10% do 50%. Przeciwciała neutralizujące ID50/ID80 wszystkich próbek HIV dodatnich są mierzone innym testem, testem neutralizacji pseudowirusem VSV. Oznaczenia pozytywne opierają się na tym, czy obserwuje się jakąkolwiek neutralizację w całym zakresie rozcieńczeń (początkowe rozcieńczenie 1:20) z MPI od 10% do 50%. Dla oznaczeń pozytywnych, gdy neutralizacja nie osiąga 50% lub 80%, miano ID50/ID80 jest najpierw szacowane za pomocą Prism.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 według testu przeciwciał neutralizujących (NAb) podczas wizyty 1, 2, 3, 4, ogólnie oraz według regionu i grupy chorób współistniejących w kohorcie Afryki.

Przeciwciała neutralizujące przeciwko koronawirusom SARS są mierzone w komórkach 293T/ACE2 dla wszystkich próbek HIV ujemnych. MPI (maksymalny procent inhibicji) jest również mierzony. Wyniki pozytywne to wartość ID50/ID80 (50% i 80% dawka hamująca) większa niż 20 (dolna granica wykrywalności (LLOD) testu) lub MPI wynosi między 10%-50%. Przeciwciała neutralizujące ID50/ID80 wszystkich próbek HIV dodatnich są mierzone innym testem, testem neutralizacji pseudowirusem VSV. Wyniki pozytywne opierają się na tym, czy obserwuje się jakąkolwiek neutralizację w całym zakresie rozcieńczeń (początkowe rozcieńczenie 1:20) z MPI między 10%-50%. Dla wyników pozytywnych, ale gdy neutralizacja nie osiąga 50% lub 80%, miano ID50/ID80 jest najpierw szacowane przez Prism.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał specyficznych dla SARS-CoV-2 według testu przeciwciał neutralizujących (NAb) podczas Wizyty 1, 2, 3, 4, ogólnie oraz według regionu i grupy współchorobowości w ramach Kohorty Afrykańskiej

Degranulacja komórek NK zależna od przeciwciał będzie mierzona przy użyciu testu ADCC w rozcieńczeniu 1:500. Dwa odczyty będą stanowiły procent komórek NK CD107A+ z odjętym tłem dla zainfekowanych komórek oraz procent komórek NK CD107A+ z odjętym tłem dla transfekowanych komórek. Odpowiedzi pozytywne zostaną uznane, jeśli wartości procentowe CD107A+ z odjętym tłem wynoszą odpowiednio ≥ 4,07 i ≥ 5,27 dla komórek zainfekowanych i transfekowanych. Progi zostały określone odpowiednio jako średnia + 2SD na podstawie ujemnych kontroli SARS-CoV-2. Procent komórek NK CD107a+ stanowił wielkość odpowiedzi.

Tabela podsumowuje odsetek swoistych odpowiedzi wiązania przeciwciał przeciwko SARS-CoV-2 w teście cytotoksyczności komórkowej zależnej od przeciwciał (ADCC) podczas Wizyty 1, ogólnie oraz według regionu i grupy chorób współistniejących w ramach Amerykańskiej Kohorty.

Degranulacja komórek NK zależna od przeciwciał będzie mierzona za pomocą testu ADCC w rozcieńczeniu 1:500. Dwa odczyty będą stanowić skorygowany o tło odsetek komórek NK CD107A+ dla komórek zainfekowanych oraz skorygowany o tło odsetek komórek NK CD107A+ dla komórek transfekowanych. Odpowiedzi pozytywne zostaną określone, jeśli wartości skorygowanego o tło % CD107A+ wyniosą odpowiednio ≥ 4,07 i ≥5,27 dla komórek zainfekowanych i transfekowanych. Wartości odcięcia zostały określone odpowiednio jako średnia+2SD na podstawie kontroli negatywnych SARS-CoV-2. Odsetek komórek NK CD107a+ stanowił wielkość odpowiedzi.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania swoistego przeciwciał SARS-CoV-2 za pomocą testu cytotoksyczności komórkowej zależnej od przeciwciał (ADCC) w wizycie 1, ogólnie oraz według regionu i grupy chorób współistniejących w kohorcie amerykańskiej.

Do badania odpowiedzi komórek T CD4+ i CD8+ specyficznych dla SARS-CoV-2 wykorzystano cytometrię przepływową z wewnątrzkomórkowym barwieniem cytokin (ICS). Wykrywanie pozytywnych wyników będzie przeprowadzane przy użyciu dokładnego testu Fishera dla wszystkich markerów. Wielkości wyrażone są jako % komórek T eksprimujących IFN-g/IL-2.

Tabela podsumowuje wskaźnik odpowiedzi komórek T CD4+ i CD8+ specyficznych dla SARS-CoV-2 metodą cytometrii przepływowej podczas Wizyty 1, ogólnie oraz według regionu i grupy chorób współistniejących w kohorcie amerykańskiej.

Do badania swoistych odpowiedzi limfocytów T CD4+ i CD8+ na SARS-CoV-2 za pomocą barwienia wewnątrzkomórkowych cytokin (ICS) wykorzystano cytometrię przepływową. Dodatnie wyniki będą ustalane za pomocą dokładnego testu Fishera dla wszystkich markerów. Wielkości odpowiedzi wyrażone są jako % limfocytów T eksprymujących IFN-γ/IL-2.

Tabela podsumowuje wielkość swoistej odpowiedzi limfocytów T CD4+ i CD8+ na SARS-CoV-2 za pomocą cytometrii przepływowej w Wizycie 1, ogólnie oraz według regionu i Grupy Współchorobowości w kohorcie amerykańskiej.

Odpowiedzi komórek B specyficznych dla SARS-CoV-2 oraz dane fenotypowe komórek B zidentyfikowano i scharakteryzowano przy użyciu fluorescencyjnie znakowanych rekombinowanych białek Env (S6P i RBD) w połączeniu z panelem przeciwciał do cytometrii przepływowej na wszystkich dostępnych próbkach z wizyty rekrutacyjnej (V1). Próbka zostanie uwzględniona w analizie tylko wtedy, gdy liczba komórek B IgD- jest równa lub większa niż 1000 dla tej próbki.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi pamięciowych komórek B specyficznych dla SARS-CoV-2 w badaniu cytometrii przepływowej podczas Wizyty 1, ogólnie oraz według regionu i grupy chorób współistniejących wśród kohorty amerykańskiej.

Testy BAMA wykonano dla próbek od uczestników podczas wizyty 1 (miesiąc 0, punkt wyjściowy) oraz dostępnych próbek podczas wizyt kontrolnych (miesiąc 2, 4). Odpowiedzi swoiste dla SARS-CoV-2 w surowicy IgA, IgG1, IgG3 (rozcieńczenie 1:50) na antygeny SARS-CoV-2 zmierzono na urządzeniu Bio-Plex (Bio-Rad). Oprogramowanie Bioplex dostarcza 2 odczyty: średnią intensywność fluorescencji po odjęciu tła (MFI), gdzie tło odnosi się do kontroli na poziomie płytki (tj. pusta próbka na każdej płytce), oraz stężenie na podstawie krzywej standardowej. Dodatnie odpowiedzi podczas każdej wizyty będą określane, jeśli wartości MFI minus puste próbki są ≥ specyficzne dla izotypu, antygenu i rozcieńczenia wartości odcięcia (zostaną dostarczone przez laboratorium). Wartości MFI minus puste próbki (lub netto MFI) są używane do podsumowania wielkości w danym punkcie czasowym.

Tabela podsumowuje wielkość odpowiedzi wiązania przeciwciał swoistych dla SARS-CoV-2 metodą testu wieloparametrowego wiązania przeciwciał (BAMA IgA próbka nosowa) podczas wizyty 1, 2, 3, ogólnie oraz według regionu i grupy rekrutacyjnej w kohorcie amerykańskiej.