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繊維補給中の動的分子表現型モニタリングのための統合的パーソナルオミクスプロファイリング

2021年1月9日更新者：Michael Snyder、Stanford University

研究者らは、プレバイオティクス繊維の補給に応じた特定の腸内細菌と宿主の変化に関連する長期的なデータを統合する、包括的なマルチオミクス研究を提案しています。これらのデータは、細菌由来の代謝産物と宿主における生物学的結果とを関連付ける統合的な生物学的特徴の開発を導くことになる。

調査の概要

状態

完了

条件

プレバイオティクス

介入・治療

ダイエットサプリメント：食物繊維の補給

詳細な説明

この研究により、研究者らは、臨床マーカーと複数のオミクスアッセイを使用して微生物叢と宿主の変化を包括的かつ縦断的に特徴づける際に、プレバイオティクスの補給を受ける健康な個人のコホートを集めることを提案している。これらのマルチオームデータは統合され、特定の細菌からの微生物代謝産物が宿主の生物学的活動において果たす役割を定義する固有の生物学的サインを生成します。この研究を通じて、研究者らは、プレバイオティクス繊維の栄養補給に応じてマイクロバイオームと宿主で起こる生理学的変化を機構レベルで詳細かつ明確に理解できることを期待しています。

研究の種類

介入

入学 (実際)

段階

適用できない

連絡先と場所

このセクションには、調査を実施する担当者の連絡先の詳細と、この調査が実施されている場所に関する情報が記載されています。

研究場所

アメリカ
- California
  - Stanford、California、アメリカ、94304
    - Stanford University

参加基準

研究者は、適格基準と呼ばれる特定の説明に適合する人を探します。これらの基準のいくつかの例は、人の一般的な健康状態または以前の治療です。

適格基準

就学可能な年齢

18年～65年 (大人、高齢者)

健康ボランティアの受け入れ

はい

受講資格のある性別

全て

説明

包含基準:

全般的に良好な健康状態

除外基準:

空腹時血糖値 >126 mg/dL
トリグリセリド >400 mg/dL
制御されていない高血圧
血管疾患
慢性炎症状態
主要な臓器疾患
アルコールの多量使用
妊娠・授乳中
肥満手術歴あり
活動性の精神疾患
炭水化物または脂質の代謝に影響を与えることが知られている薬剤の使用
活動性摂食障害

研究計画

このセクションでは、研究がどのように設計され、研究が何を測定しているかなど、研究計画の詳細を提供します。

研究はどのように設計されていますか？

デザインの詳細

主な目的：基礎科学
割り当て：なし
介入モデル：順次割り当て
マスキング：独身

この研究は何を測定していますか？

主要な結果の測定

結果測定	メジャーの説明	時間枠
プレバイオティクス介入に応じた微生物叢の変化のマッピング時間枠：3年	介入中の微生物と微生物の遺伝子発現変化の詳細な地図が作成されます。糞便サンプルの微生物叢の複雑さは、ショットガンメタゲノムシーケンスによって決定されます。新規微生物および遺伝子経路は、糞便メタゲノム全体の de novo アセンブルによって識別されます。	3年
プレバイオティクス介入に応じて脂質プロファイルが変化する時間枠：3年	プレバイオティクス介入における参加者の脂質プロファイルの変化の分析。 mg/dL 単位で測定される脂質には、総コレステロール、LDL コレステロール、HDL コレステロール、トリグリセリドが含まれます。	3年

二次結果の測定

結果測定	メジャーの説明	時間枠
プレバイオティクス介入中の包括的なメタゲノムプロファイル時間枠：3年	プレバイオティクス介入中の宿主（ヒト）メタゲノムプロファイルの変化が決定されます。 Humann2 および Metaphlan パイプラインを使用して便 DNA 配列を分析し、経路カバレッジ値、遺伝子ファミリーの存在量、および分類群の存在量を生成します {Franzosa、2018}。これらは、調整のために Human Microbiome Project データベースにマッピングされます。	3年
プレバイオティクス介入中の包括的なトランスクリプトームプロファイル時間枠：3年	プレバイオティクス介入中の宿主（ヒト）トランスクリプトームプロファイルの変化が決定されます。 PBMC サンプルリードから単離された RNA は、プログラム Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR) を使用して hg38 にアラインメントされます。転写物の存在量は、RNA-Seq by Expectation Maximization (RSEM) を使用して計算されます。転写頻度の正規化と時点間の転写頻度の差を測定するペアワイズ統計は、Bioconductor の R 用ソフトウェアパッケージ (DESeq2) を使用して計算されます。	3年
プレバイオティクス介入中の包括的なメタボロームプロファイル時間枠：3年	プレバイオティクス介入中の宿主（ヒト）メタボロームプロファイルの変化が決定されます。血漿代謝物は質量分析計のカラムで分析されます (正イオン化モードと負イオン化モードの両方での HILIC および RPLC 分離)。 MetID と当社の MS/MS データは、1 ～ 3 の信頼レベルで 12740 の代謝物を特定するために使用されます。ここで、1 は当社プラットフォームの標準の MS/MS、保持時間、および m/z と一致し、2 は MS/MS および m/z と一致します。はデータベースから一致し、3 はデータベースの m/z と一致します。	3年
プレバイオティクス介入中の包括的なサイトカインプロファイル時間枠：3年	プレバイオティクス介入中の宿主 (ヒト) サイトカインプロファイルの変化が測定されます。サイトカインは、スタンフォードヒト免疫モニタリングセンターの Luminex xMAP サイトカインプロファイリングシステムを使用してプロファイリングされます。これには、捕捉分子を使用してサイトカインに特異的な抗体をビーズに付着させることが含まれます。蛍光分子はサイトカインに結合しており、蛍光はサイトカインの存在量の尺度として使用されます。	3年

協力者と研究者

ここでは、この調査に関係する人々や組織を見つけることができます。

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Stanford University

研究記録日

これらの日付は、ClinicalTrials.gov への研究記録と要約結果の提出の進捗状況を追跡します。研究記録と報告された結果は、国立医学図書館 (NLM) によって審査され、公開 Web サイトに掲載される前に、特定の品質管理基準を満たしていることが確認されます。

主要日程の研究

研究開始 (実際)

2014年10月15日

一次修了 (実際)

2017年8月11日

研究の完了 (実際)

2017年8月11日

試験登録日

最初に提出

2020年12月3日

QC基準を満たした最初の提出物

2021年1月9日

最初の投稿 (実際)

2021年1月13日

学習記録の更新

投稿された最後の更新 (実際)