Tämä sivu käännettiin automaattisesti, eikä käännösten tarkkuutta voida taata. Katso englanninkielinen versio lähdetekstiä varten.

Integroiva henkilökohtainen omiikkaprofilointi dynaamisten molekyylifenotyyppien seurantaan kuidun lisäyksen aikana

lauantai 9. tammikuuta 2021 päivittänyt: Michael Snyder, Stanford University

Tutkijat ehdottavat kattavaa, monimuotoista tutkimusta, joka yhdistää pitkittäistiedot, jotka yhdistävät muutoksia tietyissä suoliston bakteereissa ja isännässä vastauksena prebioottisten kuitujen lisäykseen. Nämä tiedot ohjaavat integroivan biologisen allekirjoituksen kehittämistä, joka liittyy bakteeriperäisiin metaboliitteihin, joilla on biologinen lopputulos isännässä.

Tutkimuksen yleiskatsaus

Tila

Valmis

Ehdot

Prebiootit

Interventio / Hoito

Ravintolisä: Ravintokuidun lisäys

Yksityiskohtainen kuvaus

Tällä tutkimuksella tutkijat ehdottavat kohortin terveitä yksilöitä, jotka saavat prebioottisia lisäravinteita mikrobiotan ja isäntämuutosten kattavan, pitkittäisen karakterisoinnin aikana kliinisillä markkereilla ja useilla omiikkamäärityksillä. Nämä multiomiaiset tiedot integroidaan sitten luoden ainutlaatuisia biologisia allekirjoituksia, jotka määrittelevät roolin, joka tiettyjen bakteerien mikrobien metaboliitteilla on isännän biologisessa aktiivisuudessa. Tämän tutkimuksen avulla tutkijat odottavat saavansa yksityiskohtaisen ja selkeän käsityksen fysiologisista mekanistisella tasolla tapahtuvista muutoksista, joita tapahtuu mikrobiomissa ja isännässä vastauksena prebioottisen kuidun ravintolisälle.

Opintotyyppi

Interventio

Ilmoittautuminen (Todellinen)

Vaihe

Ei sovellettavissa

Yhteystiedot ja paikat

Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.

Opiskelupaikat

Yhdysvallat
- California
  - Stanford, California, Yhdysvallat, 94304
    - Stanford University

Osallistumiskriteerit

Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.

Kelpoisuusvaatimukset

Opintokelpoiset iät

18 vuotta - 65 vuotta (Aikuinen, Vanhempi Aikuinen)

Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia

Joo

Sukupuolet, jotka voivat opiskella

Kaikki

Kuvaus

Sisällyttämiskriteerit:

Hyvä yleinen terveys

Poissulkemiskriteerit:

Paastoverensokeri >126 mg/dl
Triglyseridit > 400 mg/dl
Hallitsematon verenpainetauti
Verisuonitauti
Krooniset tulehdustilat
Suurin elinsairaus
Runsas alkoholin käyttö
Raskaus / imetys
Aiempi bariatrinen leikkaus
Aktiivinen psykiatrinen sairaus
Sellaisten lääkkeiden käyttö, joiden tiedetään vaikuttavan hiilihydraatti- tai rasva-aineenvaihduntaan
Aktiivinen syömishäiriö

Opintosuunnitelma

Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.

Miten tutkimus on suunniteltu?

Suunnittelun yksityiskohdat

Ensisijainen käyttötarkoitus: Perustiede
Jako: Ei käytössä
Inventiomalli: Peräkkäinen tehtävä
Naamiointi: Yksittäinen

Mitä tutkimuksessa mitataan?

Ensisijaiset tulostoimenpiteet

Tulosmittaus	Toimenpiteen kuvaus	Aikaikkuna
Mikrobiootan muutosten kartoitus vastauksena prebioottiseen interventioon Aikaikkuna: 3 vuotta	Tehdään yksityiskohtainen kartta mikrobien ja mikrobigeenien ilmentymisen muutoksista toimenpiteen aikana. Mikrobiootan monimutkaisuus ulostenäytteissä määritetään haulikon metagenomisella sekvensoinnilla. Uudet mikrobit ja geenireitit tunnistetaan kokoamalla de novo kokonaisia ulosteen metagenomeja.	3 vuotta
Lipidiprofiili muuttuu vastauksena prebioottiseen interventioon Aikaikkuna: 3 vuotta	Prebioottiseen interventioon osallistuneiden lipidiprofiilin muutosten analyysi. Mitattuja lipidejä mg/dl:ssä ovat kokonaiskolesteroli, LDL-kolesteroli, HDL-kolesteroli ja triglyseridit.	3 vuotta

Toissijaiset tulostoimenpiteet

Tulosmittaus	Toimenpiteen kuvaus	Aikaikkuna
Kattava metagenomiprofiili prebioottisen toimenpiteen aikana Aikaikkuna: 3 vuotta	Muutokset isännän (ihmisen) metagenomiprofiilissa prebioottisen toimenpiteen aikana määritetään. Ulosteen DNA-sekvenssejä analysoidaan käyttämällä Humann2- ja Metaphlan-putkia reitin peittoarvojen, geeniperheiden runsauden ja taksonien runsauden luomiseksi {Franzosa, 2018}. Nämä on kartoitettu Human Microbiome Project -tietokantaan kohdistamista varten.	3 vuotta
Kattava transkriptiprofiili prebioottisen intervention aikana Aikaikkuna: 3 vuotta	Muutokset isännän (ihmisen) transkriptioprofiilissa prebioottisen toimenpiteen aikana määritetään. PBMC-näytteistä eristetty RNA kohdistetaan hg38:aan käyttämällä ohjelmaa Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR). Transkriptien runsaus lasketaan käyttämällä RNA-Seq by Expectation Maximization (RSEM). Transkriptiotaajuuden normalisointi ja parittaiset tilastot, jotka mittaavat transkriptioiden tiheyden eroja aikapisteiden välillä, lasketaan Bioconductorin R-ohjelmistopaketilla (DESeq2).	3 vuotta
Kattava metabolomiprofiili prebioottisen toimenpiteen aikana Aikaikkuna: 3 vuotta	Muutokset isännän (ihmisen) metabolomien profiilissa prebioottisen toimenpiteen aikana määritetään. Plasman metaboliitteja ajetaan massaspektrometrikolonneissa (HILIC- ja RPLC-erotus sekä positiivisissa että negatiivisissa ionisaatiomuodoissa). MetID:tä ja MS/MS-tietojamme käytetään tunnistamaan 12 740 metaboliittia luotettavuustasoilla välillä 1-3, joista 1 vastaa MS/MS:ää, retentioaikaa ja m/z:tä alustamme standardeista, kahdella on MS/MS ja m/z. vastaa tietokannasta ja 3 vastaa tietokannan m/z.	3 vuotta
Kattava sytokiiniprofiili prebioottisen intervention aikana Aikaikkuna: 3 vuotta	Muutokset isännän (ihmisen) sytokiiniprofiilissa prebioottisen toimenpiteen aikana määritetään. Sytokiinit profiloidaan käyttämällä Luminex xMAP -sytokiiniprofilointijärjestelmää Stanford Human Immune Monitoring Centerissä. Tämä sisältää sytokiineille spesifisten vasta-aineiden kiinnittämisen helmiin käyttämällä sieppausmolekyyliä. Fluoresoivat molekyylit ovat kiinnittyneet sytokiineihin, ja fluoresenssia käytetään sytokiinien runsauden mittana.	3 vuotta

Yhteistyökumppanit ja tutkijat

Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.

Sponsori

Stanford University

Opintojen ennätyspäivät

Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.

Opi tärkeimmät päivämäärät

Opiskelun aloitus (Todellinen)

Keskiviikko 15. lokakuuta 2014

Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)

Perjantai 11. elokuuta 2017

Opintojen valmistuminen (Todellinen)

Perjantai 11. elokuuta 2017

Opintoihin ilmoittautumispäivät

Ensimmäinen lähetetty

Torstai 3. joulukuuta 2020

Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit

Lauantai 9. tammikuuta 2021

Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)

Keskiviikko 13. tammikuuta 2021

Tutkimustietojen päivitykset

Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)