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用于纤维补充期间动态分子表型监测的综合个人组学分析

2021年1月9日更新者：Michael Snyder、Stanford University

研究人员提出了一项全面的多组学研究，该研究将整合纵向数据，这些纵向数据与特定肠道细菌和宿主对益生元纤维补充的反应相关联。这些数据将指导将细菌衍生代谢物与宿主生物学结果相关联的综合生物学特征的开发。

研究概览

地位

完全的

条件

益生元

干预/治疗

膳食补充剂：膳食纤维补充剂

详细说明

通过这项研究，研究人员建议在使用临床标志物和多组学分析对微生物群和宿主变化进行全面、纵向表征的过程中，召集一组健康个体，这些个体将接受益生元补充剂。然后整合这些多组学数据，生成独特的生物学特征，定义特定细菌的微生物代谢物在宿主生物活性中的作用。通过这项研究，研究人员希望在机制层面上详细而清晰地了解微生物组和宿主对膳食补充益生元纤维做出反应而发生的生理变化。

研究类型

介入性

注册 (实际的)

阶段

不适用

联系人和位置

本节提供了进行研究的人员的详细联系信息，以及有关进行该研究的地点的信息。

学习地点

美国
- California
  - Stanford、California、美国、94304
    - Stanford University

参与标准

研究人员寻找符合特定描述的人，称为资格标准。这些标准的一些例子是一个人的一般健康状况或先前的治疗。

资格标准

适合学习的年龄

18年至 65年 (成人、年长者)

接受健康志愿者

是的

有资格学习的性别

全部

描述

纳入标准：

身体健康

排除标准：

空腹血糖 >126 毫克/分升
甘油三酯 >400 毫克/分升
不受控制的高血压
血管疾病
慢性炎症
主要器官疾病
大量饮酒
怀孕/哺乳
先前的减肥手术
活动性精神疾病
使用已知会影响碳水化合物或脂质代谢的药物
主动进食障碍

学习计划

本节提供研究计划的详细信息，包括研究的设计方式和研究的衡量标准。

研究是如何设计的？

设计细节

主要用途：基础科学
分配：不适用
介入模型：顺序分配
屏蔽：单身的

研究衡量的是什么？

主要结果指标

结果测量	措施说明	大体时间
微生物群变化对益生元干预的反应图大体时间：3年	将开发干预期间微生物和微生物基因表达变化的详细图谱。粪便样本中微生物群的复杂性将通过鸟枪法宏基因组测序来确定。新的微生物和基因通路将通过从头组装整个粪便宏基因组来鉴定。	3年
益生元干预对脂质谱的影响大体时间：3年	益生元干预参与者血脂变化的分析。以 mg/dL 为单位测量的脂质包括总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇、高密度脂蛋白胆固醇和甘油三酯。	3年

次要结果测量

结果测量	措施说明	大体时间
益生元干预期间的综合宏基因组概况大体时间：3年	将确定益生元干预期间宿主（人类）宏基因组概况的变化。使用 Humann2 和 Metaphlan 管道分析粪便 DNA 序列，以生成通路覆盖值、基因家族丰度和分类群丰度 {Franzosa，2018}。这些被映射到人类微生物组计划数据库以进行对齐。	3年
益生元干预期间的综合转录组概况大体时间：3年	将确定益生元干预期间宿主（人类）转录组谱的变化。从 PBMC 样本读取中分离的 RNA 使用程序拼接转录对齐参考 (STAR) 与 hg38 对齐。转录本丰度是使用 RNA-Seq 通过期望最大化 (RSEM) 计算的。使用来自 Bioconductor (DESeq2) 的 R 软件包计算转录本频率的归一化和测量时间点之间转录本频率差异的成对统计数据。	3年
益生元干预期间的综合代谢组学概况大体时间：3年	将确定益生元干预期间宿主（人类）代谢组谱的变化。血浆代谢物在质谱仪色谱柱中运行（HILIC 和 RPLC 在正电离和负电离模式下分离）。 MetID 和我们的 MS/MS 数据用于鉴定 12740 种代谢物，置信度范围为 1-3，其中 1 与我们平台上标准品的 MS/MS、保留时间和 m/z 匹配，2 具有 MS/MS 和 m/z来自数据库的匹配项，3 个匹配数据库的 m/z。	3年
益生元干预期间的综合细胞因子谱大体时间：3年	将确定益生元干预期间宿主（人类）细胞因子谱的变化。在斯坦福人类免疫监测中心使用 Luminex xMAP 细胞因子分析系统对细胞因子进行分析。这涉及使用捕获分子将细胞因子特异性抗体附着到珠子上。荧光分子附着在细胞因子上，荧光被用作细胞因子丰度的量度。	3年

合作者和调查者

在这里您可以找到参与这项研究的人员和组织。

赞助

Stanford University

研究记录日期

这些日期跟踪向 ClinicalTrials.gov 提交研究记录和摘要结果的进度。研究记录和报告的结果由国家医学图书馆 (NLM) 审查，以确保它们在发布到公共网站之前符合特定的质量控制标准。

研究主要日期

学习开始 (实际的)

2014年10月15日

初级完成 (实际的)

2017年8月11日

研究完成 (实际的)

2017年8月11日

研究注册日期

首次提交

2020年12月3日

首先提交符合 QC 标准的

2021年1月9日

首次发布 (实际的)

2021年1月13日

研究记录更新

最后更新发布 (实际的)