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Profilage intégratif des omiques personnels pour la surveillance dynamique des phénotypes moléculaires pendant la supplémentation en fibres

9 janvier 2021 mis à jour par: Michael Snyder, Stanford University

Les chercheurs proposent une étude multiomique complète qui intégrera des données longitudinales associant des changements dans des bactéries intestinales spécifiques et l'hôte en réponse à la supplémentation en fibres prébiotiques. Ces données guideront le développement d'une signature biologique intégrative reliant les métabolites d'origine bactérienne aux résultats biologiques chez l'hôte.

Aperçu de l'étude

Statut

Complété

Les conditions

Prébiotiques

Intervention / Traitement

Complément alimentaire: Supplémentation en fibres alimentaires

Description détaillée

Avec cette étude, les chercheurs proposent de rassembler une cohorte d'individus en bonne santé qui recevront une supplémentation en prébiotiques, lors d'une caractérisation longitudinale complète du microbiote et des changements d'hôte avec des marqueurs cliniques et des tests omiques multiples. Ces données multiomiques seront ensuite intégrées, générant des signatures biologiques uniques qui définissent le rôle que jouent les métabolites microbiens de bactéries spécifiques dans l'activité biologique de l'hôte. Grâce à cette étude, les chercheurs espèrent acquérir une compréhension détaillée et claire des changements physiologiques, au niveau mécaniste, qui se produisent dans le microbiome et l'hôte en réponse à une supplémentation alimentaire en fibres prébiotiques.

Type d'étude

Interventionnel

Inscription (Réel)

Phase

N'est pas applicable

Contacts et emplacements

Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.

Lieux d'étude

États-Unis
- California
  - Stanford, California, États-Unis, 94304
    - Stanford University

Critères de participation

Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.

Critère d'éligibilité

Âges éligibles pour étudier

18 ans à 65 ans (Adulte, Adulte plus âgé)

Accepte les volontaires sains

Oui

Sexes éligibles pour l'étude

Tout

La description

Critère d'intégration:

Bonne santé générale

Critère d'exclusion:

Glycémie à jeun> 126 mg / dL
Triglycérides > 400 mg/dL
Hypertension non contrôlée
Maladie vasculaire
Conditions inflammatoires chroniques
Maladie d'un organe majeur
Consommation excessive d'alcool
Grossesse/allaitement
Chirurgie bariatrique antérieure
Maladie psychiatrique active
Utilisation de médicaments connus pour affecter le métabolisme des glucides ou des lipides
Trouble actif de l'alimentation

Plan d'étude

Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.

Comment l'étude est-elle conçue ?

Détails de conception

Objectif principal: Science basique
Répartition: N / A
Modèle interventionnel: Affectation séquentielle
Masquage: Seul

Que mesure l'étude ?

Principaux critères de jugement

Mesure des résultats	Description de la mesure	Délai
Cartographie des changements du microbiote en réponse à une intervention prébiotique Délai: 3 années	Une carte détaillée des microbes et des changements d'expression des gènes microbiens au cours de l'intervention sera développée. La complexité du microbiote dans les échantillons fécaux sera déterminée par séquençage métagénomique shotgun. De nouveaux microbes et voies génétiques seront identifiés par un assemblage de novo de métagénomes fécaux entiers.	3 années
Modifications du profil lipidique en réponse à une intervention prébiotique Délai: 3 années	Analyse des changements dans le profil lipidique des participants à l'intervention prébiotique. Les lipides mesurés en mg/dL comprennent le cholestérol total, le cholestérol LDL, le cholestérol HDL et les triglycérides.	3 années

Mesures de résultats secondaires

Mesure des résultats	Description de la mesure	Délai
Profil métagénome complet pendant l'intervention prébiotique Délai: 3 années	Les changements dans le profil du métagénome de l'hôte (humain) au cours de l'intervention prébiotique seront déterminés. Les séquences d'ADN de selles sont analysées à l'aide des pipelines Humann2 et Metaphlan pour générer des valeurs de couverture des voies, des abondances de familles de gènes et des abondances de taxons {Franzosa, 2018}. Ceux-ci sont cartographiés dans la base de données du Human Microbiome Project pour alignement.	3 années
Profil transcriptome complet pendant l'intervention prébiotique Délai: 3 années	Les changements dans le profil du transcriptome de l'hôte (humain) au cours de l'intervention prébiotique seront déterminés. L'ARN isolé des lectures d'échantillons de PBMC est aligné sur hg38 à l'aide du programme Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR). L'abondance des transcriptions est calculée à l'aide de l'ARN-Seq par maximisation des attentes (RSEM). La normalisation de la fréquence de transcription et les statistiques par paires mesurant les différences de fréquence de transcription entre les points dans le temps sont calculées à l'aide du progiciel pour R de Bioconductor (DESeq2).	3 années
Profil complet du métabolome pendant l'intervention prébiotique Délai: 3 années	Les modifications du profil du métabolome de l'hôte (humain) au cours de l'intervention prébiotique seront déterminées. Les métabolites plasmatiques sont analysés dans des colonnes de spectromètres de masse (séparation HILIC et RPLC dans les modes d'ionisation positive et négative). MetID et nos données MS/MS sont utilisées pour identifier 12740 métabolites avec des niveaux de confiance allant de 1 à 3, où 1 correspond à MS/MS, au temps de rétention et à m/z des normes de notre plateforme, 2 à MS/MS et m/z correspond à une base de données et 3 correspond au m/z d'une base de données.	3 années
Profil complet des cytokines pendant l'intervention prébiotique Délai: 3 années	Les modifications du profil des cytokines de l'hôte (humain) au cours de l'intervention prébiotique seront déterminées. Les cytokines sont profilées à l'aide d'un système de profilage de cytokines Luminex xMAP au Stanford Human Immune Monitoring Center. Il s'agit de fixer des anticorps spécifiques aux cytokines sur des billes à l'aide d'une molécule de capture. Les molécules fluorescentes sont attachées aux cytokines et la fluorescence est utilisée comme mesure de l'abondance des cytokines.	3 années

Collaborateurs et enquêteurs

C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.

Parrainer

Stanford University

Dates d'enregistrement des études

Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.

Dates principales de l'étude

Début de l'étude (Réel)

15 octobre 2014

Achèvement primaire (Réel)

11 août 2017

Achèvement de l'étude (Réel)

11 août 2017

Dates d'inscription aux études

Première soumission

3 décembre 2020

Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité

9 janvier 2021

Première publication (Réel)

13 janvier 2021

Mises à jour des dossiers d'étude

Dernière mise à jour publiée (Réel)