Эта страница была переведена автоматически, точность перевода не гарантируется. Пожалуйста, обратитесь к английской версии для исходного текста.

Интегративное персональное профилирование омиков для динамического мониторинга молекулярных фенотипов во время приема клетчатки

9 января 2021 г. обновлено: Michael Snyder, Stanford University

Исследователи предлагают комплексное мультиомное исследование, в котором будут объединены продольные данные, связанные с изменениями в конкретных кишечных бактериях и организме хозяина в ответ на добавки с пребиотическими волокнами. Эти данные будут способствовать развитию интегративной биологической сигнатуры, связывающей метаболиты бактериального происхождения с биологическим исходом у хозяина.

Обзор исследования

Статус

Завершенный

Условия

Пребиотики

Вмешательство/лечение

Диетическая добавка: Добавка пищевых волокон

Подробное описание

В этом исследовании исследователи предлагают собрать когорту здоровых людей, которые будут получать добавки с пребиотиками, во время всесторонней продольной характеристики микробиоты и изменений хозяина с помощью клинических маркеров и множественных анализов омиков. Затем эти мультиомные данные будут интегрированы, создавая уникальные биологические сигнатуры, определяющие роль, которую микробные метаболиты конкретных бактерий играют в биологической активности хозяина. Благодаря этому исследованию исследователи рассчитывают получить подробное и четкое представление о физиологических изменениях на механистическом уровне, которые происходят в микробиоме и хозяине в ответ на пищевые добавки с пребиотическими волокнами.

Тип исследования

Интервенционный

Регистрация (Действительный)

Фаза

Непригодный

Контакты и местонахождение

В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.

Места учебы

Соединенные Штаты
- California
  - Stanford, California, Соединенные Штаты, 94304
    - Stanford University

Критерии участия

Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.

Критерии приемлемости

Возраст, подходящий для обучения

От 18 лет до 65 лет (Взрослый, Пожилой взрослый)

Принимает здоровых добровольцев

Да

Полы, имеющие право на обучение

Все

Описание

Критерии включения:

Хорошее общее состояние здоровья

Критерий исключения:

Уровень сахара в крови натощак >126 мг/дл
Триглицериды > 400 мг/дл
Неконтролируемая гипертензия
Сосудистое заболевание
Хронические воспалительные состояния
Заболевание основных органов
Тяжелое употребление алкоголя
Беременность/лактация
Предшествующая бариатрическая операция
Активное психическое заболевание
Использование лекарств, которые, как известно, влияют на углеводный или липидный обмен
Активное расстройство пищевого поведения

Учебный план

В этом разделе представлена подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.

Как устроено исследование?

Детали дизайна

Основная цель: Фундаментальная наука
Распределение: Н/Д
Интервенционная модель: Последовательное назначение
Маскировка: Одинокий

Что измеряет исследование?

Первичные показатели результатов

Мера результата	Мера Описание	Временное ограничение
Картирование изменений микробиоты в ответ на пребиотическое вмешательство Временное ограничение: 3 года	Будет разработана подробная карта изменений экспрессии микробов и микробных генов во время вмешательства. Сложность микробиоты в образцах фекалий будет определяться метагеномным секвенированием дробовика. Новые микробы и генные пути будут идентифицированы путем сборки de novo целых фекальных метагеномов.	3 года
Изменения профиля липидов в ответ на вмешательство пребиотиков Временное ограничение: 3 года	Анализ изменений липидного профиля участников пребиотического вмешательства. Измеренные липиды в мг/дл включают общий холестерин, холестерин ЛПНП, холестерин ЛПВП и триглицериды.	3 года

Вторичные показатели результатов

Мера результата	Мера Описание	Временное ограничение
Комплексный профиль метагенома во время пребиотического вмешательства Временное ограничение: 3 года	Будут определены изменения профиля метагенома хозяина (человека) во время пребиотического вмешательства. Последовательности ДНК стула анализируются с использованием пайплайнов Humann2 и Metaphlan для получения значений охвата пути, распространенности семейств генов и численности таксонов {Franzosa, 2018}. Они сопоставляются с базой данных Human Microbiome Project для согласования.	3 года
Комплексный профиль транскриптома во время пребиотического вмешательства Временное ограничение: 3 года	Будут определены изменения профиля транскриптома хозяина (человека) во время пребиотического вмешательства. РНК, выделенную из прочтений образцов РВМС, выравнивают по hg38 с использованием программы Spliced Transcripts Alignment to the Reference (STAR). Обилие транскриптов рассчитывается с использованием RNA-Seq путем максимизации ожидания (RSEM). Нормализация частоты транскриптов и парная статистика, измеряющая различия в частоте транскриптов между временными точками, рассчитываются с использованием пакета программного обеспечения для R от Bioconductor (DESeq2).	3 года
Комплексный профиль метаболома во время пребиотического вмешательства Временное ограничение: 3 года	Будут определены изменения профиля метаболизма хозяина (человека) во время пребиотического вмешательства. Метаболиты плазмы анализируют в колонках масс-спектрометров (разделение HILIC и RPLC в режимах положительной и отрицательной ионизации). MetID и наши данные МС/МС используются для идентификации 12740 метаболитов с уровнями достоверности от 1 до 3, где 1 соответствует МС/МС, времени удерживания и m/z стандартам на нашей платформе, 2 соответствует МС/МС и m/z соответствует базе данных, а 3 соответствует m/z базы данных.	3 года
Комплексный цитокиновый профиль во время пребиотического вмешательства Временное ограничение: 3 года	Будут определены изменения профиля цитокинов хозяина (человека) во время пребиотического вмешательства. Цитокины профилированы с использованием системы профилирования цитокинов Luminex xMAP в Стэнфордском центре мониторинга иммунитета человека. Это включает в себя присоединение антител, специфичных к цитокинам, к шарикам с использованием молекулы захвата. Флуоресцентные молекулы присоединены к цитокинам, и флуоресценция используется как мера содержания цитокинов.	3 года

Соавторы и исследователи

Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.

Спонсор

Stanford University

Даты записи исследования

Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.

Изучение основных дат

Начало исследования (Действительный)

15 октября 2014 г.

Первичное завершение (Действительный)

11 августа 2017 г.

Завершение исследования (Действительный)

11 августа 2017 г.

Даты регистрации исследования

Первый отправленный

3 декабря 2020 г.

Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества

9 января 2021 г.

Первый опубликованный (Действительный)

13 января 2021 г.

Обновления учебных записей

Последнее опубликованное обновление (Действительный)