人間と動物のワンヘルスアプローチを使用したラオスにおける COVID-19 の疫学的調査 (LACOVISS)

1. 序章

   このプロジェクトは主に、未解決のまま残っている 2 つの主要な問題に基づいています。 最初のものは、アウトブレイクの起源と、SARS-CoV-2 のヒトへの感染につながった出来事です。 2つ目は、中国南西部と同様の生物地理学的および社会生態学的特徴が共有されているにもかかわらず、ラオスでの顕著な疫学的状況です.野生動物の多様性（特に中国南部と東南アジア） 、特にラオス人民民主共和国におけるコロナウイルスの広範な循環、およびそれらの進化的および人獣共通感染症の可能性に関連するコウモリの多様性は100種以上に達します）は、ラオスでの（過去または将来の）出現が予想できることを示しています。 さらに、ラオスと中国の間の大規模な人口移動を考えると、中国からラオスへの COVID-19 の大幅な拡散が予想されました。 これら 2 つの主要な質問に答えるために、研究者は、このプロジェクトで対処する次の作業仮説を策定します。

   仮定 1: COVID-19 は、感染者の国への到着を通じて、近い将来、ラオスの人口に大規模に広がる可能性があります。

   仮定 2: SARS-CoV-2 は、中国で COVID-19 が発生する前に、すでにラオスで流行していた。

   仮定 3: SARS-CoV-2 は野生生物から飛び出して、将来ラオスの人口に出現する可能性がある 仮定 4: いくつかの遺伝的に密接に関連するウイルス (SARS-CoV-2 のようなウイルス) は、すでにラオスで循環している.

2. 目的

   このプロジェクトの一般的な目的は、ラオスでのアウトブレイクの最初の出現の前 (レトロスペクティブ アプローチ) と後 (プロスペクティブ アプローチ) の ONE-HEALTH アプローチに従って、ラオスでのウイルスの循環を調査することにより、COVID-19 の自然史を解明することです。中国。

   特に、調査官は、生物地理学的および社会生態学的特徴を共有し、中国南西部と国境を越えているにもかかわらず、アウトブレイクの進行と、これまでに中国で観察された COVID-19 陽性患者の数が比較的少ない理由を調査します。 .

   この一般的な見出しの下で、二次的な目的は次のとおりです。

   人間では：

   2019 年 12 月に中国の武漢で最初の陽性症例が出現する前に、コホート内の COVID-19 の循環を判断するため プロジェクト開始から 1 年間にわたる COVID-19 の進行を判断する SARS-CoV- を評価するため2 無症候性感染 過去の SARS-CoV-2 循環を評価する

   動物では：

   ペットや家畜への SARS-CoV-2 感染を調査する

3. 方法論

   人間では：

   このプロジェクトは、5,400 人の研究参加者を含む 1,092 世帯のコミュニティ ベースのコホート内で実施され、2015 年 3 月から 2019 年 2 月まで、インフルエンザ様疾患の調査と原因物質の検出のためにフォローアップされます (LACORIS プロジェクト、ビエンチャンのコホートにおける呼吸器感染症)。首都、ラオス）、ラオスのビエンチャン大都市圏に位置する（参考文献1および内部レポート）。

   • レトロスペクティブ アプローチ: 2019 年 12 月に中国の武漢で最初の陽性症例が出現する前に、コホート内の COVID-19 循環を決定するために、5400 の研究を含む 1092 世帯のコホートから収集されたサンプルでレトロスペクティブに SARS-CoV-2 RNA を検出します。参加者、2015 年 3 月から 2019 年 2 月までのフォローアップ (LACORIS プロジェクト) (1 および内部レポート)。
   • 前向きアプローチ：プロジェクトの開始から 1 年間にわたり、インフルエンザ様疾患を発現している個人で SARS-CoV-2 RNA を検出することにより、COVID-19 の進行を判断すること。
   • このため、家族内およびコミュニティ内の感染率と状況は、プロジェクトの予測段階で検出された COVID-19 陽性症例の接触者における SARS-CoV-2 RNA 検出によって評価されます。
   • コホート研究の無作為化グループで唾液スワブから特定の抗体をスクリーニングすることにより、過去の SARS-CoV-2 循環を評価する。

   動物では：

   - プロジェクトの予測段階で検出された陽性例と一緒に、またはその近くに住んでいる動物の RNA 検出により、ペットや家畜への SARS-CoV-2 感染を調査する。

4. 調査場所と人口

   この調査は、ビエンチャン大都市圏の行政区域内の 25 の村に住む 5400 人の調査参加者を含む 1092 世帯を対象としています。 世帯は、同じ区画の土地 (1 つ以上の家屋) または同じ建物 (アパート) に住み、食事を共有する個人のグループとして定義されました。研究の特定の側面。

5. 調査フローチャート

5.1 ILI症状のある参加者のフローチャート

SARS-CoV-2 陽性者と 6 か月以上同居しているすべての家族は、SARS-CoV-2 検出のための非侵襲的検査 (鼻、のど、綿棒、唾液) とアンケートを受けます。

研究への参加

情報: すべての参加者には、研究に参加するための書面による情報フォームが渡されます。 このフォームは、研究の範囲と意図、および研究研究者の義務とコホートメンバーからの期待に関する情報を提供します。

同意の収集: 研究の開始前に、プロジェクトの詳細を説明するために、家庭の調査監視チームとの約束が予定されます。 これらの詳細には、患者と家族のインフルエンザ様疾患の場合の呼吸器綿棒サンプルの採取が含まれます。 チームは情報フォームを提出し、事前に 3 人 (面接者、親または保護者、証人/家族) によって署名された同意書を各家族から収集します。

コホート参加:

プロジェクト研究は 1 年間にわたり、倫理的クリアランスが得られ次第開始されます。 世帯は世帯登録簿から選択され、CILM に既に設定されているデータベースに従って、戸別訪問サンプリングによってコホートに登録されます。 世帯とは、同じ土地 (1 つ以上の家屋) または同じ建物 (アパート) に住み、食事を共有する個人のグループとして定義されます。 CILM のスタッフによる各世帯への毎週の電話 (N=500) を通じて、コホート間でインフルエンザ様疾患 (ILI) の積極的な症例発見が 1 年にわたって行われます。 病原体の同定の可能性を高めるために、研究参加者は、症状の発生を自己報告して、標本を早期に収集できるようにすることをお勧めします。 症例が ILI-WHO の基準を満たすとすぐに、現場で訓練を受けた医療スタッフ (調査監視チーム) による無料の訪問が同日に組織され、病気の適格基準をインタビューして検証し、病気を完成させます。症状に関する詳細が収集される調査アンケート。

診断結果とILIフォローアップ:

COVID 19 分析の結果 (陽性または陰性) は、NCLE (National Center for Laboratory and Epidemiology) に送信されます。

結果がCOVID19陽性である場合、NCLEはそれを「COVID-19パンデミックの予防、制御および対応のための国家タスクフォース委員会」に送信します。 COVID-19 陽性患者は、この国内委員会によって治療を受け、公式の手順に従ってフォローアップされます。

委員会の勧告によると、無症候性感染症を探すために、COVID-19 患者と同居しているすべての家族がサンプリングされます。 その他のすべての場合 (別の呼吸器ウイルスの検出または陰性の結果)、結果はその場で書面で参加者 (成人または 12 歳から 18 歳の子供) または親または保護者 ( 12 歳未満の子供または精神障害のある成人)。 参加者は、医師または治療を受ける地元の医療機関に紹介されます。 ビエンチャンには 4 つの総合病院があり、調査対象の 25 の村のそれぞれにいくつかの地域の医療施設があります。 患者がILIを発症すると、私たちのチームの医師は、家族の他のメンバーへの感染を避けるために取るべき治療法、予防措置についてアドバイスし、最寄りの医療機関に案内します. 例外的な場合を除き、このプロジェクトではロジスティクス (輸送) または医療サポートは推奨されません。

患者またはその家族は、入院または死亡を含む全体的な健康状態を判断するために、60日後に出席します。

5.2 研究の終了

調査の最後に、最終報告書が各世帯に通知され、調査員が結果を説明します。

毎週、世帯主に電話で連絡を取り、家族の誰かが病気の兆候を示しているかどうかを尋ねます。 参加者から 3 週間連続して連絡がない場合は、調査員が現場に出向き、より正確な調査を行います。

5.3 アンケート

全体として、調査には 2 種類のアンケートが含まれます。

社会人口学的詳細を含む世帯登録アンケート。 毎週の家庭訪問、病気の調査、およびフォローアップ調査の目的で、参加村のデータベースを構築するために、登録時に国勢調査の質問を行いました。 この問診票は、入学時、問診票の提出時に各世帯ごとに面接官が記入し、同意書の署名をいただきます。

ILI疾患の詳細を含む疾患調査アンケート。 尋ねられる質問は、病気を報告した人に関する情報を提供し、基本的な臨床観察および病気の原因を理解するのに関連するその他の情報を含みます。 このアンケートは、サンプル収集時にインタビュアーによって記入されます。

標準プロトコルを使用して収集される標本には、次のものがあります。

• 上気道スワブ (唾液、喉、鼻スワブ): 「COVID-19 パンデミックの予防、制御、および対応のための国家タスクフォース委員会」の推奨に従って、サンプルを輸送媒体で収集します。 各サンプルは、訓練を受けたフィールド スタッフがプラスチック シャフト付きの滅菌ナイロン スワブを使用して収集し、ユニバーサル トランスポート メディア (UTM) を含む滅菌クライオバイアルに挿入します。
• サンプルは冷蔵クーラーに入れられ、テストのために CILM に運ばれます。
• 患者識別番号 (以下を参照) は、リレーショナル データベースによってリンクされ、事前に印刷されたラベルが質問票および収集された標本に配置されます。
• SARS-CoV2（RdRp、NおよびE遺伝子を標的とする）およびRdRpを標的とする汎コロナウイルスに対する特異的qPCRは、レトロスペクティブおよび将来の鼻スワブ、喉スワブ、および喀痰標本から抽出されたRNAに対して実行されます。 分析は CILM (ビエンチャン、ラオス) で行われます。 各陽性サンプルは配列決定され、参照配列と比較されます。
• 特異的IgG検査は、唾液スワブからルミネックスおよびELISA技術によって実施されます。
• 試験後、サンプルは少なくとも 15 年間、要求に応じてさらなる分析が行われるまで CILM で -80°C で保存されます。 サンプルは、ラオス当局と CILM のスタッフ マネージャーからの要求に応じて、少なくとも 15 年後に破棄される可能性があります。
• 調査の調整担当者 (Phimpha Paboriboune と Eric Leroy) からの要請と科学委員会の同意に基づき、陽性サンプルからの遺伝物質は MIVEGEC UMR IRD 224-CNRS 5290-Université de Montpellier - IRD (911, avenue Agropolis) に送られます。 , 34394 Montpellier France) CILM で実行できない詳細な分析や全ゲノム配列決定について。