Indagine epidemiologica su COVID-19 in Laos utilizzando un approccio a una sola salute nell'uomo e negli animali (LACOVISS)

1. INTRODUZIONE

   Questo progetto si basa principalmente su due grandi questioni che rimangono irrisolte. Il primo è l'origine dell'epidemia e gli eventi che hanno portato alla trasmissione di SARS-CoV-2 all'uomo. Il secondo è la sorprendente situazione epidemiologica in Laos, in cui sono stati osservati solo pochi casi nonostante caratteristiche biogeografiche e socio-ecologiche simili condivise con la Cina sud-occidentale. La diversità della fauna selvatica (in particolare nella Cina meridionale e nel sud-est asiatico , dove la diversità dei pipistrelli raggiunge il picco di oltre 100 specie), associata all'ampia circolazione di coronavirus, specialmente nella Repubblica Democratica del Laos, e al loro potenziale evolutivo e zoonotico, indicano che ci si possono aspettare emergenze (passate o future) in Laos. Inoltre, dato il massiccio movimento di popolazione tra Laos e Cina, si prevedeva una significativa diffusione del COVID-19 dalla Cina al Laos. Per rispondere a queste due domande principali, i ricercatori formulano le seguenti ipotesi di lavoro da affrontare in questo progetto.

   Ipotesi 1: COVID-19 potrebbe diffondersi in modo massiccio alla popolazione del Laos nel prossimo futuro attraverso l'arrivo nel paese di individui infetti.

   Ipotesi 2: SARS-CoV-2 circolava già in Laos prima della comparsa dell'epidemia di COVID-19 in Cina.

   Ipotesi 3: SARS-CoV-2 potrebbe saltare dalla fauna selvatica ed emergere nella popolazione umana laotiana in futuro Ipotesi 4: alcuni virus genetici strettamente correlati (virus simili a SARS-CoV-2) sono già circolati in Laos.

2. OBIETTIVI

   L'obiettivo generale del progetto è chiarire la storia naturale di COVID-19 studiando la circolazione del virus in Laos seguendo un approccio ONE-HEALTH prima (approccio retrospettivo) e dopo (approccio prospettico) la comparsa iniziale dell'epidemia in Cina.

   In particolare, gli investigatori indagheranno sulla progressione dell'epidemia e sui motivi alla base del numero relativamente basso di pazienti positivi al COVID-19 osservati fino ad oggi nel paese, nonostante condividano caratteristiche biogeografiche e socio-ecologiche e transfrontaliere con la Cina sud-occidentale .

   Sotto questa voce generale, gli obiettivi secondari sono:

   Negli umani:

   Determinare la circolazione del COVID-19 all'interno della coorte prima della comparsa dei primi casi positivi nel dicembre 2019 a Wuhan, in Cina. Determinare la progressione del COVID-19, nell'arco di un anno dall'inizio del progetto. 2 infezioni asintomatiche Per valutare la circolazione pregressa di SARS-CoV-2

   Negli animali:

   Indagare sulla trasmissione di SARS-CoV-2 agli animali domestici e agli animali domestici

3. METODOLOGIA

   Negli umani:

   Il progetto sarà condotto all'interno di una coorte basata sulla comunità di 1092 famiglie, inclusi 5400 partecipanti allo studio, seguiti tra marzo 2015 e febbraio 2019 per l'indagine sulla malattia simil-influenzale e il rilevamento degli agenti causali (progetto LACORIS, Respiratory Infectious Disease between Cohorts in Vientiane Capital, Laos), situata nell'area metropolitana di Vientiane in Laos (riferimento 1 e rapporti interni).

   • Approccio retrospettivo: determinare la circolazione di COVID-19 all'interno della coorte prima della comparsa dei primi casi positivi nel dicembre 2019 a Wuhan, in Cina, mediante rilevamento retrospettivo dell'RNA SARS-CoV-2 in campioni raccolti da una coorte di 1092 famiglie, incluso lo studio 5400 partecipanti, seguiti tra marzo 2015 e febbraio 2019 (progetto LACORIS) (1 e rapporti interni).
   • Approccio prospettico: determinare la progressione di COVID-19, per un periodo di un anno dall'inizio del progetto, mediante il rilevamento dell'RNA SARS-CoV-2 in individui che esprimono una malattia simil-influenzale.
   • Per questo, la velocità e il contesto di trasmissione intrafamiliare e intracomunitaria saranno valutati mediante il rilevamento dell'RNA SARS-CoV-2 nei contatti di casi positivi di COVID-19 rilevati durante la fase prospettica del progetto.
   • Valutare la circolazione passata di SARS-CoV-2 esaminando anticorpi specifici dai tamponi di saliva in un gruppo randomizzato dello studio di coorte.

   Negli animali:

   - Indagare sulla trasmissione di SARS-CoV-2 agli animali domestici e agli animali domestici mediante rilevamento dell'RNA in animali che vivono con o vicino a casi positivi rilevati durante la fase prospettica del progetto.

4. SITI DI STUDIO E POPOLAZIONE

   Lo studio riguarderà 1092 famiglie, inclusi 5400 partecipanti allo studio che vivono in 25 villaggi all'interno dei confini amministrativi dell'area metropolitana di Vientiane. Una famiglia è stata definita come un gruppo di individui che vivono nello stesso appezzamento di terreno (una o più case) o nello stesso edificio (appartamento) e condividono i pasti Tutti i co-ricercatori dello studio saranno formati prima dell'inizio e durante lo studio su gli aspetti specifici dello studio.

5. DIAGRAMMA DI FLUSSO DELLA RICERCA

5.1 Diagramma di flusso del partecipante con sintomi ILI

Tutti i membri della famiglia che convivono da più di 6 mesi con individui positivi a SARS-CoV-2 avranno un esame non invasivo per il rilevamento di SARS-CoV-2 (nasale, gola, tampone, saliva) e un questionario.

Partecipazione allo studio

Informazioni: a tutti i partecipanti verrà consegnato un modulo informativo scritto per partecipare alla ricerca. Questo modulo fornirà informazioni sulla portata e l'intento dello studio, nonché gli obblighi dei ricercatori dello studio e le aspettative dei membri della coorte.

Raccolta del consenso: prima dell'inizio dello studio, sarà programmato un appuntamento con il team di sorveglianza investigativa presso la famiglia per spiegare i dettagli del progetto. Questi dettagli includono il prelievo di campioni di tampone respiratorio in caso di malattia simil-influenzale per il paziente e i familiari. Il team consegnerà il modulo informativo e raccoglierà il modulo di consenso scritto da ciascun componente della famiglia disponibile, precedentemente firmato da tre persone (Intervistatore, genitore o tutore, testimone/familiare)

Partecipazione alla coorte:

Lo studio del progetto si estenderà per un periodo di un anno e inizierà non appena sarà ottenuta l'autorizzazione etica. Le famiglie saranno selezionate dai registri delle famiglie e saranno iscritte alla coorte tramite campionamento porta a porta, secondo il database già istituito presso il CILM. Per nucleo familiare si intende un gruppo di individui che vivono nello stesso appezzamento di terreno (una o più case) o nello stesso edificio (appartamento) e condividono i pasti. Nell'arco di un anno, la ricerca attiva di casi di malattia simil-influenzale (ILI) sarà condotta all'interno della coorte tramite telefonate settimanali (N=500) a ciascuna famiglia da parte del personale del CILM. Per aumentare la probabilità di identificazione del patogeno, i partecipanti allo studio saranno incoraggiati a segnalare autonomamente l'insorgenza dei sintomi per consentire la raccolta precoce dei campioni. Non appena un caso soddisfa i criteri ILI-OMS, nello stesso giorno verrà organizzata una visita gratuita da parte del personale sanitario addestrato sul campo (la squadra di sorveglianza investigativa) per intervistare e verificare i criteri di ammissibilità della malattia, per completare un caso questionario di indagine, dove verranno raccolti dettagli sulla sintomatologia.

Risultati della diagnosi e follow-up dell'ILI:

I risultati delle analisi COVID 19 (positivi o negativi) saranno trasmessi al NCLE (Centro Nazionale di Laboratorio ed Epidemiologia).

Se l'esito è positivo al COVID19, il NCLE lo trasmette al "Task Force Nazionale per la prevenzione, il controllo e la risposta alla pandemia da COVID-19". Il paziente positivo al COVID-19 sarà preso in carico da questo Comitato nazionale e seguito secondo le procedure ufficiali.

Secondo le raccomandazioni del Comitato, tutti i membri della famiglia che vivono con il paziente COVID-19 saranno campionati per cercare infezioni asintomatiche. In tutti gli altri casi (rilevamento di un altro virus respiratorio o esito negativo), l'esito sarà restituito in loco, in forma scritta, direttamente al partecipante (adulto o ragazzi tra i 12 e i 18 anni) o al genitore o tutore ( bambini sotto i 12 anni o adulti con disturbi psichiatrici) dall'intervistatore. I partecipanti saranno indirizzati ai medici o alle strutture sanitarie locali per essere curati. Ci sono quattro ospedali generali a Vientiane e diverse strutture sanitarie locali in ciascuno dei 25 villaggi inclusi nel nostro studio. Quando un paziente svilupperà ILI, il medico del nostro team lo consiglierà sulle eventuali cure da intraprendere, sulle misure preventive da adottare per evitare la contaminazione di altri membri della sua famiglia e lo indirizzerà alla struttura sanitaria più vicina. Tranne in casi eccezionali, nel progetto non è raccomandato alcun supporto logistico (trasporto) o medico.

I pazienti o la loro famiglia saranno assistiti 60 giorni dopo per determinare lo stato di salute generale, compreso il ricovero in ospedale o il decesso.

5.2 Fine della ricerca

Al termine dello studio, verrà comunicato ad ogni famiglia un rapporto finale ei risultati saranno illustrati dall'intervistatore.

Ogni settimana, il capofamiglia verrà contattato telefonicamente per chiedere se un membro della sua famiglia ha sviluppato segni di malattia. Se non ci sono notizie di un partecipante per 3 settimane consecutive, un investigatore si recherà sul posto per condurre indagini più precise.

5.3 Questionari

Nel complesso, lo studio include due tipi di questionari:

Un questionario di iscrizione familiare, compresi i dettagli sociodemografici. Domande del censimento poste al momento dell'iscrizione per costruire un database dei villaggi partecipanti ai fini delle visite settimanali a domicilio, indagini sulle malattie e indagini di follow-up. Tale questionario verrà compilato dall'intervistatore per ciascun nucleo familiare, al momento dell'arruolamento, quando verrà consegnata la scheda informativa e ottenuta la firma del consenso informato.

Un questionario di indagine sulla malattia, compresi i dettagli della malattia ILI. Le domande poste forniranno informazioni sulla persona che riferisce la malattia e includeranno osservazioni cliniche di base e altre informazioni rilevanti per comprendere l'origine della malattia. Questo questionario sarà compilato dall'intervistatore al momento della raccolta del campione.

I campioni da raccogliere utilizzando i protocolli standard includono:

• Tamponi delle vie respiratorie superiori (saliva, faringe e tamponi nasali): i campioni saranno raccolti su terreno di trasporto secondo le raccomandazioni del "National Taskforce Committee for prevention, control and response COVID-19 pandemic". Ogni campione verrà raccolto da personale sul campo addestrato utilizzando tamponi di nylon sterili con aste di plastica e inserito nel crioviale sterile contenente il terreno di trasporto universale (UTM).
• I campioni saranno collocati e trasportati in refrigeratori refrigerati al CILM per il test.
• Il numero di identificazione del paziente (vedi sotto) sarà collegato da un database relazionale e da etichette prestampate poste sul questionario e su qualsiasi campione raccolto
• Saranno eseguite qPCR specifiche per SARS-CoV2 (targeting sui geni RdRp, N ed E) e Pan-coronavirus mirate a RdRp su RNA estratto da tamponi nasali retrospettivi e prospettici, tamponi faringei e campioni di espettorato. Le analisi saranno effettuate presso il CILM (Vientiane, Laos). Ogni campione positivo sarà sequenziato e confrontato con le sequenze di riferimento.
• I test IgG specifici saranno eseguiti mediante tecnologie luminex ed ELISA da tamponi di saliva.
• Dopo il test, i campioni saranno conservati a -80°C presso CILM fino a ulteriori analisi su richiesta per almeno 15 anni. I campioni potrebbero essere distrutti dopo almeno 15 anni su richiesta delle autorità del Laos e del responsabile del personale del CILM.
• Su richiesta dei ricercatori coordinatori dello studio (Phimpha Paboriboune ed Eric Leroy) e accordo del comitato scientifico, i materiali genetici dei campioni positivi saranno inviati a MIVEGEC UMR IRD 224-CNRS 5290-Université de Montpellier - IRD (911, avenue Agropolis , 34394 Montpellier Francia) per ulteriori analisi che non possono essere eseguite al CILM o per il sequenziamento dell'intero genoma.