Dochodzenie epidemiologiczne w sprawie COVID-19 w Laosie przy użyciu podejścia „jednego zdrowia” u ludzi i zwierząt (LACOVISS)

1. WSTĘP

   Projekt ten opiera się głównie na dwóch głównych kwestiach, które pozostają nierozwiązane. Pierwszym z nich jest źródło wybuchu epidemii i wydarzenia, które doprowadziły do ​​przeniesienia SARS-CoV-2 na ludzi. Drugi to uderzająca sytuacja epidemiologiczna w Laosie, w którym zaobserwowano zaledwie kilka przypadków pomimo podobnych cech biogeograficznych i społeczno-ekologicznych wspólnych z południowo-zachodnimi Chinami.Różnorodność dzikiej fauny (zwłaszcza w południowych Chinach i południowo-wschodniej Azji , gdzie różnorodność nietoperzy sięga ponad 100 gatunków), związanych z szerokim obiegiem koronawirusów, zwłaszcza w Laosie PDR, oraz ich potencjałem ewolucyjnym i odzwierzęcym, wskazują, że można spodziewać się (przeszłego lub przyszłego) pojawienia się w Laosie. Ponadto, biorąc pod uwagę masowe przemieszczanie się ludności między Laosem a Chinami, spodziewano się znacznego rozprzestrzenienia COVID-19 z Chin do Laosu. Aby odpowiedzieć na te dwa główne pytania, badacze formułują następujące hipotezy robocze, które mają zostać uwzględnione w tym projekcie.

   Założenie 1: COVID-19 może masowo rozprzestrzenić się na ludność Laosu w najbliższej przyszłości poprzez przybycie do kraju zakażonych osób.

   Założenie 2: SARS-CoV-2 krążył już w Laosie przed wybuchem epidemii COVID-19 w Chinach.

   Założenie 3: SARS-CoV-2 może przeskoczyć z dzikich zwierząt i pojawić się w populacji ludzkiej Laosu w przyszłości Założenie 4: Niektóre genetycznie blisko spokrewnione wirusy (wirusy podobne do SARS-CoV-2) już krążyły w Laosie.

2. CELE

   Ogólnym celem projektu jest wyjaśnienie naturalnej historii COVID-19 poprzez zbadanie krążenia wirusa w Lao PDR zgodnie z podejściem ONE-HEALTH przed (podejście retrospektywne) i po (podejście prospektywne) początkowym pojawieniu się ogniska w Chiny.

   W szczególności badacze zbadają postęp epidemii i przyczyny stosunkowo niskiej liczby pacjentów z pozytywnym wynikiem na COVID-19 obserwowanych do tej pory w kraju, pomimo wspólnych cech biogeograficznych i społeczno-ekologicznych oraz transgraniczności z południowo-zachodnimi Chinami .

   Pod tym ogólnym nagłówkiem cele drugorzędne to:

   W ludziach:

   Określenie krążenia COVID-19 w kohorcie przed pojawieniem się pierwszych pozytywnych przypadków w grudniu 2019 r. w Wuhan w Chinach Określenie progresji COVID-19 w okresie jednego roku od rozpoczęcia projektu Ocena SARS-CoV- 2 bezobjawowe infekcje W celu oceny przeszłego krążenia SARS-CoV-2

   U zwierząt:

   Aby zbadać przenoszenie SARS-CoV-2 na zwierzęta domowe i domowe

3. METODOLOGIA

   W ludziach:

   Projekt zostanie przeprowadzony w lokalnej kohorcie 1092 gospodarstw domowych, w tym 5400 uczestników badania, w okresie od marca 2015 r. do lutego 2019 r. w celu zbadania choroby grypopodobnej i wykrycia czynników sprawczych (projekt LACORIS, choroba zakaźna układu oddechowego wśród kohort w Vientiane Capital, Lao PDR), zlokalizowane w obszarze metropolitalnym Vientiane w Lao PDR (referencja 1 i raporty wewnętrzne).

   • Podejście retrospektywne: określenie krążenia COVID-19 w kohorcie przed pojawieniem się pierwszych pozytywnych przypadków w grudniu 2019 r. w Wuhan w Chinach, poprzez retrospektywne wykrycie RNA SARS-CoV-2 w próbkach pobranych z kohorty 1092 gospodarstw domowych, w tym 5400 badań uczestników, obserwowanych od marca 2015 r. do lutego 2019 r. (projekt LACORIS) (1 i raporty wewnętrzne).
   • Podejście prospektywne: Określenie progresji COVID-19 w okresie jednego roku od rozpoczęcia projektu poprzez wykrycie RNA SARS-CoV-2 u osób wykazujących objawy grypopodobne.
   • W tym celu szybkość i kontekst transmisji wewnątrzrodzinnej i wewnątrzwspólnotowej zostaną ocenione przez wykrycie RNA SARS-CoV-2 w kontaktach z przypadkami pozytywnymi na COVID-19 wykrytymi podczas prospektywnej fazy projektu.
   • Ocena przeszłego krążenia SARS-CoV-2 poprzez badanie przesiewowe swoistych przeciwciał z wymazów ze śliny w randomizowanej grupie badania kohortowego.

   U zwierząt:

   - Zbadanie przenoszenia SARS-CoV-2 na zwierzęta domowe i domowe poprzez wykrywanie RNA u zwierząt żyjących z lub prawie pozytywnymi przypadkami wykrytymi podczas prospektywnej fazy projektu.

4. MIEJSCA BADANIA I LUDNOŚĆ

   Badaniem zostaną objęte 1092 gospodarstwa domowe, w tym 5400 uczestników badania mieszkających w 25 wioskach w granicach administracyjnych obszaru metropolitalnego Vientiane. Gospodarstwo domowe zostało zdefiniowane jako grupa osób mieszkających na tej samej działce (jeden lub więcej domów) lub w tym samym budynku (mieszkaniu) i wspólnie spożywających posiłki Wszyscy współbadacze zostaną przeszkoleni przed rozpoczęciem i w trakcie badania na temat specyficzne aspekty badania.

5. SCHEMAT BADAŃ

5.1 Schemat postępowania uczestnika z objawami ILI

Wszyscy członkowie rodziny powyżej 6 miesięcy żyjący z osobami SARS-CoV-2 pozytywnymi zostaną poddani nieinwazyjnemu badaniu w celu wykrycia SARS-CoV-2 (nos, gardło, wymaz, ślina) oraz kwestionariuszowi.

Udział w badaniu

Informacja: Wszyscy uczestnicy otrzymają pisemny formularz informacyjny dotyczący udziału w badaniu. Ten formularz dostarczy informacji na temat zakresu i celu badania, a także obowiązków badaczy badania i oczekiwań członków kohorty.

Zebranie zgody: Przed rozpoczęciem badania zostanie zaplanowane spotkanie z zespołem nadzoru śledczego w gospodarstwie domowym w celu wyjaśnienia szczegółów projektu. Te szczegóły obejmują pobieranie wymazów z dróg oddechowych w przypadku choroby grypopodobnej od pacjenta i członków rodziny. Zespół przekaże formularz informacyjny i odbierze pisemną zgodę od każdego chętnego domownika, podpisaną wcześniej przez trzy osoby (przesłuchujący, rodzic lub opiekun, świadek/członek rodziny)

Udział w kohorcie:

Badanie projektu potrwa rok i rozpocznie się, gdy tylko zostanie uzyskana zgoda etyczna. Gospodarstwa domowe zostaną wybrane z rejestrów gospodarstw domowych i zostaną włączone do kohorty poprzez dobór próby „od drzwi do drzwi”, zgodnie z bazą danych utworzoną już w CILM. Gospodarstwo domowe definiuje się jako grupę osób mieszkających na tej samej działce (jeden lub więcej domów) lub w tym samym budynku (mieszkaniu) i wspólnie spożywających posiłki. Przez rok aktywne wykrywanie przypadków choroby grypopodobnej (ILI) będzie prowadzone wśród kohorty poprzez cotygodniowe rozmowy telefoniczne (N=500) z każdym gospodarstwem domowym przez personel CILM. Aby zwiększyć prawdopodobieństwo identyfikacji patogenu, uczestnicy badania będą zachęcani do samodzielnego zgłaszania występowania objawów, aby umożliwić wczesne pobranie próbek. Jak tylko przypadek spełni kryteria ILI-WHO, tego samego dnia przeszkolony w terenie personel medyczny (zespół nadzoru dochodzeniowego) zorganizuje bezpłatną wizytę w celu przeprowadzenia wywiadu i weryfikacji kryteriów kwalifikowalności choroby, zakończenia choroby kwestionariusz badawczy, w którym zostaną zebrane szczegółowe informacje na temat symptomatologii.

Wyniki diagnozy i obserwacja ILI:

Wyniki analizy COVID 19 (pozytywne lub negatywne) zostaną przekazane do NCLE (National Center for Laboratory and Epidemiology).

Jeśli wynik jest pozytywny na COVID-19, NCLE prześle go do „Krajowego Komitetu Zespołu ds. Zapobiegania, Kontroli i Reagowania na Pandemię COVID-19”. Pacjent z pozytywnym wynikiem na COVID-19 zostanie objęty opieką tego Komitetu Narodowego i będzie monitorowany zgodnie z oficjalnymi procedurami.

Zgodnie z zaleceniami Komitetu, wszyscy członkowie rodziny mieszkający z pacjentem z COVID-19 zostaną pobrani w celu wykrycia bezobjawowych infekcji. We wszystkich innych przypadkach (wykrycie innego wirusa układu oddechowego lub wynik negatywny) wynik zostanie zwrócony na miejscu, w formie pisemnej, bezpośrednio uczestnikowi (dorosłemu lub dzieciom w wieku od 12 do 18 lat) lub rodzicowi lub opiekunowi ( dzieci poniżej 12 roku życia lub dorosłych z zaburzeniami psychicznymi) przez ankietera. Uczestnicy zostaną skierowani do lekarzy lub do lokalnych struktur opieki zdrowotnej w celu leczenia. W Vientiane są cztery szpitale ogólne i kilka lokalnych struktur opieki zdrowotnej w każdej z 25 wiosek objętych naszym badaniem. Gdy u pacjenta rozwinie się ILI, lekarz z naszego zespołu doradzi mu, jakie leczenie należy podjąć, jakie środki zapobiegawcze należy podjąć, aby uniknąć zakażenia innych członków jego rodziny i skieruje go do najbliższej placówki służby zdrowia. Poza wyjątkowymi przypadkami, w projekcie nie zaleca się wsparcia logistycznego (transportowego) ani medycznego.

Pacjenci lub ich rodziny zostaną poddani badaniu 60 dni później w celu określenia ogólnego stanu zdrowia, w tym hospitalizacji lub zgonu.

5.2 Koniec badań

Na koniec badania każdemu gospodarstwu domowemu zostanie przekazany raport końcowy, a ankieter wyjaśni wyniki.

Co tydzień głowa rodziny będzie kontaktować się telefonicznie z pytaniem, czy któryś z członków jego rodziny ma objawy choroby. Jeśli przez 3 kolejne tygodnie nie będzie żadnych wiadomości od uczestnika, na miejscu pojawi się śledczy, który przeprowadzi dokładniejsze śledztwo.

5.3 Kwestionariusze

Ogólnie rzecz biorąc, badanie obejmuje dwa rodzaje kwestionariuszy:

Kwestionariusz rejestracji gospodarstwa domowego, w tym dane socjodemograficzne. Pytania spisu zadawane podczas rejestracji w celu zbudowania bazy danych uczestniczących wiosek do celów cotygodniowych wizyt domowych, badania chorób i dalszych badań. Kwestionariusz ten będzie wypełniany przez ankietera dla każdego gospodarstwa domowego w momencie rejestracji, kiedy zostanie wręczony formularz informacyjny i uzyskany zostanie podpis świadomej zgody.

Kwestionariusz badania choroby, w tym szczegóły choroby ILI. Zadawane pytania będą zawierały informacje o osobie zgłaszającej się z chorobą oraz podstawowe obserwacje kliniczne i inne informacje istotne dla zrozumienia źródła choroby. Kwestionariusz ten zostanie wypełniony przez ankietera w momencie pobierania próby.

Próbki do pobrania przy użyciu standardowych protokołów obejmują:

• Wymazy z górnych dróg oddechowych (ślina, gardło i nos): próbki będą pobierane na podłożu transportowym zgodnie z zaleceniami „Krajowego Komitetu Zespołu ds. Zapobiegania, Kontroli i Reagowania na Pandemię COVID-19”. Każda próbka zostanie pobrana przez przeszkolony personel terenowy przy użyciu sterylnych wacików nylonowych z plastikowymi trzonkami i umieszczona w sterylnej kriofiolce zawierającej uniwersalny nośnik transportowy (UTM).
• Próbki zostaną umieszczone i przetransportowane w chłodniach do CILM w celu przetestowania.
• Numer identyfikacyjny pacjenta (patrz poniżej) zostanie powiązany z relacyjną bazą danych i wstępnie wydrukowanymi etykietami umieszczonymi na kwestionariuszu i na każdej pobranej próbce
• Specyficzny qPCR dla SARS-CoV2 (nakierowany na geny RdRp, N i E), jak również pan-koronawirus nakierowany na RdRp zostanie przeprowadzony na RNA wyekstrahowanym z retrospektywnych i prospektywnych wymazów z nosa, wymazów z gardła i próbek plwociny. Analizy zostaną przeprowadzone w CILM (Wientian, Laos). Każda próbka dodatnia zostanie zsekwencjonowana i porównana z sekwencjami referencyjnymi.
• Testy na swoiste IgG zostaną wykonane technologiami luminex i ELISA z wymazów ze śliny.
• Po badaniu próbki będą przechowywane w temperaturze -80°C w CILM do czasu dalszej analizy na żądanie przez co najmniej 15 lat. Próbki mogły zostać zniszczone po co najmniej 15 latach na żądanie władz Laosu PDR i kierownika sztabu CILM.
• Na prośbę badaczy koordynujących badanie (Phimpha Paboriboune i Eric Leroy) oraz za zgodą komitetu naukowego, materiały genetyczne z próbek pozytywnych zostaną przesłane do MIVEGEC UMR IRD 224-CNRS 5290-Université de Montpellier - IRD (911, avenue Agropolis , 34394 Montpellier Francja) do dalszych analiz, których nie można przeprowadzić w CILM lub do sekwencjonowania całego genomu.