A COVID-19 epidemiológiai vizsgálata Laoszban, az emberek és az állatok egészségének egységes megközelítésével (LACOVISS)

1. BEVEZETÉS

   Ez a projekt főként két fő kérdésen alapul, amelyek továbbra is megválaszolatlanok. Az első a járvány eredete és azok az események, amelyek a SARS-CoV-2 emberre történő átviteléhez vezettek. A második a feltűnő laoszi járványügyi helyzet, amelyben csak néhány esetet figyeltek meg a Délnyugat-Kínára jellemző hasonló biogeográfiai és társadalmi-ökológiai jellemzők ellenére. A vadon élő állatok sokfélesége (különösen Dél-Kínában és Délkelet-Ázsiában) , ahol a denevérek diverzitása eléri a 100 fajt, a koronavírusok széles körben terjedésével, különösen a Laosz PDR-ben, valamint evolúciós és zoonózisos potenciáljával összefüggésben azt jelzik, hogy Laoszban (múltbeli vagy jövőbeli) megjelenések várhatók. Ezenkívül, tekintettel a Laosz és Kína közötti hatalmas népességmozgásra, a COVID-19 jelentős terjedése Kínából Laoszba várható. Ennek a két fő kérdésnek a megválaszolása érdekében a kutatók a következő munkahipotéziseket fogalmazzák meg, amelyekkel ebben a projektben foglalkozni kell.

   1. Feltevés: A COVID-19 tömegesen terjedhet a laosz lakosságra a közeljövőben a fertőzött egyének országba érkezésével.

   2. feltételezés: A SARS-CoV-2 már a COVID-19 kínai kitörése előtt keringett Laoszban.

   3. feltevés: A SARS-CoV-2 kiugorhat a vadon élő állatokból, és a jövőben megjelenhet a laoszi emberi populációban 4. feltevés: Néhány genetikailag közeli rokon vírus (SARS-CoV-2-szerű vírusok) már keringett Laoszban.

2. CÉLKITŰZÉSEK

   A projekt általános célja a COVID-19 természetrajzának tisztázása a vírus keringésének vizsgálatával Laoszi PDR-ben egy ONE-HEALTH megközelítést követve a járvány kezdeti megjelenése előtt (retrospektív megközelítés) és után (prospektív megközelítés). Kína.

   A nyomozók különösen a járvány előrehaladását és a COVID-19-pozitív betegek viszonylag alacsony számának okait fogják vizsgálni az országban, annak ellenére, hogy közös biogeográfiai és társadalmi-ökológiai jellemzőik vannak, és határokon átnyúló Délnyugat-Kínával. .

   Ezen általános cím alatt a másodlagos célok a következők:

   Emberben:

   A COVID-19 cirkulációjának meghatározása a kohorszon belül az első pozitív esetek megjelenése előtt 2019 decemberében a kínai Wuhanban A COVID-19 progressziójának meghatározása a projekt kezdetétől számított egy éves időszakban A SARS-CoV-értékelés 2 tünetmentes fertőzés Múltbeli SARS-CoV-2 keringés felmérésére

   Állatoknál:

   A SARS-CoV-2 átvitelének vizsgálata háziállatokra és háziállatokra

3. MÓDSZERTAN

   Emberben:

   A projektet 1092 háztartásból, köztük 5400 vizsgálati résztvevőből álló, közösségi alapú kohorszban hajtják végre, majd 2015 márciusa és 2019 februárja között nyomon követik az influenzaszerű betegségek kivizsgálását és a kórokozók kimutatását (LACORIS projekt, Respiratory Infectious Disease among Cohorts in Vientiane Capital, Lao PDR), a Lao PDR Vientiane nagyvárosi területén található (1. hivatkozás és belső jelentések).

   • Retrospektív megközelítés: A COVID-19 cirkulációjának meghatározása a kohorson belül az első pozitív esetek megjelenése előtt 2019 decemberében a kínai Wuhanban, retrospektív SARS-CoV-2 RNS kimutatással 1092 háztartásból gyűjtött mintákból, köztük 5400 vizsgálatból. résztvevők, nyomon követés 2015 márciusa és 2019 februárja között (LACORIS projekt) (1 és belső jelentések).
   • Prospektív megközelítés: A COVID-19 progressziójának meghatározása a projekt kezdetétől számított egy éven belül SARS-CoV-2 RNS kimutatásával influenzaszerű betegségben szenvedő egyénekben.
   • Ehhez a családon belüli és a közösségen belüli átviteli sebességet és kontextust a SARS-CoV-2 RNS kimutatásával értékelik a projekt leendő szakaszában észlelt COVID-19 pozitív esetek kontaktusaiban.
   • A korábbi SARS-CoV-2 keringés felmérése a nyáltamponokból származó specifikus antitestek szűrésével a kohorszvizsgálat egy randomizált csoportjában.

   Állatoknál:

   - A SARS-CoV-2 átvitelének vizsgálata kedvtelésből tartott állatokra és háziállatokra RNS-detektálás útján olyan állatokban, akiknél a projekt prospektív szakaszában észleltek pozitív eseteket vagy azok közelében.

4. TANULMÁNYI HELYSZÍNEK ÉS NÉPESSÉG

   A tanulmány 1092 háztartásra terjed ki, köztük 5400 vizsgálati résztvevőre, akik 25 faluban élnek a Vientiane nagyvárosi terület közigazgatási határain belül. A háztartást úgy határozták meg, mint egy egyének csoportja, akik ugyanazon a telken (egy vagy több házban) vagy ugyanabban az épületben (lakásban) élnek, és megosztják étkezéseiket. a vizsgálat konkrét szempontjai.

5. A KUTATÁS FOLYAMATÁBRA

5.1 Az ILI-tünetekkel küzdő résztvevő folyamatábrája

Minden 6 hónapnál idősebb SARS-CoV-2 pozitív egyeddel élő családtag non-invazív vizsgálaton vesz részt a SARS-CoV-2 kimutatására (orr, torok, tampon, nyál) és egy kérdőívet.

Részvétel a vizsgálatban

Tájékoztatás: Minden résztvevő írásos adatlapot kap a kutatásban való részvételhez. Ez az űrlap tájékoztatást ad a vizsgálat hatóköréről és szándékáról, valamint a vizsgálatot végzők kötelezettségeiről és a kohorsz tagjaival szemben támasztott elvárásokról.

Hozzájárulás begyűjtése: A vizsgálat megkezdése előtt időpontot egyeztetnek a háztartásban dolgozó nyomozó felügyeleti csoporttal, hogy elmagyarázzák a projekt részleteit. Ezek közé tartozik a légúti tampon mintavétele influenzaszerű betegség esetén a beteg és családtagjai számára. A csapat leadja az adatlapot, és minden hajlandó háztartástagtól begyűjti az írásos beleegyező nyilatkozatot, amelyet előzetesen három személy (kérdező, szülő vagy gyám, tanú/családtag) írt alá.

Kohorsz részvétel:

A projekttanulmány egy éves időszakra fog nyúlni, és az etikai engedély megszerzése után azonnal megkezdődik. A CILM-nél már felállított adatbázis szerint a háztartásokat a háztartási nyilvántartásokból választják ki, és háztól-házig mintavétellel kerülnek be a kohorszba. Háztartásnak minősül az ugyanazon a telken (egy vagy több házban) vagy ugyanabban az épületben (lakásban) élő egyének csoportja, akik közösen étkeznek. Egy éven keresztül az influenzaszerű betegség (ILI) aktív esetek feltárása a kohorsz között hetente telefonál (N=500) minden háztartásba a CILM munkatársai által. A kórokozó azonosításának valószínűségének növelése érdekében a vizsgálat résztvevőit arra ösztönzik, hogy maguk jelentsék be a tünetek előfordulását, hogy lehetővé tegyék a korai mintagyűjtést. Amint egy eset megfelel az ILI-WHO kritériumoknak, ugyanazon a napon ingyenes látogatást szerveznek a helyszínen kiképzett egészségügyi személyzet (a vizsgálati felügyeleti csoport), hogy interjút készítsenek és ellenőrizzék a betegség alkalmassági feltételeit, és befejezzék a betegséget. vizsgálati kérdőív, ahol a tünetekkel kapcsolatos részleteket gyűjtenek össze.

A diagnózis eredményei és az ILI nyomon követése:

A COVID 19 elemzés eredményeit (pozitív vagy negatív) továbbítják az NCLE-nek (Nemzeti Laboratóriumi és Epidemiológiai Központ).

Ha az eredmény COVID19 pozitív, az NCLE elküldi azt a „COVID-19 pandémia megelőzésével, ellenőrzésével és reagálásával foglalkozó nemzeti munkacsoporthoz”. A COVID-19 pozitív betegről ez a nemzeti bizottság gondoskodik, és a hivatalos eljárásoknak megfelelően nyomon követi.

A bizottság ajánlása szerint a COVID-19-beteggel élő család minden tagjától mintát vesznek a tünetmentes fertőzések felderítése érdekében. Minden egyéb esetben (más légúti vírus kimutatása vagy negatív eredmény) az eredményt a helyszínen, írásban visszaküldjük közvetlenül a résztvevőnek (felnőttnek vagy 12-18 év közötti gyermekeknek) vagy a szülőnek vagy a gyámnak ( 12 év alatti gyermekek vagy pszichiátriai zavarokkal küzdő felnőttek) a kérdező. A résztvevőket orvosokhoz vagy a helyi egészségügyi intézményekhez irányítják kezelésre. Négy általános kórház működik Vientiane-ben, és több helyi egészségügyi struktúra működik mind a 25, a vizsgálatunkban szereplő faluban. Amikor egy betegnél ILI alakul ki, csapatunk orvosa tanácsot ad neki az esetleges kezelésekről, a megelőző intézkedésekről, hogy elkerülje családtagjainak fertőzését, és a legközelebbi egészségügyi intézményhez irányítja. A projektben – kivételes esetek kivételével – logisztikai (szállítási) vagy egészségügyi támogatás nem javasolt.

A betegeket vagy családtagjaikat 60 nappal később megvizsgálják az általános egészségi állapot megállapítása érdekében, beleértve a kórházi kezelést vagy a halálesetet is.

5.2 A kutatás vége

A vizsgálat végén minden háztartásban zárójelentést küldenek, és az eredményeket a kérdező ismerteti.

Minden héten telefonon felkeresik a családfőt, hogy megkérdezzék, nem jelentkeztek-e valamelyik családtagján betegségre utaló jelek. Ha egy résztvevőtől 3 egymást követő héten nem érkezik hír, egy nyomozó a helyszínre megy, hogy pontosabb vizsgálatokat végezzen.

5.3 Kérdőívek

Összességében a tanulmány kétféle kérdőívet tartalmaz:

Egy háztartási beiratkozási kérdőív, amely tartalmazza a szociodemográfiai adatokat. A beiratkozáskor feltett népszámlálási kérdések a résztvevő falvak adatbázisának felépítéséhez heti otthoni látogatások, betegségek kivizsgálása és nyomon követése céljából. Ezt a kérdőívet háztartásonként tölti ki a kérdező, a beiratkozáskor, amikor a tájékoztatót leadják és a beleegyezés aláírását megkapják.

Betegségvizsgálati kérdőív, amely tartalmazza az ILI-betegség részleteit. A feltett kérdések információt nyújtanak a betegséget bejelentő személyről, és tartalmazzák az alapvető klinikai megfigyeléseket és a betegség forrásának megértéséhez szükséges egyéb információkat. Ezt a kérdőívet a kérdezőbiztos tölti ki a mintavételkor.

A szabványos protokollokkal gyűjtendő minták a következők:

• Felső légúti tamponok (nyál-, torok- és orrtamponok): a mintákat a szállítóközegre gyűjtik a „COVID-19 pandémia megelőzésével, ellenőrzésével és reagálásával foglalkozó nemzeti munkacsoport” ajánlásai szerint. Minden mintát képzett helyszíni személyzet fog begyűjteni steril nylon pálcikákkal, műanyag nyéllel, és be kell helyezni az univerzális szállítóközeget (UTM) tartalmazó steril krióviába.
• A mintákat hűtött hűtőkben helyezik el és szállítják a CILM-be tesztelés céljából.
• A betegazonosító számot (lásd alább) egy relációs adatbázis és a kérdőíven és a begyűjtött mintákon elhelyezett előre nyomtatott címkék kapcsolják össze.
• A SARS-CoV2 (az RdRp, N és E géneket célzó), valamint a Pan-coronavirus RdRp-t célzó qPCR-t retrospektív és prospektív orr-, toroktampon- és köpetmintákból kinyert RNS-en hajtják végre. Az elemzéseket a CILM-nél (Vientiane, Laosz) végzik majd. Minden pozitív mintát szekvenálnak, és összehasonlítanak a referenciaszekvenciákkal.
• A specifikus IgG-tesztet luminex és ELISA technológiákkal végzik nyáltamponokból.
• A tesztelést követően a mintákat -80°C-on CILM-en tárolják további elemzésig, kérésre legalább 15 évig. A minták legalább 15 év elteltével megsemmisíthetők Laoszi PDR hatóságainak és a CILM személyzeti vezetőjének kérésére.
• A vizsgálatot koordináló kutatók (Phimpha Paboriboune és Eric Leroy) kérésére és a tudományos bizottság beleegyezésével a pozitív mintákból származó genetikai anyagokat elküldik a MIVEGEC UMR IRD 224-CNRS 5290-Université de Montpellier - IRD (911, avenue Agropolis) címre. , 34394 Montpellier France) további elemzésekhez, amelyek nem végezhetők el a CILM-nél vagy teljes genom szekvenálásnál.