Investigação epidemiológica do COVID-19 no Laos usando uma abordagem de saúde única em humanos e animais (LACOVISS)

1. INTRODUÇÃO

   Este projeto é baseado principalmente em duas grandes questões que permanecem sem solução. A primeira é a origem do surto e os eventos que levaram à transmissão do SARS-CoV-2 para humanos. O segundo é a situação epidemiológica marcante no Laos, onde apenas alguns casos foram observados, apesar das características biogeográficas e socioecológicas semelhantes compartilhadas com o sudoeste da China. A diversidade da fauna selvagem (notadamente no sul da China e no sudeste da Ásia , onde a diversidade de morcegos chega a mais de 100 espécies), associada à ampla circulação de coronavírus, especialmente no Laos PDR, e seu potencial evolutivo e zoonótico, indicam que emergências (passadas ou futuras) no Laos podem ser esperadas. Além disso, dado o grande movimento populacional entre o Laos e a China, esperava-se uma propagação significativa do COVID-19 da China para o Laos. Para responder a estas duas questões principais, os investigadores formulam as seguintes hipóteses de trabalho a abordar neste projeto.

   Suposição 1: O COVID-19 pode se espalhar massivamente para a população do Laos em um futuro próximo por meio da chegada ao país de indivíduos infectados.

   Suposição 2: O SARS-CoV-2 já circulava no Laos antes do surgimento do surto de COVID-19 na China.

   Suposição 3: O SARS-CoV-2 pode saltar da vida selvagem e emergir na população humana do Laos no futuro Suposição 4: Alguns vírus genéticos intimamente relacionados (vírus do tipo SARS-CoV-2) já circularam no Laos.

2. OBJETIVOS

   O objetivo geral do projeto é elucidar a história natural do COVID-19, investigando a circulação do vírus no Laos PDR seguindo uma abordagem ONE-HEALTH antes (abordagem retrospectiva) e depois (abordagem prospectiva) do aparecimento inicial do surto em China.

   Em particular, os investigadores investigarão a progressão do surto e as razões por trás do número relativamente baixo de pacientes positivos para COVID-19 observados até o momento no país, apesar de compartilhar características biogeográficas e socioecológicas e transfronteiriço com o sudoeste da China. .

   Sob este título geral, os objetivos secundários são:

   Em humanos:

   Determinar a circulação do COVID-19 dentro da coorte antes do aparecimento dos primeiros casos positivos em dezembro de 2019 em Wuhan, China Determinar a progressão do COVID-19, durante um período de um ano desde o início do projeto Avaliar o SARS-CoV- 2 infecções assintomáticas Para avaliar a circulação anterior de SARS-CoV-2

   Em animais:

   Investigar a transmissão do SARS-CoV-2 para animais de estimação e domésticos

3. METODOLOGIA

   Em humanos:

   O projeto será conduzido em uma coorte comunitária de 1.092 domicílios, incluindo 5.400 participantes do estudo, acompanhados entre março de 2015 e fevereiro de 2019 para investigação de doenças semelhantes à influenza e detecção de agentes causadores (projeto LACORIS, Doença Infecciosa Respiratória entre Coortes em Vientiane Capital, Laos PDR), localizada na área metropolitana de Vientiane em Laos PDR (referência 1 e relatórios internos).

   • Abordagem retrospectiva: determinar a circulação de COVID-19 dentro da coorte antes do aparecimento dos primeiros casos positivos em dezembro de 2019 em Wuhan, China, por detecção retrospectiva de RNA SARS-CoV-2 em amostras coletadas de uma coorte de 1.092 domicílios, incluindo 5.400 estudos participantes, acompanhados entre março de 2015 e fevereiro de 2019 (projeto LACORIS) (1 e relatórios internos).
   • Abordagem prospectiva: Determinar a progressão do COVID-19, durante um período de um ano desde o início do projeto, pela detecção de RNA do SARS-CoV-2 em indivíduos que expressam uma doença semelhante à influenza.
   • Para isso, a taxa de transmissão intrafamiliar e intracomunitária e o contexto serão avaliados pela detecção de RNA do SARS-CoV-2 em contatos de casos positivos para COVID-19 detectados durante a fase prospectiva do projeto.
   • Avaliar a circulação anterior de SARS-CoV-2 por meio da triagem de anticorpos específicos de swabs de saliva em um grupo randomizado do estudo de coorte.

   Em animais:

   - Investigar a transmissão do SARS-CoV-2 para animais de estimação e domésticos por detecção de RNA em animais que vivem com ou perto de casos positivos detectados durante a fase prospectiva do projeto.

4. LOCAIS DE ESTUDO E POPULAÇÃO

   O estudo cobrirá 1.092 domicílios, incluindo 5.400 participantes do estudo que vivem em 25 aldeias dentro dos limites administrativos da área metropolitana de Vientiane. Uma família foi definida como um grupo de indivíduos vivendo no mesmo terreno (uma ou mais casas) ou no mesmo prédio (apartamento) e compartilhando suas refeições Todos os co-investigadores do estudo serão treinados antes do início e durante o estudo sobre os aspectos específicos do estudo.

5. FLUXO DE PESQUISA

5.1 Fluxograma do participante com sintomas de ILI

Todos os familiares com mais de 6 meses vivendo com SARS-CoV-2 positivo farão exame não invasivo para detecção de SARS-CoV-2 (nasal, garganta, swab, saliva) e um questionário.

Participação no estudo

Informações: Todos os participantes receberão um formulário de informações por escrito para participar da pesquisa. Este formulário fornecerá informações sobre o escopo e a intenção do estudo, bem como as obrigações dos investigadores do estudo e as expectativas dos membros da coorte.

Recolha de consentimento: Antes do início do estudo, será agendada uma reunião com a equipa de vigilância investigativa no domicílio para explicar os detalhes do projeto. Esses detalhes incluem a coleta de amostras de swab respiratório em caso de doença semelhante à influenza para o paciente e seus familiares. A equipa entregará o formulário de informação e recolherá o termo de consentimento escrito de cada membro do agregado familiar disposto, previamente assinado por três pessoas (entrevistador, pai ou tutor, testemunha/familiar)

Participação da coorte:

O estudo do projeto se estenderá por um período de um ano e começará assim que a autorização ética for obtida. Os domicílios serão selecionados a partir dos cadastros de domicílios e serão incluídos na coorte por amostragem porta a porta, de acordo com o banco de dados já configurado no CILM. Um agregado familiar é definido como um grupo de indivíduos que vivem no mesmo terreno (uma ou mais casas) ou no mesmo edifício (apartamento) e partilham as refeições. Ao longo de um ano, a busca ativa de casos de doença semelhante à influenza (ILI) será realizada entre a coorte por meio de telefonemas semanais (N = 500) para cada domicílio pela equipe do CILM. Para aumentar a probabilidade de identificação do patógeno, os participantes do estudo serão encorajados a relatar a ocorrência de sintomas para permitir a coleta precoce de amostras. Assim que um caso atender aos critérios do ILI-OMS, uma visita gratuita será organizada no mesmo dia pela equipe de saúde treinada em campo (a equipe de vigilância investigativa) para entrevistar e verificar os critérios de elegibilidade da doença, para completar uma doença questionário de investigação, onde serão recolhidos detalhes sobre a sintomatologia.

Resultados do diagnóstico e acompanhamento de ILI:

Os resultados da análise do COVID 19 (positivo ou negativo) serão transmitidos ao NCLE (Centro Nacional de Laboratório e Epidemiologia).

Se o resultado for positivo para COVID19, o NCLE o enviará ao "Comitê Nacional de Força-Tarefa para prevenção, controle e resposta à pandemia de COVID-19". O paciente positivo para COVID-19 será atendido por este Comitê nacional e acompanhado de acordo com os procedimentos oficiais.

De acordo com as recomendações do Comitê, todos os familiares que vivem com o paciente com COVID-19 serão amostrados para procurar infecções assintomáticas. Nos demais casos (detecção de outro vírus respiratório ou resultado negativo), o resultado será devolvido no local, por escrito, diretamente ao participante (adulto ou criança entre 12 e 18 anos) ou aos pais ou responsáveis ​​( crianças menores de 12 anos ou adultos com transtornos psiquiátricos) pelo entrevistador. Os participantes serão encaminhados para médicos ou para as estruturas de saúde locais para serem tratados. Existem quatro hospitais gerais em Vientiane e várias estruturas locais de saúde em cada uma das 25 aldeias incluídas no nosso estudo. Quando um paciente irá desenvolver ILI, o médico de nossa equipe irá orientá-lo sobre qualquer tratamento a ser feito, sobre as medidas preventivas a serem tomadas para evitar a contaminação de outros membros de sua família e o encaminhará para a estrutura de saúde mais próxima. Exceto em casos excepcionais, nenhum apoio logístico (transporte) ou médico é recomendado no projeto.

Os pacientes ou seus familiares serão atendidos 60 dias depois para determinar o estado geral de saúde, incluindo internação ou óbito.

5.2 Fim da pesquisa

No final do estudo, um relatório final será comunicado a cada família e os resultados serão explicados pelo entrevistador.

A cada semana, o chefe da família será contatado por telefone para perguntar se algum membro de sua família desenvolveu sinais de doença. Se não houver notícias de um participante por 3 semanas consecutivas, um investigador irá ao local para conduzir investigações mais precisas.

5.3 Questionários

No geral, o estudo inclui dois tipos de questionários:

Um questionário de inscrição domiciliar, incluindo detalhes sociodemográficos. Perguntas do censo feitas na inscrição para construir um banco de dados das aldeias participantes para fins de visitas domiciliares semanais, investigação de doenças e investigação de acompanhamento. Este questionário será preenchido pelo entrevistador para cada agregado familiar, no momento da inscrição, altura em que será entregue o formulário de informação e obtida a assinatura do consentimento informado.

Um questionário de investigação da doença, incluindo detalhes da doença ILI. As perguntas feitas fornecerão informações sobre a pessoa que relata a doença e incluirão observações clínicas básicas e outras informações relevantes para entender a origem da doença. Este questionário será preenchido pelo entrevistador no momento da coleta da amostra.

As amostras a serem coletadas usando protocolos padrão incluem:

• Swabs respiratórios superiores (saliva, faringe e swabs nasais): as amostras serão coletadas em meio de transporte de acordo com as recomendações do "National Taskforce Committee for Prevention, Control and Response COVID-19 Pandemia". Cada amostra será coletada por equipe de campo treinada usando swabs de náilon estéreis com hastes de plástico e inseridas no criotubo estéril contendo meio de transporte universal (UTM).
• As amostras serão colocadas e transportadas em refrigeradores para o CILM para testes.
• O número de identificação do paciente (veja abaixo) será vinculado por um banco de dados relacional e etiquetas pré-impressas colocadas no questionário e em qualquer amostra coletada
• O qPCR específico para SARS-CoV2 (direcionado aos genes RdRp, N e E), bem como para o pan-coronavírus direcionado ao RdRp, será realizado em RNA extraído de zaragatoas nasais retrospectivas e prospectivas, zaragatoas de garganta e espécimes de escarro. As análises serão realizadas no CILM (Vientiane, Laos). Cada amostra positiva será sequenciada e comparada com as sequências de referência.
• O teste de IgG específico será realizado pelas tecnologias luminex e ELISA a partir de swabs de saliva.
• Após o teste, as amostras serão armazenadas a -80°C no CILM até análise posterior mediante solicitação por pelo menos 15 anos. As amostras podem ser destruídas após pelo menos 15 anos, a pedido das autoridades do Laos PDR e do gerente de equipe do CILM.
• A pedido dos investigadores coordenadores do estudo (Phimpha Paboriboune e Eric Leroy) e acordo do comitê científico, os materiais genéticos das amostras positivas serão enviados para MIVEGEC UMR IRD 224-CNRS 5290-Université de Montpellier - IRD (911, avenue Agropolis , 34394 Montpellier France) para análises adicionais que não podem ser realizadas no CILM ou para sequenciamento do genoma completo.