Epidemiologické vyšetřování COVID-19 v Laosu s využitím přístupu jednoho zdraví u lidí a zvířat (LACOVISS)

1. ÚVOD

   Tento projekt je založen především na dvou hlavních otázkách, které zůstávají nevyřešeny. První z nich je původ ohniska a události, které vedly k přenosu SARS-CoV-2 na člověka. Druhým je nápadná epidemiologická situace v Laosu, kde bylo pozorováno pouze několik případů navzdory podobným biogeografickým a socio-ekologickým charakteristikám sdíleným s jihozápadní Čínou. Rozmanitost volně žijící fauny (zejména v jižní Číně a v jihovýchodní Asii , kde diverzita netopýrů dosahuje vrcholu přes 100 druhů), spojená s širokou cirkulací koronavirů, zejména v Laosu PDR, a jejich evolučním a zoonotickým potenciálem, naznačují, že lze očekávat (minulé nebo budoucí) výskyty v Laosu. Vzhledem k masivnímu pohybu obyvatelstva mezi Laosem a Čínou se navíc očekávalo výrazné rozšíření COVID-19 z Číny do Laosu. Aby bylo možné odpovědět na tyto dvě hlavní otázky, formulují vyšetřovatelé následující pracovní hypotézy, kterými se bude tento projekt zabývat.

   Předpoklad 1: COVID-19 se může v blízké budoucnosti masivně rozšířit na laoskou populaci prostřednictvím příchodu infikovaných jedinců do země.

   Předpoklad 2: SARS-CoV-2 již koloval v Laosu před výskytem epidemie COVID-19 v Číně.

   Předpoklad 3: SARS-CoV-2 může v budoucnu vyskočit z divoké přírody a objevit se v laoské lidské populaci Předpoklad 4: Některé geneticky blízce příbuzné viry (viry podobné SARS-CoV-2) již v Laosu kolovaly.

2. CÍLE

   Obecným cílem projektu je objasnit přirozenou historii COVID-19 zkoumáním cirkulace viru v Laoské PDR podle přístupu ONE-HEALTH před (retrospektivní přístup) a po (prospektivní přístup) počátečním výskytem ohniska v Čína.

   Vyšetřovatelé budou zejména zkoumat progresi propuknutí a důvody relativně nízkého počtu dosud pozorovaných pacientů s COVID-19 pozitivním v zemi, a to i přes společné biogeografické a sociálně-ekologické rysy a přeshraniční styk s jihozápadní Čínou. .

   Pod tímto obecným názvem jsou sekundární cíle:

   U lidí:

   Zjistit cirkulaci COVID-19 v rámci kohorty před objevením se prvních pozitivních případů v prosinci 2019 ve Wu-chanu v Číně Zjistit progresi COVID-19 během jednoho roku od začátku projektu Zhodnotit SARS-CoV- 2 asymptomatické infekce K posouzení minulé cirkulace SARS-CoV-2

   U zvířat:

   Prozkoumat přenos SARS-CoV-2 na domácí a domácí zvířata

3. METODOLOGIE

   U lidí:

   Projekt bude probíhat v rámci komunitní kohorty 1092 domácností, včetně 5400 účastníků studie, sledovaných mezi březnem 2015 a únorem 2019 za účelem vyšetřování onemocnění podobných chřipce a detekce původců (projekt LACORIS, Respiratory Infectious Disease between Cohorts in Vientiane Capital, Lao PDR), který se nachází v metropolitní oblasti Vientiane v Lao PDR (odkaz 1 a interní zprávy).

   • Retrospektivní přístup: Stanovit cirkulaci COVID-19 v rámci kohorty před objevením se prvních pozitivních případů v prosinci 2019 v čínském Wu-chanu retrospektivní detekcí SARS-CoV-2 RNA ve vzorcích odebraných z kohorty 1092 domácností, včetně 5400 studie účastníků, sledováni od března 2015 do února 2019 (projekt LACORIS) (1 a interní zprávy).
   • Prospektivní přístup: Zjistit progresi COVID-19 během jednoho roku od začátku projektu detekcí SARS-CoV-2 RNA u jedinců s chřipkovým onemocněním.
   • Za tímto účelem bude vyhodnocena intrafamiliární a intrakomunitní přenosová rychlost a kontext pomocí detekce SARS-CoV-2 RNA u kontaktů pozitivních případů COVID-19 zjištěných během prospektivní fáze projektu.
   • Posoudit minulou cirkulaci SARS-CoV-2 screeningem specifických protilátek z výtěrů ze slin v randomizované skupině kohortové studie.

   U zvířat:

   - Prozkoumat přenos SARS-CoV-2 na domácí zvířata a domácí zvířata pomocí detekce RNA u zvířat žijících s pozitivními případy nebo téměř s nimi zjištěnými během prospektivní fáze projektu.

4. STUDIJNÍ MÍSTA A POPULACE

   Studie se bude týkat 1092 domácností, včetně 5400 účastníků studie žijících ve 25 vesnicích v administrativních hranicích metropolitní oblasti Vientiane. Domácnost byla definována jako skupina jednotlivců žijících na stejném pozemku (jeden nebo více domů) nebo ve stejné budově (bytu) a sdílející stravu Všichni spoluřešitelé studie budou před zahájením a během studie proškoleni na specifické aspekty studia.

5. VÝVOJOVÝ SCHÉMA VÝZKUMU

5.1 Vývojový diagram účastníka s příznaky ILI

Všichni členové rodiny, kteří žijí déle než 6 měsíců s jedinci pozitivními na SARS-CoV-2, budou mít neinvazivní vyšetření na detekci SARS-CoV-2 (nosní, krční, výtěr, sliny) a dotazník.

Účast ve studii

Informace: Všem účastníkům bude předán písemný formulář s informacemi o účasti ve výzkumu. Tento formulář poskytne informace o rozsahu a záměru studie, jakož i o povinnostech řešitelů studie a očekáváních členů kohorty.

Shromáždění souhlasu: Před začátkem studie bude naplánována schůzka s vyšetřovacím sledovacím týmem v domácnosti, aby vysvětlil podrobnosti projektu. Tyto podrobnosti zahrnují odběr vzorků respiračních výtěrů v případě onemocnění podobného chřipce pro pacienta a rodinné příslušníky. Tým předá informační formulář a vyzvedne si písemný souhlas od každého ochotného člena domácnosti, který předtím podepsali tři lidé (tazatel, rodič nebo opatrovník, svědek/člen rodiny)

Účast kohorty:

Projektová studie bude trvat po dobu jednoho roku a bude zahájena, jakmile bude získáno etické schválení. Domácnosti budou vybrány z registrů domácností a budou zapsány do kohorty prostřednictvím podomního odběru vzorků podle databáze již zřízené v CILM. Domácnost je definována jako skupina osob žijících na stejném pozemku (jeden nebo více domů) nebo ve stejné budově (bytu) a sdílející stravování. Po dobu jednoho roku bude v této kohortě prováděno aktivní vyhledávání případů chřipkového onemocnění (ILI) prostřednictvím týdenních telefonátů (N=500) do každé domácnosti pracovníky CILM. Aby se zvýšila pravděpodobnost identifikace patogenu, budou účastníci studie vyzváni, aby sami hlásili výskyt příznaků, aby bylo možné včas odebrat vzorky. Jakmile případ splní kritéria ILI-WHO, zorganizuje se ve stejný den bezplatná návštěva vyškoleným zdravotnickým personálem (výzkumný dozorčí tým), aby provedl rozhovor a ověřil kritéria způsobilosti onemocnění, aby dokončil onemocnění. vyšetřovací dotazník, kde budou shromažďovány podrobnosti o symptomatologii.

Výsledky diagnostiky a sledování ILI:

Výsledky analýzy COVID 19 (pozitivní nebo negativní) budou předány NCLE (Národní centrum pro laboratoře a epidemiologii).

Pokud je výsledek pozitivní na COVID19, NCLE jej zašle „Národnímu výboru pracovní skupiny pro prevenci, kontrolu a reakci na pandemii COVID-19“. O pacienta pozitivního na COVID-19 se bude starat tento národní výbor a bude sledován podle oficiálních postupů.

Podle doporučení Výboru budou odebrány vzorky všem rodinným příslušníkům žijícím s pacientem COVID-19, aby se hledaly asymptomatické infekce. Ve všech ostatních případech (detekce jiného respiračního viru nebo negativní výsledky) bude výsledek vrácen na místě v písemné podobě přímo účastníkovi (dospělý nebo děti ve věku 12 až 18 let) nebo rodiči či zákonnému zástupci ( děti do 12 let nebo dospělí s psychiatrickými poruchami) tazatelem. Účastníci budou odkázáni na lékaře nebo do místních zdravotnických struktur, které mají být ošetřeny. Ve Vientiane jsou čtyři všeobecné nemocnice a několik místních zdravotnických struktur v každé z 25 vesnic zahrnutých do naší studie. Když se u pacienta rozvine ILI, lékař v našem týmu mu poradí s případnou léčbou, s preventivními opatřeními, která je třeba přijmout, aby se zabránilo kontaminaci ostatních členů jeho rodiny, a nasměruje ho do nejbližší zdravotnické struktury. Kromě výjimečných případů není v projektu doporučena žádná logistická (doprava) ani zdravotnická podpora.

Pacienti nebo jejich rodina budou navštíveni o 60 dní později, aby se zjistil celkový zdravotní stav, včetně hospitalizace nebo úmrtí.

5.2 Konec výzkumu

Na konci studie bude každé domácnosti předána závěrečná zpráva a výsledky budou vysvětleny tazatelem.

Každý týden bude hlava domácnosti telefonicky kontaktována s dotazem, zda se u některého člena jeho rodiny neprojevily známky onemocnění. Pokud se od účastníka neobjeví žádné zprávy po dobu 3 po sobě jdoucích týdnů, vyšetřovatel přijede na místo, aby provedl přesnější vyšetřování.

5.3 Dotazníky

Celkově studie obsahuje dva druhy dotazníků:

Dotazník pro zápis do domácnosti včetně sociodemografických údajů. Otázky týkající se sčítání lidu kladené při zápisu za účelem vytvoření databáze zúčastněných vesnic pro účely týdenních domácích návštěv, vyšetřování nemocí a následného vyšetřování. Tento dotazník vyplní tazatel za každou domácnost v době zápisu, kdy dojde k odevzdání informačního formuláře a podpisu informovaného souhlasu.

Dotazník pro vyšetřování onemocnění, včetně podrobností o onemocnění ILI. Položené otázky poskytnou informace o osobě hlásící nemoc a zahrnují základní klinická pozorování a další informace důležité pro pochopení zdroje nemoci. Tento dotazník vyplní tazatel v době odběru vzorku.

Mezi vzorky odebrané pomocí standardních protokolů patří:

• Výtěry z horních cest dýchacích (sliny, výtěry z krku a nosu): vzorky budou odebírány na transportní médium v ​​souladu s doporučením „Národního výboru pro prevenci, kontrolu a reakci na pandemii COVID-19“. Každý vzorek bude odebrán vyškoleným terénním personálem pomocí sterilních nylonových tampónů s plastovými násadami a vložen do sterilní kryozkumavky obsahující univerzální transportní médium (UTM).
• Vzorky budou umístěny a přepraveny v chlazených chladičích do CILM k testování.
• Identifikační číslo pacienta (viz níže) bude propojeno relační databází a předtištěnými štítky umístěnými na dotazníku a na jakémkoli odebraném vzorku
• Specifická qPCR pro SARS-CoV2 (zacílená na geny RdRp, N a E) a také pan-koronavirus zacílená na RdRp bude provedena na RNA extrahované z retrospektivních a prospektivních nosních výtěrů, výtěrů z krku a vzorků sputa. Analýzy budou provedeny v CILM (Vientiane, Laos). Každý pozitivní vzorek bude sekvenován a porovnán s referenčními sekvencemi.
• Specifické testování IgG bude provedeno technologiemi luminex a ELISA ze stěrů ze slin.
• Po testování budou vzorky skladovány při -80°C v CILM až do další analýzy na vyžádání po dobu nejméně 15 let. Vzorky mohou být zničeny po nejméně 15 letech na žádost orgánů Laoské lidové demokratické republiky a personálního manažera CILM.
• Na žádost koordinujících řešitelů studie (Phimpha Paboriboune a Eric Leroy) a souhlasu vědeckého výboru budou genetické materiály z pozitivních vzorků zaslány na MIVEGEC UMR IRD 224-CNRS 5290-Université de Montpellier - IRD (911, avenue Agropolis , 34394 Montpellier France) pro další analýzy, které nelze provést na CILM nebo pro sekvenování celého genomu.