Epidemiologinen tutkimus COVID-19:stä Laosissa käyttämällä yhtä terveyttä koskevaa lähestymistapaa ihmisille ja eläimille (LACOVISS)

1. JOHDANTO

   Tämä projekti perustuu pääasiassa kahteen suureen kysymykseen, jotka ovat edelleen ratkaisematta. Ensimmäinen on epidemian alkuperä ja tapahtumat, jotka johtivat SARS-CoV-2:n tarttumiseen ihmisiin. Toinen on Laosin silmiinpistävä epidemiologinen tilanne, jossa on havaittu vain muutamia tapauksia huolimatta samanlaisista luonnonmaantieteellisistä ja sosioekologisista ominaispiirteistä, jotka ovat yhteisiä Lounais-Kiinan kanssa. Luonnonvaraisen eläimistön monimuotoisuus (erityisesti Etelä-Kiinassa ja Kaakkois-Aasiassa) , jossa lepakoiden monimuotoisuus on huipussaan yli 100 lajiin), jotka liittyvät koronavirusten laajaan leviämiseen, erityisesti Laosin PDR:ssä, ja niiden evoluution ja zoonoottisen potentiaalin vuoksi, osoittavat, että Laosissa voidaan odottaa (menneitä tai tulevia) esiintymistä. Lisäksi kun otetaan huomioon massiivinen väestön liikkuminen Laosin ja Kiinan välillä, COVID-19:n odotettiin leviävän merkittävästi Kiinasta Laosiin. Vastatakseen näihin kahteen pääkysymykseen tutkijat muotoilevat seuraavat työhypoteesit, jotka on otettava huomioon tässä projektissa.

   Oletus 1: COVID-19 saattaa levitä laajasti Laosin väestöön lähitulevaisuudessa tartunnan saaneiden henkilöiden saapuessa maahan.

   Oletus 2: SARS-CoV-2 on levinnyt Laosissa jo ennen COVID-19-epidemian ilmaantumista Kiinassa.

   Oletus 3: SARS-CoV-2 saattaa hypätä villieläimistä ja nousta Laosin ihmispopulaatioon tulevaisuudessa. Oletus 4: Jotkut geneettisesti läheisesti sukulaiset virukset (SARS-CoV-2:n kaltaiset virukset) ovat jo kiertäneet Laosissa.

2. TAVOITTEET

   Hankkeen yleisenä tavoitteena on selvittää COVID-19:n luonnollista historiaa tutkimalla viruksen leviämistä Laosin PDR:ssä ONE-HEALTH-lähestymistavan mukaisesti ennen (retrospektiivinen lähestymistapa) ja sen jälkeen (prospektiivinen lähestymistapa) epidemian puhkeamista vuonna Kiina.

   Tutkijat selvittävät erityisesti epidemian etenemistä ja syitä siihen, että maassa on tähän mennessä havaittu suhteellisen alhainen COVID-19-positiivisten potilaiden määrä huolimatta yhteisistä biomaantieteellisistä ja sosioekologisista piirteistä ja rajat ylittävästä Lounais-Kiinan kanssa. .

   Tämän yleisen otsikon alla toissijaiset tavoitteet ovat:

   Ihmisillä:

   COVID-19:n leviämisen määrittäminen kohortin sisällä ennen ensimmäisten positiivisten tapausten ilmaantumista joulukuussa 2019 Wuhanissa, Kiinassa. COVID-19:n etenemisen määrittäminen yhden vuoden aikana projektin alusta Arvioida SARS-CoV- 2 oireetonta infektiota Aiemman SARS-CoV-2-kierron arvioimiseksi

   Eläimillä:

   SARS-CoV-2-tartunnan tutkiminen lemmikki- ja kotieläimiin

3. METODOLOGIA

   Ihmisillä:

   Hanke toteutetaan yhteisöpohjaisessa 1092 kotitalouden kohortissa, mukaan lukien 5400 tutkimukseen osallistunutta, ja sitä seurataan maaliskuun 2015 ja helmikuun 2019 välisenä aikana influenssan kaltaisten sairauksien tutkimiseksi ja taudinaiheuttajien havaitsemiseksi (LACORIS-projekti, Respiratory Infectious Disease among Cohorts in Vientiane Capital, Lao PDR), joka sijaitsee Vientianen pääkaupunkiseudulla Laon PDR:ssä (viite 1 ja sisäiset raportit).

   • Takautuva lähestymistapa: COVID-19-kierron määrittäminen kohortissa ennen ensimmäisten positiivisten tapausten ilmaantumista joulukuussa 2019 Wuhanissa Kiinassa retrospektiivisen SARS-CoV-2-RNA:n havaitsemisen avulla näytteistä, jotka on kerätty 1092 kotitalouden kohortista, mukaan lukien 5400 tutkimusta. osallistujat, seuranta maaliskuun 2015 ja helmikuun 2019 välisenä aikana (LACORIS-projekti) (1 ja sisäiset raportit).
   • Tuleva lähestymistapa: COVID-19:n etenemisen määrittäminen yhden vuoden aikana projektin alusta SARS-CoV-2 RNA:n havaitsemisen avulla yksilöillä, jotka ilmentävät influenssan kaltaista sairautta.
   • Tätä varten perheen sisäinen ja yhteisön sisäinen tartuntanopeus ja konteksti arvioidaan SARS-CoV-2 RNA:n havaitsemiseksi kontakteissa, joissa COVID-19-positiivisia tapauksia on havaittu projektin tulevan vaiheen aikana.
   • Aiemman SARS-CoV-2-verenkierron arvioiminen seulomalla spesifisiä vasta-aineita sylkinäytteestä kohorttitutkimuksen satunnaistetussa ryhmässä.

   Eläimillä:

   - Tutkia SARS-CoV-2:n tarttumista lemmikki- ja kotieläimiin RNA-detektiolla eläimissä, joilla on positiivisia tai lähellä positiivisia tapauksia, jotka on havaittu projektin tulevan vaiheen aikana.

4. OPISTOPAIKOT JA VÄESTÖ

   Tutkimus kattaa 1092 kotitaloutta, joista 5400 tutkimukseen osallistunutta asuu 25 kylässä Vientianen suurkaupunkialueen hallinnollisten rajojen sisällä. Kotitaloudeksi määriteltiin ryhmä henkilöitä, jotka asuvat samalla tontilla (yksi tai useampi talo) tai samassa rakennuksessa (asunnossa) ja jakavat ateriansa. Kaikki tutkimuksen yhteistutkijat koulutetaan ennen tutkimuksen alkua ja sen aikana tutkimuksen erityispiirteet.

5. TUTKIMUKSEN VUOKOkaavio

5.1 Vuokaavio osallistujasta, jolla on ILI-oireita

Kaikille perheenjäsenille, jotka elävät yli 6 kuukautta SARS-CoV-2-positiivisten henkilöiden kanssa, tehdään noninvasiivinen tutkimus SARS-CoV-2:n havaitsemiseksi (nenä, kurkku, vanupuikko, sylki) ja kyselylomake.

Osallistuminen tutkimukseen

Tiedotus: Kaikille osallistujille jaetaan kirjallinen tietolomake tutkimukseen osallistumista varten. Tämä lomake antaa tietoa tutkimuksen laajuudesta ja tarkoituksesta sekä tutkimuksen tutkijoiden velvollisuuksista ja kohortin jäsenten odotuksista.

Suostumuksen kerääminen: Ennen tutkimuksen alkua sovitaan tapaaminen kotitalouden tutkivan seurantaryhmän kanssa projektin yksityiskohtien selvittämiseksi. Näihin yksityiskohtiin kuuluu hengityksen pyyhkäisynäytteiden ottaminen influenssan kaltaisen taudin varalta potilaalta ja perheenjäseniltä. Ryhmä toimittaa tietolomakkeen ja kerää jokaiselta halukkaalta perheenjäseneltä kirjallisen suostumuslomakkeen, jonka on allekirjoittanut kolme henkilöä (haastattelija, vanhempi tai huoltaja, todistaja/perheenjäsen)

Kohortin osallistuminen:

Hanketutkimus kestää vuoden ja alkaa heti, kun eettinen hyväksyntä on saatu. Kotitaloudet valitaan kotitalousrekistereistä, ja ne rekisteröidään kohorttiin ovelta ovelle -näytteenotolla CILM:ssä jo perustetun tietokannan mukaan. Kotitaloudeksi määritellään ryhmä henkilöitä, jotka asuvat samalla tontilla (yksi tai useampi talo) tai samassa rakennuksessa (asunnossa) ja jakavat ruokailut. Yli vuoden ajan aktiivisen influenssan kaltaisen sairauden (ILI) tapauslöydös tehdään kohortin kesken viikoittaisilla puheluilla (N=500) jokaiseen kotitalouteen CILM:n henkilökunnan toimesta. Patogeenien tunnistamisen todennäköisyyden lisäämiseksi tutkimuksen osallistujia rohkaistaan ​​ilmoittamaan itse oireiden esiintymisestä, jotta näytteitä voidaan ottaa varhaisessa vaiheessa. Heti kun tapaus täyttää ILI-WHO:n kriteerit, kentällä koulutettu terveydenhuollon henkilökunta (tutkintavalvontaryhmä) järjestää samana päivänä maksuttoman vierailun haastatellakseen ja varmistaakseen taudin kelpoisuuskriteerit sairauden loppuun saattamiseksi. tutkimuskyselylomake, johon kerätään tietoja oireista.

Diagnoositulokset ja ILI-seuranta:

COVID 19 -analyysin tulokset (positiiviset tai negatiiviset) toimitetaan NCLE:lle (National Center for Laboratory and Epidemiology).

Jos tulos on COVID-19-positiivinen, NCLE lähettää sen "kansalliseen COVID-19-pandemiaan ehkäisy-, valvonta- ja reagointityöryhmän komiteaan". Tämä kansallinen komitea huolehtii COVID-19-positiivisesta potilaasta ja sitä seurataan virallisten menettelyjen mukaisesti.

Toimikunnan suositusten mukaan kaikista COVID-19-potilaan kanssa elävistä perheenjäsenistä otetaan näytteet oireettomien infektioiden etsimiseksi. Kaikissa muissa tapauksissa (toisen hengitystieviruksen havaitseminen tai negatiiviset tulokset) tulos palautetaan paikan päällä kirjallisesti suoraan osallistujalle (aikuinen tai 12-18-vuotiaat lapset) tai vanhemmalle tai huoltajalle ( alle 12-vuotiaat lapset tai aikuiset, joilla on psyykkisiä häiriöitä) haastattelija. Osallistujat ohjataan lääkäreiden tai paikallisten terveydenhuollon rakenteiden puoleen hoidettavaksi. Vientianessa on neljä yleissairaalaa ja useita paikallisia terveydenhuollon rakenteita kussakin tutkimukseemme sisältyvässä 25 kylässä. Kun potilaalle kehittyy ILI, tiimimme lääkäri neuvoo häntä mahdollisista hoidoista, ennaltaehkäisevistä toimenpiteistä, joilla vältetään muiden perheenjäsenten saastuminen, ja ohjaa hänet lähimpään terveydenhuoltoon. Poikkeustapauksia lukuun ottamatta hankkeessa ei suositella logistista (kuljetus) tai lääketieteellistä tukea.

Potilaat tai heidän perheensä otetaan hoitoon 60 päivää myöhemmin yleisen terveydentilan määrittämiseksi, mukaan lukien sairaalahoito tai kuolema.

5.2 Tutkimuksen loppu

Tutkimuksen lopussa jokaiselle kotitaloudelle välitetään loppuraportti ja haastattelija selittää tulokset.

Perheenjohtajaan ollaan joka viikko yhteydessä puhelimitse ja kysytään, onko jollain hänen perheenjäsenistään ilmaantunut sairauden merkkejä. Jos osallistujalta ei tule uutisia 3 peräkkäiseen viikkoon, tutkija menee paikalle suorittamaan tarkempia tutkimuksia.

5.3 Kyselylomakkeet

Kaiken kaikkiaan tutkimus sisältää kahdenlaisia ​​kyselyitä:

Kotitalouksien ilmoittautumiskysely, joka sisältää sosiodemografiset tiedot. Ilmoittautumisen yhteydessä kysytyt laskentakysymykset osallistuvien kylien tietokannan rakentamiseksi viikoittaisia ​​kotikäyntejä, tautitutkimusta ja seurantatutkimusta varten. Haastattelija täyttää tämän kyselylomakkeen jokaisen kotitalouden osalta ilmoittautumisen yhteydessä, jolloin tietolomake luovutetaan ja tietoisen suostumuksen allekirjoitus hankitaan.

Taudintutkimuskyselylomake, joka sisältää tiedot ILI-taudista. Esitetyt kysymykset antavat tietoa sairaudesta ilmoittavasta henkilöstä ja sisältävät kliiniset perushavainnot ja muut sairauden lähteen ymmärtämisen kannalta merkitykselliset tiedot. Tämän kyselylomakkeen täyttää haastattelija näytteenoton yhteydessä.

Vakioprotokollia käyttäen kerättävät näytteet ovat:

• Ylempien hengitysteiden pyyhkäisynäytteet (sylki-, kurkku- ja nenänäytteet): näytteet kerätään kuljetusalustalle "COVID-19-pandemiaan liittyvän kansallisen työryhmän ennaltaehkäisy-, valvonta- ja reagointityöryhmän" suositusten mukaisesti. Koulutettu kenttähenkilöstö ottaa jokaisen näytteen käyttämällä steriilejä nailonpuikkoja, joissa on muovinen varsi, ja laittaa ne steriiliin kryoviaaliin, joka sisältää universaaleja kuljetusvälineitä (UTM).
• Näytteet sijoitetaan ja kuljetetaan jäähdytetyissä jäähdyttimissä CILM:iin testattavaksi.
• Potilaan tunnistenumero (katso alla) linkitetään relaatiotietokannan ja esipainettujen tarrojen avulla kyselylomakkeeseen ja kaikkiin kerättyihin näytteisiin.
• Spesifinen qPCR SARS-CoV2:lle (kohdistavat RdRp-, N- ja E-geeneihin) sekä Pan-coronaviruksen RdRp:hen kohdistuva RNA suoritetaan retrospektiivisistä ja prospektiivisista nenänäytteistä, kurkkunäytteistä ja yskösnäytteistä erotetulle RNA:lle. Analyysit tehdään CILM:ssä (Vientiane, Laos). Jokainen positiivinen näyte sekvensoidaan ja sitä verrataan vertailusekvensseihin.
• Spesifiset IgG-testit suoritetaan luminex- ja ELISA-tekniikoilla sylkipyyhkeistä.
• Testauksen jälkeen näytteet säilytetään -80°C:ssa CILM:ssä lisäanalyyseihin saakka vähintään 15 vuoden ajan. Näytteet voidaan tuhota vähintään 15 vuoden kuluttua Laon PDR:n viranomaisten ja CILM:n henkilöstöpäällikön pyynnöstä.
• Tutkimuksen koordinoivien tutkijoiden (Phimpha Paboriboune ja Eric Leroy) pyynnöstä ja tieteellisen komitean suostumuksella positiivisten näytteiden geneettiset materiaalit lähetetään osoitteeseen MIVEGEC UMR IRD 224-CNRS 5290-Université de Montpellier - IRD (911, avenue Agropolis , 34394 Montpellier France) lisäanalyyseihin, joita ei voida suorittaa CILM:ssä tai koko genomin sekvensointiin.