Enquête épidémiologique sur le COVID-19 au Laos à l'aide d'une approche à une seule santé chez l'homme et les animaux (LACOVISS)

1. INTRODUCTION

   Ce projet repose principalement sur deux questions majeures qui restent en suspens. Le premier est l'origine de l'épidémie et les événements qui ont conduit à la transmission du SRAS-CoV-2 à l'homme. Le second est la situation épidémiologique frappante au Laos, où seuls quelques cas ont été observés malgré des caractéristiques biogéographiques et socio-écologiques similaires partagées avec le sud-ouest de la Chine. La diversité de la faune sauvage (notamment dans le sud de la Chine et en Asie du Sud-Est , où la diversité des chauves-souris culmine à plus de 100 espèces), associées à la large circulation des coronavirus, notamment en RDP du Laos, et à leur potentiel évolutif et zoonotique, indiquent que des émergences (passées ou futures) au Laos sont à prévoir. De plus, compte tenu des mouvements massifs de population entre le Laos et la Chine, on s'attendait à une propagation importante du COVID-19 de la Chine vers le Laos. Afin de répondre à ces deux questions principales, les enquêteurs formulent les hypothèses de travail suivantes à aborder dans ce projet.

   Hypothèse 1 : Le COVID-19 pourrait se propager massivement à la population du Laos dans un avenir proche par l'arrivée dans le pays d'individus infectés.

   Hypothèse 2 : Le SRAS-CoV-2 circulait déjà au Laos avant l'apparition de l'épidémie de COVID-19 en Chine.

   Hypothèse 3 : Le SRAS-CoV-2 pourrait sauter de la faune et émerger dans la population humaine laotienne à l'avenir Hypothèse 4 : Certains virus génétiquement étroitement apparentés (virus de type SRAS-CoV-2) ont déjà circulé au Laos.

2. OBJECTIFS

   L'objectif général du projet est d'élucider l'histoire naturelle du COVID-19 en étudiant la circulation du virus en RDP lao selon une approche ONE-HEALTH avant (approche rétrospective) et après (approche prospective) l'apparition initiale de l'épidémie en Chine.

   En particulier, les enquêteurs enquêteront sur les progressions de l'épidémie et les raisons du nombre relativement faible de patients positifs au COVID-19 observés à ce jour dans le pays, malgré le partage de caractéristiques biogéographiques et socio-écologiques et transfrontalières avec le sud-ouest de la Chine. .

   Sous cette rubrique générale, les objectifs secondaires sont :

   Chez l'homme :

   Déterminer la circulation du COVID-19 au sein de la cohorte avant l'apparition des premiers cas positifs en décembre 2019 à Wuhan, Chine Déterminer la progression du COVID-19, sur une période d'un an à compter du début du projet Évaluer le SARS-CoV- 2 infections asymptomatiques Pour évaluer la circulation antérieure du SRAS-CoV-2

   Chez les animaux :

   Pour enquêter sur la transmission du SRAS-CoV-2 aux animaux de compagnie et aux animaux domestiques

3. MÉTHODOLOGIE

   Chez l'homme :

   Le projet sera mené au sein d'une cohorte communautaire de 1092 ménages, dont 5400 participants à l'étude, suivis entre mars 2015 et février 2019 pour l'investigation des syndromes grippaux et la détection des agents responsables (projet LACORIS, Respiratory Infectious Disease among Cohorts in Vientiane Capital, RDP Lao), situé dans la zone métropolitaine de Vientiane en RDP Lao (référence 1 et rapports internes).

   • Approche rétrospective : Déterminer la circulation du COVID-19 au sein de la cohorte avant l'apparition des premiers cas positifs en décembre 2019 à Wuhan, en Chine, par détection rétrospective de l'ARN du SRAS-CoV-2 dans des échantillons prélevés dans une cohorte de 1092 ménages, dont 5400 étudiés participants, suivi entre mars 2015 et février 2019 (projet LACORIS) (1 et rapports internes).
   • Approche prospective : Déterminer la progression de la COVID-19, sur une période d'un an à compter du début du projet, par la détection de l'ARN du SRAS-CoV-2 chez les individus exprimant un syndrome grippal.
   • Pour cela, le taux et le contexte de transmission intra-familiale et intra-communautaire seront évalués par la détection de l'ARN du SRAS-CoV-2 chez les contacts des cas positifs au COVID-19 détectés lors de la phase prospective du projet.
   • Évaluer la circulation passée du SRAS-CoV-2 en dépistant des anticorps spécifiques à partir d'écouvillons de salive dans un groupe randomisé de l'étude de cohorte.

   Chez les animaux :

   - Étudier la transmission du SRAS-CoV-2 aux animaux de compagnie et aux animaux domestiques par détection d'ARN chez les animaux vivant avec ou près des cas positifs détectés lors de la phase prospective du projet.

4. SITES D'ETUDE ET POPULATION

   L'étude couvrira 1092 ménages, dont 5400 participants à l'étude vivant dans 25 villages dans les limites administratives de la zone métropolitaine de Vientiane. Un ménage a été défini comme un groupe d'individus vivant sur le même terrain (une ou plusieurs maisons) ou dans le même immeuble (appartement) et partageant leurs repas Tous les co-investigateurs de l'étude seront formés avant le début et pendant l'étude sur les aspects spécifiques de l'étude.

5. ORGANIGRAMME DE RECHERCHE

5.1 Organigramme du participant présentant des symptômes de SG

Tous les membres de la famille vivant depuis plus de 6 mois avec des personnes positives au SRAS-CoV-2 subiront un examen non invasif pour la détection du SRAS-CoV-2 (nasal, gorge, écouvillon, salive) et un questionnaire.

Participation à l'étude

Information : Tous les participants recevront un formulaire d'information écrit pour participer à la recherche. Ce formulaire fournira des informations sur la portée et l'intention de l'étude ainsi que sur les obligations des enquêteurs de l'étude et les attentes des membres de la cohorte.

Recueil du consentement : Avant le début de l'étude, un rendez-vous avec l'équipe de surveillance investigatrice du ménage sera prévu pour expliquer les détails du projet. Ces détails comprennent la prise d'échantillons d'écouvillons respiratoires en cas de syndrome grippal pour le patient et les membres de sa famille. L'équipe remettra le formulaire d'information et recueillera le formulaire de consentement écrit de chaque membre du ménage consentant, préalablement signé par trois personnes (Enquêteur, parent ou tuteur, témoin/membre de la famille)

Participation à la cohorte :

L'étude du projet s'étendra sur une période d'un an et débutera dès l'obtention de l'autorisation éthique. Les ménages seront sélectionnés à partir des registres des ménages et seront enrôlés dans la cohorte via un échantillonnage porte-à-porte, selon la base de données déjà mise en place au CILM. Un ménage est défini comme un groupe d'individus vivant sur le même terrain (une ou plusieurs maisons) ou dans le même immeuble (appartement) et partageant les repas. Pendant un an, une recherche active de cas de syndrome grippal (SG) sera menée parmi la cohorte par le biais d'appels téléphoniques hebdomadaires (N = 500) à chaque ménage par le personnel du CILM. Pour augmenter la probabilité d'identification de l'agent pathogène, les participants à l'étude seront encouragés à signaler eux-mêmes l'apparition de symptômes afin de permettre une collecte précoce des échantillons. Dès qu'un cas répond aux critères ILI-WHO, une visite gratuite sera organisée le jour même par le personnel soignant formé sur le terrain (l'équipe de surveillance investigatrice) pour interroger et vérifier les critères d'éligibilité à la maladie, pour compléter un bilan maladie questionnaire d'investigation, où des détails sur la symptomatologie seront recueillis.

Résultats du diagnostic et suivi du SG :

Les résultats d'analyse COVID 19 (positifs ou négatifs) seront transmis au NCLE (Centre National de Laboratoire et d'Epidémiologie).

Si le résultat est COVID19 positif, le NCLE l'enverra au "Comité national du groupe de travail pour la prévention, le contrôle et la réponse à la pandémie de COVID-19". Le patient positif au COVID-19 sera pris en charge par ce Comité national et suivi selon les procédures officielles.

Selon les recommandations du Comité, tous les membres de la famille vivant avec le patient COVID-19 seront prélevés afin de rechercher des infections asymptomatiques. Dans tous les autres cas (détection d'un autre virus respiratoire ou résultat négatif), le résultat sera restitué sur place, par écrit, directement au participant (adulte ou enfant entre 12 et 18 ans) ou au parent ou tuteur ( enfant de moins de 12 ans ou adulte souffrant de troubles psychiatriques) par l'enquêteur. Les participants seront orientés vers des médecins ou vers les structures sanitaires locales pour être pris en charge. Il existe quatre hôpitaux généraux à Vientiane et plusieurs structures de santé locales dans chacun des 25 villages inclus dans notre étude. Lorsqu'un patient développera un SG, le médecin de notre équipe le conseillera sur les traitements à prendre, sur les mesures préventives à prendre pour éviter la contamination des autres membres de sa famille et l'orientera vers la structure de soins la plus proche. Sauf cas exceptionnel, aucun soutien logistique (transport) ou médical n'est recommandé dans le cadre du projet.

Les patients ou leur famille seront pris en charge 60 jours plus tard pour déterminer l'état de santé général, y compris l'hospitalisation ou le décès.

5.2 Fin de la recherche

A la fin de l'étude, un rapport final sera communiqué à chaque ménage et les résultats seront expliqués par l'enquêteur.

Chaque semaine, le chef de ménage sera contacté par téléphone pour demander si un membre de sa famille a développé des signes de maladie. S'il n'y a pas de nouvelles d'un participant pendant 3 semaines consécutives, un enquêteur se rendra sur place pour mener des investigations plus précises.

5.3 Questionnaires

Globalement, l'étude comprend deux types de questionnaires :

Un questionnaire d'inscription des ménages, comprenant des détails sociodémographiques. Questions de recensement posées lors de l'inscription pour créer une base de données des villages participants à des fins de visites hebdomadaires à domicile, d'enquête sur les maladies et d'enquête de suivi. Ce questionnaire sera rempli par l'enquêteur de chaque ménage, au moment de l'enrôlement, lors de la remise de la fiche d'information et de l'obtention de la signature du consentement éclairé.

Un questionnaire d'investigation de la maladie, y compris les détails de la maladie de SG. Les questions posées fourniront des informations sur la personne signalant une maladie et comprendront des observations cliniques de base et d'autres informations pertinentes pour comprendre la source de la maladie. Ce questionnaire sera rempli par l'enquêteur au moment de la collecte de l'échantillon.

Les échantillons à collecter à l'aide de protocoles standard incluent :

• Écouvillons respiratoires supérieurs (écouvillons de salive, de gorge et nasaux) : les échantillons seront prélevés sur un milieu de transport selon les recommandations du "Comité de travail national pour la prévention, le contrôle et la réponse à la pandémie de COVID-19". Chaque échantillon sera prélevé par du personnel de terrain formé à l'aide d'écouvillons en nylon stériles avec des tiges en plastique et inséré dans le cryotube stérile contenant un milieu de transport universel (UTM).
• Les échantillons seront placés et transportés dans des glacières réfrigérées au CILM pour être testés.
• Le numéro d'identification du patient (voir ci-dessous) sera lié par une base de données relationnelle et des étiquettes pré-imprimées placées sur le questionnaire et sur tout échantillon prélevé
• Une qPCR spécifique pour le SRAS-CoV2 (ciblant les gènes RdRp, N et E) ainsi qu'un Pan-coronavirus ciblant RdRp sera réalisée sur l'ARN extrait d'écouvillons nasaux rétrospectifs et prospectifs, d'écouvillons de gorge et d'échantillons d'expectoration. Les analyses seront réalisées au CILM (Vientiane, Laos). Chaque échantillon positif sera séquencé et comparé aux séquences de référence.
• Des tests spécifiques d'IgG seront effectués par les technologies luminex et ELISA à partir d'écouvillons de salive.
• Après les tests, les échantillons seront conservés à -80°C au CILM jusqu'à analyse complémentaire sur demande pendant au moins 15 ans. Les échantillons pourraient être détruits après au moins 15 ans à la demande des autorités de la RDP lao et du directeur du personnel du CILM.
• Sur demande des investigateurs coordonnateurs de l'étude (Phimpha Paboriboune et Eric Leroy) et accord du comité scientifique, le matériel génétique des échantillons positifs sera transmis à MIVEGEC UMR IRD 224-CNRS 5290-Université de Montpellier - IRD (911, avenue Agropolis , 34394 Montpellier France) pour des analyses complémentaires non réalisables au CILM ou pour le séquençage du génome entier.