Эпидемиологическое исследование COVID-19 в Лаосе с использованием подхода «Единое здоровье» у людей и животных (LACOVISS)

1. ВВЕДЕНИЕ

   Этот проект в основном основан на двух основных вопросах, которые остаются нерешенными. Первый — это происхождение вспышки и события, которые привели к передаче SARS-CoV-2 человеку. Во-вторых, поразительная эпидемиологическая ситуация в Лаосе, где было зарегистрировано всего несколько случаев, несмотря на сходные биогеографические и социально-экологические характеристики, общие с Юго-Западным Китаем. Разнообразие дикой фауны (особенно в Южном Китае и в Юго-Восточной Азии) , где разнообразие летучих мышей достигает пика, достигающего более 100 видов), связанные с широкой циркуляцией коронавирусов, особенно в Лаосской Народно-Демократической Республике, а также их эволюционным и зоонозным потенциалом, указывают на то, что (в прошлом или будущем) появления в Лаосе можно ожидать. Кроме того, учитывая массовое перемещение населения между Лаосом и Китаем, ожидалось значительное распространение COVID-19 из Китая в Лаос. Чтобы ответить на эти два основных вопроса, исследователи формулируют следующие рабочие гипотезы, которые следует рассмотреть в этом проекте.

   Предположение 1: COVID-19 может массово распространиться среди населения Лаоса в ближайшем будущем посредством прибытия в страну инфицированных лиц.

   Предположение 2: SARS-CoV-2 уже циркулировал в Лаосе до появления вспышки COVID-19 в Китае.

   Предположение 3: SARS-CoV-2 может проникнуть из дикой природы и проникнуть в лаосское население в будущем. Предположение 4. Некоторые генетически близкородственные вирусы (вирусы, подобные SARS-CoV-2) уже циркулируют в Лаосе.

2. ЦЕЛИ

   Общая цель проекта заключается в выяснении естественного течения COVID-19 путем исследования циркуляции вируса в Лаосской Народно-Демократической Республике в соответствии с подходом «ОДНО ЗДРАВООХРАНЕНИЕ» до (ретроспективный подход) и после (проспективный подход) первоначального появления вспышки в Китай.

   В частности, исследователи будут изучать развитие вспышки и причины относительно небольшого числа пациентов с положительным результатом на COVID-19, наблюдаемых на сегодняшний день в стране, несмотря на общие биогеографические и социально-экологические особенности и трансграничность с Юго-Западным Китаем. .

   Под этим общим заголовком вторичными целями являются:

   В людях:

   Определить циркуляцию COVID-19 в когорте до появления первых положительных случаев в декабре 2019 года в Ухане, Китай. Определить прогрессирование COVID-19 в течение одного года с начала проекта. Оценить SARS-CoV- 2 бессимптомных инфекции Для оценки прошлой циркуляции SARS-CoV-2

   У животных:

   Исследовать передачу SARS-CoV-2 домашним и домашним животным.

3. МЕТОДОЛОГИЯ

   В людях:

   Проект будет проводиться в когорте из 1092 домохозяйств, включая 5400 участников исследования, с последующим наблюдением в период с марта 2015 г. по февраль 2019 г. для изучения гриппоподобных заболеваний и выявления возбудителей (проект LACORIS, Респираторные инфекционные заболевания среди когорт во Вьентьяне). Capital, Лаосская Народно-Демократическая Республика), расположенная в столичном районе Вьентьян в Лаосской Народно-Демократической Республике (ссылка 1 и внутренние отчеты).

   • Ретроспективный подход: определить циркуляцию COVID-19 в когорте до появления первых положительных случаев в декабре 2019 года в Ухане, Китай, путем ретроспективного обнаружения РНК SARS-CoV-2 в образцах, собранных в когорте из 1092 домохозяйств, включая 5400 исследований. участники, последующие наблюдения с марта 2015 г. по февраль 2019 г. (проект LACORIS) (1 и внутренние отчеты).
   • Перспективный подход: определить прогрессирование COVID-19 в течение одного года с начала проекта путем обнаружения РНК SARS-CoV-2 у лиц с гриппоподобным заболеванием.
   • Для этого внутрисемейная и внутриобщинная скорость и контекст передачи будут оцениваться путем обнаружения РНК SARS-CoV-2 у контактов с положительными случаями COVID-19, обнаруженными на предполагаемой фазе проекта.
   • Оценить циркуляцию SARS-CoV-2 в прошлом путем скрининга специфических антител из мазков слюны в рандомизированной группе когортного исследования.

   У животных:

   - Исследовать передачу SARS-CoV-2 домашним и домашним животным путем обнаружения РНК у животных, живущих с положительными случаями или рядом с ними, выявленными на предполагаемой фазе проекта.

4. УЧАСТКИ И НАСЕЛЕНИЕ

   Исследование охватит 1092 домохозяйства, в том числе 5400 участников исследования, проживающих в 25 деревнях в пределах административных границ столичного района Вьентьяна. Домохозяйство было определено как группа лиц, проживающих на одном земельном участке (в одном или нескольких домах) или в одном здании (квартире) и совместно питающихся. Все соисследователи исследования будут обучены до начала и во время исследования специфические аспекты исследования.

5. СХЕМА ИССЛЕДОВАНИЯ

5.1 Блок-схема участника с симптомами ГПЗ

Всем членам семьи, проживающим более 6 месяцев с инфицированными SARS-CoV-2 людьми, будет проведено неинвазивное обследование на выявление SARS-CoV-2 (из носа, горла, мазок, слюна) и анкета.

Участие в исследовании

Информация: Всем участникам будет вручена письменная информационная форма для участия в исследовании. В этой форме будет представлена ​​информация о масштабах и целях исследования, а также об обязанностях исследователей и ожиданиях от членов когорты.

Получение согласия: перед началом исследования будет назначена встреча со следственной группой по наблюдению в домохозяйстве для объяснения деталей проекта. Эти детали включают взятие образцов мазков из дыхательных путей в случае гриппоподобного заболевания у пациента и членов его семьи. Команда передаст информационную форму и соберет письменную форму согласия от каждого изъявившего желание члена семьи, предварительно подписанную тремя людьми (интервьюером, родителем или опекуном, свидетелем/членом семьи).

Когортное участие:

Исследование проекта продлится в течение года и начнется, как только будет получено этическое разрешение. Домохозяйства будут отобраны из регистров домохозяйств и будут включены в когорту путем подворового отбора в соответствии с базой данных, уже созданной в CILM. Домохозяйство определяется как группа лиц, проживающих на одном земельном участке (в одном или нескольких домах) или в одном здании (квартире) и совместно питающихся. В течение года сотрудники CILM будут проводить активное выявление случаев гриппоподобного заболевания (ГПЗ) среди когорты путем еженедельных телефонных звонков (N=500) в каждое домохозяйство. Чтобы повысить вероятность идентификации возбудителя, участникам исследования будет предложено самостоятельно сообщать о появлении симптомов, чтобы можно было заблаговременно собрать образцы. Как только случай соответствует критериям ГПЗ-ВОЗ, в тот же день будет организовано бесплатное посещение обученным медицинским персоналом (группой следственного наблюдения) для опроса и проверки критериев приемлемости заболевания, для завершения болезни Анкета исследования, где будут собраны подробности о симптоматике.

Результаты диагностики и последующее наблюдение за ГПЗ:

Результаты анализа на COVID-19 (положительные или отрицательные) будут переданы в НЦЛЭ (Национальный центр лабораторной и эпидемиологии).

Если результат будет положительным, NCLE отправит его в «Национальный комитет оперативной группы по предотвращению, контролю и реагированию на пандемию COVID-19». Этот национальный комитет позаботится о пациенте с положительным результатом на COVID-19 и будет наблюдать за ним в соответствии с официальными процедурами.

Согласно рекомендациям Комитета, все члены семьи, проживающие с пациентом с COVID-19, будут взяты на анализ для выявления бессимптомных инфекций. Во всех остальных случаях (обнаружение другого респираторного вируса или отрицательный результат) результат будет возвращен на месте в письменной форме непосредственно участнику (взрослому или ребенку в возрасте от 12 до 18 лет) или родителю или опекуну ( детей до 12 лет или взрослых с психическими расстройствами) интервьюером. Участники будут направлены к врачам или в местные структуры здравоохранения для лечения. Во Вьентьяне есть четыре больницы общего профиля и несколько местных структур здравоохранения в каждой из 25 деревень, включенных в наше исследование. Когда у пациента разовьется ГПЗ, врач нашей команды посоветует ему, какое лечение необходимо предпринять, какие профилактические меры необходимо предпринять, чтобы избежать заражения других членов его семьи, и направит его в ближайшее медицинское учреждение. За исключением исключительных случаев, в проекте не рекомендуется материально-техническое (транспортное) или медицинское обеспечение.

Пациенты или их семьи будут осмотрены через 60 дней, чтобы определить общее состояние здоровья, включая госпитализацию или смерть.

5.2 Окончание исследования

В конце исследования каждому домохозяйству будет сообщен окончательный отчет, а результаты будут объяснены интервьюером.

Каждую неделю с главой семьи будут связываться по телефону, чтобы спросить, нет ли у кого-либо из членов его семьи признаков болезни. Если нет новостей от участника в течение 3 недель подряд, на место выезжает следователь для проведения более точных расследований.

5.3 Анкеты

В целом, исследование включает в себя два вида анкет:

Анкета регистрации домохозяйства, включая социально-демографические данные. Вопросы переписи, задаваемые при регистрации для создания базы данных участвующих деревень для целей еженедельных посещений на дому, расследования заболеваний и последующего расследования. Эта анкета будет заполняться интервьюером для каждого домохозяйства во время регистрации, когда будет вручена информационная форма и получена подпись об информированном согласии.

Анкета исследования болезни, включая детали заболевания ГПЗ. Задаваемые вопросы предоставят информацию о человеке, сообщившем о болезни, и будут включать основные клинические наблюдения и другую информацию, имеющую отношение к пониманию источника болезни. Эта анкета заполняется интервьюером во время сбора выборки.

Образцы, которые должны быть собраны с использованием стандартных протоколов, включают:

• Мазки из верхних дыхательных путей (слюна, мазки из зева и носа): образцы будут собираться на транспортной среде в соответствии с рекомендациями «Национального комитета оперативной группы по профилактике, контролю и реагированию на пандемию COVID-19». Каждый образец будет собираться обученным полевым персоналом с помощью стерильных нейлоновых тампонов с пластиковыми стержнями и помещаться в стерильную криопробирку, содержащую универсальную транспортную среду (UTM).
• Образцы будут помещены и доставлены в холодильные камеры в CILM для испытаний.
• Идентификационный номер пациента (см. ниже) будет связан с реляционной базой данных и предварительно напечатанными этикетками, размещенными на вопроснике и на любом собранном образце.
• Специфическая кПЦР для SARS-CoV2 (нацеленная на гены RdRp, N и E), а также панкоронавирусная нацеленность на RdRp будет проводиться на РНК, извлеченной из ретроспективных и предполагаемых мазков из носа, мазков из зева и образцов мокроты. Анализы будут проводиться в CILM (Вьентьян, Лаос). Каждый положительный образец будет секвенирован и сравнен с эталонными последовательностями.
• Тестирование специфических IgG будет проводиться с помощью технологий luminex и ELISA из мазков слюны.
• После тестирования образцы будут храниться при температуре -80°C в CILM до дальнейшего анализа по запросу в течение не менее 15 лет. Образцы могут быть уничтожены по крайней мере через 15 лет по запросу властей Лаосской Народно-Демократической Республики и начальника отдела персонала CILM.
• По запросу координирующих исследователей исследования (Phimpha Paboriboune и Eric Leroy) и с согласия научного комитета генетические материалы из положительных образцов будут отправлены в MIVEGEC UMR IRD 224-CNRS 5290-Université de Montpellier - IRD (911, avenue Agropolis , 34394 Montpellier France) для дальнейших анализов, которые не могут быть выполнены в CILM, или для секвенирования всего генома.