Investigación epidemiológica de COVID-19 en Laos utilizando un enfoque de salud única en humanos y animales (LACOVISS)

1. INTRODUCCIÓN

   Este proyecto se basa principalmente en dos cuestiones principales que siguen sin resolverse. El primero es el origen del brote y los eventos que llevaron a la transmisión del SARS-CoV-2 a los humanos. El segundo es la sorprendente situación epidemiológica en Laos, en la que solo se han observado unos pocos casos a pesar de las características biogeográficas y socioecológicas similares compartidas con el suroeste de China. La diversidad de la fauna silvestre (especialmente en el sur de China y en el sudeste asiático , donde la diversidad de murciélagos alcanza un máximo de más de 100 especies), asociado con la amplia circulación de coronavirus, especialmente en Laos PDR, y su potencial evolutivo y zoonótico, indican que se pueden esperar emergencias (pasadas o futuras) en Laos. Además, dado el movimiento masivo de población entre Laos y China, se esperaba una propagación significativa de COVID-19 de China a Laos. Para dar respuesta a estas dos preguntas principales, los investigadores formulan las siguientes hipótesis de trabajo para abordar en este proyecto.

   Supuesto 1: COVID-19 puede propagarse masivamente a la población de Laos en un futuro cercano a través de la llegada al país de personas infectadas.

   Supuesto 2: el SARS-CoV-2 ya ha estado circulando en Laos antes de la aparición del brote de COVID-19 en China.

   Supuesto 3: el SARS-CoV-2 puede saltar de la vida silvestre y emerger en la población humana de Laos en el futuro Supuesto 4: algunos virus genéticos estrechamente relacionados (virus similares al SARS-CoV-2) ya han circulado en Laos.

2. OBJETIVOS

   El objetivo general del proyecto es dilucidar la historia natural de la COVID-19 investigando la circulación del virus en Laos PDR siguiendo un enfoque ONE-HEALTH antes (enfoque retrospectivo) y después (enfoque prospectivo) de la aparición inicial del brote en Porcelana.

   En particular, los investigadores investigarán la progresión del brote y las razones detrás del número relativamente bajo de pacientes positivos para COVID-19 observados hasta la fecha en el país, a pesar de compartir características biogeográficas y socioecológicas y transfronterizas con el suroeste de China. .

   Bajo este epígrafe general, los objetivos secundarios son:

   Inhumanos:

   Determinar la circulación de COVID-19 dentro de la cohorte antes de la aparición de los primeros casos positivos en diciembre de 2019 en Wuhan, China Determinar la progresión de COVID-19, durante un período de un año desde el inicio del proyecto Evaluar el SARS-CoV- 2 infecciones asintomáticas Para evaluar circulación pasada de SARS-CoV-2

   en animales:

   Para investigar la transmisión del SARS-CoV-2 a mascotas y animales domésticos

3. METODOLOGÍA

   Inhumanos:

   El proyecto se llevará a cabo dentro de una cohorte comunitaria de 1092 hogares, incluidos 5400 participantes en el estudio, seguidos entre marzo de 2015 y febrero de 2019 para la investigación de enfermedades similares a la influenza y la detección de agentes causales (proyecto LACORIS, Respiratory Infectious Disease between Cohorts in Vientiane Capital, Lao PDR), ubicado en el área metropolitana de Vientiane en Lao PDR (referencia 1 e informes internos).

   • Enfoque retrospectivo: Determinar la circulación de COVID-19 dentro de la cohorte antes de la aparición de los primeros casos positivos en diciembre de 2019 en Wuhan, China, mediante la detección retrospectiva de ARN del SARS-CoV-2 en muestras recolectadas de una cohorte de 1092 hogares, incluido el estudio 5400 participantes, seguimiento entre marzo de 2015 y febrero de 2019 (proyecto LACORIS) (1 e informes internos).
   • Enfoque prospectivo: determinar la progresión de COVID-19, durante un período de un año desde el comienzo del proyecto, mediante la detección de ARN del SARS-CoV-2 en personas que expresan una enfermedad similar a la influenza.
   • Para ello, se evaluará la tasa y el contexto de transmisión intrafamiliar e intracomunitario mediante la detección de ARN del SARS-CoV-2 en contactos de casos positivos de COVID-19 detectados durante la fase prospectiva del proyecto.
   • Evaluar la circulación anterior de SARS-CoV-2 mediante la detección de anticuerpos específicos de hisopos de saliva en un grupo aleatorizado del estudio de cohorte.

   en animales:

   - Investigar la transmisión del SARS-CoV-2 a mascotas y animales domésticos mediante la detección de ARN en animales que viven con o cerca de casos positivos detectados durante la fase prospectiva del proyecto.

4. SITIOS DE ESTUDIO Y POBLACIÓN

   El estudio cubrirá 1092 hogares, incluidos 5400 participantes en el estudio que viven en 25 pueblos dentro de los límites administrativos del área metropolitana de Vientiane. Un hogar se definió como un grupo de personas que viven en el mismo terreno (una o más casas) o en el mismo edificio (apartamento) y comparten sus comidas Todos los co-investigadores del estudio serán capacitados antes del inicio y durante el estudio sobre los aspectos específicos del estudio.

5. DIAGRAMA DE INVESTIGACIÓN

5.1 Diagrama de flujo del participante con síntomas de ETI

A todos los miembros de la familia que vivan más de 6 meses con personas positivas para SARS-CoV-2 se les realizará un examen no invasivo para la detección de SARS-CoV-2 (nasal, garganta, hisopo, saliva) y un cuestionario.

Participación en el estudio

Información: A todos los participantes se les entregará un formulario de información por escrito para participar en la investigación. Este formulario proporcionará información sobre el alcance y la intención del estudio, así como las obligaciones de los investigadores del estudio y las expectativas de los miembros de la cohorte.

Recogida del consentimiento: Antes del inicio del estudio, se programará una cita con el equipo de vigilancia investigadora del domicilio para explicar los detalles del proyecto. Estos detalles incluyen la toma de muestras de hisopos respiratorios en caso de enfermedad similar a la influenza para el paciente y sus familiares. El equipo entregará el formulario de información y recogerá el formulario de consentimiento por escrito de cada miembro del hogar dispuesto, previamente firmado por tres personas (Entrevistador, padre o tutor, testigo/familiar)

Participación de la cohorte:

El estudio del proyecto se extenderá durante un período de un año y comenzará tan pronto como se obtenga la autorización ética. Los hogares se seleccionarán de los registros de hogares y se inscribirán en la cohorte a través de un muestreo puerta a puerta, de acuerdo con la base de datos ya establecida en el CILM. Un hogar se define como un grupo de personas que viven en el mismo terreno (una o más casas) o en el mismo edificio (apartamento) y comparten las comidas. Durante un año, el personal del CILM llevará a cabo una búsqueda activa de casos de enfermedades similares a la influenza (ILI, por sus siglas en inglés) entre la cohorte a través de llamadas telefónicas semanales (N=500) a cada hogar. Para aumentar la probabilidad de identificación de patógenos, se alentará a los participantes del estudio a que informen por sí mismos la aparición de síntomas para permitir la recolección temprana de muestras. Tan pronto como un caso cumpla con los criterios de ILI-OMS, el personal de atención médica capacitado en el campo (el equipo de vigilancia de investigación) organizará una visita gratuita el mismo día para entrevistar y verificar los criterios de elegibilidad de la enfermedad, para completar una prueba de enfermedad. cuestionario de investigación, donde se recogerán detalles sobre la sintomatología.

Resultados del diagnóstico y seguimiento de ETI:

Los resultados del análisis de COVID 19 (positivo o negativo) serán transmitidos al NCLE (Centro Nacional de Laboratorio y Epidemiología).

Si el resultado es COVID19 positivo, el NCLE lo remitirá al “Comité Nacional de Trabajo para la prevención, control y respuesta a la pandemia de COVID-19”. El paciente COVID-19 positivo será atendido por este Comité Nacional y seguido de acuerdo a los procedimientos oficiales.

De acuerdo con las recomendaciones del Comité, se tomarán muestras de todos los miembros de la familia que viven con el paciente con COVID-19 para buscar infecciones asintomáticas. En todos los demás casos (detección de otro virus respiratorio o resultados negativos), el resultado se devolverá en el lugar, por escrito, directamente al participante (adulto o niños entre 12 y 18 años) o al padre o tutor ( niños menores de 12 años o adultos con trastornos psiquiátricos) por el entrevistador. Los participantes serán derivados a médicos oa las estructuras sanitarias locales para ser tratados. Hay cuatro hospitales generales en Vientiane y varias estructuras locales de atención médica en cada uno de los 25 pueblos incluidos en nuestro estudio. Cuando un paciente va a desarrollar ETI, el médico de nuestro equipo le aconsejará sobre el tratamiento a seguir, sobre las medidas preventivas a tomar para evitar la contaminación de otros miembros de su familia y le derivará a la estructura asistencial más cercana. Salvo casos excepcionales, no se recomienda apoyo logístico (transporte) ni médico en el proyecto.

Los pacientes o sus familiares serán atendidos 60 días después para determinar el estado general de salud, incluyendo hospitalización o fallecimiento.

5.2 Fin de la investigación

Al final del estudio, se comunicará un informe final a cada hogar y el entrevistador explicará los resultados.

Cada semana, el cabeza de familia será contactado por teléfono para preguntar si un miembro de su familia ha desarrollado signos de enfermedad. Si no hay noticias de un participante durante 3 semanas consecutivas, un investigador irá al sitio para realizar investigaciones más precisas.

5.3 Cuestionarios

En general, el estudio incluye dos tipos de cuestionarios:

Un cuestionario de inscripción en el hogar, incluidos los detalles sociodemográficos. Se hacen preguntas del censo al momento de la inscripción para crear una base de datos de las aldeas participantes con el fin de realizar visitas domiciliarias semanales, investigación de enfermedades e investigación de seguimiento. Este cuestionario será cumplimentado por el entrevistador de cada hogar, en el momento de la inscripción, cuando se entregará el formulario de información y se obtendrá la firma del consentimiento informado.

Un cuestionario de investigación de la enfermedad, incluidos los detalles de la enfermedad ILI. Las preguntas que se hagan proporcionarán información sobre la persona que reporta estar enferma e incluirán observaciones clínicas básicas y otra información relevante para comprender el origen de la enfermedad. Este cuestionario será cumplimentado por el entrevistador en el momento de la recogida de la muestra.

Las muestras que se recolectarán utilizando protocolos estándar incluyen:

• Hisopos de las vías respiratorias superiores (hisopos nasales, de saliva y de garganta): las muestras se recogerán en un medio de transporte de acuerdo con las recomendaciones del "Comité del Grupo de trabajo nacional para la prevención, el control y la respuesta a la pandemia de COVID-19". Cada muestra será recolectada por personal de campo capacitado utilizando hisopos de nailon estériles con ejes de plástico e insertados en el criovial estéril que contiene medios de transporte universales (UTM).
• Las muestras se colocarán y transportarán en hieleras refrigeradas al CILM para su análisis.
• El número de identificación del paciente (ver a continuación) estará vinculado por una base de datos relacional y etiquetas preimpresas colocadas en el cuestionario y en cualquier muestra recolectada.
• La qPCR específica para SARS-CoV2 (dirigida a los genes RdRp, N y E), así como Pan-coronavirus dirigida a RdRp, se realizará en el ARN extraído de muestras retrospectivas y prospectivas de hisopos nasales, frotis de garganta y esputo. Los análisis se realizarán en CILM (Vientiane, Laos). Cada muestra positiva será secuenciada y comparada con las secuencias de referencia.
• Las pruebas específicas de IgG se realizarán mediante tecnologías luminex y ELISA a partir de hisopos de saliva.
• Después de la prueba, las muestras se almacenarán a -80 °C en el CILM hasta que se realicen análisis adicionales a pedido durante al menos 15 años. Las muestras podrían destruirse después de al menos 15 años a pedido de las autoridades de Lao PDR y el gerente de personal de CILM.
• Previa solicitud de los investigadores coordinadores del estudio (Phimpha Paboriboune y Eric Leroy) y acuerdo del comité científico, los materiales genéticos de las muestras positivas se enviarán a MIVEGEC UMR IRD 224-CNRS 5290-Université de Montpellier - IRD (911, avenue Agropolis , 34394 Montpellier Francia) para análisis adicionales que no se pueden realizar en el CILM o para la secuenciación del genoma completo.