Epidemiologisch onderzoek naar COVID-19 in Laos met behulp van een one-health-benadering bij mens en dier (LACOVISS)

1. INVOERING

   Dit project is voornamelijk gebaseerd op twee grote vragen die onopgelost blijven. De eerste is de oorsprong van de uitbraak en de gebeurtenissen die hebben geleid tot de overdracht van SARS-CoV-2 op mensen. De tweede is de opvallende epidemiologische situatie in Laos, waar slechts enkele gevallen zijn waargenomen ondanks vergelijkbare biogeografische en sociaal-ecologische kenmerken die worden gedeeld met Zuidwest-China. De diversiteit van de wilde fauna (met name in Zuid-China en in Zuidoost-Azië , waar de diversiteit van vleermuizen piekt tot meer dan 100 soorten), in verband met de brede verspreiding van coronavirussen, vooral in de PDR van Laos, en hun evolutionaire en zoönotische potentieel, geven aan dat (verleden of toekomstige) opkomsten in Laos kunnen worden verwacht. Bovendien werd, gezien de massale bevolkingsbeweging tussen Laos en China, een aanzienlijke verspreiding van COVID-19 van China naar Laos verwacht. Om deze twee hoofdvragen te beantwoorden, formuleren de onderzoekers de volgende werkhypothesen om in dit project aan te pakken.

   Aanname 1: COVID-19 kan zich in de nabije toekomst massaal verspreiden onder de bevolking van Laos door de aankomst van besmette personen in het land.

   Veronderstelling 2: SARS-CoV-2 circuleerde al in Laos voordat de uitbraak van COVID-19 in China uitbrak.

   Aanname 3: SARS-CoV-2 kan uit wilde dieren springen en in de toekomst opduiken in de Laotiaanse menselijke bevolking Aanname 4: Sommige genetisch nauw verwante virussen (SARS-CoV-2-achtige virussen) hebben al in Laos gecirculeerd.

2. DOELSTELLINGEN

   De algemene doelstelling van het project is om de natuurlijke geschiedenis van COVID-19 op te helderen door de circulatie van het virus in Lao PDR te onderzoeken volgens een ONE-HEALTH-benadering vóór (retrospectieve benadering) en na (prospectieve benadering) de eerste verschijning van de uitbraak in China.

   De onderzoekers zullen met name de voortgang van de uitbraak onderzoeken en de redenen achter het relatief lage aantal COVID-19-positieve patiënten dat tot nu toe in het land is waargenomen, ondanks het delen van biogeografische en sociaal-ecologische kenmerken en grensoverschrijdend met Zuidwest-China. .

   Onder deze algemene noemer zijn de secundaire doelstellingen:

   In mensen:

   Om de COVID-19-circulatie binnen het cohort te bepalen voordat de eerste positieve gevallen in december 2019 in Wuhan, China verschenen. Om de voortgang van COVID-19 te bepalen, over een periode van een jaar vanaf het begin van het project. 2 asymptomatische infecties Om de circulatie van SARS-CoV-2 in het verleden te beoordelen

   Bij dieren:

   Om de overdracht van SARS-CoV-2 op huisdieren en huisdieren te onderzoeken

3. METHODOLOGIE

   In mensen:

   Het project zal worden uitgevoerd binnen een gemeenschapsgebaseerd cohort van 1092 huishoudens, waaronder 5400 studiedeelnemers, gevolgd tussen maart 2015 en februari 2019 voor onderzoek naar griepachtige ziektes en detectie van ziekteverwekkers (LACORIS-project, Respiratory Infectious Disease Among Cohorts in Vientiane Hoofdstad, Lao PDR), gelegen in het grootstedelijk gebied Vientiane in Lao PDR (referentie 1 en interne rapporten).

   • Retrospectieve benadering: om de COVID-19-circulatie binnen het cohort te bepalen vóór het verschijnen van de eerste positieve gevallen in december 2019 in Wuhan, China, door retrospectieve SARS-CoV-2-RNA-detectie in monsters verzameld uit een cohort van 1092 huishoudens, waaronder 5400 studie deelnemers, follow-up tussen maart 2015 en februari 2019 (LACORIS-project) (1 en interne rapporten).
   • Prospectieve aanpak: om de progressie van COVID-19 te bepalen, gedurende een periode van een jaar vanaf het begin van het project, door middel van SARS-CoV-2 RNA-detectie bij personen die een griepachtige ziekte vertonen.
   • Hiervoor zullen de intrafamiliale en intracommunautaire transmissiesnelheid en context worden geëvalueerd door SARS-CoV-2 RNA-detectie in contacten van COVID-19-positieve gevallen die tijdens de prospectieve fase van het project zijn gedetecteerd.
   • Om de eerdere SARS-CoV-2-circulatie te beoordelen door specifieke antilichamen uit speekseluitstrijkjes te screenen in een gerandomiseerde groep van de cohortstudie.

   Bij dieren:

   - De overdracht van SARS-CoV-2 naar huisdieren en huisdieren onderzoeken door middel van RNA-detectie bij dieren die leven met of bijna positieve gevallen hebben ontdekt tijdens de prospectieve fase van het project.

4. STUDIESITES EN BEVOLKING

   De studie zal betrekking hebben op 1092 huishoudens, waaronder 5400 studiedeelnemers die in 25 dorpen binnen de administratieve grenzen van het grootstedelijk gebied van Vientiane wonen. Een huishouden werd gedefinieerd als een groep individuen die op hetzelfde stuk land (een of meer huizen) of in hetzelfde gebouw (appartement) wonen en hun maaltijden delen. de specifieke aspecten van de studie.

5. ONDERZOEK STROOMSCHEMA

5.1 Stroomschema van de deelnemer met IAZ-symptomen

Alle gezinsleden die meer dan 6 maanden leven met SARS-CoV-2-positieve personen zullen een niet-invasief onderzoek ondergaan voor SARS-CoV-2-detectie (neus, keel, uitstrijkje, speeksel) en een vragenlijst.

Deelname aan de studie

Informatie: Alle deelnemers krijgen een schriftelijk informatieformulier om deel te nemen aan het onderzoek. Dit formulier geeft informatie over de reikwijdte en intentie van het onderzoek, evenals de verplichtingen van de onderzoeksonderzoekers en verwachtingen van cohortleden.

Verzamelen van toestemming: Voor aanvang van het onderzoek zal er een afspraak worden gemaakt met het onderzoekssurveillanceteam van het huishouden om de details van het project uit te leggen. Deze details omvatten het nemen van uitstrijkjes van de luchtwegen in geval van een griepachtige ziekte voor de patiënt en familieleden. Het team levert het informatieformulier in en verzamelt het schriftelijke toestemmingsformulier van elk bereid lid van het huishouden, vooraf ondertekend door drie personen (interviewer, ouder of voogd, getuige/familielid).

Cohortparticipatie:

De projectstudie zal zich uitstrekken over een periode van een jaar en zal beginnen zodra de ethische goedkeuring is verkregen. Huishoudens zullen worden geselecteerd uit de registers van huishoudens en zullen worden ingeschreven in het cohort via huis-aan-huisbemonstering, volgens de database die al is opgezet bij CILM. Een huishouden wordt gedefinieerd als een groep individuen die op hetzelfde stuk grond (een of meer huizen) of in hetzelfde gebouw (appartement) wonen en maaltijden delen. Gedurende een jaar zullen de medewerkers van CILM actief casussen voor influenza-achtige ziekte (ILI) opsporen in het cohort door middel van wekelijkse telefoontjes (N=500) naar elk huishouden. Om de kans op identificatie van ziekteverwekkers te vergroten, zullen deelnemers aan de studie worden aangemoedigd om zelf het optreden van symptomen te melden om vroege verzameling van monsters mogelijk te maken. Zodra een geval voldoet aan de ILI-WHO-criteria, zal op dezelfde dag een gratis bezoek worden georganiseerd door het in het veld opgeleide gezondheidspersoneel (het onderzoekssurveillanceteam) om de geschiktheidscriteria voor de ziekte te interviewen en te verifiëren, om een ​​ziekte te voltooien onderzoeksvragenlijst, waar details over de symptomatologie zullen worden verzameld.

Diagnoseresultaten en ILI-follow-up:

De resultaten van de COVID 19-analyse (positief of negatief) worden doorgegeven aan het NCLE (Nationaal Centrum voor Laboratorium en Epidemiologie).

Als het resultaat COVID19-positief is, stuurt de NCLE het naar de "Nationale Taskforce-commissie voor preventie, controle en respons COVID-19-pandemie". De COVID-19-positieve patiënt wordt door dit nationale comité opgevangen en opgevolgd volgens de officiële procedures.

Volgens de aanbevelingen van de commissie zullen alle gezinsleden die samenwonen met de COVID-19-patiënt worden bemonsterd om te zoeken naar asymptomatische infecties. In alle andere gevallen (detectie van een ander respiratoir virus of negatieve resultaten) wordt het resultaat ter plaatse, in schriftelijke vorm, rechtstreeks aan de deelnemer (volwassene of kinderen tussen 12 en 18 jaar oud) of aan de ouder of voogd ( kinderen jonger dan 12 jaar of volwassenen met psychiatrische stoornissen) door de interviewer. De deelnemers worden doorverwezen naar artsen of naar de lokale gezondheidsstructuren om behandeld te worden. Er zijn vier algemene ziekenhuizen in Vientiane en verschillende lokale gezondheidsstructuren in elk van de 25 dorpen die in ons onderzoek zijn opgenomen. Wanneer een patiënt ILI ontwikkelt, zal de arts van ons team hem adviseren over de te nemen behandeling, over de te nemen preventieve maatregelen om besmetting van andere leden van zijn familie te voorkomen en zal hij hem doorverwijzen naar de dichtstbijzijnde zorgstructuur. Behalve in uitzonderlijke gevallen wordt geen logistieke (transport) of medische ondersteuning aanbevolen in het project.

Patiënten of hun familie zullen 60 dagen later worden bijgewoond om de algehele gezondheidsstatus te bepalen, inclusief ziekenhuisopname of overlijden.

5.2 Einde onderzoek

Aan het einde van het onderzoek wordt aan elk huishouden een eindrapport meegedeeld en worden de resultaten toegelicht door de interviewer.

Elke week wordt telefonisch contact opgenomen met het gezinshoofd om te vragen of een gezinslid ziekteverschijnselen heeft ontwikkeld. Als er 3 opeenvolgende weken geen nieuws is van een deelnemer, gaat een onderzoeker ter plaatse om nauwkeuriger onderzoek te doen.

5.3 Vragenlijsten

Over het algemeen omvat het onderzoek twee soorten vragenlijsten:

Een vragenlijst voor de inschrijving van het huishouden, inclusief sociodemografische details. Censusvragen gesteld bij inschrijving om een ​​database van deelnemende dorpen op te bouwen ten behoeve van wekelijkse huisbezoeken, ziekteonderzoek en vervolgonderzoek. Deze vragenlijst wordt door de interviewer per huishouden ingevuld op het moment van inschrijving, het inleveren van het informatieformulier en het verkrijgen van de handtekening van de geïnformeerde toestemming.

Een vragenlijst voor ziekteonderzoek, inclusief details van de ILI-ziekte. De gestelde vragen zullen informatie verschaffen over de persoon die zich ziek meldt en omvatten elementaire klinische observaties en andere informatie die relevant is voor het begrijpen van de bron van de ziekte. Deze vragenlijst wordt ingevuld door de interviewer op het moment van de monstername.

Specimens die moeten worden verzameld met behulp van standaardprotocollen zijn onder meer:

• Uitstrijkjes van de bovenste luchtwegen (speeksel-, keel- en neusuitstrijkjes): er worden monsters genomen op transportmedium volgens de aanbevelingen van de "Nationale Taskforce-commissie voor preventie, controle en respons COVID-19-pandemie". Elk monster wordt verzameld door getraind veldpersoneel met behulp van steriele nylon wattenstaafjes met plastic schachten en ingebracht in de steriele cryovial met universele transportmedia (UTM).
• De monsters worden in gekoelde koelers geplaatst en getransporteerd naar CILM voor testen.
• Het patiëntidentificatienummer (zie hieronder) wordt gekoppeld door een relationele database en voorgedrukte labels die op de vragenlijst en op elk verzameld monster worden geplaatst
• Specifieke qPCR voor SARS-CoV2 (gericht op RdRp-, N- en E-genen) en Pan-coronavirus gericht op RdRp zal worden uitgevoerd op RNA dat is geëxtraheerd uit retrospectieve en prospectieve neusuitstrijkjes, keeluitstrijkjes en sputumspecimens. De analyses zullen worden uitgevoerd bij CILM (Vientiane, Laos). Van elk positief monster wordt de sequentie bepaald en vergeleken met referentiesequenties.
• Specifieke IgG-testen zullen worden uitgevoerd door luminex en ELISA-technologieën van speekseluitstrijkjes.
• Na het testen worden de monsters gedurende ten minste 15 jaar bewaard bij -80°C bij CILM tot verdere analyse op verzoek. De monsters konden op verzoek van de autoriteiten van Lao PDR en de stafmanager van CILM na ten minste 15 jaar worden vernietigd.
• Op verzoek van de coördinerende onderzoekers van de studie (Phimpha Paboriboune en Eric Leroy) en instemming van het wetenschappelijk comité, zal genetisch materiaal van positieve monsters worden verzonden naar MIVEGEC UMR IRD 224-CNRS 5290-Université de Montpellier - IRD (911, avenue Agropolis , 34394 Montpellier Frankrijk) voor verdere analyses die niet kunnen worden uitgevoerd bij CILM of voor sequentiebepaling van het hele genoom.