Epidemiologisk undersøgelse af COVID-19 i Laos ved hjælp af en én-sundhedstilgang hos mennesker og dyr (LACOVISS)

1. INTRODUKTION

   Dette projekt er hovedsageligt baseret på to store spørgsmål, der forbliver uløste. Den første er oprindelsen af ​​udbruddet og de begivenheder, der førte til overførsel af SARS-CoV-2 til mennesker. Den anden er den slående epidemiologiske situation i Laos, hvor kun få tilfælde er blevet observeret på trods af lignende biogeografiske og socioøkologiske karakteristika, som deles med det sydvestlige Kina. Mangfoldigheden af ​​vild fauna (især i det sydlige Kina og i Sydøstasien). , hvor flagermus-diversiteten topper til over 100 arter), forbundet med den brede cirkulation af coronavirus, især i Laos PDR, og deres evolutionære og zoonotiske potentiale, indikerer, at (tidligere eller fremtidige) fremkomster i Laos kan forventes. I betragtning af den massive befolkningsbevægelse mellem Laos og Kina forventedes det desuden en betydelig spredning af COVID-19 fra Kina til Laos. For at besvare disse to hovedspørgsmål formulerer efterforskerne følgende arbejdshypoteser, der skal tages op i dette projekt.

   Antagelse 1: COVID-19 kan massivt sprede sig til Laos-befolkningen i den nærmeste fremtid gennem ankomsten til landet af inficerede individer.

   Antagelse 2: SARS-CoV-2 har allerede cirkuleret i Laos før udbruddet af COVID-19 i Kina.

   Antagelse 3: SARS-CoV-2 kan springe fra dyrelivet og dukke op i Laos menneskelige befolkning i fremtiden. Antagelse 4: Nogle genetisk nært beslægtede vira (SARS-CoV-2-lignende vira) har allerede cirkuleret i Laos.

2. MÅL

   Det overordnede formål med projektet er at belyse den naturlige historie af COVID-19 ved at undersøge cirkulationen af ​​virussen i Laos PDR efter en ONE-HEALTH tilgang før (retrospektiv tilgang) og efter (fremadrettet tilgang) den første forekomst af udbruddet i Kina.

   Især vil efterforskerne undersøge udviklingen af ​​udbruddet og årsagerne bag det relativt lave antal COVID-19 positive patienter, der hidtil er observeret i landet, på trods af at de deler biogeografiske og socioøkologiske træk og grænser over grænsen med det sydvestlige Kina. .

   Under denne generelle overskrift er de sekundære mål:

   Hos mennesker:

   For at bestemme COVID-19-cirkulationen inden for kohorten før fremkomsten af ​​de første positive tilfælde i december 2019 i Wuhan, Kina For at bestemme COVID-19-progressionen over en etårig periode fra projektets begyndelse For at evaluere SARS-CoV- 2 asymptomatiske infektioner For at vurdere tidligere SARS-CoV-2 cirkulation

   Hos dyr:

   At undersøge SARS-CoV-2-overførsel til kæledyr og husdyr

3. METODOLOGI

   Hos mennesker:

   Projektet vil blive gennemført i en lokalsamfundsbaseret kohorte af 1092 husstande, inklusive 5400 studiedeltagere, fulgt op mellem marts 2015 og februar 2019 for undersøgelse af influenzalignende sygdom og påvisning af årsagsstoffer (LACORIS-projektet, Respiratory Infectious Disease among Cohorts in Vientian) Hovedstad, Laos PDR), beliggende i Vientiane storbyområdet i Laos PDR (reference 1 og interne rapporter).

   • Retrospektiv tilgang: At bestemme COVID-19-cirkulationen inden for kohorten før fremkomsten af ​​de første positive tilfælde i december 2019 i Wuhan, Kina, ved retrospektiv SARS-CoV-2 RNA-detektion i prøver indsamlet fra en kohorte på 1092 husstande, inklusive 5400 undersøgelser deltagere, fulgt op mellem marts 2015 og februar 2019 (LACORIS-projektet) (1 og interne rapporter).
   • Prospektiv tilgang: At bestemme COVID-19-progression over en etårig periode fra projektets begyndelse ved SARS-CoV-2 RNA-detektion hos individer, der udtrykker en influenzalignende sygdom.
   • Til dette vil intra-familiær og intra-fællesskab transmissionshastighed og kontekst blive evalueret ved hjælp af SARS-CoV-2 RNA-detektion i kontakter med COVID-19-positive tilfælde opdaget i den prospektive fase af projektet.
   • At vurdere tidligere SARS-CoV-2-cirkulation ved at screene specifikke antistoffer fra spytprøver i en randomiseret gruppe af kohortestudiet.

   Hos dyr:

   - At undersøge SARS-CoV-2-overførsel til kæledyr og husdyr ved RNA-detektion hos dyr, der lever med eller nær positive tilfælde, opdaget i den prospektive fase af projektet.

4. STUDIESTEDER OG BEFOLKNING

   Undersøgelsen vil dække 1092 husstande, herunder 5400 undersøgelsesdeltagere, der bor i 25 landsbyer inden for de administrative grænser af Vientiane storbyområdet. En husstand blev defineret som en gruppe af individer, der bor på den samme grund (et eller flere huse) eller i den samme bygning (lejlighed) og deler deres måltider. de specifikke aspekter af undersøgelsen.

5. FORSKNINGSFLOWSCHART

5.1 Flowchart over deltageren med ILI-symptomer

Alle familiemedlemmer mere end 6 måneder, der lever med SARS-CoV-2-positive individer, vil have en ikke-invasiv undersøgelse for SARS-CoV-2-detektion (næse, svælg, podning, spyt) og et spørgeskema.

Deltagelse i undersøgelsen

Information: Alle deltagere vil få udleveret et skriftligt informationsskema for at deltage i forskningen. Denne formular vil give oplysninger om undersøgelsens omfang og hensigt samt undersøgelsesforskernes forpligtelser og forventninger fra kohortemedlemmer.

Indhentning af samtykke: Inden undersøgelsens begyndelse vil der blive planlagt en aftale med det undersøgende overvågningsteam i husstanden for at forklare detaljerne i projektet. Disse detaljer omfatter udtagning af respiratoriske podningsprøver i tilfælde af influenzalignende sygdom for patienten og familiemedlemmer. Teamet afleverer informationsformularen og vil indsamle den skriftlige samtykkeformular fra hvert villig husstandsmedlem, tidligere underskrevet af tre personer (interviewer, forælder eller værge, vidne/familiemedlem)

Kohortedeltagelse:

Projektundersøgelsen strækker sig over en periode på et år og begynder, så snart den etiske godkendelse er opnået. Husstande vil blive udvalgt fra husstandsregistre og vil blive tilmeldt kohorten via dør-til-dør prøveudtagning, ifølge den database, der allerede er oprettet hos CILM. En husstand er defineret som en gruppe individer, der bor på samme grund (et eller flere huse) eller i samme bygning (lejlighed) og deler måltider. I løbet af et år vil der blive foretaget aktiv undersøgelse af tilfælde af influenzalignende sygdom (ILI) blandt kohorten gennem ugentlige telefonopkald (N=500) til hver husstand af personale på CILM. For at øge sandsynligheden for patogenidentifikation vil deltagerne i undersøgelsen blive opfordret til selv at rapportere forekomst af symptomer for at muliggøre tidlig indsamling af prøver. Så snart en sag opfylder ILI-WHO-kriterierne, vil et gratis besøg blive organiseret samme dag af det feltuddannede sundhedspersonale (det undersøgende overvågningsteam) for at interviewe og verificere sygdomsberettigelseskriterierne for at fuldføre en sygdom undersøgelsesspørgeskema, hvor detaljer om symptomatologien vil blive indsamlet.

Diagnoseresultater og ILI-opfølgning:

Resultaterne af COVID 19-analyse (positive eller negative) vil blive sendt til NCLE (National Center for Laboratory and Epidemiology).

Hvis resultatet er COVID19 positivt, vil NCLE sende det til "National Taskforce Committee for forebyggelse, kontrol og reaktion COVID-19 pandemi". Den COVID-19 positive patient vil blive taget hånd om af denne nationale komité og fulgt op i henhold til de officielle procedurer.

Ifølge udvalgets anbefalinger vil alle familiemedlemmer, der lever med COVID-19-patienten, blive udtaget til prøver for at lede efter asymptomatiske infektioner. I alle andre tilfælde (påvisning af en anden luftvejsvirus eller negative resultater) vil resultatet blive returneret på stedet, i skriftlig form, direkte til deltageren (voksen eller børn mellem 12 og 18 år) eller til forælderen eller værgen ( børn under 12 år eller voksne med psykiatriske lidelser) af intervieweren. Deltagerne vil blive henvist til læger eller til de lokale sundhedsstrukturer, der skal behandles. Der er fire almene hospitaler i Vientiane og flere lokale sundhedsstrukturer i hver af de 25 landsbyer, der er inkluderet i vores undersøgelse. Når en patient vil udvikle ILI, vil lægen i vores team rådgive ham om enhver behandling, der skal tages, om de forebyggende foranstaltninger, der skal træffes for at undgå kontaminering af andre medlemmer af hans familie, og vil henvise ham til den nærmeste sundhedsstruktur. Undtagen i ekstraordinære tilfælde anbefales ingen logistisk (transport) eller medicinsk støtte i projektet.

Patienter eller deres familie vil blive behandlet 60 dage senere for at bestemme den overordnede helbredstilstand, inklusive hospitalsindlæggelse eller død.

5.2 Slut på forskning

Ved afslutningen af ​​undersøgelsen vil en endelig rapport blive kommunikeret til hver husstand, og resultaterne vil blive forklaret af intervieweren.

Hver uge vil husstandens overhoved blive kontaktet telefonisk for at spørge, om et medlem af hans familie har udviklet tegn på sygdom. Hvis der ikke er nyt fra en deltager i 3 sammenhængende uger, vil en efterforsker tage på stedet for at foretage mere præcise undersøgelser.

5.3 Spørgeskemaer

Samlet set omfatter undersøgelsen to slags spørgeskemaer:

Et husstandstilmeldingsspørgeskema, inklusive sociodemografiske detaljer. Folketællingsspørgsmål stillet ved tilmelding for at opbygge en database over deltagende landsbyer med henblik på ugentlige hjemmebesøg, sygdomsundersøgelser og opfølgende undersøgelser. Dette spørgeskema vil blive udfyldt af intervieweren for hver husstand, på tidspunktet for tilmeldingen, når informationsskemaet vil blive afleveret og underskriften på det informerede samtykke vil blive indhentet.

Et sygdomsundersøgelsesspørgeskema, herunder detaljer om ILI-sygdommen. Spørgsmål, der stilles, vil give oplysninger om den person, der melder sig sygdom, og omfatter grundlæggende kliniske observationer og andre oplysninger, der er relevante for at forstå kilden til sygdommen. Dette spørgeskema vil blive udfyldt af intervieweren på tidspunktet for prøveindsamlingen.

Prøver, der skal indsamles ved hjælp af standardprotokoller, omfatter:

• Podninger fra øvre luftveje (spyt, svælg og næsepodninger): prøver vil blive indsamlet på transportmedium i henhold til anbefalingerne fra "National Taskforce Committee for forebyggelse, kontrol og respons COVID-19 pandemi". Hver prøve vil blive indsamlet af uddannet feltpersonale ved hjælp af sterile nylonservietter med plastikskafter og indsat i den sterile kryovial indeholdende universal transport media (UTM).
• Prøverne vil blive placeret og transporteret i nedkølede kølere til CILM til test.
• Patientidentifikationsnummeret (se nedenfor) vil være forbundet med en relationsdatabase og fortrykte etiketter placeret på spørgeskemaet og på enhver prøve, der indsamles.
• Specifik qPCR for SARS-CoV2 (målrettet RdRp-, N- og E-gener) samt Pan-coronavirus-målretning RdRp vil blive udført på RNA ekstraheret fra retrospektive og prospektive næsepodninger, halspodninger og sputumprøver. Analyserne vil blive udført på CILM (Vientiane, Laos). Hver positiv prøve vil blive sekventeret og sammenlignet med referencesekvenser.
• Specifik IgG-test vil blive udført med luminex- og ELISA-teknologier fra spytprøver.
• Efter testning vil prøverne blive opbevaret ved -80°C ved CILM indtil videre analyse efter anmodning i mindst 15 år. Prøverne kan destrueres efter mindst 15 år efter anmodning fra myndighederne i Laos PDR og CILM's personalechef.
• Efter anmodning fra de koordinerende efterforskere af undersøgelsen (Phimpha Paboriboune og Eric Leroy) og samtykke fra den videnskabelige komité, vil genetisk materiale fra positive prøver blive sendt til MIVEGEC UMR IRD 224-CNRS 5290-Université de Montpellier - IRD (911, avenue Agropolis) , 34394 Montpellier Frankrig) for yderligere analyser, der ikke kan udføres ved CILM eller til helgenomsekventering.