Epidemiologisk undersøkelse av covid-19 i Laos ved hjelp av en én-helsetilnærming hos mennesker og dyr (LACOVISS)

1. INTRODUKSJON

   Dette prosjektet er hovedsakelig basert på to store spørsmål som forblir uløste. Den første er opprinnelsen til utbruddet og hendelsene som førte til overføring av SARS-CoV-2 til mennesker. Den andre er den slående epidemiologiske situasjonen i Laos, der bare noen få tilfeller er observert til tross for lignende biogeografiske og sosioøkologiske egenskaper som deles med Sørvest-Kina. Mangfoldet av vill fauna (spesielt i Sør-Kina og i Sørøst-Asia) , der flaggermusmangfoldet topper seg til over 100 arter), assosiert med den brede sirkulasjonen av koronavirus, spesielt i Laos PDR, og deres evolusjonære og zoonotiske potensial, indikerer at (tidligere eller fremtidige) oppkomster i Laos kan forventes. I tillegg, gitt den massive befolkningsbevegelsen mellom Laos og Kina, var det forventet en betydelig spredning av COVID-19 fra Kina til Laos. For å svare på disse to hovedspørsmålene, formulerer etterforskerne følgende arbeidshypoteser som skal adresseres i dette prosjektet.

   Forutsetning 1: COVID-19 kan massivt spre seg til Laos-befolkningen i nær fremtid gjennom ankomst til landet av infiserte individer.

   Forutsetning 2: SARS-CoV-2 har allerede sirkulert i Laos før utbruddet av COVID-19 i Kina.

   Forutsetning 3: SARS-CoV-2 kan hoppe fra dyrelivet og dukke opp i Laos menneskelige befolkning i fremtiden. Forutsetning 4: Noen genetiske, nært beslektede virus (SARS-CoV-2-lignende virus) har allerede sirkulert i Laos.

2. MÅL

   Det generelle målet med prosjektet er å belyse den naturlige historien til COVID-19 ved å undersøke sirkulasjonen av viruset i Laos PDR etter en ONE-HEALTH-tilnærming før (retrospektiv tilnærming) og etter (prospektiv tilnærming) den første opptredenen av utbruddet i Kina.

   Spesielt vil etterforskerne undersøke utviklingen av utbruddet og årsakene bak det relativt lave antallet covid-19-positive pasienter som er observert til dags dato i landet, til tross for at de deler biogeografiske og sosioøkologiske trekk og grenser over landegrensene med det sørvestlige Kina. .

   Under denne generelle overskriften er de sekundære målene:

   Hos mennesker:

   For å bestemme COVID-19-sirkulasjonen i kohorten før opptredenen av de første positive tilfellene i desember 2019 i Wuhan, Kina For å bestemme COVID-19-progresjonen, over en ettårsperiode fra begynnelsen av prosjektet For å evaluere SARS-CoV- 2 asymptomatiske infeksjoner For å vurdere tidligere SARS-CoV-2 sirkulasjon

   Hos dyr:

   For å undersøke SARS-CoV-2-overføring til kjæledyr og husdyr

3. METODOLOGI

   Hos mennesker:

   Prosjektet vil bli gjennomført i en fellesskapsbasert gruppe på 1092 husstander, inkludert 5400 studiedeltakere, fulgt opp mellom mars 2015 og februar 2019 for undersøkelse av influensalignende sykdommer og påvisning av forårsakende stoffer (LACORIS-prosjektet, Respiratory Infectious Disease among Cohorts in Vientian Capital, Lao PDR), som ligger i Vientiane storbyområde i Lao PDR (referanse 1 og interne rapporter).

   • Retrospektiv tilnærming: Å bestemme COVID-19-sirkulasjonen i kohorten før de første positive tilfellene dukket opp i desember 2019 i Wuhan, Kina, ved retrospektiv SARS-CoV-2 RNA-deteksjon i prøver samlet inn fra en kohort på 1092 husstander, inkludert 5400 studier deltakere, fulgt opp mellom mars 2015 og februar 2019 (LACORIS-prosjektet) (1 og interne rapporter).
   • Prospektiv tilnærming: For å bestemme COVID-19-progresjon, over en ettårsperiode fra begynnelsen av prosjektet, ved SARS-CoV-2 RNA-deteksjon hos individer som uttrykker en influensalignende sykdom.
   • For dette vil intra-familiær og intra-fellesskap overføringshastighet og kontekst bli evaluert ved SARS-CoV-2 RNA-deteksjon i kontakter med COVID-19 positive tilfeller oppdaget i løpet av den prospektive fasen av prosjektet.
   • For å vurdere tidligere SARS-CoV-2-sirkulasjon ved å screene spesifikke antistoffer fra spyttprøver i en randomisert gruppe av kohortstudien.

   Hos dyr:

   - Å undersøke SARS-CoV-2-overføring til kjæledyr og husdyr ved RNA-deteksjon hos dyr som lever med eller nær positive tilfeller oppdaget i den prospektive fasen av prosjektet.

4. STUDIESTEDER OG BEFOLKNING

   Studien vil dekke 1092 husstander, inkludert 5400 studiedeltakere som bor i 25 landsbyer innenfor de administrative grensene til hovedstadsområdet Vientiane. En husholdning ble definert som en gruppe individer som bor på samme tomt (ett eller flere hus) eller i samme bygning (leilighet) og deler måltidene sine. Alle studiemedforskere vil bli opplært før starten og under studien på de spesifikke aspektene ved studien.

5. FORSKNINGSFLØTSKART

5.1 Flytskjema over deltakeren med ILI-symptomer

Alle familiemedlemmer over 6 måneder som lever med SARS-CoV-2-positive individer vil ha ikke-invasiv undersøkelse for SARS-CoV-2-deteksjon (nese, svelg, vattpinne, spytt) og et spørreskjema.

Deltakelse i studien

Informasjon: Alle deltakere vil få utlevert et skriftlig informasjonsskjema for å delta i forskningen. Dette skjemaet vil gi informasjon om omfanget og intensjonen til studien samt forpliktelsene til studieforskerne og forventninger fra kohortmedlemmer.

Innhenting av samtykke: Før starten av studien vil det bli avtalt en avtale med det etterforskende overvåkingsteamet i husstanden for å forklare detaljene i prosjektet. Disse detaljene inkluderer å ta pusteprøver i tilfelle influensalignende sykdom for pasienten og familiemedlemmer. Teamet vil levere inn informasjonsskjemaet og samle inn det skriftlige samtykkeskjemaet fra hvert villig husstandsmedlem, tidligere signert av tre personer (intervjuer, forelder eller verge, vitne/familiemedlem)

Kohortdeltakelse:

Prosjektstudien vil strekke seg over en årsperiode og vil starte så snart den etiske godkjenningen er oppnådd. Husholdninger vil bli valgt fra husholdningsregistre og vil bli registrert i kohorten via dør-til-dør prøvetaking, i henhold til databasen som allerede er satt opp ved CILM. En husholdning er definert som en gruppe individer som bor på samme tomt (ett eller flere hus) eller i samme bygning (leilighet) og deler måltider. I løpet av et år vil aktiv funn av influensalignende sykdommer (ILI) bli utført blant kohorten gjennom ukentlige telefonsamtaler (N=500) til hver husstand av ansatte ved CILM. For å øke sannsynligheten for patogenidentifikasjon, vil studiedeltakerne bli oppfordret til å selvrapportere forekomst av symptomer for å muliggjøre tidlig innsamling av prøver. Så snart en sak oppfyller ILI-WHO-kriteriene, vil et gratis besøk bli organisert samme dag av det feltutdannede helsepersonellet (det undersøkende overvåkingsteamet) for å intervjue og verifisere sykdomskvalifikasjonskriteriene, for å fullføre en sykdom undersøkelsesskjema, hvor detaljer om symptomatologien vil bli samlet inn.

Diagnoseresultater og ILI-oppfølging:

Resultatene av COVID 19-analysen (positive eller negative) vil bli overført til NCLE (National Center for Laboratory and Epidemiology).

Hvis resultatet er COVID19-positivt, vil NCLE sende det til "National Taskforce Committee for forebygging, kontroll og respons COVID-19-pandemi". Den COVID-19-positive pasienten vil bli tatt hånd om av denne nasjonale komiteen og fulgt opp i henhold til offisielle prosedyrer.

I henhold til komiteens anbefalinger vil alle familiemedlemmer som lever med covid-19-pasienten bli tatt prøver for å se etter asymptomatiske infeksjoner. I alle andre tilfeller (påvisning av et annet luftveisvirus eller negative resultater), vil resultatet bli returnert på stedet, i skriftlig form, direkte til deltakeren (voksen eller barn mellom 12 og 18 år) eller til forelder eller foresatt ( barn under 12 år eller voksne med psykiatriske lidelser) av intervjueren. Deltakerne vil bli henvist til leger eller til de lokale helsevesenet som skal behandles. Det er fire generelle sykehus i Vientiane og flere lokale helsetjenester i hver av de 25 landsbyene som er inkludert i vår studie. Når en pasient vil utvikle ILI, vil legen i teamet vårt gi ham råd om enhver behandling som skal tas, om de forebyggende tiltakene som skal iverksettes for å unngå kontaminering av andre medlemmer av hans familie, og vil henvise ham til nærmeste helsevesen. Med unntak av unntakstilfeller anbefales ingen logistisk (transport) eller medisinsk støtte i prosjektet.

Pasienter eller deres familie vil bli fulgt 60 dager senere for å fastslå den generelle helsetilstanden, inkludert sykehusinnleggelse eller død.

5.2 Slutt på forskning

På slutten av studien vil en sluttrapport bli kommunisert til hver husstand og resultatene vil bli forklart av intervjueren.

Hver uke vil husstandens overordnede bli kontaktet på telefon for å spørre om et familiemedlem har utviklet tegn på sykdom. Hvis det ikke kommer nyheter fra en deltaker i 3 uker på rad, vil en etterforsker gå på stedet for å gjennomføre mer presise undersøkelser.

5.3 Spørreskjemaer

Totalt sett inkluderer studien to typer spørreskjemaer:

Et spørreskjema for husholdningsregistrering, inkludert sosiodemografiske detaljer. Folketellingsspørsmål stilt ved påmelding for å bygge en database over deltakende landsbyer for ukentlige hjemmebesøk, sykdomsundersøkelser og oppfølgingsundersøkelser. Dette spørreskjemaet vil bli fylt ut av intervjueren for hver husstand, ved påmeldingstidspunktet, når informasjonsskjemaet vil bli levert inn og signaturen til det informerte samtykket innhentes.

Et sykdomsundersøkelsesspørreskjema, inkludert detaljer om ILI-sykdommen. Spørsmål som stilles vil gi informasjon om personen som melder seg med sykdom og inkluderer grunnleggende kliniske observasjoner og annen informasjon som er relevant for å forstå kilden til sykdommen. Dette spørreskjemaet vil bli fylt ut av intervjueren på tidspunktet for prøveinnsamlingen.

Prøver som skal tas ved bruk av standardprotokoller inkluderer:

• Øvre luftveisprøver (spytt, svelg og neseprøver): prøver vil bli samlet inn på transportmedium i henhold til anbefalingene fra "National Taskforce Committee for prevention, control and response COVID-19 pandemic". Hver prøve vil bli samlet inn av opplært feltpersonell som bruker sterile nylonservietter med plastskaft og settes inn i det sterile kryovialet som inneholder universal transport media (UTM).
• Prøvene vil bli plassert og transportert i nedkjølte kjølere til CILM for testing.
• Pasientens identifikasjonsnummer (se nedenfor) vil være koblet sammen med en relasjonsdatabase og forhåndstrykte etiketter plassert på spørreskjemaet og på alle prøver som samles inn
• Spesifikk qPCR for SARS-CoV2 (målrettet mot RdRp-, N- og E-gener) samt Pan-coronavirus-målretting mot RdRp vil bli utført på RNA ekstrahert fra retrospektive og prospektive neseprøver, svelgprøver og sputumprøver. Analysene vil bli utført ved CILM (Vientiane, Laos). Hver positiv prøve vil bli sekvensert og sammenlignet med referansesekvenser.
• Spesifikk IgG-testing vil bli utført med luminex- og ELISA-teknologier fra spyttprøver.
• Etter testing vil prøvene lagres ved -80°C ved CILM inntil videre analyse på forespørsel i minst 15 år. Prøvene kan destrueres etter minst 15 år på forespørsel fra myndighetene i Laos PDR og stabssjefen til CILM.
• På forespørsel fra de koordinerende etterforskerne av studien (Phimpha Paboriboune og Eric Leroy) og samtykke fra den vitenskapelige komiteen, vil genetisk materiale fra positive prøver bli sendt til MIVEGEC UMR IRD 224-CNRS 5290-Université de Montpellier - IRD (911, avenue Agropolis) , 34394 Montpellier Frankrike) for ytterligere analyser som ikke kan utføres ved CILM eller for helgenomsekvensering.