使用人类和动物的单一健康方法对老挝 COVID-19 进行流行病学调查 (LACOVISS)

1. 介绍

   该项目主要基于两个尚未解决的重大问题。 第一个是爆发的起源以及导致 SARS-CoV-2 传播给人类的事件。 第二个是老挝惊人的流行病学情况，尽管与中国西南部具有相似的生物地理和社会生态特征，但仅观察到少数病例。野生动物群的多样性（特别是在中国南部和东南亚） ，其中蝙蝠多样性达到 100 多种的峰值），与冠状病毒的广泛传播有关，尤其是在老挝人民民主共和国，以及它们的进化和人畜共患病潜力，表明老挝（过去或未来）的出现是可以预期的。 此外，鉴于老挝和中国之间人口大量流动，预计 COVID-19 会从中国大量传播到老挝。 为了回答这两个主要问题，研究人员制定了以下工作假设以在该项目中解决。

   假设 1：COVID-19 可能在不久的将来通过感染者抵达老挝而大规模传播到老挝人口。

   假设 2：在中国出现 COVID-19 爆发之前，SARS-CoV-2 已经在老挝传播。

   假设 3：SARS-CoV-2 可能在未来从野生动物中传播并进入老挝人群 假设 4：一些基因密切相关的病毒（SARS-CoV-2 类病毒）已经在老挝传播。

2. 目标

   该项目的总体目标是通过在老挝首次出现疫情之前（回顾性方法）和之后（前瞻性方法）调查病毒在老挝人民民主共和国的传播情况来阐明 COVID-19 的自然历史。中国。

   特别是，研究人员将调查疫情的进展以及迄今为止在该国观察到的 COVID-19 阳性患者数量相对较少的原因，尽管该国与中国西南部具有相同的生物地理和社会生态特征并跨境.

   在这个总标题下，次要目标是：

   在人类中：

   确定 2019 年 12 月在中国武汉出现第一例阳性病例之前 COVID-19 在队列中的传播 确定 COVID-19 的进展，从项目开始的一年期间 评估 SARS-CoV- 2 无症状感染 评估过去的 SARS-CoV-2 传播

   在动物中：

   调查 SARS-CoV-2 向宠物和家畜的传播

3. 方法

   在人类中：

   该项目将在 1092 个家庭的社区队列中进行，其中包括 5400 名研究参与者，在 2015 年 3 月至 2019 年 2 月期间进行流感样疾病调查和病原体检测的随访（LACORIS 项目，万象队列中的呼吸道传染病Capital, Lao PDR)，位于老挝人民民主共和国万象大都市区（参考文献 1 和内部报告）。

   • 回顾性方法：在 2019 年 12 月中国武汉出现第一例阳性病例之前，通过对从 1092 个家庭（包括 5400 项研究）采集的样本进行回顾性 SARS-CoV-2 RNA 检测，确定队列中 COVID-19 的传播情况参与者，在 2015 年 3 月至 2019 年 2 月期间进行了跟进（LACORIS 项目）（1 和内部报告）。
   • 前瞻性方法：通过对表现出流感样疾病的个体进行 SARS-CoV-2 RNA 检测，确定 COVID-19 在项目开始后一年内的进展。
   • 为此，将通过在项目的前瞻性阶段检测到的 COVID-19 阳性病例的接触者中检测 SARS-CoV-2 RNA 来评估家庭内和社区内的传播率和背景。
   • 通过在队列研究的随机组中筛选唾液拭子中的特异性抗体来评估过去的 SARS-CoV-2 循环。

   在动物中：

   - 通过在项目的前瞻性阶段检测到阳性病例或接近阳性病例的动物中进行 RNA 检测，调查 SARS-CoV-2 向宠物和家畜的传播。

4. 研究地点和人群

   该研究将覆盖 1092 户家庭，其中包括 5400 名研究参与者，他们生活在万象大都市区行政边界内的 25 个村庄。 家庭被定义为居住在同一块土地（一栋或多栋房屋）或同一栋建筑物（公寓）中并共享膳食的一组个人研究的具体方面。

5. 研究流程图

5.1 有ILI症状的参与者流程图

与 SARS-CoV-2 阳性个体一起生活超过 6 个月的所有家庭成员都将接受非侵入性 SARS-CoV-2 检测（鼻腔、咽喉、拭子、唾液）检查和问卷调查。

参与研究

信息：所有参与者都将收到一份参与研究的书面信息表。 该表格将提供有关研究范围和意图的信息，以及研究调查员的义务和队列成员的期望。

同意书的收集：在研究开始之前，将安排与住户调查监督小组的会面，以解释项目的细节。 这些细节包括为患者和家庭成员采集呼吸道拭子样本，以防出现流感样疾病。 团队将递交信息表，并从每位愿意的家庭成员那里收集书面同意书，事先由三人（采访者、父母或监护人、证人/家庭成员）签名

队列参与：

该项目研究将持续一年以上，并将在获得伦理许可后立即开始。 根据 CILM 已经建立的数据库，家庭将从户籍登记处选出，并通过挨家挨户抽样的方式登记到队列中。 家庭被定义为居住在同一块土地（一栋或多栋房屋）或同一栋建筑物（公寓）内并共享膳食的一群人。 在一年多的时间里，CILM 的工作人员将通过每周给每个家庭打电话（N=500），在队列中主动发现流感样疾病 (ILI) 的病例。 为了增加病原体鉴定的可能性，将鼓励研究参与者自我报告症状的发生，以便及早收集标本。 一旦病例符合ILI-WHO标准，经过现场培训的医护人员（调查监测组）将在当天组织免费访问，采访并验证疾病资格标准，完成疾病调查问卷，其中将收集有关症状学的详细信息。

诊断结果和 ILI 随访：

COVID 19 分析结果（阳性或阴性）将传送至 NCLE（国家实验室和流行病学中心）。

如果结果为 COVID19 阳性，NCLE 会将其发送给“国家预防、控制和应对 COVID-19 大流行特别工作组委员会”。 COVID-19 阳性患者将由该国家委员会照顾，并根据官方程序进行跟进。

根据委员会的建议，将对所有与 COVID-19 患者一起生活的家庭成员进行采样，以寻找无症状感染者。 在所有其他情况下（检测到另一种呼吸道病毒或阴性结果），结果将在现场以书面形式直接返回给参与者（成人或 12 至 18 岁的儿童）或父母或监护人（ 12 岁以下的儿童或患有精神疾病的成人）由访谈者提供。 参与者将被转介给医生或当地医疗机构接受治疗。 万象有四家综合医院，在我们研究的 25 个村庄中，每个村庄都有几个地方医疗机构。 当患者患上 ILI 时，我们团队的医生会建议他采取任何治疗措施，采取预防措施以避免感染其他家庭成员，并指导他到最近的医疗机构就医。 除特殊情况外，项目不建议提供后勤（运输）或医疗支持。

患者或其家人将在 60 天后接受检查以确定总体健康状况，包括住院或死亡。

5.2 研究结束

研究结束时，最终报告将传达给每个家庭，调查员将解释结果。

每个星期，我们都会通过电话联系户主，询问他的一位家庭成员是否有生病的迹象。 如果参与者连续3周没有消息，调查员将到现场进行更精确的调查。

5.3 问卷

总体而言，该研究包括两种问卷：

家庭登记问卷，包括社会人口学详细信息。 登记时提出普查问题，建立参与村数据库，用于每周家访、疾病调查和跟踪调查。 这份问卷将由调查员为每户家庭填写，在登记时，将提交信息表并签署知情同意书。

疾病调查问卷，包括 ILI 疾病的详细信息。 提出的问题将提供有关报告患病者的信息，包括基本临床观察结果和其他与了解疾病来源相关的信息。 调查问卷将由调查员在样本采集时填写。

使用标准协议收集的标本包括：

• 上呼吸道拭子（唾液、咽喉和鼻拭子）：根据“预防、控制和应对 COVID-19 大流行国家工作组委员会”的建议，将在运输介质上收集样本。 每个样本将由经过培训的现场工作人员使用带塑料轴的无菌尼龙拭子收集，并插入装有通用运输介质 (UTM) 的无菌冷冻管中。
• 样品将被放置在冷藏箱中并运送到 CILM 进行测试。
• 患者识别号（见下文）将通过关系数据库和预先印制的标签链接到问卷和收集的任何标本上
• SARS-CoV2（靶向 RdRp、N 和 E 基因）以及泛冠状病毒靶向 RdRp 的特异性 qPCR 将对从回顾性和前瞻性鼻拭子、咽拭子和痰标本中提取的 RNA 进行。 分析将在 CILM（老挝万象）进行。 每个阳性样本将被测序并与参考序列进行比较。
• 特定的 IgG 测试将通过 luminex 和 ELISA 技术从唾液拭子中进行。
• 测试后，样品将在 CILM 的 -80°C 下储存，直到根据要求进行至少 15 年的进一步分析。 根据老挝人民民主共和国当局和 CILM 员工经理的要求，这些样本可以在至少 15 年后销毁。
• 应研究协调调查员（Phimpha Paboriboune 和 Eric Leroy）的要求并征得科学委员会的同意，阳性样本的遗传材料将发送至 MIVEGEC UMR IRD 224-CNRS 5290-Université de Montpellier - IRD（911, avenue Agropolis , 34394 Montpellier France) 用于无法在 CILM 或全基因组测序中进行的进一步分析。