Epidemiologisk undersökning av covid-19 i Laos med en enhälsostrategi hos människor och djur (LACOVISS)

1. INTRODUKTION

   Detta projekt bygger huvudsakligen på två stora frågor som förblir olösta. Den första är ursprunget till utbrottet och händelserna som ledde till överföringen av SARS-CoV-2 till människor. Den andra är den slående epidemiologiska situationen i Laos, där endast ett fåtal fall har observerats trots liknande biogeografiska och socioekologiska egenskaper som delas med sydvästra Kina. Mångfalden av vild fauna (särskilt i södra Kina och i Sydostasien , där mångfalden av fladdermöss når upp till över 100 arter), associerad med den breda cirkulationen av coronavirus, särskilt i Laos PDR, och deras evolutionära och zoonotiska potential, indikerar att (tidigare eller framtida) uppkomster i Laos kan förväntas. Med tanke på den massiva befolkningsrörelsen mellan Laos och Kina förväntades det dessutom en betydande spridning av covid-19 från Kina till Laos. För att svara på dessa två huvudfrågor formulerar utredarna följande arbetshypoteser att ta itu med i detta projekt.

   Antagande 1: COVID-19 kan massivt spridas till befolkningen i Laos inom en snar framtid genom ankomsten till landet av infekterade individer.

   Antagande 2: SARS-CoV-2 har redan cirkulerat i Laos före uppkomsten av covid-19-utbrottet i Kina.

   Antagande 3: SARS-CoV-2 kan hoppa från vilda djur och dyka upp i Laos mänskliga befolkning i framtiden. Antagande 4: Vissa genetiskt närbesläktade virus (SARS-CoV-2-liknande virus) har redan cirkulerat i Laos.

2. MÅL

   Det allmänna målet med projektet är att klarlägga den naturliga historien för covid-19 genom att undersöka virusets cirkulation i Laos PDR enligt en ONE-HEALTH-metod före (retrospektivt tillvägagångssätt) och efter (prospektivt tillvägagångssätt) det första uppkomsten av utbrottet i Kina.

   I synnerhet kommer utredarna att undersöka utvecklingen av utbrottet och orsakerna bakom det relativt låga antalet covid-19-positiva patienter som hittills observerats i landet, trots att de delar biogeografiska och socioekologiska egenskaper och gränsar över gränserna med sydvästra Kina. .

   Under denna allmänna rubrik är de sekundära målen:

   I människor:

   För att fastställa COVID-19-cirkulationen inom kohorten före uppkomsten av de första positiva fallen i december 2019 i Wuhan, Kina För att bestämma covid-19-progressionen, under en ettårsperiod från projektets början För att utvärdera SARS-CoV- 2 asymtomatiska infektioner För att bedöma tidigare SARS-CoV-2-cirkulation

   Hos djur:

   För att undersöka SARS-CoV-2-överföring till husdjur och husdjur

3. METODIK

   I människor:

   Projektet kommer att genomföras inom en gemenskapsbaserad kohort av 1092 hushåll, inklusive 5400 studiedeltagare, som följs upp mellan mars 2015 och februari 2019 för utredning av influensaliknande sjukdomar och upptäckt av orsakande agens (LACORIS-projektet, Respiratory Infectious Disease among Cohorts in Vientian Huvudstad, Laos PDR), belägen i Vientianes storstadsområde i Laos PDR (referens 1 och interna rapporter).

   • Retrospektivt tillvägagångssätt: Att bestämma cirkulationen av cohort-19 inom kohorten före uppkomsten av de första positiva fallen i december 2019 i Wuhan, Kina, genom retrospektiv SARS-CoV-2 RNA-detektion i prover som samlats in från en kohort av 1092 hushåll, inklusive 5400 studier deltagare, uppföljning mellan mars 2015 och februari 2019 (LACORIS-projektet) (1 och interna rapporter).
   • Prospektivt tillvägagångssätt: För att fastställa covid-19-progression, under en ettårsperiod från projektets början, genom SARS-CoV-2 RNA-detektion hos individer som uttrycker en influensaliknande sjukdom.
   • För detta kommer överföringshastighet och sammanhang inom familjen och inom gemenskapen att utvärderas genom SARS-CoV-2 RNA-detektion i kontakter med COVID-19-positiva fall som upptäckts under projektets framtida fas.
   • Att bedöma tidigare SARS-CoV-2-cirkulation genom att screena specifika antikroppar från salivprover i en randomiserad grupp av kohortstudien.

   Hos djur:

   - Att undersöka SARS-CoV-2-överföring till sällskapsdjur och husdjur genom RNA-detektion hos djur som lever med eller nära positiva fall som upptäckts under projektets framtida fas.

4. STUDIEPLATSER OCH BEFOLKNING

   Studien kommer att omfatta 1092 hushåll, inklusive 5400 studiedeltagare som bor i 25 byar inom de administrativa gränserna för Vientianes storstadsområde. Ett hushåll definierades som en grupp individer som bor på samma tomt (ett eller flera hus) eller i samma byggnad (lägenhet) och delar sina måltider. Alla studiens medutredare kommer att utbildas före början och under studien den de specifika aspekterna av studien.

5. FORSKNINGSFLÖDESSCHEMA

5.1 Flödesschema över deltagaren med ILI-symtom

Alla familjemedlemmar mer än 6 månader som lever med SARS-CoV-2-positiva individer kommer att ha en icke-invasiv undersökning för SARS-CoV-2-detektering (näsa, hals, pinne, saliv) och ett frågeformulär.

Deltagande i studien

Information: Alla deltagare kommer att få ett skriftligt informationsformulär för att delta i forskningen. Det här formuläret kommer att ge information om studiens omfattning och avsikt samt studieutredarnas skyldigheter och förväntningar från kohortens medlemmar.

Insamling av samtycke: Innan studien påbörjas kommer ett möte med det undersökande övervakningsteamet i hushållet att bokas för att förklara detaljerna i projektet. Dessa detaljer inkluderar att ta prover från andningsprov vid influensaliknande sjukdom för patienten och familjemedlemmar. Teamet kommer att lämna in informationsformuläret och samla in det skriftliga samtyckesformuläret från varje villig hushållsmedlem, tidigare undertecknad av tre personer (intervjuare, förälder eller vårdnadshavare, vittne/familjemedlem)

Kohortdeltagande:

Projektstudien kommer att sträcka sig över ett år och påbörjas så snart det etiska godkännandet erhålls. Hushåll kommer att väljas ut från hushållsregister och kommer att registreras i kohorten via dörr-till-dörr-provtagning, enligt den databas som redan har upprättats på CILM. Ett hushåll definieras som en grupp individer som bor på samma tomt (ett eller flera hus) eller i samma byggnad (lägenhet) och delar måltider. Under ett år kommer aktiva fall att hitta för influensaliknande sjukdomar (ILI) att genomföras bland kohorten genom telefonsamtal per vecka (N=500) till varje hushåll av personal på CILM. För att öka sannolikheten för identifiering av patogener kommer studiedeltagare att uppmuntras att självrapportera förekomst av symtom för att möjliggöra tidig provtagning. Så snart ett fall uppfyller ILI-WHO-kriterierna kommer ett kostnadsfritt besök att anordnas samma dag av den fältutbildade sjukvårdspersonalen (det undersökande övervakningsteamet) för att intervjua och verifiera kriterierna för sjukdomsberättigande, för att slutföra en sjukdom utredningsformulär, där detaljer om symtomen kommer att samlas in.

Diagnosresultat och ILI-uppföljning:

Resultaten av COVID 19-analyser (positiva eller negativa) kommer att överföras till NCLE (National Center for Laboratory and Epidemiology).

Om resultatet är positivt för covid19 kommer NCLE att skicka det till "National Taskforce Committee for prevention, control and response COVID-19 pandemic". Den covid-19-positiva patienten kommer att tas om hand av denna nationella kommitté och följas upp enligt de officiella rutinerna.

Enligt kommitténs rekommendationer kommer alla familjemedlemmar som lever med covid-19-patienten att ta prover för att leta efter asymtomatiska infektioner. I alla andra fall (upptäckt av annat luftvägsvirus eller negativa resultat) kommer resultatet att returneras på plats, i skriftlig form, direkt till deltagaren (vuxen eller barn mellan 12 och 18 år) eller till föräldern eller vårdnadshavaren ( barn under 12 år eller vuxna med psykiatriska störningar) av intervjuaren. Deltagarna kommer att hänvisas till läkare eller till de lokala sjukvårdsstrukturerna som ska behandlas. Det finns fyra allmänna sjukhus i Vientiane och flera lokala sjukvårdsstrukturer i var och en av de 25 byarna som ingår i vår studie. När en patient kommer att utveckla ILI kommer läkaren i vårt team att ge honom råd om vilken behandling som ska tas, om de förebyggande åtgärder som ska vidtas för att undvika kontaminering av andra medlemmar av hans familj och kommer att leda honom till närmaste vårdstruktur. Förutom i undantagsfall rekommenderas inget logistiskt (transport) eller medicinskt stöd i projektet.

Patienter eller deras familj kommer att behandlas 60 dagar senare för att fastställa det övergripande hälsotillståndet, inklusive sjukhusvistelse eller dödsfall.

5.2 Slut på forskning

I slutet av studien kommer en slutrapport att kommuniceras till varje hushåll och resultaten kommer att förklaras av intervjuaren.

Varje vecka kommer hushållsföreståndaren att kontaktas per telefon för att fråga om en medlem i hans familj har utvecklat tecken på sjukdom. Om det inte kommer några nyheter från en deltagare under 3 veckor i följd kommer en utredare att åka på plats för att göra mer exakta undersökningar.

5.3 Frågeformulär

Sammantaget innehåller studien två typer av frågeformulär:

Ett frågeformulär för hushållsregistrering, inklusive sociodemografiska uppgifter. Folkräkningsfrågor som ställdes vid registreringen för att bygga en databas över deltagande byar för hembesök varje vecka, sjukdomsutredning och uppföljningsutredning. Detta frågeformulär kommer att fyllas i av intervjuaren för varje hushåll, vid tidpunkten för registreringen, då informationsformuläret kommer att lämnas in och underskrift av det informerade samtycket erhålls.

Ett frågeformulär för sjukdomsutredning, inklusive detaljer om ILI-sjukdomen. Frågor som ställs kommer att ge information om den person som rapporterar sjukdom och inkluderar grundläggande kliniska observationer och annan information som är relevant för att förstå källan till sjukdomen. Detta frågeformulär kommer att fyllas i av intervjuaren vid tidpunkten för provtagningen.

Prover som ska tas med hjälp av standardprotokoll inkluderar:

• Svabbar av övre luftvägarna (saliv-, hals- och näsprover): prover kommer att samlas in på transportmedium enligt rekommendationerna från "National Taskforce Committee for prevention, control and response COVID-19 pandemic". Varje prov kommer att samlas in av utbildad fältpersonal med hjälp av sterila nylonservetter med plastskaft och förs in i den sterila kryovialen som innehåller universellt transportmedium (UTM).
• Proverna kommer att placeras och transporteras i kylda kylare till CILM för testning.
• Patientens identifikationsnummer (se nedan) kommer att länkas av en relationsdatabas och förtryckta etiketter placerade på frågeformuläret och på eventuella prover som samlas in
• Specifik qPCR för SARS-CoV2 (inriktad på RdRp-, N- och E-gener) samt Pan-coronavirus-inriktad RdRp kommer att utföras på RNA extraherat från retrospektiva och prospektiva näsprover, svalgprover och sputumprover. Analyserna kommer att utföras vid CILM (Vientiane, Laos). Varje positivt prov kommer att sekvenseras och jämföras med referenssekvenser.
• Specifik IgG-testning kommer att utföras med luminex- och ELISA-teknologier från salivprover.
• Efter testning kommer proverna att förvaras vid -80°C vid CILM tills vidare analys på begäran i minst 15 år. Proverna kan förstöras efter minst 15 år på begäran från myndigheterna i Laos PDR och personalchefen för CILM.
• På begäran från de samordnande utredarna av studien (Phimpha Paboriboune och Eric Leroy) och samtycke från den vetenskapliga kommittén, kommer genetiskt material från positiva prover att skickas till MIVEGEC UMR IRD 224-CNRS 5290-Université de Montpellier - IRD (911, avenue Agropolis) , 34394 Montpellier Frankrike) för ytterligare analyser som inte kan utföras vid CILM eller för helgenomsekvensering.