神経内分泌腫瘍のバイオマーカーとしての神経内分泌表現型の EpigenOMic 決定因子
神経内分泌腫瘍の非侵襲的診断のためのバイオマーカーとしての神経内分泌表現型のエピゲノミック決定因子
調査の概要
状態
詳細な説明
GEP-NEN は、比較的進行性が低く、より悪性度の高い腫瘍を含む異質な疾患群であり、場合によっては混合外分泌/内分泌成分 (MINEN) を伴います。 診断と治療における不確実性が根強いため、混合型やより悪性度の高い型の予後は依然として不良です。 非侵襲的検査により、タイムリーな特定と長期にわたる監視が可能になります。 それらの生物学と表現型の分化プロセスをより深く理解することで、新しい治療法への道が開かれる可能性があります。 分化は、転写プログラムを形成するエピジェネティックな状況の変化に続き、そこから推測することができます。 エピジェネティック マーカーの中でも、DNA メチル化は循環腫瘍 DNA (ctDNA) で測定できるため、非侵襲的検出に特に適しています。 最近 Magi et al Nat Comms Biol 2022 で示されたように、Oxford Nanopore Technologies (ONT) のような新しいテクノロジーにより、DNA 配列とメチル化の同時分析が可能になります。 以前の研究では、異なる神経内分泌エピトランスクリプトームランドスケープが同定されていましたが、腫瘍標本に対して実施されたため（Yachida et al Cancer Discov 2022）、神経内分泌腫瘍細胞内で特異的に生成されたシグナルと、周囲の非腫瘍細胞または外分泌腫瘍細胞によるノイズとの識別が妨げられていました。 この問題は現在、凍結またはパラフィン包埋された患者サンプルから直接単一細胞の配列決定を可能にする方法によって解決される可能性があります。
期待される主な成果は、GEP-NEN と MiNEN の検出とモニタリングのための新しいリキッド バイオプシー アッセイの開発です。 この目的を達成するために、我々は、オックスフォード ナノポア テクノロジーズ (ONT) シーケンシングの機能を利用して、シーケンシングとメチル化 DNA プロファイルを同時に生成します。 重要なことは、ctDNA からの起始細胞の評価には、メチル化およびフラグメントミクスシグナルと、以前に生成された参照細胞および組織のマップとの比較が必要であることです (Katsman et al 2022 Genome Biology)。 NEN のような稀な腫瘍の場合、これらのマップは文献から入手できません。 NEN のエピゲノム特徴を特徴づけた少数の研究は、周囲の間質によって汚染されている可能性が高いため、エピジェネティックシグナル (フラグメントミクスに不可欠な DNA メチル化と腫瘍特異的転写因子結合部位の両方を含む) は血液中の検出には有益ではない可能性があります。
研究の種類
入学 (推定)
連絡先と場所
研究連絡先
- 名前：Nicola Fazio, MD
- 電話番号：0257489258
- メール：divisione.gastrointestinale@ieo.it
研究連絡先のバックアップ
- 名前：Francesca Spada, MD
- 電話番号：0257489258
- メール：divisione.gastrointestinale@ieo.it
研究場所
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Milan、イタリア、20141
- 募集
- European Institute of Oncology
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コンタクト：
- Giuseppe Badalamenti, MD
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コンタクト：
- Chiara Maria Grana, MD
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コンタクト：
- Lorenzo Gervaso, MD
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コンタクト：
- Chiara Alessandra Cella, MD
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コンタクト：
- Nicola Fazio, MD,PhD
- 電話番号：0257489258
- メール：divisione.gastrointestinale@ieo.it
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コンタクト：
- Nicola Fazio, MD,PhD
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コンタクト：
- Francesca Spada, MD
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コンタクト：
- Luca Mazzarella, MD
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コンタクト：
- Elenora Pisa, MD
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コンタクト：
- Emilio Bertani, MD
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コンタクト：
- Laura Algeri, MD
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参加基準
適格基準
就学可能な年齢
- 大人
- 高齢者
健康ボランティアの受け入れ
サンプリング方法
調査対象母集団
GEP-NEN 患者。適切な材料を収集し、臨床的に意味のあるシナリオでのアッセイの感度と特異性を正式な臨床で確立することを目的としています。
非NENと比較してこの疾患は相対的に稀であるため、連続した集団を登録することはありませんが、症例対照研究を設定します。
- 症例：切除可能で組織学的に確認されたNENを有する患者
- 対照：切除可能な、組織学的に確認された非神経内分泌性胃腸腫瘍（胃、膵臓、結腸直腸、小腸を含む）を有する患者。
患者は、術前の診断生検に基づいて症例群または対照群として登録されますが、術後の完全な組織学的検査に基づいて症例群または対照群に最終的に割り当てられます。
説明
包含基準:
- 組織学的にNEC/MINENと診断され根治的手術が可能な患者
- 組織学的にNETと診断され根治的手術が可能な患者
- 転移性NET/NECを有し、緩和目的を含む生検または手術が可能な患者
患者の組織学的に確認された非NEN組織型:
- 結腸直腸癌
- 小腸癌
- 胃癌または食道癌
- 膵管腺がん
- 非NEN GI癌腫からの転移切除術
除外基準:
- G1 および G2 の評価 <=10% Ki67
- 新生物の合併（3年以内）
- 付随する主要な血液学的変化
- 主要臓器機能不全の併発（例： G3/4 肝不全または腎不全）
- 進行中の化学療法
研究計画
研究はどのように設計されていますか？
デザインの詳細
コホートと介入
グループ/コホート |
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神経内分泌腫瘍の症例
組織学的に神経内分泌腫瘍が確認され、神経内分泌腫瘍と非神経内分泌腫瘍の各成分が30%を超えることが確認された混合型および高悪性度神経内分泌癌の患者
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非神経内分泌腫瘍の制御
組織学的に確認された非神経内分泌性胃腸腫瘍（胃、膵臓、結腸直腸、小腸を含む）を有する患者。
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この研究は何を測定していますか？
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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循環methDNA/フラグメントミクス診断アッセイの開発
時間枠：2年
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神経内分泌腫瘍を特徴付けるエピジェネティックな差異を利用して、神経内分泌由来の循環腫瘍 DNA を検出できる DNA メチル化ベースのリキッド バイオプシー アッセイを構築し、GEP-MiNEN の非侵襲的診断とモニタリングを可能にします。
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2年
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協力者と研究者
捜査官
- 主任研究者：Nicola Fazio, MD、European Institute of Oncology
研究記録日
主要日程の研究
研究開始 (実際)
一次修了 (推定)
研究の完了 (推定)
試験登録日
最初に提出
QC基準を満たした最初の提出物
最初の投稿 (実際)
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
最終確認日
詳しくは
本研究に関する用語
その他の研究ID番号
- L2-154
医薬品およびデバイス情報、研究文書
米国FDA規制医薬品の研究
米国FDA規制機器製品の研究
米国で製造され、米国から輸出された製品。
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