EpigenOMische determinanten van het neuro-endocriene fenotype als biomarkers voor neuro-endocriene neoplasmata
EpigenOMische determinanten van het neuro-endocriene fenotype als biomarkers voor niet-invasieve diagnose van neuro-endocriene neoplasmata
Studie Overzicht
Toestand
Gedetailleerde beschrijving
GEP-NEN's vormen een heterogene groep ziekten die relatief indolente en agressievere tumoren omvat, soms met gemengde exocriene/endocriene componenten (MINEN's). Als gevolg van aanhoudende onzekerheden in de diagnose en behandeling blijft de prognose van de gemengde en agressievere vormen slecht. Niet-invasieve tests zouden tijdige identificatie en monitoring in de loop van de tijd mogelijk maken. Een beter begrip van hun biologie en van het fenotypische differentiatieproces kan de weg vrijmaken voor nieuwe therapieën. Differentiatie volgt, en kan worden afgeleid uit, veranderingen in het epigenetische landschap die transcriptionele programma's vormgeven. Van de epigenetische markers is DNA-methylatie bijzonder geschikt voor niet-invasieve detectie, aangezien het kan worden gemeten in circulerend tumor-DNA (ctDNA). Nieuwe technologieën zoals Oxford Nanopore Technologies (ONT) maken gelijktijdige analyse van DNA-sequentie en methylering mogelijk, zoals we onlangs hebben aangetoond door Magi et al. Nat Comms Biol 2022. Eerdere studies identificeerden verschillende neuro-endocriene epi-transcriptomische landschappen, maar werden uitgevoerd op tumorspecimens (Yachida et al. Cancer Discov 2022), waardoor de discriminatie van signalen die specifiek in neuro-endocriene tumorcellen worden gegenereerd, wordt belemmerd ten opzichte van de ruis als gevolg van omringende niet-tumorale of exocriene tumorcellen. Dit wordt nu mogelijk opgelost door methoden die het mogelijk maken om de sequentie van één cel rechtstreeks uit bevroren of in paraffine ingebedde patiëntmonsters te bepalen.
Het belangrijkste verwachte resultaat is de ontwikkeling van een nieuwe vloeibare biopsietest voor de detectie en monitoring van GEP-NEN's en MiNEN's. Daartoe zullen we het vermogen van Oxford Nanopore Technologies (ONT)-sequencing benutten om tegelijkertijd sequencing en gemethyleerde DNA-profielen op te leveren. Belangrijk is dat de beoordeling van de oorsprong van de cel uit ctDNA de vergelijking vereist van methylatie- en fragmentomics-signalen met eerder gegenereerde kaarten van referentiecellen en weefsels (Katsman et al. 2022 Genome Biology). Voor zeldzame tumoren zoals NEN's zijn deze kaarten niet beschikbaar in de literatuur; de weinige onderzoeken die de epigenomische kenmerken van NEN's hebben gekarakteriseerd, zijn waarschijnlijk besmet door het omringende stroma, dus epigenetische signalen (inclusief zowel DNA-methylatie als tumorspecifieke transcriptiefactorbindingsplaatsen, essentieel voor fragmentomics) kunnen niet informatief zijn voor detectie in het bloed.
Studietype
Inschrijving (Geschat)
Contacten en locaties
Studiecontact
- Naam: Nicola Fazio, MD
- Telefoonnummer: 0257489258
- E-mail: divisione.gastrointestinale@ieo.it
Studie Contact Back-up
- Naam: Francesca Spada, MD
- Telefoonnummer: 0257489258
- E-mail: divisione.gastrointestinale@ieo.it
Studie Locaties
-
-
-
Milan, Italië, 20141
- Werving
- European Institute of Oncology
-
Contact:
- Giuseppe Badalamenti, MD
-
Contact:
- Chiara Maria Grana, MD
-
Contact:
- Lorenzo Gervaso, MD
-
Contact:
- Chiara Alessandra Cella, MD
-
Contact:
- Nicola Fazio, MD,PhD
- Telefoonnummer: 0257489258
- E-mail: divisione.gastrointestinale@ieo.it
-
Contact:
- Nicola Fazio, MD,PhD
-
Contact:
- Francesca Spada, MD
-
Contact:
- Luca Mazzarella, MD
-
Contact:
- Elenora Pisa, MD
-
Contact:
- Emilio Bertani, MD
-
Contact:
- Laura Algeri, MD
-
-
Deelname Criteria
Geschiktheidscriteria
Leeftijden die in aanmerking komen voor studie
- Volwassen
- Oudere volwassene
Accepteert gezonde vrijwilligers
Bemonsteringsmethode
Studie Bevolking
Patiënten met GEP-NEN's, met als doel adequaat materiaal te verzamelen en voor een formele klinische fase om de gevoeligheid en specificiteit van de test vast te stellen in een klinisch betekenisvol scenario.
Vanwege de relatieve zeldzaamheid van de ziekte in vergelijking met niet-NEN-patiënten zullen we geen opeenvolgende populatie inschrijven, maar zullen we een patiënt-controleonderzoek opzetten:
- Gevallen: patiënten met reseceerbare, histologisch bevestigde NEN's
- Controles: patiënten met reseceerbare, histologisch bevestigde niet-neuro-endocriene gastro-intestinale tumoren (waaronder maag-, pancreas-, colorectale, dunne darm).
Patiënten zullen worden ingeschreven als casus of controlegroep op basis van hun pre-operatieve diagnostische biopsie, maar zullen definitief worden toegewezen aan de casus- of controlegroep op basis van hun volledige histologische onderzoek na de operatie.
Beschrijving
Inclusiecriteria:
- Patiënt met een histologisch bevestigde diagnose van NEC/MINEN die vatbaar is voor een radicale ingreep
- Patiënt met een histologisch bevestigde diagnose van NET die vatbaar is voor een operatie met radicale intentie
- Patiënt met gemetastaseerde NET/NEC, vatbaar voor biopsie of operatie, inclusief palliatieve intentie
Patiënt histologisch bevestigd niet-NEN-histotype:
- Colorectaal carcinoom
- Carcinoom van de dunne darm
- Maag- of slokdarmcarcinoom
- Pancreas ductaal adenocarcinoom
- Metastasectomie van elk niet-NEN GI-carcinoom
Uitsluitingscriteria:
- Beoordeling G1 en G2 <=10% Ki67
- Aanwezigheid van gelijktijdig neoplasma (binnen 3 jaar)
- Gelijktijdige grote hematologische verandering
- Gelijktijdige ernstige orgaandysfunctie (bijv. G3/4 lever- of nierfalen)
- Aanhoudende chemotherapie
Studie plan
Hoe is de studie opgezet?
Ontwerpdetails
Cohorten en interventies
Groep / Cohort |
|---|
|
Neuro-endocriene neoplasma-geval
patiënt met histologisch bevestigd neuro-endocrien neoplasma en bevestigd gemengd neuro-endocrien-niet-neuro-endocrien neoplasma met elke component > 30%) en hooggradige neuro-endocriene carcinomen
|
|
Niet-neuro-endocriene neoplasmacontrole
patiënt met histologisch bevestigde niet-neuro-endocriene gastro-intestinale tumoren (waaronder maag-, pancreas-, colorectale, dunne darm).
|
Wat meet het onderzoek?
Primaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Ontwikkel een circulerende diagnostische test voor methDNA/fragmentomics
Tijdsspanne: 2 jaar
|
Epigenetische verschillen die neuro-endocriene tumoren karakteriseren zullen worden benut om een op DNA-methylatie gebaseerde vloeibare biopsietest te bouwen die in staat is om circulerend tumor-DNA van neuro-endocriene afleiding te detecteren, om de niet-invasieve diagnose en monitoring van GEP-MiNENs mogelijk te maken.
|
2 jaar
|
Medewerkers en onderzoekers
Sponsor
Onderzoekers
- Hoofdonderzoeker: Nicola Fazio, MD, European Institute of Oncology
Studie record data
Bestudeer belangrijke data
Studie start (Werkelijk)
Primaire voltooiing (Geschat)
Studie voltooiing (Geschat)
Studieregistratiedata
Eerst ingediend
Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria
Eerst geplaatst (Werkelijk)
Updates van studierecords
Laatste update geplaatst (Werkelijk)
Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria
Laatst geverifieerd
Meer informatie
Termen gerelateerd aan deze studie
Trefwoorden
Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden
Andere studie-ID-nummers
- L2-154
Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct
product vervaardigd in en geëxporteerd uit de V.S.
Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .