神经内分泌表型的表观遗传决定因素作为神经内分泌肿瘤的生物标志物
神经内分泌表型的表观遗传决定因素作为神经内分泌肿瘤无创诊断的生物标志物
研究概览
地位
详细说明
GEP-NEN 是一组异质性疾病，包括相对惰性和更具侵袭性的肿瘤，有时具有混合的外分泌/内分泌成分 (MINEN)。 由于诊断和治疗持续存在不确定性，混合型和侵袭性更强的类型的预后仍然很差。 非侵入性测试将能够及时识别和监测。 更好地了解它们的生物学和表型分化过程可能为新疗法铺平道路。 分化遵循并可以从塑造转录程序的表观遗传景观的变化中推断出来。 在表观遗传标记中，DNA 甲基化特别适合非侵入性检测，因为它可以在循环肿瘤 DNA (ctDNA) 中进行测量。 正如我们最近在 Magi 等人的 Nat Comms Biol 2022 中所展示的那样，牛津纳米孔技术 (ONT) 等新技术可以同时分析 DNA 序列和甲基化。 先前的研究确定了不同的神经内分泌表观转录组景观，但是在肿瘤标本上进行的（Yachida et al Cancer Discov 2022），这阻碍了神经内分泌肿瘤细胞内特异产生的信号与周围非肿瘤或外分泌肿瘤细胞产生的噪声的区分。 现在，可以通过直接从冷冻或石蜡包埋的患者样本进行单细胞测序的方法来解决这个问题。
主要预期成果是开发一种新型液体活检检测方法，用于检测和监测 GEP-NEN 和 MiNEN。 为此，我们将利用牛津纳米孔技术 (ONT) 测序的能力来同时生成测序和甲基化 DNA 图谱。 重要的是，从 ctDNA 评估细胞起源需要将甲基化和片段组学信号与先前生成的参考细胞和组织图谱进行比较（Katsman 等人 2022 Genome Biology）。 对于 NEN 等罕见肿瘤，文献中没有这些图谱；少数表征 NEN 表观基因组特征的研究可能受到周围基质的污染，因此表观遗传信号（包括 DNA 甲基化和肿瘤特异性转录因子结合位点，对于片段组学至关重要）对于血液中的检测可能无法提供信息。
研究类型
注册 (估计的)
联系人和位置
学习联系方式
- 姓名：Nicola Fazio, MD
- 电话号码：0257489258
- 邮箱：divisione.gastrointestinale@ieo.it
研究联系人备份
- 姓名：Francesca Spada, MD
- 电话号码：0257489258
- 邮箱：divisione.gastrointestinale@ieo.it
学习地点
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Milan、意大利、20141
- 招聘中
- European Institute of Oncology
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接触：
- Giuseppe Badalamenti, MD
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接触：
- Chiara Maria Grana, MD
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接触：
- Lorenzo Gervaso, MD
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接触：
- Chiara Alessandra Cella, MD
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接触：
- Nicola Fazio, MD,PhD
- 电话号码：0257489258
- 邮箱：divisione.gastrointestinale@ieo.it
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接触：
- Nicola Fazio, MD,PhD
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接触：
- Francesca Spada, MD
-
接触：
- Luca Mazzarella, MD
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接触：
- Elenora Pisa, MD
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接触：
- Emilio Bertani, MD
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接触：
- Laura Algeri, MD
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参与标准
资格标准
适合学习的年龄
- 成人
- 年长者
接受健康志愿者
取样方法
研究人群
患有 GEP-NEN 的患者，旨在收集足够的材料并进行正式临床，以确定在有临床意义的情况下测定的敏感性和特异性。
由于与非 NEN 相比，该疾病相对罕见，我们不会招募连续人群，但我们将开展病例对照研究：
- 病例：经组织学证实可切除的 NEN 患者
- 对照：经组织学证实的可切除的非神经内分泌胃肠道肿瘤（包括胃、胰腺、结直肠、小肠）的患者。
患者将根据其术前诊断活检被登记为病例组或对照组，但将根据术后完整的组织学检查明确分配至病例组或对照组。
描述
纳入标准：
- 组织学确诊为 NEC/MINEN 的患者适合接受根治性手术
- 组织学确诊为 NET 的患者适合接受根治性手术
- 患有转移性 NET/NEC 的患者，适合活检或手术，包括姑息治疗
患者组织学证实的非 NEN 组织型：
- 结直肠癌
- 小肠癌
- 胃癌或食管癌
- 胰腺导管腺癌
- 任何非 NEN 胃肠道癌的转移瘤切除术
排除标准：
- 等级 G1 和 G2 <=10% Ki67
- 存在伴随肿瘤（3 年内）
- 伴随的主要血液学改变
- 伴随的主要器官功能障碍（例如 G3/4 肝或肾衰竭）
- 正在进行化疗
学习计划
研究是如何设计的？
设计细节
队列和干预
团体/队列 |
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神经内分泌肿瘤病例
经组织学证实的神经内分泌肿瘤和确诊的混合神经内分泌-非神经内分泌肿瘤（每种成分> 30%）和高级别神经内分泌癌的患者
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非神经内分泌肿瘤控制
经组织学证实的非神经内分泌胃肠道肿瘤（包括胃、胰腺、结直肠、小肠）的患者。
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研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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开发循环 methDNA/片段组学诊断分析
大体时间：2年
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将利用表征神经内分泌肿瘤的表观遗传差异来构建基于 DNA 甲基化的液体活检测定，能够检测神经内分泌衍生的循环肿瘤 DNA，从而实现 GEP-MiNEN 的非侵入性诊断和监测。
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2年
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合作者和调查者
调查人员
- 首席研究员：Nicola Fazio, MD、European Institute of Oncology
研究记录日期
研究主要日期
学习开始 (实际的)
初级完成 (估计的)
研究完成 (估计的)
研究注册日期
首次提交
首先提交符合 QC 标准的
首次发布 (实际的)
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
上次提交的符合 QC 标准的更新
最后验证
更多信息
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